genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.308.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   

This is table  308  of  310  ( 37082 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101440046--101440167	63	1.9	63	94	0	217	27	31	20	20	1.98
101440047--101440184	63	2.2	63	90	0	213	26	31	20	22	1.98
101441530--101441636	29	3.7	29	80	6	119	38	17	24	19	1.93
101443483--101443532	25	2.0	25	100	0	100	32	20	16	32	1.94
101445605--101445658	27	2.0	27	100	0	108	40	22	3	33	1.71
101446402--101446507	53	2.0	53	98	0	203	35	14	15	34	1.87
101464668--101464703	18	2.0	18	100	0	72	5	5	22	66	1.34
101491490--101491624	28	4.8	28	74	8	121	23	32	15	28	1.95
101491491--101491636	29	5.1	28	73	8	109	25	30	14	29	1.95
101491703--101491739	19	2.0	19	89	5	58	16	40	18	24	1.90
101492433--101492522	28	3.2	27	84	7	110	20	23	23	33	1.97
101492433--101492547	55	2.1	56	82	8	137	20	23	20	35	1.96
101493607--101493640	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
101499760--101499825	28	2.4	28	89	0	96	36	28	7	27	1.84
101499932--101500021	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
101501657--101501763	27	3.9	27	81	11	121	35	23	24	16	1.95
101503180--101503226	24	2.0	24	91	0	76	23	38	2	36	1.67
101509506--101509612	27	3.9	27	80	9	119	35	23	24	16	1.95
101509505--101509612	54	2.0	54	83	3	137	36	23	24	16	1.94
101513069--101513245	41	4.4	41	92	2	261	34	22	22	20	1.97
101514152--101514183	15	2.1	15	94	0	55	59	0	9	31	1.29
101514155--101514222	24	2.8	23	76	10	64	57	0	4	38	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101521426--101521451	12	2.2	12	100	0	52	34	7	26	30	1.85
101524482--101524528	24	2.0	24	91	0	76	36	2	38	23	1.67
101525945--101526056	27	4.2	26	83	7	134	16	24	22	36	1.94
101525948--101526054	54	2.0	54	88	3	162	17	24	20	37	1.94
101540394--101540504	27	4.1	27	80	12	113	17	25	21	36	1.95
101540394--101540504	54	2.1	53	86	5	152	17	25	21	36	1.95
101542753--101542938	43	4.4	42	80	5	203	22	17	24	36	1.94
101551927--101552004	35	2.3	35	97	2	149	32	14	17	35	1.90
101553544--101553652	41	2.7	40	82	5	121	33	22	22	21	1.97
101553575--101553671	41	2.4	41	91	1	151	32	21	24	20	1.97
101554698--101554736	19	2.1	19	90	4	62	46	2	2	48	1.29
101562260--101562343	43	2.0	43	90	0	132	27	28	9	34	1.88
101575006--101575034	14	2.1	14	100	0	58	13	17	48	20	1.81
101583725--101583837	57	2.0	57	96	0	208	41	19	9	29	1.83
101584249--101584369	17	6.8	17	87	9	170	36	13	11	38	1.81
101584249--101584369	35	3.4	35	94	3	197	36	13	11	38	1.81
101584251--101584397	18	8.2	17	74	19	88	37	12	11	38	1.79
101584758--101585474	207	3.5	207	94	0	1220	28	23	18	29	1.97
101585289--101585593	131	2.4	118	77	9	304	27	24	18	29	1.98
101586664--101586736	23	3.3	23	83	14	91	2	15	1	80	0.89
101586664--101586719	7	7.6	7	79	18	60	1	16	0	82	0.76
101588228--101588252	13	1.9	13	100	0	50	0	12	0	88	0.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101591429--101591453	13	1.9	13	100	0	50	56	20	8	16	1.65
101592681--101592724	22	2.0	22	86	8	63	4	22	20	52	1.65
101593917--101593973	9	5.8	10	76	15	57	36	8	19	35	1.83
101593916--101593990	20	3.8	20	91	6	111	37	9	18	34	1.83
101593935--101593990	11	5.5	11	71	16	57	37	10	19	32	1.86
101594040--101594161	26	4.7	26	89	2	183	27	22	22	26	1.99
101594040--101594252	51	4.4	51	76	15	202	26	23	22	27	1.99
101594121--101594200	39	2.1	39	100	0	160	21	27	23	27	1.99
101594160--101594252	25	3.7	25	84	8	125	24	23	22	29	1.99
101594069--101594250	90	2.0	90	91	2	294	24	24	23	27	2.00
101598220--101598296	31	2.5	31	93	0	127	28	24	16	29	1.97
101598324--101598411	42	2.1	42	89	0	131	36	20	13	29	1.91
101598556--101598679	26	4.8	26	88	3	171	25	21	24	28	1.99
101599460--101599540	27	3.0	27	92	3	128	20	25	22	30	1.98
101599582--101599900	27	11.8	27	77	8	211	32	9	18	40	1.82
