genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.265.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   

This is table  265  of  310  ( 37082 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87435312--87435420	27	4.0	27	89	0	173	34	22	22	21	1.97
87435587--87435640	25	2.2	25	86	0	72	25	20	22	31	1.98
87445239--87445465	114	2.0	114	98	0	436	29	30	10	29	1.90
87448788--87448953	28	5.9	28	95	0	278	34	10	25	29	1.89
87462999--87463120	49	2.5	49	82	6	140	27	28	18	25	1.98
87463164--87463312	46	3.2	46	71	9	122	21	29	18	30	1.97
87464014--87464038	13	1.9	13	100	0	50	64	16	4	16	1.44
87474274--87474592	47	6.7	47	93	2	487	29	31	7	31	1.86
87483711--87483831	55	2.2	55	81	0	134	30	30	22	16	1.96
87485721--87485756	11	3.2	11	92	7	63	27	0	0	72	0.85
87485721--87485754	6	5.8	6	93	6	61	29	0	0	70	0.87
87485721--87485754	17	1.9	18	94	5	61	29	0	0	70	0.87
87492130--87492205	38	2.0	38	94	0	134	39	19	5	35	1.75
87492566--87492659	33	2.8	34	80	12	88	28	24	20	26	1.99
87493306--87493381	38	2.0	38	94	0	134	39	19	5	35	1.75
87493742--87493835	33	2.8	34	80	12	88	28	24	20	26	1.99
87504244--87504304	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
87509603--87509662	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
87523685--87523724	17	2.4	17	91	4	64	25	0	25	50	1.50
87526762--87526857	42	2.3	42	88	0	147	25	34	21	18	1.96
87534233--87534560	27	12.2	27	86	1	363	40	20	17	21	1.92
87547707--87547883	48	3.7	47	80	9	164	24	25	19	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87547884--87547925	22	1.9	22	95	0	75	35	21	21	21	1.96
87547921--87548045	46	2.7	46	83	6	153	24	29	18	27	1.98
87552447--87552558	43	2.6	43	81	5	138	30	15	21	33	1.94
87554942--87554989	25	1.9	25	91	0	78	31	20	18	29	1.97
87555025--87555071	20	2.3	20	85	7	69	34	10	19	36	1.86
87555121--87555217	25	3.8	25	85	8	124	25	23	23	26	2.00
87555737--87555772	17	2.1	17	100	0	72	16	11	0	72	1.12
87572464--87572511	25	1.9	25	86	0	69	31	22	18	27	1.97
87572546--87572593	20	2.4	21	83	16	66	33	8	18	39	1.81
87572643--87572766	26	4.8	26	88	2	162	28	20	20	30	1.98
87572643--87572778	25	5.3	26	83	7	156	29	19	21	30	1.97
87573420--87573455	17	2.1	17	100	0	72	16	11	0	72	1.12
87575390--87575526	47	2.9	47	90	0	202	28	31	8	32	1.86
87575527--87575891	48	7.5	48	91	4	552	31	24	5	38	1.79
87575527--87575891	98	3.7	97	90	2	563	31	24	5	38	1.79
87575521--87575891	146	2.5	145	90	4	570	31	24	5	38	1.79
87579690--87579755	33	2.0	33	96	0	123	39	16	15	28	1.89
87580624--87580702	37	2.1	37	88	0	113	25	32	18	22	1.97
87580820--87581073	47	5.4	47	95	0	436	28	30	8	31	1.87
87590266--87590331	34	1.9	34	87	0	96	22	10	25	40	1.86
87590682--87590749	32	2.1	32	83	0	82	30	20	19	29	1.97
87596875--87597047	49	3.5	49	82	3	220	29	25	17	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87596867--87597054	100	1.9	100	93	0	322	29	24	19	26	1.98
87597976--87598115	72	1.9	72	98	0	271	33	25	5	35	1.80
87599452--87599487	17	2.1	18	89	5	56	41	5	5	47	1.50
87599530--87599570	15	2.4	17	80	19	50	56	2	0	41	1.13
87615127--87615273	40	3.7	40	91	0	222	22	21	24	31	1.98
87615127--87615313	80	2.3	80	82	3	207	22	21	24	31	1.99
87622804--87622953	40	3.9	39	71	24	131	22	20	26	31	1.98
87628018--87628043	13	2.0	13	100	0	52	15	30	30	23	1.95
87630635--87630672	20	2.0	20	89	5	60	71	2	7	18	1.23
87637286--87637329	21	2.2	19	84	8	52	56	0	31	11	1.35
87643857--87644025	83	2.0	83	86	4	234	20	18	23	36	1.95
87643857--87644025	42	4.1	41	86	3	223	20	18	23	36	1.95
87658182--87658358	42	4.3	41	82	5	187	22	16	22	38	1.93
87658182--87658360	83	2.2	84	82	6	213	22	16	22	38	1.93
87671786--87671926	40	3.5	40	84	0	156	26	29	21	22	1.99
87680809--87680918	48	2.3	48	85	0	148	26	15	29	29	1.96
