genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20415742--20415858	37	3.1	37	88	4	164	29	2	22	45	1.66
20419616--20419749	50	2.8	51	76	14	158	26	32	15	26	1.96
20429204--20429560	40	8.9	40	94	0	597	23	28	20	27	1.99
20429754--20430113	180	2.0	180	98	0	702	27	18	15	39	1.90
20437277--20437473	40	4.9	40	94	0	340	24	28	21	25	1.99
20450306--20450344	20	2.0	20	84	0	51	28	20	15	35	1.93
20456887--20457032	48	3.0	48	92	0	247	34	5	28	31	1.80
20457173--20457244	37	1.9	37	91	5	119	23	19	30	26	1.98
20458374--20458481	18	5.9	17	72	14	63	35	13	11	39	1.81
20458592--20458632	6	6.8	6	86	10	57	48	12	19	19	1.80
20458614--20458732	51	2.3	53	86	4	161	41	20	21	17	1.91
20459918--20459950	5	6.6	5	100	0	66	57	0	0	42	0.98
20460042--20460078	9	4.2	9	86	6	58	29	2	0	67	1.04
20460043--20460079	17	2.2	17	95	0	65	32	2	0	64	1.07
20460139--20460179	20	2.0	20	85	0	55	36	12	4	46	1.63
20465938--20465971	16	2.1	16	100	0	68	11	5	35	47	1.65
20467218--20467266	21	2.3	22	85	3	64	24	18	20	36	1.94
20471434--20471473	21	2.0	21	90	5	64	20	27	40	12	1.88
20473092--20473237	73	2.0	71	92	2	238	38	21	13	26	1.91
20487165--20487321	44	3.7	43	73	15	146	24	19	25	31	1.98
20494758--20494931	44	4.0	43	79	9	176	22	18	26	32	1.97
20494774--20494936	43	3.8	42	80	8	168	22	19	26	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20494774--20494936	85	1.9	85	83	6	213	22	19	26	31	1.98
20495872--20495943	37	1.9	37	88	5	110	27	30	19	22	1.98
20496084--20496181	48	2.0	48	94	0	169	29	29	6	34	1.82
20506943--20506970	11	2.5	11	100	0	56	0	10	0	89	0.49
20508144--20508185	18	2.3	19	80	12	52	33	4	7	54	1.49
20508250--20508284	18	1.9	18	88	0	52	37	8	11	42	1.72
20509515--20509549	13	2.7	13	86	13	54	77	2	5	14	1.07
20517076--20517133	27	2.1	27	100	0	116	41	6	15	36	1.74
20517477--20518098	237	2.6	236	79	5	632	32	20	14	31	1.93
20519519--20519559	22	1.9	22	85	5	57	58	2	0	39	1.11
20519947--20520345	145	2.7	145	78	5	389	39	8	9	43	1.66
20523997--20524143	63	2.3	63	78	2	143	19	29	24	26	1.99
20532689--20532914	122	1.9	122	92	0	380	28	28	16	26	1.97
20545204--20545250	19	2.6	18	77	12	51	42	2	4	51	1.33
20545654--20545695	11	3.9	11	79	17	52	61	9	0	28	1.27
20545659--20545705	21	2.2	21	100	0	94	70	8	0	21	1.14
20545668--20545706	10	3.8	10	81	18	53	69	7	0	23	1.14
20550738--20550798	23	2.7	23	97	0	113	55	8	11	24	1.62
20558909--20559988	422	2.6	422	99	0	2133	36	12	17	33	1.87
20561879--20561933	28	2.0	28	100	0	110	20	21	40	18	1.92
20570956--20571083	55	2.3	55	83	0	148	28	32	22	16	1.96
20578018--20578103	42	2.0	42	100	0	172	32	16	23	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20583658--20583716	31	1.9	31	96	0	109	37	23	20	18	1.94
20583781--20583825	17	2.6	17	86	10	65	17	2	0	80	0.82
20583783--20583831	21	2.5	20	80	9	64	16	2	0	81	0.78
20583794--20583847	6	9.0	6	81	6	56	16	5	0	77	0.94
20588081--20588227	40	3.6	41	75	4	145	27	20	29	23	1.99
20589940--20589998	29	2.0	29	96	0	109	25	16	23	33	1.96
20595038--20595179	40	3.6	40	88	2	207	26	26	21	24	2.00
20597048--20597126	39	2.0	39	92	0	131	34	6	21	37	1.79
20597905--20598075	43	4.0	43	86	1	227	25	21	31	22	1.98
20597911--20598074	86	1.9	85	89	1	256	24	21	32	21	1.98
20597922--20598154	43	5.6	41	77	7	159	25	20	30	22	1.98
20599722--20599827	51	2.1	51	94	0	185	50	7	16	25	1.72
20602832--20602870	8	4.9	8	96	0	60	10	43	12	33	1.77
20611106--20611210	50	2.1	52	90	3	169	34	10	4	50	1.58
20611522--20611572	26	2.0	26	92	0	84	27	5	5	60	1.43
20614208--20614264	26	2.5	22	72	22	62	29	10	7	52	1.62
20617404--20617518	24	4.8	24	74	13	94	26	20	20	33	1.96
