genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.92.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29407950--29408074	48	2.6	48	89	0	178	26	14	31	28	1.95
29409915--29409955	21	1.9	22	85	5	57	19	26	0	53	1.45
29412241--29412290	21	2.3	21	86	10	66	18	34	32	16	1.92
29414044--29414070	7	3.9	7	100	0	54	25	14	0	59	1.36
29414845--29414879	18	1.9	18	88	11	54	25	5	0	68	1.11
29420276--29420345	21	3.2	21	64	18	52	40	24	12	22	1.89
29420263--29420353	45	2.0	45	93	0	155	37	23	13	26	1.91
29429293--29429328	17	2.1	17	100	0	72	5	11	11	72	1.28
29434367--29434466	48	2.1	48	98	0	191	20	32	14	34	1.92
29446726--29446772	20	2.4	19	79	10	51	19	8	4	68	1.33
29450187--29450246	25	2.3	26	85	5	86	45	3	15	36	1.62
29462468--29462540	35	2.1	35	100	0	146	39	19	5	35	1.75
29463978--29464019	21	2.0	21	90	9	68	9	33	14	42	1.78
29467404--29467464	31	2.0	30	82	17	74	45	6	18	29	1.74
29471348--29471428	41	2.0	40	97	0	144	30	14	12	40	1.83
29471641--29471678	9	4.2	9	100	0	76	68	0	0	31	0.90
29478259--29478315	30	1.9	30	85	7	80	22	38	28	10	1.87
29483174--29483201	13	2.2	13	100	0	56	14	7	0	78	0.95
29483175--29483222	21	2.3	21	82	13	55	14	10	0	75	1.06
29484979--29485046	24	2.9	23	82	4	82	39	1	8	50	1.43
29499963--29500022	32	1.9	31	83	6	77	55	0	0	45	0.99
29500920--29500953	15	2.2	16	89	5	52	44	2	0	52	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29505184--29505243	17	3.6	17	72	2	50	60	0	0	40	0.97
29505666--29505713	22	2.2	22	81	7	53	62	6	10	20	1.49
29512210--29512248	6	6.3	6	91	5	60	79	2	0	17	0.84
29512210--29512258	12	3.7	13	83	8	55	79	2	0	18	0.83
29512201--29512263	12	4.8	13	70	24	51	74	1	0	23	0.90
29513832--29513887	13	4.2	13	86	6	69	73	1	0	25	0.93
29513833--29513887	20	2.7	21	75	16	53	74	1	0	23	0.91
29513833--29513883	9	5.8	9	76	21	54	74	1	0	23	0.92
29514684--29514715	14	2.3	14	94	0	55	28	3	6	62	1.34
29520385--29520444	31	2.0	31	96	3	113	18	26	11	43	1.84
29527501--29527556	18	3.1	18	78	0	58	46	14	14	25	1.82
29528293--29528356	18	3.6	18	78	0	74	39	18	14	28	1.90
29528304--29528385	36	2.3	36	82	4	94	43	19	8	28	1.80
29538484--29538534	19	2.9	16	78	18	57	37	11	15	35	1.84
29538495--29538536	19	2.1	21	91	8	70	38	9	16	35	1.81
29542649--29542757	45	2.4	46	82	8	127	27	17	5	49	1.68
29546724--29546757	16	2.1	16	100	0	68	17	0	5	76	0.98
29546705--29546750	22	2.1	22	83	0	56	15	4	2	78	1.01
29549867--29549921	22	2.5	21	78	21	60	16	12	16	54	1.71
29551716--29551818	46	2.2	46	86	6	147	47	7	14	30	1.72
29551730--29551822	46	2.0	46	97	0	177	45	7	12	34	1.71
29552375--29552455	41	2.0	41	100	0	162	34	14	13	37	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29560351--29560390	21	1.9	21	84	0	53	22	2	22	52	1.59
29565801--29565840	12	3.2	12	86	10	53	70	0	0	30	0.88
29573779--29573876	49	2.0	49	97	0	187	30	11	22	35	1.89
29574647--29574748	51	2.0	51	100	0	204	35	3	11	49	1.58
29575163--29575261	35	2.8	34	78	6	108	30	9	18	42	1.81
29577462--29577488	5	5.4	5	100	0	54	59	0	0	40	0.98
29577430--29577524	49	1.9	49	87	8	140	41	1	9	48	1.43
29577474--29577551	33	2.4	34	87	8	108	38	1	10	50	1.45
29581031--29581061	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
29581028--29581067	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
29581253--29581507	55	4.8	54	76	9	224	21	25	18	35	1.95
29586613--29586671	31	1.9	31	85	0	82	37	11	11	38	1.79
29587527--29587579	27	2.0	27	100	0	106	50	3	7	37	1.49
29588201--29588254	28	2.0	27	85	3	72	29	31	24	14	1.95
29589340--29589417	37	2.1	38	87	4	113	46	12	10	30	1.75
29598303--29598384	38	2.2	38	95	0	146	51	9	12	26	1.70
