genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.290.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95484289--95484352	31	2.1	31	87	0	92	26	23	14	35	1.93
95484546--95484691	25	6.0	23	80	11	141	28	21	20	29	1.98
95484745--95484787	20	2.2	20	100	0	86	32	18	11	37	1.87
95484824--95484871	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
95486031--95486097	27	2.5	27	90	4	100	20	25	17	35	1.95
95486099--95486170	27	2.8	26	83	6	92	30	8	20	40	1.82
95486116--95486171	27	2.1	27	93	0	94	32	7	17	42	1.77
95486127--95486212	27	3.2	27	83	3	93	34	4	22	38	1.75
95486164--95486299	27	5.0	27	85	0	155	41	8	21	29	1.82
95486253--95486334	38	2.2	38	86	0	110	40	6	29	24	1.79
95486292--95486358	27	2.5	27	85	0	89	38	4	28	28	1.76
95486364--95486453	27	3.3	27	87	3	128	33	11	15	40	1.83
95486337--95486450	54	2.1	54	80	6	124	31	10	18	39	1.85
95486364--95486468	27	3.9	26	81	7	93	35	10	15	39	1.81
95487454--95487486	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
95488062--95488109	22	2.1	24	85	14	66	54	0	6	39	1.26
95495332--95495365	11	3.2	11	87	4	52	55	0	35	8	1.31
95499879--95499935	15	3.9	15	83	2	71	35	0	8	56	1.31
95505690--95506046	47	7.7	47	67	19	237	31	31	15	21	1.95
95505737--95505987	46	5.4	46	67	19	180	33	31	14	20	1.93
95505674--95506040	93	3.9	93	98	0	691	31	31	15	22	1.95
95511373--95511595	40	5.6	40	86	3	236	24	21	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95511448--95511630	79	2.3	80	82	1	226	25	20	27	25	1.99
95520149--95520205	29	2.0	29	96	0	105	43	14	5	36	1.67
95529886--95530032	46	3.2	46	83	3	179	34	19	23	23	1.97
95529886--95530032	23	6.3	23	73	9	111	34	19	23	23	1.97
95530162--95530187	9	2.9	9	100	0	52	34	11	7	46	1.69
95539172--95539258	43	2.0	42	86	6	122	33	24	17	25	1.96
95540460--95540584	47	2.7	45	77	11	128	29	20	26	23	1.99
95540457--95540676	46	4.8	45	70	16	130	28	20	27	24	1.99
95550869--95550959	28	3.2	28	90	4	139	31	23	24	20	1.98
95551065--95551126	28	2.2	28	91	0	97	30	9	29	30	1.89
95558166--95558205	20	2.0	21	90	5	64	57	10	5	27	1.52
95560528--95560699	46	3.7	45	74	14	163	23	18	26	31	1.97
95560521--95560691	93	1.8	93	91	2	281	23	19	26	30	1.98
95575453--95575496	20	2.2	20	84	8	54	34	11	27	27	1.91
95577456--95577514	16	3.7	15	80	13	57	52	0	1	45	1.10
95577459--95577499	21	2.0	20	85	4	55	48	0	2	48	1.14
95584069--95584146	39	2.0	39	94	0	138	23	10	29	37	1.88
95585779--95586669	47	18.9	47	95	0	1548	30	8	31	29	1.87
95586805--95586880	37	2.1	37	89	0	116	22	18	32	26	1.97
95591025--95591202	27	6.6	27	85	3	214	30	28	14	26	1.95
95591046--95591201	82	1.9	81	89	3	242	30	28	14	26	1.95
95594563--95594646	26	3.2	25	91	6	132	35	4	23	35	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95596235--95596347	27	4.2	27	85	3	129	16	23	23	36	1.94
95596233--95596347	54	2.1	54	88	3	169	16	23	23	36	1.94
95609885--95610217	166	2.0	166	97	0	621	27	24	19	28	1.99
95624810--95624869	23	2.6	23	81	5	68	36	18	20	25	1.94
95634279--95634348	23	3.0	23	89	0	86	45	14	10	30	1.77
95635375--95635401	9	3.0	9	100	0	54	44	11	0	44	1.39
95643709--95643799	46	2.0	46	86	0	128	27	31	6	34	1.83
95643813--95644198	47	8.2	47	93	0	547	26	27	10	35	1.89
95652129--95652317	41	4.6	41	82	3	220	40	19	16	23	1.91
95652129--95652317	82	2.3	81	86	3	254	40	19	16	23	1.91
95655461--95655500	18	2.3	18	82	4	55	45	20	5	30	1.72
95662286--95662440	43	3.6	43	86	0	202	29	27	16	26	1.97
95666490--95666514	11	2.3	11	100	0	50	56	0	36	8	1.29
95667555--95667595	21	2.0	21	85	0	55	43	24	2	29	1.67
95667965--95668005	14	2.9	14	85	0	55	56	21	0	21	1.43
95668032--95668082	14	3.6	14	83	0	66	41	39	0	19	1.52
95668027--95668093	21	3.1	21	82	2	80	43	35	0	20	1.53
