genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1906473--1906497	10	2.5	10	100	0	50	52	8	8	32	1.60
1908812--1908842	16	1.9	16	93	0	53	22	0	22	54	1.44
1913240--1913272	18	1.9	17	88	11	50	30	15	12	42	1.83
1913924--1913976	28	1.9	27	92	3	88	30	26	15	28	1.96
1917961--1918089	49	2.6	49	82	2	152	25	27	19	27	1.99
1918117--1918242	48	2.7	48	88	6	186	21	30	19	27	1.98
1918117--1918295	94	1.9	93	81	6	218	23	29	18	28	1.98
1936480--1936520	21	1.9	22	90	5	66	43	7	2	46	1.44
1940133--1940181	20	2.5	20	77	9	55	61	2	0	36	1.08
1940138--1940180	9	4.6	9	80	8	50	62	2	0	34	1.08
1940528--1940584	29	2.0	29	100	0	114	47	7	3	42	1.47
1947262--1947452	40	4.7	41	82	2	199	34	27	14	23	1.94
1951138--1951247	50	2.2	50	83	3	141	18	21	31	28	1.97
1962211--1962742	86	6.2	86	80	7	532	33	21	22	23	1.98
1962230--1962537	44	7.1	44	62	11	141	32	22	24	21	1.98
1962211--1962742	172	3.1	172	84	6	642	33	21	22	23	1.98
1962730--1963138	68	6.0	68	84	1	507	25	25	23	26	2.00
1962730--1963135	204	2.0	204	88	1	609	25	25	22	26	2.00
1963117--1963674	44	12.4	45	70	13	315	32	19	20	28	1.97
1963157--1963404	45	5.5	45	73	12	150	32	19	20	27	1.97
1963153--1963553	181	2.2	179	89	1	597	31	19	20	28	1.97
1963339--1963729	134	2.9	138	86	3	556	32	18	19	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1964732--1964889	78	2.0	78	98	0	307	16	29	20	33	1.94
1965237--1965291	21	2.5	22	82	11	69	29	10	0	60	1.31
1965147--1965271	3	41.0	3	66	17	53	30	8	2	58	1.41
1965368--1965471	15	6.6	15	72	12	75	31	8	1	57	1.40
1965368--1965471	3	34.0	3	74	9	59	31	8	1	57	1.40
1971136--1971199	31	2.1	31	87	0	92	21	20	17	40	1.91
1971421--1971493	26	2.8	26	91	0	119	24	23	23	28	1.99
1971551--1971607	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
1971543--1971619	20	3.8	20	96	0	145	33	19	11	35	1.88
1971543--1971618	11	7.5	11	74	16	83	32	19	11	35	1.88
1980393--1980498	25	4.2	25	75	9	117	28	28	21	21	1.99
1980874--1980907	16	2.1	17	89	10	54	61	0	14	23	1.33
1981934--1982077	57	2.5	58	75	3	157	29	17	23	29	1.97
1983457--1983509	22	2.5	22	81	3	63	18	32	32	16	1.94
1985121--1985437	158	2.0	158	92	0	526	36	23	10	29	1.89
1985462--1985493	15	2.0	17	88	11	50	43	31	0	25	1.55
1992587--1992666	25	3.2	25	83	0	97	31	18	27	22	1.97
1993514--1993558	23	2.0	23	86	8	65	22	11	2	64	1.36
1993566--1993618	19	2.8	20	71	11	56	60	7	1	30	1.35
1997835--1997913	37	2.1	37	88	0	113	25	30	18	25	1.98
1998110--1998188	37	2.1	37	88	0	113	25	30	18	25	1.98
1997807--1998357	275	2.0	275	99	0	1093	28	25	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1998306--1998484	47	3.8	47	89	0	268	28	30	8	32	1.88
2001471--2001596	47	2.7	47	79	8	139	29	19	28	23	1.98
2001516--2001782	142	1.9	140	82	6	333	28	19	27	24	1.98
2001656--2001783	49	2.6	50	85	7	156	28	18	28	25	1.98
2001654--2001830	98	1.8	97	80	6	214	28	17	27	25	1.98
2006658--2006855	27	7.3	27	80	4	193	39	20	9	30	1.84
2006658--2006893	81	2.9	80	76	6	233	38	21	9	30	1.85
2006881--2007338	27	17.0	27	85	2	553	36	18	19	26	1.94
2007766--2007830	22	3.0	22	77	8	60	21	21	23	33	1.97
2007989--2008090	27	3.8	27	87	5	134	20	23	20	35	1.96
2008227--2008307	6	13.0	6	70	17	58	18	14	16	50	1.78
2008227--2008337	31	3.5	31	87	3	152	18	16	14	50	1.78
2008315--2008367	18	3.0	18	83	8	56	20	11	15	52	1.72
2008989--2009038	25	2.0	25	92	0	82	40	6	26	28	1.79
2012134--2012212	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
2012330--2012438	49	2.3	47	93	4	182	30	30	7	32	1.85
2012709--2012766	24	2.5	23	81	16	66	32	5	0	62	1.18
