genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.39.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11185493--11185521	3	9.7	3	100	0	58	0	31	0	68	0.89
11187295--11187348	17	3.5	17	71	23	64	11	12	31	44	1.78
11187573--11187633	25	2.4	25	94	0	113	37	9	11	40	1.75
11195277--11195318	21	2.0	21	100	0	84	33	9	14	42	1.78
11198136--11198171	18	1.9	19	88	5	56	44	2	5	47	1.41
11198161--11198199	20	2.0	19	90	5	60	30	5	0	64	1.15
11208285--11208739	87	5.2	85	64	16	259	35	21	18	24	1.96
11208292--11208797	175	2.9	175	95	0	877	33	22	18	25	1.96
11210679--11210779	24	4.1	24	71	21	77	33	2	0	62	1.17
11210685--11210775	16	4.9	18	73	23	57	32	2	1	63	1.13
11210685--11210786	3	34.0	3	68	24	56	32	1	0	64	1.11
11214056--11214090	18	1.9	18	100	0	70	22	31	0	45	1.53
11214596--11214647	26	2.0	26	100	0	104	23	11	15	50	1.76
11218432--11218479	21	2.3	21	100	0	96	39	20	14	25	1.91
11223676--11223739	32	2.0	32	81	9	76	54	14	3	28	1.55
11228343--11228374	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
11228343--11228373	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
11231834--11231896	30	2.1	30	96	0	117	31	12	25	30	1.93
11232819--11232850	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
11232819--11232849	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
11235506--11235530	12	2.1	12	100	0	50	32	16	8	44	1.76
11237758--11237786	12	2.5	12	94	5	51	0	17	0	82	0.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11241945--11241980	18	1.9	19	88	5	56	50	5	0	44	1.25
11242247--11242298	26	2.0	25	81	3	59	30	17	7	44	1.77
11251255--11251288	6	5.7	6	85	0	50	55	2	26	14	1.53
11251254--11251288	18	1.9	18	94	0	61	57	2	25	14	1.51
11251437--11251508	26	2.8	25	82	2	81	40	8	18	33	1.80
11253067--11253119	27	2.0	27	88	0	79	30	11	9	49	1.70
11253508--11253559	21	2.4	21	81	9	61	40	1	3	53	1.30
11264148--11264188	19	2.1	20	86	4	57	31	9	2	56	1.45
11264962--11264986	13	1.9	13	100	0	50	44	0	0	56	0.99
11268159--11268191	17	1.9	17	100	0	66	36	0	33	30	1.58
11273837--11273952	57	2.0	57	91	0	187	39	8	12	39	1.73
11276877--11276928	24	2.2	24	85	0	68	38	3	7	50	1.50
11277401--11277508	26	4.2	26	91	0	180	32	8	24	35	1.85
11279108--11279248	27	5.2	27	78	14	148	18	24	22	34	1.96
11279105--11279248	54	2.7	54	86	4	202	18	25	22	34	1.96
11285203--11285229	6	4.5	6	100	0	54	66	0	33	0	0.92
11285259--11285292	18	1.9	18	88	5	52	23	0	2	73	0.97
11285555--11285584	15	2.0	15	93	0	51	56	6	6	30	1.51
11292567--11292686	60	2.0	59	96	1	222	24	18	30	26	1.97
11294411--11294444	18	1.9	18	88	5	52	47	11	2	38	1.55
11298494--11298575	41	2.0	41	95	0	146	52	6	6	35	1.51
11298495--11298602	41	2.6	40	86	7	119	52	7	5	34	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11300059--11300109	25	2.0	25	96	0	93	37	13	11	37	1.82
11305361--11305392	15	2.1	16	88	11	50	50	15	0	34	1.45
11314817--11314873	26	2.2	26	84	6	71	42	26	19	12	1.86
11324866--11324899	13	2.6	13	90	0	59	35	14	11	38	1.83
11327063--11327111	22	2.2	22	82	7	55	16	22	6	55	1.63
11327148--11327210	30	2.1	30	93	0	108	26	1	12	58	1.43
11327549--11327624	26	2.9	25	75	7	80	36	11	21	30	1.89
11332388--11332436	25	1.9	26	95	4	91	32	14	10	42	1.79
11332813--11332866	28	1.9	28	100	0	108	38	11	9	40	1.73
11335158--11335220	18	3.3	18	68	23	56	14	15	3	66	1.37
11335170--11335235	22	3.2	22	68	24	70	10	16	6	66	1.41
11335157--11335235	40	2.0	40	100	0	158	12	16	5	65	1.42
11335161--11335225	20	3.2	20	68	23	64	15	16	3	64	1.41
11340927--11341044	57	2.1	58	88	1	175	44	5	21	27	1.75
11342755--11342794	20	2.0	20	100	0	80	30	20	15	35	1.93
11349348--11349421	20	3.7	20	78	5	69	67	2	4	25	1.21
