genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.227.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74656215--74656520	126	2.5	126	88	3	451	27	17	16	38	1.91
74656641--74656724	16	4.8	17	74	16	73	51	34	0	14	1.43
74656627--74656677	24	2.1	25	85	10	70	50	33	0	15	1.44
74656796--74656847	15	3.5	15	73	17	54	48	32	0	19	1.49
74656617--74657043	157	2.6	158	82	8	486	45	24	0	29	1.58
74656959--74657004	24	1.9	24	86	8	67	54	28	0	17	1.43
74656965--74657025	30	2.0	32	81	12	74	50	29	0	19	1.48
74659656--74659680	12	2.1	12	100	0	50	20	24	16	40	1.91
74660404--74660458	24	2.2	25	90	3	85	45	9	14	30	1.76
74663644--74663821	27	6.6	27	84	3	196	29	28	15	26	1.96
74663665--74663820	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
74663644--74663833	82	2.3	83	77	12	212	30	27	15	27	1.96
74669471--74669512	13	3.2	13	86	0	57	23	38	30	7	1.82
74680346--74680388	17	2.6	16	82	17	52	18	2	6	72	1.19
74683380--74683433	23	2.4	22	77	20	58	37	1	0	61	1.07
74683380--74683436	15	3.8	15	76	13	55	36	1	0	61	1.07
74695293--74695414	22	5.3	22	62	21	61	33	11	29	25	1.91
74694660--74695421	47	16.1	47	95	2	1237	31	9	30	27	1.89
74703567--74703680	44	2.6	43	80	14	135	29	28	19	22	1.98
74709968--74710065	27	3.5	28	87	2	126	26	12	28	32	1.92
74709996--74710078	27	3.0	27	87	5	96	30	10	26	32	1.90
74712181--74712309	46	2.8	46	89	0	186	29	27	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74714700--74714749	15	3.4	15	81	13	59	62	12	16	10	1.55
74717689--74717817	46	2.8	46	87	0	186	29	27	21	20	1.98
74722894--74723078	79	2.3	81	84	7	236	25	27	22	24	2.00
74722894--74723078	40	4.7	40	83	7	234	25	27	22	24	2.00
74724295--74724323	14	2.1	14	100	0	58	41	27	0	31	1.56
74724930--74725015	43	2.0	43	84	8	113	29	29	17	24	1.97
74731128--74731299	38	4.5	38	85	2	202	33	26	19	20	1.96
74737760--74737837	28	2.8	28	84	5	88	44	3	3	47	1.39
74737884--74737941	17	3.5	17	81	9	84	13	8	12	65	1.47
74737878--74737941	32	2.0	32	100	0	128	15	9	12	62	1.54
74737878--74737925	15	3.1	15	77	11	60	18	10	12	58	1.62
74740886--74741088	95	2.1	95	87	0	289	19	21	22	36	1.95
74741259--74741311	27	2.0	27	88	7	81	16	26	26	30	1.97
74743708--74743950	39	6.0	39	81	9	279	24	26	24	24	2.00
74743820--74743914	49	1.9	49	91	0	154	25	26	20	28	1.99
74743781--74743950	88	1.9	88	90	2	270	23	25	23	27	2.00
74744869--74744957	45	2.0	45	97	0	169	50	15	2	31	1.57
74752559--74752790	56	4.1	56	99	0	455	22	22	9	45	1.80
74760408--74760527	39	3.1	39	91	0	195	25	30	24	20	1.99
74763923--74764086	42	3.9	41	78	4	157	29	23	14	32	1.94
74765104--74765149	13	3.5	13	72	21	51	39	8	10	41	1.71
74765102--74765153	26	2.0	26	100	0	104	38	11	11	38	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74773870--74774054	40	4.6	40	93	1	300	23	23	27	25	2.00
74783837--74783874	12	3.1	12	96	3	67	60	15	7	15	1.57
74784711--74784827	43	2.7	43	81	6	157	29	16	27	27	1.97
74788505--74788652	64	2.2	65	82	8	163	31	18	27	22	1.97
74788529--74788700	67	2.7	64	78	9	188	28	18	29	24	1.98
74792915--74793037	43	2.9	43	80	3	142	29	30	19	20	1.97
74792936--74793037	42	2.4	43	80	4	118	28	31	20	19	1.97
74794395--74794570	46	3.8	46	78	10	196	19	21	30	28	1.98
74794391--74794563	93	1.9	93	92	0	292	20	21	30	27	1.98
74798100--74798183	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
74798052--74798241	50	3.8	49	84	2	227	25	18	27	28	1.98
74801091--74801385	47	6.2	47	87	3	410	29	30	8	31	1.87
74801091--74801385	96	3.1	96	90	0	450	29	30	8	31	1.87
74805665--74805700	17	2.1	17	94	0	63	47	0	11	41	1.39
74809567--74809620	27	2.0	27	100	0	108	37	7	7	48	1.59
74810458--74810532	26	2.9	27	80	7	84	36	20	6	37	1.79
