genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.244.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80501918--80501963	17	2.5	19	82	17	69	28	2	13	56	1.48
80505025--80505058	17	1.9	18	88	5	52	11	23	41	23	1.87
80505568--80505711	27	5.3	27	88	0	207	34	20	19	25	1.96
80505847--80505946	27	3.8	27	81	4	114	20	23	22	35	1.96
80506119--80506219	33	3.0	33	83	9	107	27	19	23	28	1.99
80508016--80508071	24	2.3	24	84	0	67	16	23	21	39	1.92
80510613--80510734	22	5.3	22	62	21	61	25	29	11	33	1.91
80510585--80510841	47	5.4	47	89	3	365	26	30	9	33	1.88
80514280--80514349	35	2.0	36	88	2	106	35	22	12	28	1.91
80517635--80517750	54	2.1	54	84	3	144	24	23	24	28	2.00
80517969--80517998	15	1.9	16	93	6	53	26	6	13	53	1.64
80525497--80525650	42	3.6	42	74	12	127	27	24	17	30	1.97
80528410--80528449	19	2.0	20	85	4	55	42	15	10	32	1.79
80533921--80534117	55	3.6	54	82	6	220	22	23	17	36	1.95
80534099--80534195	47	2.1	47	90	0	149	25	22	16	35	1.95
80538312--80538486	44	3.8	43	77	12	129	19	30	20	29	1.97
80546099--80546124	13	2.0	13	100	0	52	7	23	23	46	1.78
80551137--80551225	27	3.3	27	85	3	108	30	13	16	39	1.87
80551151--80551254	27	3.9	27	84	5	113	31	9	20	38	1.85
80559428--80559526	52	1.9	51	93	2	171	30	29	13	27	1.94
80566072--80566288	115	1.9	115	97	0	407	29	14	24	31	1.94
80567134--80567387	47	5.4	47	92	1	375	31	9	30	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80567506--80567584	37	2.1	37	86	4	106	25	17	30	26	1.97
80575496--80575532	14	2.8	13	88	11	58	21	5	10	62	1.48
80585501--80585623	49	2.5	49	89	2	176	26	17	26	29	1.98
80585500--80585636	49	2.8	48	82	6	168	27	18	25	29	1.98
80592322--80592396	27	2.8	27	90	8	125	38	25	13	22	1.90
80592416--80592536	54	2.2	54	86	2	172	22	18	17	42	1.89
80592387--80592535	81	1.8	81	84	5	203	23	18	17	40	1.91
80592387--80592536	27	5.6	27	79	10	146	24	18	17	40	1.91
80592438--80592556	54	2.2	54	83	0	148	25	17	18	38	1.92
80592360--80592556	81	2.4	80	74	8	184	27	18	17	36	1.93
80611211--80611256	3	15.3	3	100	0	92	67	0	32	0	0.91
80614554--80614724	43	4.0	43	81	7	206	26	18	23	30	1.98
80614571--80614724	84	1.8	84	87	2	229	27	18	24	29	1.98
80615164--80615213	25	2.0	25	96	0	91	24	6	24	46	1.75
80616406--80616430	13	1.9	13	100	0	50	48	0	20	32	1.50
80622369--80622402	14	2.4	14	100	0	68	47	38	0	14	1.45
80625844--80625998	43	3.7	43	76	10	158	27	18	25	29	1.98
80625869--80625985	41	2.8	43	80	7	141	29	17	22	30	1.97
80626168--80626211	19	2.3	18	84	7	52	47	2	15	34	1.58
80627419--80627443	13	1.9	13	100	0	50	48	0	20	32	1.50
80633157--80633186	15	2.0	15	93	0	51	26	0	16	56	1.40
80633767--80633924	43	3.7	43	80	8	198	24	19	25	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80635702--80635727	13	2.0	13	100	0	52	61	7	15	15	1.55
80636254--80636415	41	4.0	40	78	13	170	25	28	22	23	1.99
80636258--80636408	81	1.9	80	82	8	189	27	29	21	21	1.99
80640203--80640242	21	2.0	20	85	14	55	35	12	22	30	1.91
80646838--80646917	36	2.2	35	76	10	81	51	1	8	38	1.41
80646987--80647021	16	2.1	17	94	5	63	62	0	11	25	1.28
80647628--80647825	99	2.0	99	92	0	333	25	28	22	23	1.99
80649094--80649267	87	2.0	87	81	6	201	28	20	17	33	1.96
80649048--80649648	206	2.9	206	90	1	945	29	21	16	31	1.96
80661145--80661179	16	2.1	17	94	5	63	62	0	11	25	1.28
80666661--80666699	18	2.3	17	86	8	53	69	2	28	0	1.02
80669639--80669697	21	2.6	22	81	10	57	69	1	6	22	1.21
80673374--80673593	40	5.5	40	86	7	238	27	21	25	25	1.99
80673375--80673626	80	3.2	79	80	10	246	28	21	25	25	1.99
80673371--80673599	120	1.9	120	80	10	272	27	21	26	24	1.99
80675809--80675858	13	3.8	13	89	0	82	18	44	30	8	1.78