2017116--2017239	47	2.6	47	80	8	144	29	19	27	23	1.98
2017114--2017441	49	6.9	48	71	16	200	28	18	27	24	1.98
2019190--2019228	20	1.9	21	89	5	62	30	17	7	43	1.77
2020260--2020320	30	2.0	30	87	0	86	39	8	22	29	1.83
2020830--2020981	64	2.2	68	80	10	177	31	15	30	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2028371--2028523	67	2.3	67	97	0	288	32	14	31	22	1.94
2032505--2032644	41	3.4	41	80	6	142	21	20	23	34	1.97
2032505--2032656	82	1.8	83	80	4	182	23	19	22	34	1.96
2056331--2056456	43	3.0	43	84	3	159	23	30	21	24	1.99
2056348--2056501	43	3.6	43	82	8	147	25	29	22	23	1.99
2058161--2058190	15	2.1	15	93	6	53	36	26	6	30	1.82
2067448--2067487	21	1.9	21	85	10	55	0	40	2	57	1.12
2068342--2068540	27	7.4	27	88	0	272	25	14	19	40	1.89
2068342--2068570	81	2.8	81	82	3	266	25	14	18	40	1.89
2068357--2068561	27	7.6	27	83	3	173	27	13	19	40	1.88
2068887--2068954	18	3.8	18	78	3	75	22	19	11	47	1.81
2070280--2070333	20	2.7	20	91	0	90	12	29	37	20	1.90
2072972--2073017	22	2.1	22	100	0	92	17	17	0	65	1.28
2074990--2075038	25	2.0	25	83	0	62	24	24	18	32	1.97
2075022--2075074	24	2.2	25	82	3	63	28	22	20	28	1.99
2078856--2079165	46	6.7	46	76	12	303	30	28	18	22	1.97
2078954--2079122	47	3.6	46	77	13	193	30	28	18	22	1.97
2078908--2079174	93	2.9	93	95	0	471	30	28	18	22	1.97
2078856--2079165	139	2.2	138	80	9	344	30	28	18	22	1.97
2081879--2081935	30	1.9	29	89	3	87	56	17	15	10	1.67
2083679--2083749	5	14.6	5	74	21	62	38	1	4	56	1.28
2083707--2083749	19	2.3	19	92	8	70	41	2	0	55	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2083759--2083791	16	2.1	16	94	0	57	78	0	18	3	0.87
2084360--2084417	30	1.9	30	85	0	80	41	5	22	31	1.76
2084629--2084660	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
2084755--2085096	50	6.7	50	87	3	443	26	24	30	19	1.98
2084755--2085103	100	3.4	100	92	3	538	25	24	30	19	1.98
2088059--2088233	93	1.9	93	91	0	287	30	29	19	20	1.97
2088052--2088227	46	3.8	46	77	12	198	31	29	19	19	1.97
2093316--2093433	42	2.8	43	82	8	136	27	16	22	33	1.96
2097196--2097300	43	2.4	43	85	3	140	26	14	24	34	1.94
2110936--2111043	40	2.7	40	79	0	117	32	24	19	24	1.98
2115729--2115781	27	2.0	27	92	0	88	32	16	18	32	1.94
2115990--2116023	17	2.0	17	88	0	50	14	38	38	8	1.78
2122525--2122593	28	2.5	28	90	4	104	27	13	26	33	1.93
2124666--2124715	25	2.0	25	96	0	91	40	2	22	36	1.65
2132939--2132993	27	2.0	27	100	0	110	29	18	20	32	1.96
2132939--2133006	27	2.6	26	88	6	77	27	19	17	35	1.94
2135475--2135508	15	2.3	15	89	0	50	8	11	0	79	0.94
2150522--2150590	29	2.4	27	80	15	77	36	0	0	63	0.94
2150522--2150589	30	2.3	28	82	12	82	35	0	0	64	0.94
2150702--2150758	29	1.9	30	82	3	71	35	10	14	40	1.80
2150829--2150870	23	1.9	21	90	9	66	35	0	9	54	1.33
2151985--2152038	15	3.3	15	74	18	54	44	1	1	51	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2151983--2152032	15	2.9	17	72	21	59	46	2	2	50	1.24
2152152--2152184	16	2.1	16	94	0	57	45	0	3	51	1.16
2167266--2167291	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2167623--2167915	131	2.2	132	85	1	392	31	19	17	31	1.95
2167623--2167976	131	2.7	131	83	2	354	29	19	18	32	1.96
2170380--2170438	12	5.3	11	75	18	59	76	6	1	15	1.07
2170380--2170438	18	3.5	16	80	15	66	76	6	1	15	1.07
2170380--2170438	6	10.3	6	75	10	52	76	6	1	15	1.07
2172071--2172159	40	2.3	38	79	12	92	62	4	3	29	1.31
2172482--2172529	24	2.0	24	91	0	78	31	10	54	4	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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