genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.58.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   

This is table  58  of  310  ( 37082 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18213200--18213872	176	3.8	176	92	1	1064	28	18	22	30	1.97
18215597--18215701	45	2.3	45	81	3	113	26	31	15	26	1.96
18215528--18215842	132	2.4	131	85	2	405	26	23	21	28	1.99
18215803--18216623	87	9.5	86	81	4	731	21	22	20	35	1.96
18215821--18216157	44	7.8	44	75	7	285	19	23	20	37	1.95
18215803--18216623	44	18.9	43	65	12	225	21	22	20	35	1.96
18215790--18216622	347	2.4	344	80	6	915	21	22	20	35	1.96
18215802--18216623	260	3.2	255	79	7	841	21	22	20	35	1.96
18216706--18216828	64	1.9	64	91	3	203	36	13	17	31	1.89
18221290--18221335	9	4.8	10	77	17	53	50	13	17	19	1.78
18221290--18221335	19	2.4	19	85	7	58	50	13	17	19	1.78
18223475--18223506	15	2.1	15	94	0	55	65	0	3	31	1.08
18226144--18226171	6	4.7	6	100	0	56	32	0	0	67	0.91
18230007--18230119	54	2.1	54	100	0	226	42	1	10	45	1.49
18230118--18230159	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
18230109--18230150	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
18230842--18230897	24	2.2	26	84	9	71	10	12	3	73	1.22
18230908--18231089	5	36.4	5	100	0	364	59	0	0	40	0.97
18240964--18241043	40	2.0	40	92	4	135	23	21	20	35	1.96
18246136--18246164	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
18251277--18251510	9	26.0	9	67	17	67	33	1	17	47	1.56
18251294--18251380	36	2.5	36	87	7	126	34	1	17	47	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18251327--18251410	43	2.0	43	92	0	141	34	0	19	46	1.50
18251351--18251523	56	3.2	56	87	6	259	33	0	16	49	1.50
18251397--18251423	13	2.1	13	100	0	54	37	0	11	51	1.37
18251909--18251963	26	2.1	27	83	10	69	56	0	9	34	1.31
18255060--18255392	116	2.9	115	80	7	363	36	21	15	25	1.93
18255772--18255823	16	3.2	16	73	10	61	46	5	0	48	1.26
18255769--18255832	32	2.0	32	96	0	119	42	9	0	48	1.35
18257067--18257189	41	3.2	41	85	7	152	18	22	23	34	1.96
18257162--18257218	29	2.0	29	96	0	105	22	24	15	36	1.94
18262511--18262609	29	3.4	29	90	2	162	34	11	30	24	1.90
18262602--18262731	33	3.9	33	90	0	188	37	9	20	33	1.84
18269876--18269951	38	2.0	38	97	0	143	35	19	5	39	1.75
18285325--18285399	30	2.5	29	82	6	96	53	2	1	42	1.23
18286799--18286843	9	4.9	9	89	5	63	62	0	2	35	1.08
18286799--18286843	19	2.4	18	85	3	63	62	0	2	35	1.08
18287303--18287354	16	3.2	16	91	0	86	28	0	32	38	1.57
18287568--18287605	16	2.4	17	82	13	53	52	2	0	44	1.14
18287551--18287716	22	8.0	21	68	20	91	54	2	1	41	1.21
18287651--18287691	13	3.2	12	80	12	55	58	0	0	41	0.98
18287679--18287714	18	2.0	18	100	0	72	66	0	0	33	0.92
18289730--18289780	13	3.9	13	72	10	50	31	21	9	37	1.86
18294447--18294550	50	2.1	50	92	0	172	41	11	25	22	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18305734--18305900	76	2.2	76	100	0	334	34	24	1	39	1.63
18308423--18308593	46	3.7	47	84	8	201	27	20	30	21	1.98
18319093--18319155	22	2.9	22	79	6	67	34	0	4	60	1.18
18319175--18319268	27	3.5	26	76	15	75	52	2	0	45	1.12
18338101--18338170	31	2.3	30	90	7	113	24	17	14	44	1.85
18338378--18338454	32	2.4	32	86	0	100	23	15	14	46	1.82
18338836--18338949	60	1.9	60	83	3	149	51	9	13	25	1.70
18346054--18346094	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
18349958--18350012	17	3.2	17	84	7	67	56	0	0	43	0.99
18352021--18352051	12	2.6	12	94	0	53	38	9	0	51	1.35
18352138--18352213	37	2.1	37	100	0	152	26	23	6	43	1.78
18353336--18353390	23	2.4	23	78	6	67	30	14	1	52	1.52
18357135--18357180	22	2.0	22	87	4	65	30	4	32	32	1.77
18357142--18357191	23	2.2	22	85	3	64	30	2	32	36	1.69
18361835--18361865	15	2.1	15	100	0	62	54	0	38	6	1.26