80685086--80685222	39	3.5	39	86	2	186	25	24	21	29	1.99
80691013--80691069	28	2.0	28	86	0	78	17	21	17	43	1.88
80704071--80704201	50	2.6	50	84	2	165	21	28	20	29	1.98
80705526--80705551	11	2.4	11	100	0	52	61	0	0	38	0.96
80705794--80705907	7	15.9	7	81	7	104	21	0	33	45	1.52
80705866--80705906	8	5.2	8	83	13	50	21	0	26	51	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80709353--80709556	27	7.6	27	86	4	250	27	14	27	30	1.95
80714476--80714525	20	2.3	20	80	10	55	56	12	6	26	1.58
80715634--80715692	10	6.0	10	82	11	77	20	6	1	71	1.18
80715635--80715693	19	3.1	19	82	4	82	18	6	1	72	1.15
80718063--80718104	21	2.0	21	81	9	50	47	19	19	14	1.82
80722061--80722101	15	2.9	15	75	17	52	21	2	0	75	0.92
80723020--80723059	21	1.9	21	84	0	53	82	0	2	15	0.77
80723678--80723737	10	6.0	10	84	11	79	21	8	1	68	1.25
80733712--80733973	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
80736328--80736404	20	3.8	20	70	14	68	37	10	0	51	1.36
80736932--80736998	3	22.3	3	92	0	107	61	1	2	34	1.20
80740562--80740625	28	2.2	29	81	8	69	43	7	4	43	1.54
80748383--80748417	17	2.1	17	89	10	54	40	14	17	28	1.88
80749710--80749744	18	1.9	18	88	11	54	60	0	2	37	1.12
80755999--80756031	17	2.0	16	94	5	57	63	0	0	36	0.95
80762070--80762212	40	3.6	40	78	6	148	30	23	17	27	1.97
80764108--80764186	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
80764305--80764715	47	8.7	47	97	0	750	29	30	8	32	1.86
80765854--80765895	18	2.3	18	100	0	84	42	19	4	33	1.72
80766616--80766640	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
80766616--80766665	16	3.4	15	82	17	61	50	12	0	38	1.40
80767423--80767486	5	12.8	5	100	0	128	59	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80768311--80768373	21	3.3	21	62	25	57	31	22	6	39	1.79
80768299--80768372	36	2.1	36	100	0	148	31	18	8	41	1.80
80772230--80772275	17	2.7	16	80	12	56	36	8	15	39	1.78
80782525--80782560	13	2.8	13	86	0	54	8	38	27	25	1.84
80784483--80784507	13	1.9	13	100	0	50	64	16	4	16	1.44
80785905--80786044	40	3.5	40	73	6	124	30	22	16	30	1.96
80785934--80786043	37	2.8	41	75	12	113	33	21	14	30	1.93
80786181--80786228	15	3.1	15	78	18	53	50	12	0	37	1.41
80786205--80786251	24	2.0	24	84	16	62	51	17	0	31	1.46
80786993--80787026	5	6.8	5	100	0	68	58	0	0	41	0.98
80795325--80795360	13	2.8	13	100	0	72	38	0	8	52	1.32
80797079--80797109	15	2.1	15	93	0	53	29	6	35	29	1.82
80798203--80798271	29	2.4	29	100	0	138	17	23	34	24	1.96
80801410--80801518	43	2.6	41	81	11	123	24	21	26	27	1.99
80802208--80802372	82	2.0	82	100	0	330	30	23	28	18	1.97
80804072--80804129	30	1.9	30	92	0	98	18	27	31	22	1.97
80810083--80810172	44	2.0	44	100	0	180	30	15	20	34	1.93
80819871--80819918	23	2.2	21	78	10	53	62	0	10	27	1.27
80819871--80819918	22	2.2	21	77	7	51	62	0	10	27	1.27
80820812--80820836	8	3.1	8	100	0	50	12	0	0	88	0.53
80825727--80825795	15	4.5	16	76	8	56	43	0	2	53	1.15
80835817--80835892	40	1.9	40	91	0	125	35	32	14	17	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80836040--80836084	23	2.0	23	86	0	63	37	20	13	28	1.90
80842949--80843000	19	2.7	20	88	8	65	44	19	0	36	1.51
80842963--80843000	19	2.0	19	100	0	76	47	15	0	36	1.46
80850012--80850078	18	3.7	18	81	0	80	32	19	13	34	1.91
80879033--80879063	5	6.0	5	96	3	53	58	0	0	41	0.98
80882361--80882391	5	6.0	5	96	3	53	58	0	0	41	0.98
80891388--80891417	15	2.0	15	100	0	60	40	20	13	26	1.89
80900529--80900579	10	5.0	10	80	4	66	23	9	0	66	1.21
80907215--80907259	22	2.0	22	91	0	72	42	4	20	33	1.72
80910941--80910978	18	2.1	18	100	0	76	42	5	21	31	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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