20633004--20633032	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
20634161--20634319	43	3.7	43	78	11	139	23	18	25	31	1.98
20638932--20639076	43	3.4	43	75	9	134	24	19	26	29	1.98
20646413--20646509	33	3.1	33	70	22	109	35	0	11	53	1.37
20646411--20646529	60	2.0	60	90	3	186	34	0	11	53	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20649383--20649440	28	2.0	28	87	9	82	17	41	20	20	1.90
20650426--20650559	68	2.0	68	89	0	205	18	27	14	38	1.90
20654706--20654849	55	2.6	55	80	2	146	17	29	26	27	1.97
20655087--20655182	47	2.0	47	89	0	147	23	17	22	35	1.95
20660029--20660294	47	5.7	49	77	11	204	24	28	18	28	1.98
20660081--20660294	46	4.6	45	78	9	191	23	28	18	28	1.98
20664431--20664601	46	3.7	45	79	7	182	21	26	20	31	1.98
20674075--20674115	13	3.2	13	85	0	55	19	31	29	19	1.96
20682070--20682237	47	3.7	46	76	11	168	23	28	17	29	1.97
20682110--20682187	40	1.9	42	84	5	106	25	28	14	32	1.94
20687486--20687516	16	1.9	16	100	0	62	32	12	19	35	1.90
20693876--20693943	30	2.3	29	94	2	118	35	25	16	23	1.95
20694963--20694994	12	2.7	12	90	0	55	31	25	34	9	1.87
20696370--20696403	6	5.7	6	85	0	50	32	11	20	35	1.89
20696924--20697176	5	50.0	5	94	3	427	41	0	0	58	0.98
20697247--20697277	16	1.9	16	100	0	62	77	3	19	0	0.90
20698144--20698308	56	2.9	55	87	5	233	21	15	27	35	1.94
20704690--20704738	23	2.1	23	82	14	57	20	8	4	67	1.34
20710747--20710791	21	2.1	21	88	8	65	8	15	0	75	1.03
20720805--20720842	19	2.0	19	100	0	76	36	0	31	31	1.58
20720674--20720951	150	1.9	150	100	0	556	33	7	32	27	1.84
20720622--20721121	47	10.4	47	92	4	804	33	7	31	27	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20724049--20724086	16	2.3	16	95	4	67	34	18	15	31	1.92
20724893--20724998	44	2.5	44	80	6	119	21	18	26	33	1.97
20728009--20728159	71	2.1	71	97	0	284	48	21	9	20	1.78
20728569--20728774	40	5.2	40	91	0	315	28	27	20	23	1.99
20729029--20729124	48	2.0	48	97	0	183	37	12	7	42	1.71
20729454--20729536	42	2.0	42	97	0	157	28	27	9	33	1.88
20733940--20733965	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
20735472--20735613	40	3.6	40	95	0	241	25	23	26	25	2.00
20749353--20749537	55	3.4	54	80	2	210	19	22	19	38	1.93
20753450--20753528	39	2.0	39	95	0	140	39	22	15	22	1.91
20754675--20754730	26	2.1	28	80	12	64	53	14	10	21	1.70
20763155--20763200	24	1.9	24	100	0	92	26	8	26	39	1.85
20769808--20769903	48	2.0	48	95	4	176	25	19	16	38	1.92
20770054--20770105	23	2.4	22	73	17	54	38	1	3	55	1.29
20770063--20770112	23	2.1	24	82	10	59	44	0	4	52	1.20
20770148--20770215	19	3.4	19	66	18	57	27	8	10	52	1.65
20770145--20770228	41	2.0	41	100	0	168	23	11	9	54	1.66
20778211--20778260	22	2.3	22	86	6	66	28	30	30	12	1.92
20778225--20778270	22	2.1	22	87	0	65	30	23	32	13	1.93
20778323--20778379	21	2.7	21	89	5	80	38	22	22	15	1.92
20779515--20779594	6	12.0	6	74	19	54	5	21	0	73	1.01
20779514--20779594	13	6.0	13	72	19	60	4	22	0	72	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20779543--20779597	21	2.8	20	79	17	69	9	18	0	72	1.10
20780088--20780128	21	2.0	21	95	0	73	36	21	7	34	1.82
20780565--20780672	26	4.2	26	91	2	173	33	6	24	36	1.81
20781847--20781876	16	1.9	15	93	6	51	53	23	20	3	1.60
20782114--20782188	26	2.8	26	79	4	78	36	21	10	32	1.88
20782293--20782433	54	2.6	53	93	2	228	17	23	24	35	1.95
20782293--20782433	27	5.2	27	85	6	189	17	23	24	35	1.95
20787709--20787816	26	4.2	26	89	0	171	33	8	23	35	1.85
20789437--20789576	27	5.2	26	82	6	163	17	22	24	35	1.96
20789437--20789576	54	2.6	54	90	4	221	17	22	24	35	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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