101599693--101599890	81	2.5	81	93	0	326	31	8	19	40	1.81
101599584--101600061	27	17.7	27	77	8	186	33	8	19	37	1.83
101599855--101600067	81	2.6	80	75	5	221	34	7	22	35	1.83
101601294--101601372	31	2.5	31	93	0	140	29	21	16	32	1.95
101601396--101601487	42	2.2	42	90	0	139	34	22	13	29	1.92
101601595--101601769	26	6.8	26	86	0	237	26	22	23	26	2.00
101601595--101601769	52	3.4	52	92	3	284	26	22	23	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101601803--101601833	16	1.9	16	93	0	53	35	16	19	29	1.93
101605827--101605893	20	3.3	20	89	4	100	37	8	19	34	1.83
101605826--101605878	11	5.2	11	78	15	60	35	7	18	37	1.80
101605942--101606089	26	5.8	26	88	2	212	27	22	22	27	2.00
101605942--101606089	51	2.9	51	91	2	235	27	22	22	27	2.00
101607335--101607425	19	4.9	19	88	8	143	36	15	10	37	1.83
101607335--101607425	35	2.5	37	89	8	141	36	15	10	37	1.83
101607349--101607404	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
101610691--101610739	24	2.0	24	96	0	89	32	18	8	40	1.80
101610993--101611093	42	2.4	42	86	6	132	32	26	13	26	1.94
101614691--101614820	67	2.0	62	84	10	163	41	3	5	50	1.41
101624763--101624801	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
101626529--101626766	44	5.3	44	73	12	146	28	19	18	33	1.95
101626485--101626922	138	3.2	136	79	7	445	30	17	17	33	1.94
101626558--101627103	44	12.0	45	68	15	198	30	19	16	33	1.94
101626919--101627016	50	2.0	50	84	8	128	28	22	16	32	1.95
101626663--101627103	182	2.4	180	75	5	404	30	20	16	32	1.95
101626561--101627154	320	1.9	320	90	0	956	30	19	16	32	1.94
101626855--101627154	138	2.2	137	81	4	336	31	19	16	32	1.94
101644878--101644917	21	1.9	21	84	0	53	60	0	17	22	1.37
101652412--101652444	17	1.9	17	88	11	50	51	9	0	39	1.34
101660646--101660709	14	4.2	15	72	14	51	53	1	0	45	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101660698--101660751	11	4.9	11	77	6	56	51	0	0	48	1.00
101660693--101660740	11	4.6	10	82	7	60	54	0	0	45	0.99
101660693--101660740	21	2.3	21	96	0	87	54	0	0	45	0.99
101662158--101662233	9	8.4	9	84	5	91	39	19	11	28	1.87
101662273--101662301	6	4.8	6	100	0	58	17	0	17	65	1.27
101662257--101662314	18	3.0	20	82	12	66	22	3	12	62	1.45
101666846--101667005	32	5.0	32	88	0	239	33	11	10	44	1.75
101666846--101667007	64	2.5	64	92	0	270	33	11	9	44	1.74
101670206--101670257	15	3.2	15	73	19	50	44	0	1	53	1.11
101670290--101670326	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
101672474--101672530	29	2.0	29	89	0	87	33	19	15	31	1.93
101672514--101672675	66	2.5	66	88	0	243	28	18	22	30	1.97
101673403--101673545	73	2.0	73	97	0	268	31	10	24	33	1.89
101675964--101676027	27	2.4	27	80	15	78	37	17	21	23	1.94
101682479--101682581	52	2.0	52	98	0	197	36	14	15	33	1.88
101683593--101683639	23	2.0	24	83	4	60	48	0	0	51	1.00
101683618--101683669	23	2.3	23	82	0	59	40	1	0	57	1.10
101684131--101684177	21	2.2	20	75	17	51	44	27	0	27	1.55
101684145--101684185	21	2.0	21	85	9	57	46	34	0	19	1.50
101688388--101688688	60	5.0	60	99	0	593	36	16	14	31	1.89
101691542--101691608	24	2.8	24	83	0	98	11	16	25	46	1.81
101695565--101695676	56	2.0	55	94	1	197	31	16	11	40	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101697959--101698035	39	1.9	40	86	7	111	23	19	22	35	1.96
101699828--101699857	14	2.2	13	94	5	51	83	0	0	16	0.65
101704229--101704258	14	2.2	13	94	5	51	83	0	0	16	0.65
101705134--101705239	42	2.5	42	92	0	185	35	24	24	15	1.94
101705134--101705240	21	5.1	21	74	8	110	35	24	24	15	1.94
101706122--101706161	3	13.7	3	85	15	57	67	0	0	32	0.91
101706562--101706611	5	10.0	5	78	8	57	54	2	0	44	1.11
101706562--101706613	16	3.4	16	82	12	65	53	1	0	44	1.11
101706948--101707008	22	2.7	22	77	7	61	14	27	19	37	1.91
101708813--101708868	26	2.1	27	78	15	64	42	21	3	32	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310