genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.303.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100038652--100038726	37	2.0	38	92	2	125	30	12	4	53	1.56
100040752--100040829	27	2.9	27	98	0	147	23	15	26	34	1.94
100046646--100046756	57	1.9	57	98	0	213	44	4	24	27	1.73
100050917--100051231	46	6.7	46	76	11	230	28	17	28	24	1.97
100051776--100051814	18	2.2	18	90	0	60	33	5	20	41	1.74
100055669--100055849	40	4.6	40	80	11	176	25	20	27	25	1.99
100055718--100055882	79	2.1	79	81	8	185	26	20	27	26	1.99
100061047--100061308	45	5.6	44	75	12	181	29	17	28	25	1.97
100061047--100061177	46	2.9	46	81	3	122	29	18	27	24	1.98
100061180--100061308	48	2.7	47	80	8	152	29	16	28	25	1.97
100061854--100061892	18	2.2	18	85	0	51	33	2	20	43	1.65
100067253--100067286	6	5.7	6	89	0	50	58	0	23	17	1.38
100068886--100068945	29	2.1	29	100	0	120	56	6	10	26	1.57
100082927--100082974	10	4.6	10	80	10	51	52	4	2	41	1.32
100082933--100082976	22	2.0	22	95	0	79	50	2	4	43	1.35
100084814--100085703	40	22.3	40	98	0	1674	22	20	29	27	1.98
100089049--100089125	38	2.0	39	92	2	129	49	2	6	41	1.42
100089425--100089485	30	2.0	30	96	0	113	34	21	24	19	1.96
100097462--100097557	28	3.4	28	91	1	138	33	28	12	26	1.92
100103521--100103574	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
100103823--100104018	51	3.9	51	86	1	277	26	19	24	30	1.98
100103827--100104018	101	1.9	102	87	1	287	26	18	25	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100114736--100114799	32	2.0	32	100	0	128	46	12	18	21	1.82
100130217--100130259	21	2.0	21	100	0	86	44	13	9	32	1.76
100134362--100134416	9	6.3	9	73	14	53	38	3	3	54	1.36
100134363--100134416	24	2.2	24	100	0	108	37	3	3	55	1.35
100137101--100137186	44	2.0	44	90	0	136	22	19	26	31	1.98
100138171--100138229	30	2.0	30	93	0	100	32	13	25	28	1.94
100138569--100138837	47	5.8	45	74	12	204	28	18	29	23	1.98
100138569--100138839	94	2.9	91	77	9	262	28	18	29	23	1.98
100143483--100143524	22	2.0	22	90	4	68	16	23	42	16	1.88
100144121--100144193	37	2.0	37	91	0	119	50	24	5	19	1.68
100144621--100144749	62	2.1	62	97	0	240	35	23	8	32	1.85
100144915--100145182	49	5.6	47	74	9	193	24	27	18	29	1.98
100144935--100145182	96	2.6	96	88	2	363	24	27	18	29	1.98
100146478--100146759	50	5.7	50	82	4	275	29	25	18	26	1.98
100149355--100149523	39	4.3	39	90	3	225	26	27	20	26	1.99
100149355--100149574	118	1.9	119	80	12	265	25	27	20	26	1.99
100149392--100149577	79	2.4	79	83	8	229	25	27	21	25	1.99
100154585--100155244	50	13.2	50	70	5	411	32	23	20	23	1.98
100154565--100155282	100	7.2	100	90	2	976	32	23	20	23	1.98
100156247--100156289	22	2.0	22	85	0	59	9	0	20	69	1.15
100156879--100156925	24	1.9	25	91	4	78	38	4	2	55	1.31
100157920--100157957	19	2.0	19	100	0	76	36	21	10	31	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100158662--100158704	22	2.0	22	85	0	59	9	0	20	69	1.15
100159293--100159339	24	1.9	25	91	4	78	38	4	2	55	1.31
100169365--100169409	18	2.6	18	86	10	58	42	6	15	35	1.73
100169878--100169949	19	3.9	18	76	15	76	31	1	1	65	1.10
100169881--100169957	9	8.6	9	74	17	63	31	1	1	66	1.08
100169899--100169956	27	2.1	28	84	12	77	29	0	1	68	0.99
100169990--100170029	21	2.0	20	90	5	62	45	2	0	52	1.14
100172953--100173021	31	2.3	31	76	11	72	34	7	1	56	1.36
100185441--100185489	17	2.8	18	78	6	55	73	4	6	16	1.19
100191122--100191148	14	1.9	14	100	0	54	29	7	14	48	1.71
100197412--100197449	17	2.2	17	86	9	51	39	2	13	44	1.57
100201862--100202614	255	3.0	255	95	0	1359	28	18	9	43	1.82
100203715--100203976	27	9.7	28	79	6	161	27	24	12	34	1.92
100203715--100203976	54	4.9	54	77	3	233	27	24	12	34	1.92
100203756--100203977	81	2.7	80	80	6	230	26	22	13	37	1.91
100207129--100207160	16	2.0	16	93	0	55	46	0	21	31	1.52