87680950--87681060	42	2.6	42	88	0	168	29	19	25	25	1.99
87691129--87691231	37	2.8	37	96	0	188	24	32	20	23	1.98
87691380--87691522	48	3.0	48	93	3	243	28	28	6	35	1.83
87703965--87704202	47	5.0	46	89	6	309	26	30	10	32	1.90
87705207--87705274	25	2.7	25	81	0	82	29	17	23	29	1.97
87725086--87725323	51	4.7	50	78	4	217	32	25	15	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87725190--87725319	52	2.6	50	88	2	179	36	26	12	25	1.91
87725236--87725320	26	3.3	26	65	12	66	38	25	10	24	1.88
87728342--87728483	43	3.3	43	76	9	148	26	16	25	31	1.96
87733880--87734021	43	3.3	43	76	9	148	26	16	25	31	1.96
87741923--87742100	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
87741924--87742079	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
87741920--87742100	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
87749098--87749275	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
87749099--87749254	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
87749095--87749275	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
87755114--87755166	11	5.0	11	84	6	74	32	18	13	35	1.90
87755106--87755166	21	2.9	21	90	4	97	34	18	11	36	1.86
87755106--87755164	5	11.4	5	75	7	55	35	18	10	35	1.85
87755106--87755172	10	6.6	10	81	11	75	35	17	10	35	1.85
87757397--87757762	183	2.0	183	100	0	732	24	31	14	30	1.94
87762759--87762851	29	3.1	29	82	11	107	27	23	19	29	1.98
87763165--87763217	11	5.0	11	84	9	74	35	18	9	35	1.84
87763156--87763217	21	3.0	21	88	4	90	37	17	9	35	1.83
87763156--87763214	5	11.4	5	75	7	55	37	18	8	35	1.81
87763156--87763222	10	6.6	10	81	11	75	37	17	8	35	1.82
87767803--87767843	20	2.0	21	90	4	66	21	0	19	58	1.39
87771405--87771441	16	2.3	16	95	0	65	48	18	24	8	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87771659--87771774	29	4.1	29	86	3	137	27	13	31	26	1.94
87775428--87775501	26	2.8	26	85	0	112	28	17	24	29	1.97
87776503--87776553	25	2.0	25	100	0	102	27	35	7	29	1.85
87779440--87779805	183	2.0	182	87	4	522	39	19	7	34	1.79
87781322--87781385	23	2.8	23	90	0	101	73	3	18	4	1.14
87783257--87783434	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
87783278--87783433	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
87786265--87786348	43	2.0	43	97	0	159	35	20	9	34	1.85
87786265--87786361	43	2.3	43	90	3	142	34	19	10	36	1.86
87787925--87787983	18	3.3	18	72	13	50	42	18	16	22	1.89
87788235--87788290	23	2.4	23	80	14	62	42	21	12	23	1.86
87788325--87788522	27	7.3	27	84	6	204	20	18	19	41	1.91
87788326--87788522	54	3.6	54	87	4	227	20	18	19	41	1.90
87788514--87788614	27	3.7	27	89	0	157	34	16	14	33	1.90
87788430--87788549	54	2.2	54	83	2	143	21	15	20	42	1.88
87791339--87791397	28	2.1	28	96	0	109	28	13	11	45	1.79
87794564--87794668	39	2.6	39	86	5	122	24	22	27	24	2.00
87794524--87794668	40	3.7	40	81	12	165	24	23	27	24	2.00
87794525--87794687	40	4.1	39	79	10	100	25	23	28	23	2.00
87794524--87794674	79	1.9	80	82	6	191	25	23	27	23	2.00
87797602--87797641	19	2.2	17	86	8	53	45	0	0	55	0.99
87800997--87801034	18	2.1	19	85	5	51	55	2	0	42	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87801490--87801656	90	1.9	90	88	0	253	34	12	17	35	1.87
87807847--87807979	43	3.1	42	76	8	144	27	15	25	32	1.95
87810152--87810276	29	4.3	29	83	5	164	27	14	28	29	1.95
87815400--87815513	24	5.2	24	60	20	68	10	25	34	29	1.89
87815347--87815597	43	5.9	43	90	0	369	11	22	33	32	1.90
87823935--87824030	42	2.3	42	92	0	156	14	21	37	26	1.92
87826604--87826708	28	3.8	28	86	3	140	27	14	31	26	1.95
87826601--87826708	56	1.9	56	88	3	164	28	13	30	26	1.94
87834154--87834188	16	2.2	16	89	0	52	60	14	14	11	1.60
87834399--87834514	28	4.1	28	80	6	128	29	12	27	30	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310