95668120--95668169	14	3.6	14	75	2	57	50	26	0	24	1.50
95668522--95668629	40	2.7	40	84	2	119	29	20	19	30	1.97
95668679--95668844	40	4.2	40	85	2	210	25	22	19	31	1.98
95668439--95668784	154	2.2	155	84	0	469	29	21	17	30	1.97
95668679--95668844	79	2.1	80	84	3	210	25	22	19	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95672934--95673116	79	2.3	81	83	9	225	24	27	23	24	2.00
95672914--95673116	40	5.1	40	81	8	227	24	27	23	24	2.00
95673180--95673313	67	2.0	67	98	0	259	39	29	11	19	1.87
95673408--95673482	39	1.9	39	97	0	141	14	30	14	40	1.86
95674120--95674419	150	2.0	150	99	0	591	40	24	11	24	1.87
95688462--95688616	77	2.0	77	97	0	292	54	5	7	32	1.51
95691123--95691165	22	2.0	22	95	0	77	4	25	11	58	1.52
95691854--95692011	42	3.8	41	74	8	129	22	15	29	33	1.94
95691808--95692050	43	5.7	43	74	4	181	23	14	27	34	1.94
95691808--95692050	85	2.9	85	80	5	258	23	14	27	34	1.94
95694759--95694798	21	1.9	21	89	0	62	17	17	37	27	1.92
95697042--95697170	46	2.8	46	91	2	206	31	29	20	18	1.96
95700322--95700363	20	2.1	20	95	0	75	50	11	9	28	1.70
95701266--95701450	67	2.9	64	77	7	176	29	16	30	23	1.96
95704613--95704702	45	2.0	45	97	0	171	27	20	7	44	1.78
95705501--95705719	40	5.5	40	88	4	257	27	26	20	26	1.99
95713316--95713538	39	5.7	40	86	7	273	25	22	27	24	2.00
95713316--95713538	79	2.8	81	85	8	282	25	22	27	24	2.00
95713316--95713571	79	3.3	79	82	9	224	26	21	27	24	1.99
95721291--95721368	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
95721321--95721648	174	1.9	174	98	0	629	30	14	24	30	1.95
95739273--95739329	30	1.9	30	85	0	78	29	21	7	42	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95747263--95747337	6	11.8	6	73	9	60	6	21	1	70	1.17
95755737--95756650	40	22.9	40	98	0	1699	31	20	23	25	1.98
95763861--95764044	40	4.6	40	80	10	207	25	22	25	26	2.00
95763861--95764044	80	2.3	80	85	5	230	25	22	25	26	2.00
95767160--95767271	27	4.2	26	87	7	152	36	22	24	16	1.94
95767160--95767271	54	2.1	54	91	3	181	36	22	24	16	1.94
95770279--95770310	16	2.0	16	93	0	55	25	34	6	34	1.81
95774397--95774440	18	2.3	20	80	15	65	31	9	9	50	1.65
95774406--95774445	18	2.2	18	100	0	80	35	10	15	40	1.80
95775020--95775131	27	4.1	27	76	7	111	35	19	24	20	1.96
95775521--95775550	8	3.8	8	90	0	51	3	23	23	50	1.64
95781789--95781967	48	3.8	44	77	12	153	26	20	29	24	1.99
95785362--95785777	49	8.8	49	74	12	289	22	28	20	28	1.98
95785365--95785776	141	2.9	141	78	8	415	23	28	20	27	1.99
95785364--95785777	94	4.4	92	77	8	361	22	28	20	28	1.98
95792830--95793194	47	7.7	49	74	11	235	22	29	20	28	1.98
95792836--95793193	141	2.5	138	82	7	391	22	29	19	28	1.98
95792831--95793194	94	3.8	92	78	8	333	22	28	20	28	1.98
95798631--95798840	27	7.7	27	77	4	143	30	9	20	40	1.83
95798651--95798815	54	3.0	55	80	5	181	30	9	18	40	1.83
95798718--95798873	81	1.9	81	84	7	210	28	10	20	41	1.85
95798738--95798880	27	5.3	26	72	11	101	28	11	22	37	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95798872--95798987	27	4.3	27	83	2	90	37	8	24	29	1.85
95798872--95798962	27	3.4	26	89	1	128	41	7	23	27	1.81
95798852--95798987	53	2.6	52	73	11	132	36	9	23	30	1.87
95801135--95801339	27	7.6	27	86	3	241	30	28	14	26	1.95
95806253--95806526	137	2.0	137	97	0	512	31	20	21	26	1.98
95809399--95809575	27	6.5	27	85	1	183	29	28	15	26	1.96
95809420--95809575	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
95811894--95812050	85	1.8	85	84	9	212	22	17	28	31	1.96
95811894--95812050	43	3.6	42	78	10	158	22	17	28	31	1.96
95818589--95818698	41	2.8	38	76	6	105	30	26	20	22	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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