18369741--18370526	205	3.8	203	90	2	1157	30	17	22	29	1.97
18370596--18370968	133	2.8	133	94	0	631	32	18	24	24	1.97
18370624--18370968	44	7.8	44	72	9	254	31	18	24	25	1.97
18371392--18371448	22	2.5	22	88	2	69	29	3	29	36	1.74
18371399--18371448	23	2.2	22	89	3	73	30	2	30	38	1.69
18372058--18372211	39	3.9	40	93	0	240	47	2	19	30	1.63
18372058--18372211	79	2.0	80	89	2	240	47	2	19	30	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18373002--18373034	17	1.9	17	93	0	57	33	15	3	48	1.60
18379033--18379082	26	1.9	26	95	0	91	36	26	6	32	1.81
18380615--18380656	19	2.2	19	95	0	75	45	33	7	14	1.72
18383019--18383270	131	1.9	132	83	0	326	27	16	19	36	1.93
18383020--18383298	131	2.1	132	80	2	299	28	17	17	36	1.93
18384572--18384610	18	2.2	18	85	0	51	64	0	0	35	0.94
18398960--18399070	20	5.3	20	79	16	93	54	0	0	44	1.12
18398980--18399039	9	6.7	9	78	12	61	55	1	0	43	1.10
18398980--18399034	19	2.9	19	89	10	78	56	1	0	41	1.10
18403398--18403433	13	2.6	14	86	13	56	52	5	0	41	1.24
18405769--18405849	41	2.0	42	87	2	119	39	8	12	39	1.74
18408604--18408642	19	2.1	19	100	0	78	48	25	15	10	1.76
18410943--18411019	28	2.7	27	79	16	77	41	0	2	55	1.13
18410956--18411035	28	2.8	26	77	21	65	38	0	2	58	1.11
18410983--18411035	29	1.9	29	85	11	76	37	0	1	60	1.08
18416297--18416321	2	12.5	2	100	0	50	0	0	52	48	1.00
18416321--18416385	2	32.5	2	76	11	62	46	3	46	4	1.39
18421299--18421345	3	15.7	3	100	0	94	34	0	0	65	0.93
18421858--18421918	3	20.7	3	83	6	72	32	3	1	62	1.21
18425695--18425781	43	2.0	43	95	0	156	19	19	10	50	1.76
18426538--18426933	26	15.2	26	98	0	765	34	7	23	34	1.83
18428550--18428665	27	4.3	26	81	7	124	17	21	22	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18428550--18428665	54	2.1	54	84	3	144	17	21	22	38	1.93
18428726--18428765	19	2.0	22	85	14	59	17	2	47	32	1.61
18435549--18436499	4	237.8	4	99	0	1884	50	24	0	25	1.50
18438679--18438716	7	5.4	7	93	0	67	47	10	0	42	1.38
18440802--18440837	17	2.1	17	89	0	54	22	11	5	61	1.50
18441023--18441073	20	2.7	18	74	11	57	31	3	3	60	1.33
18454436--18454519	43	2.0	43	100	0	168	29	19	22	28	1.98
18458140--18458166	14	1.9	14	100	0	54	51	0	18	29	1.46
18458926--18459122	98	2.0	99	83	4	247	29	12	16	41	1.84
18485810--18485924	51	2.3	51	98	0	221	26	23	17	33	1.96
18488483--18488515	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
18488796--18488974	46	3.9	46	86	3	227	21	23	14	40	1.90
18489018--18489214	54	3.6	54	79	11	254	31	25	16	25	1.96
18489073--18489264	59	3.3	59	78	12	254	31	26	16	25	1.96
18489019--18489264	113	2.2	113	100	0	492	32	25	16	25	1.96
18505917--18506023	42	2.5	42	77	3	117	22	28	31	16	1.96
18511607--18511763	43	3.7	43	78	7	169	28	14	26	29	1.95
18521889--18522160	47	5.8	47	78	10	233	27	18	29	23	1.98
18521894--18522157	140	1.9	141	84	7	358	27	18	29	24	1.98
18529579--18529810	47	4.9	48	82	8	260	28	20	30	21	1.98
18529537--18529810	94	2.9	94	82	7	306	28	20	29	22	1.98
18529534--18529806	47	5.8	47	79	9	245	27	20	29	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18530492--18530597	53	2.0	53	88	3	160	18	25	34	20	1.96
18546968--18547321	176	2.0	176	100	0	708	36	9	21	33	1.86
18555237--18555267	15	2.1	15	93	0	53	32	12	25	29	1.93
18576925--18576983	30	2.0	30	83	12	77	55	0	1	42	1.09
18577174--18577217	19	2.3	19	88	0	61	29	2	2	65	1.16
18578302--18578355	28	2.0	27	82	17	67	57	3	0	38	1.17
18580689--18580762	33	2.2	33	90	0	112	36	1	5	56	1.31
18590965--18590992	12	2.3	12	100	0	56	0	42	35	21	1.53
18591268--18591401	68	2.0	69	98	1	261	31	18	12	37	1.89
18599757--18599925	27	6.2	27	83	4	196	27	15	26	30	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310