74812881--74812989	37	2.9	37	94	0	182	27	31	18	22	1.97
74813138--74813980	48	17.1	48	90	4	1220	31	25	6	36	1.81
74813138--74813973	148	5.6	145	91	3	1330	31	25	6	36	1.81
74817083--74817179	42	2.3	42	89	5	142	27	24	17	29	1.97
74821668--74821712	18	2.5	18	92	7	74	22	35	28	13	1.92
74822784--74822843	29	2.1	29	84	6	77	50	23	5	21	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74826114--74826153	21	1.9	21	100	0	80	30	20	5	45	1.72
74837890--74837952	31	2.0	31	96	0	117	20	22	26	30	1.98
74844281--74844457	40	4.4	40	82	4	216	26	28	22	23	1.99
74848547--74848724	43	4.2	43	82	2	137	24	14	28	32	1.95
74854462--74854540	37	2.1	37	85	0	104	26	30	17	25	1.97
74854661--74854771	47	2.4	47	89	0	168	28	32	8	30	1.86
74854981--74855176	47	4.2	47	98	0	374	30	29	8	32	1.87
74867108--74867175	34	2.0	34	97	0	127	30	23	7	38	1.82
74873857--74874248	27	14.7	26	78	5	333	38	20	10	30	1.87
74873857--74874248	54	7.3	54	80	6	379	38	20	10	30	1.87
74873857--74874236	133	2.8	133	84	1	483	38	20	10	30	1.87
74874227--74874301	27	2.8	27	79	0	96	38	18	13	29	1.89
74873857--74874275	106	3.9	106	81	4	396	38	20	10	30	1.87
74878332--74878503	46	3.7	46	77	7	204	30	28	19	22	1.98
74878340--74878508	93	1.8	93	94	0	302	29	27	20	22	1.98
74878603--74878662	30	2.0	30	93	0	102	30	23	25	21	1.99
74888235--74888328	40	2.3	40	77	0	98	23	13	26	36	1.92
74896623--74896683	31	2.0	31	96	0	113	19	19	34	26	1.96
74905984--74906009	12	2.2	12	100	0	52	7	42	0	50	1.31
74906781--74906820	21	2.0	20	90	5	62	20	17	40	22	1.92
74907090--74907137	25	1.9	25	86	0	69	31	22	18	27	1.97
74907195--74907240	9	4.9	9	84	10	65	32	4	23	39	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74907175--74907240	29	2.3	29	86	5	89	33	4	22	39	1.75
74907175--74907240	5	13.6	5	70	17	50	33	4	22	39	1.75
74907204--74907248	20	2.2	20	96	0	81	33	8	22	35	1.85
74907298--74907394	26	3.8	26	94	1	153	24	21	23	29	1.99
74907298--74907394	51	1.9	51	89	4	151	24	21	23	29	1.99
74907854--74907897	17	2.6	17	96	0	79	18	9	15	56	1.65
74911107--74911251	40	3.6	40	85	4	175	25	23	26	24	2.00
74919628--74919738	47	2.4	47	85	0	150	27	31	9	31	1.88
74923400--74923508	57	1.9	58	84	1	148	28	26	20	24	1.99
74923720--74923951	40	5.8	40	89	0	320	25	29	21	22	1.99
74925166--74925244	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
74925363--74925773	47	8.7	47	97	0	750	29	30	8	32	1.86
74927851--74927995	40	3.6	40	82	4	175	26	24	25	24	2.00
74928984--74929121	68	2.0	68	98	0	267	32	16	17	33	1.93
74930859--74930925	29	2.4	28	80	9	66	25	17	23	32	1.97
74935230--74935277	25	1.9	25	82	0	60	33	22	16	27	1.96
74935313--74935379	20	3.4	19	82	10	80	32	10	19	37	1.86
74935429--74935551	26	4.8	25	89	5	167	27	21	21	29	1.99
74942201--74942306	53	2.0	53	98	0	203	6	20	10	62	1.49
74943458--74943505	25	1.9	25	82	0	60	33	22	16	27	1.96
74943541--74943607	20	3.4	19	82	10	80	32	10	19	37	1.86
74943659--74943807	27	5.7	26	93	1	230	27	19	22	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74946355--74946972	312	2.0	312	99	0	1218	29	9	19	41	1.84
74950904--74950946	22	2.0	22	86	9	61	44	32	2	20	1.65
74955996--74956178	48	3.8	48	92	2	296	34	7	27	30	1.85
74956325--74956433	37	2.9	37	95	0	191	22	19	31	26	1.98
74973363--74973434	31	2.3	31	92	0	126	18	23	33	25	1.97
74977118--74977204	43	2.0	44	84	2	113	22	13	27	35	1.92
74980560--74980783	79	2.8	78	84	6	281	25	27	22	24	2.00
74980560--74980783	40	5.7	40	87	6	280	25	27	22	24	2.00
74988576--74988746	39	4.3	40	91	2	231	25	28	21	25	1.99
74988576--74988799	79	2.8	79	81	6	238	26	27	20	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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