29600696--29600771	38	2.0	38	100	0	152	44	5	21	28	1.73
29624067--29624110	23	1.9	22	86	9	61	31	0	0	68	0.90
29626341--29626372	15	2.1	15	100	0	64	31	12	31	25	1.92
29627365--29627394	14	2.1	14	100	0	60	6	6	40	46	1.56
29630120--29630158	10	3.8	10	86	3	51	41	0	0	58	0.98
29631411--29631448	11	3.4	11	89	7	58	0	21	0	78	0.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29636579--29636635	19	2.9	19	76	2	51	22	7	0	70	1.11
29641295--29641597	150	2.0	150	93	0	516	39	16	15	28	1.89
29651216--29651308	48	1.9	48	95	0	168	27	16	24	31	1.96
29652862--29653026	55	3.0	55	88	0	258	32	11	17	38	1.86
29655353--29655380	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
29658193--29658254	30	2.1	30	84	6	81	29	1	25	43	1.64
29673642--29673721	24	3.2	24	67	19	63	31	16	3	48	1.63
29679076--29679175	49	2.0	53	84	11	138	46	17	26	11	1.81
29679220--29679356	62	2.2	62	89	1	204	45	15	27	11	1.80
29680477--29680568	44	2.1	44	84	11	118	33	25	21	19	1.97
29681422--29681461	9	4.4	9	83	0	53	5	12	5	77	1.09
29681427--29681484	14	4.1	15	78	14	70	10	13	1	74	1.15
29684000--29684153	55	2.8	54	85	5	193	17	18	34	29	1.94
29685969--29686037	34	2.1	34	91	2	113	52	5	30	11	1.61
29686112--29686147	14	2.7	13	87	8	54	13	0	8	77	0.98
29701069--29701180	42	2.7	40	75	8	98	22	8	16	52	1.70
29701126--29701191	20	3.3	20	80	0	78	22	6	16	54	1.64
29701725--29701780	21	2.6	22	86	8	80	32	7	30	30	1.84
29702077--29702176	50	2.0	50	96	0	182	30	23	13	34	1.92
29706935--29707008	36	2.1	36	84	0	94	29	20	16	33	1.94
29712824--29712886	18	3.3	18	70	20	56	49	26	0	23	1.51
29712817--29712897	39	2.1	39	97	0	153	51	23	0	24	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29712839--29712897	18	2.9	22	69	23	65	50	23	0	25	1.49
29712994--29713346	90	3.9	90	99	0	690	32	15	8	44	1.76
29716331--29716384	26	2.1	25	83	10	65	62	9	5	22	1.45
29723313--29723358	19	2.3	21	74	14	51	41	0	32	26	1.56
29732371--29732428	28	2.1	28	100	0	116	36	22	10	31	1.88
29733517--29733557	21	1.9	22	85	14	59	51	0	0	48	1.00
29733728--29733885	82	1.9	82	89	2	246	48	11	4	36	1.59
29736985--29737151	50	3.5	49	77	14	170	24	29	16	29	1.97
29736985--29737197	94	2.3	94	81	4	232	23	29	17	29	1.97
29742110--29742152	18	2.3	19	84	11	54	30	9	18	41	1.82
29744984--29745018	18	1.9	18	100	0	70	45	20	11	22	1.82
29752503--29752572	35	2.0	35	97	0	131	24	11	21	42	1.85
29758869--29758914	23	2.0	22	83	4	56	15	2	23	58	1.48
29763579--29763626	19	2.4	21	74	22	57	41	4	14	39	1.65
29763968--29763997	9	3.3	9	100	0	60	76	0	0	23	0.78
29769578--29769623	23	2.0	22	87	4	65	13	2	26	58	1.46
29771765--29771819	19	2.9	19	86	10	69	54	9	0	36	1.32
29772590--29772647	31	1.9	29	86	6	80	50	0	5	44	1.24
29778324--29778363	20	2.1	20	86	9	57	25	15	7	52	1.68
29781370--29781845	167	2.8	165	87	2	657	35	18	14	31	1.91
29781385--29781811	83	5.1	83	73	3	356	34	18	14	32	1.91
29782030--29782078	23	2.2	20	86	13	62	20	2	26	51	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29782285--29782333	21	2.3	20	83	10	62	16	2	38	42	1.60
29782268--29782336	14	4.9	14	74	10	59	15	1	36	46	1.56
29784601--29784652	26	2.0	26	96	0	95	26	13	11	48	1.77
29785120--29785268	9	16.6	9	75	8	133	46	19	0	33	1.55
29785120--29785268	27	5.5	27	81	4	167	46	19	0	33	1.55
29785120--29785268	54	2.8	54	89	2	210	46	19	0	33	1.55
29789607--29789720	28	3.9	27	73	19	97	26	25	20	28	1.99
29789584--29789758	61	2.9	59	86	8	219	26	25	20	28	1.99
29797621--29797671	19	2.7	19	87	6	68	9	11	25	52	1.68
29797814--29797931	42	2.8	42	86	1	173	22	21	18	37	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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