100208608--100208639	13	2.3	15	89	10	50	25	21	31	21	1.98
100210253--100210519	37	7.2	37	78	1	230	28	17	19	34	1.94
100210251--100210519	74	3.6	74	83	4	328	28	17	18	34	1.94
100210249--100210518	111	2.4	111	80	1	326	28	17	19	34	1.95
100210616--100210719	14	7.4	14	73	0	91	33	16	14	35	1.89
100210616--100210734	28	4.2	28	75	4	107	33	16	14	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100210619--100210744	42	3.1	40	70	13	121	35	17	12	34	1.88
100210619--100210773	84	1.8	84	84	2	213	35	16	12	35	1.86
100211678--100211725	18	2.7	19	87	9	66	56	20	0	22	1.43
100212925--100212990	16	4.0	16	88	4	96	51	0	0	48	1.00
100212930--100212992	8	7.6	8	78	7	72	55	0	0	44	0.99
100212927--100212975	7	6.4	7	86	13	62	53	0	0	46	1.00
100212921--100213012	26	3.7	26	78	14	86	50	1	1	47	1.15
100213023--100213063	10	4.0	10	90	6	64	39	0	2	58	1.11
100213023--100213073	10	4.9	11	88	9	63	35	0	3	60	1.15
100213022--100213063	21	2.0	21	95	0	75	40	0	2	57	1.12
100214019--100214076	8	6.9	8	78	9	62	55	0	0	44	0.99
100214038--100214119	25	3.1	25	73	7	65	50	2	2	45	1.28
100214034--100214096	25	2.5	26	82	7	76	49	1	1	47	1.20
100214107--100214147	10	4.0	10	90	6	64	39	0	2	58	1.11
100214107--100214157	10	4.9	11	88	9	63	35	0	3	60	1.15
100214106--100214147	21	2.0	21	95	0	75	40	0	2	57	1.12
100222354--100222415	24	2.6	24	74	5	63	14	43	4	37	1.67
100224387--100224435	18	2.7	18	96	0	89	38	0	2	59	1.09
100227840--100227886	23	2.2	21	82	17	53	53	0	2	44	1.12
100227948--100228008	29	2.1	30	84	9	81	49	9	8	32	1.66
100231495--100231564	36	2.0	35	91	2	113	41	18	14	24	1.87
100234773--100234809	18	2.0	19	89	5	58	51	0	43	5	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100238446--100238475	16	1.9	16	93	6	53	80	0	0	20	0.72
100239808--100239849	21	2.0	21	86	9	59	57	0	2	40	1.12
100243060--100243086	11	2.5	11	100	0	54	62	0	0	37	0.95
100250852--100250967	58	2.0	58	94	0	205	31	18	15	34	1.92
100254582--100254818	50	4.6	50	83	6	280	23	29	20	26	1.99
100254582--100254818	101	2.3	103	83	7	286	23	29	20	26	1.99
100261447--100261694	50	4.8	50	81	5	246	22	28	20	27	1.99
100262177--100262424	50	4.8	50	81	5	246	22	28	20	27	1.99
100261229--100262690	730	2.0	730	100	0	2924	27	22	14	34	1.94
100263142--100263673	266	2.0	266	98	0	1037	34	19	15	30	1.93
100264700--100264746	22	2.3	19	85	14	58	44	2	0	53	1.12
100264702--100264743	16	2.7	15	79	20	50	45	2	0	52	1.13
100283825--100283918	46	2.0	46	93	4	163	35	22	18	24	1.96
100286608--100286647	18	2.2	18	86	4	53	12	27	0	60	1.33
100287708--100287757	14	3.6	14	97	2	93	18	10	0	72	1.12
100288152--100288245	46	2.0	46	93	4	163	35	22	18	24	1.96
100297071--100297109	20	1.9	21	94	5	71	35	15	7	41	1.76
100297484--100297518	18	1.9	18	94	0	61	40	0	2	57	1.14
100298571--100298611	15	2.7	16	77	11	50	48	0	7	43	1.30
100300518--100300637	44	2.7	44	80	13	138	25	25	20	27	1.99
100300518--100300981	89	5.3	88	70	12	384	28	23	20	27	1.99
100300608--100301062	84	5.3	84	68	14	336	29	23	20	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100300827--100301108	44	6.5	43	70	14	150	29	21	20	28	1.98
100300519--100301067	173	3.2	173	90	1	866	28	23	20	27	1.99
100300827--100301286	217	2.1	217	90	1	717	28	21	20	28	1.98
100316178--100316230	27	2.0	27	92	0	88	15	28	30	26	1.96
100316433--100316458	11	2.4	11	100	0	52	38	0	0	61	0.96
100316441--100316479	19	2.0	19	90	5	60	35	0	0	64	0.94
100319960--100320047	44	2.0	42	86	4	122	36	11	2	50	1.51
100335878--100335932	25	2.2	25	83	6	67	36	16	21	25	1.94
100338473--100338511	19	2.1	19	90	0	60	38	2	30	28	1.70
100338606--100338672	33	2.0	33	88	0	98	37	7	22	32	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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