11349354--11349421	19	3.4	19	73	16	57	67	2	4	25	1.23
11349412--11349446	15	2.3	15	90	0	52	68	2	0	28	1.04
11350949--11351031	38	2.2	39	88	2	123	36	16	18	28	1.93
11351474--11351575	17	5.8	18	72	5	75	44	11	14	29	1.81
11352056--11352109	26	2.0	27	82	10	67	64	5	5	24	1.36
11352115--11352211	41	2.4	40	77	19	112	58	3	3	35	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11353999--11354052	21	2.6	21	78	0	54	24	31	14	29	1.95
11354295--11354329	14	2.6	13	86	8	52	48	8	14	28	1.73
11354173--11354390	88	2.5	88	81	4	235	35	19	16	28	1.93
11354348--11354611	73	3.6	73	85	6	372	31	23	16	28	1.96
11354308--11354612	75	4.1	72	82	7	371	31	23	16	28	1.96
11354348--11354612	148	1.8	144	89	4	415	31	23	16	28	1.96
11358416--11358586	93	1.8	93	93	0	297	28	29	20	22	1.98
11358407--11358582	46	3.8	46	78	10	196	29	28	19	22	1.98
11358416--11358601	46	4.0	46	71	14	132	29	29	19	22	1.98
11366902--11367441	272	2.0	272	95	0	981	26	20	20	32	1.97
11367631--11367829	102	2.0	102	95	0	362	26	26	16	31	1.96
11377239--11377275	6	6.5	6	84	9	51	13	0	18	67	1.23
11377239--11377275	11	3.3	11	92	3	56	13	0	18	67	1.23
11382650--11382701	27	1.9	27	88	0	77	42	13	11	32	1.80
11385343--11385376	18	1.9	18	88	5	52	55	2	11	29	1.50
11386102--11386167	10	6.7	9	87	6	69	69	3	4	22	1.20
11386103--11386149	24	2.0	24	82	0	58	68	4	4	23	1.26
11386098--11386155	30	1.9	30	89	6	91	70	3	5	20	1.21
11386134--11386166	16	2.1	16	88	11	50	75	0	6	18	1.00
11386098--11386167	30	2.3	30	85	9	90	70	2	5	21	1.22
11386184--11386208	13	1.9	13	100	0	50	40	16	0	44	1.47
11386804--11386989	96	1.9	97	89	3	286	31	24	16	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11387734--11387795	12	5.5	12	79	12	78	82	0	1	16	0.75
11387738--11387795	21	2.8	20	87	7	73	81	0	1	17	0.78
11387729--11387791	9	7.5	8	79	13	65	82	0	1	15	0.74
11387730--11387795	33	2.0	33	88	5	98	81	0	1	16	0.76
11390644--11390677	18	1.9	18	94	5	61	58	5	8	26	1.51
11391400--11391459	10	6.0	10	81	11	70	68	3	8	20	1.30
11392107--11392357	123	2.0	123	92	0	412	33	19	23	23	1.97
11396937--11397018	30	2.7	30	88	3	121	20	39	30	9	1.85
11400674--11400886	110	1.9	111	90	2	340	38	10	16	33	1.84
11404610--11404654	14	3.3	14	78	6	56	35	0	15	48	1.45
11407474--11407561	43	2.0	43	86	0	122	34	18	18	29	1.94
11407697--11407779	31	2.6	31	80	3	85	59	19	6	15	1.57
11408000--11408061	21	3.0	21	83	4	63	3	45	20	30	1.67
11408011--11408066	21	2.7	21	88	0	76	1	44	21	32	1.63
11408016--11408087	21	2.9	27	68	23	75	2	47	19	30	1.64
11411828--11411852	12	2.1	12	100	0	50	32	28	8	32	1.86
11413750--11414625	18	50.2	17	80	5	261	38	3	12	46	1.59
11413721--11414661	53	17.8	53	85	3	1191	37	3	12	46	1.59
11413721--11414661	106	8.8	106	93	3	1519	37	3	12	46	1.59
11414774--11414858	15	5.8	15	74	20	90	52	0	1	45	1.08
11414777--11414858	29	2.9	29	89	7	123	53	0	1	45	1.08
11415032--11415102	24	3.0	24	93	0	124	43	8	19	28	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11415150--11415340	57	3.4	57	98	0	364	45	4	9	40	1.57
11415161--11415394	114	2.1	114	79	4	249	47	4	11	36	1.60
11417506--11417553	17	2.7	18	75	15	55	29	0	33	37	1.58
11419192--11419362	41	4.2	41	84	5	213	25	21	21	32	1.97
11425320--11425364	21	2.2	20	84	4	54	68	11	8	11	1.39
11428114--11428261	46	3.2	46	85	2	183	43	16	22	18	1.88
11428495--11428541	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
11431126--11431161	9	4.0	9	88	0	54	38	0	5	55	1.23
11431151--11431236	23	3.6	23	72	16	68	30	9	5	54	1.56
11431455--11431539	19	4.3	19	72	18	75	31	4	5	57	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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