genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.214.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70091072--70091154	43	1.9	44	85	2	114	25	28	16	28	1.97
70091117--70091901	205	3.8	205	92	0	1187	29	20	18	31	1.97
70095200--70095864	332	2.0	332	99	0	1321	25	21	18	34	1.96
70107441--70107532	47	2.0	47	93	0	157	19	27	22	30	1.98
70138079--70138117	19	2.1	19	85	0	51	33	25	38	2	1.70
70138574--70138632	30	2.0	30	83	6	75	45	11	10	32	1.74
70146146--70146175	10	3.0	10	95	0	51	63	10	0	26	1.26
70147591--70147678	45	1.9	45	81	6	106	35	17	23	23	1.95
70147712--70148812	367	3.0	367	97	0	2069	35	21	18	25	1.96
70152246--70152273	9	3.1	9	100	0	56	14	10	10	64	1.50
70158579--70158809	48	4.9	48	71	13	174	31	25	19	24	1.98
70158579--70158844	48	5.6	48	72	13	142	30	26	18	24	1.98
70163150--70163985	3	278.7	3	100	0	1672	66	0	33	0	0.92
70165615--70165647	3	11.0	3	93	0	57	66	0	30	3	1.06
70167771--70167812	21	2.0	21	100	0	84	57	0	14	28	1.38
70169718--70169798	31	2.7	29	80	5	81	51	3	2	41	1.32
70170112--70170136	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
70171202--70171268	30	2.2	30	94	0	116	26	49	5	17	1.70
70171725--70171852	23	5.5	23	71	12	84	35	6	3	55	1.41
70171800--70171939	25	5.5	26	72	14	80	33	5	4	57	1.40
70171817--70171906	26	3.3	27	76	13	96	32	3	5	58	1.37
70171842--70171960	24	5.0	23	75	16	84	31	5	5	58	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70171854--70171975	24	5.4	22	71	15	72	30	5	5	58	1.45
70171917--70171975	23	2.8	20	72	16	57	32	6	5	55	1.48
70172090--70172124	16	2.3	15	90	5	52	31	2	2	62	1.24
70178147--70178255	44	2.5	44	92	3	175	45	16	22	15	1.84
70179128--70179266	73	1.9	74	93	1	244	28	19	22	29	1.98
70179128--70179294	73	2.3	73	88	1	235	28	17	19	33	1.95
70179274--70179316	13	3.2	13	87	6	68	13	11	6	67	1.41
70179212--70179482	100	2.7	101	90	4	415	25	18	19	36	1.94
70179506--70179764	77	3.5	76	87	5	359	33	16	20	30	1.94
70179421--70180183	416	1.8	416	83	7	1028	30	16	18	34	1.93
70179921--70180058	71	1.9	71	91	0	222	34	16	18	31	1.93
70179815--70180372	155	3.6	155	78	12	474	27	16	20	35	1.94
70180071--70180441	77	5.0	75	84	8	447	26	16	23	33	1.95
70180379--70180677	87	3.4	85	80	6	296	30	15	19	35	1.92
70181968--70182002	16	2.3	15	90	5	52	31	2	2	62	1.24
70186715--70186752	11	3.3	12	82	10	53	76	0	18	5	0.97
70190882--70190981	52	1.9	53	83	2	130	30	19	13	38	1.89
70210708--70210887	52	3.5	51	90	6	258	27	15	30	27	1.96
70214353--70214406	29	1.9	28	85	7	74	20	9	20	50	1.75
70225406--70225434	11	2.7	11	94	5	51	65	17	0	17	1.27
70228885--70229039	42	3.7	42	83	5	186	27	25	14	32	1.94
70233989--70234158	46	3.7	46	78	14	147	24	27	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70233897--70234155	140	1.8	141	81	5	328	24	28	18	28	1.98
70236136--70236271	67	2.0	67	88	5	204	30	21	17	30	1.96
70241930--70241975	19	2.4	19	78	10	58	50	15	2	32	1.56
70250071--70250100	15	1.9	16	93	6	53	40	26	0	33	1.57
70250272--70250433	42	3.8	42	80	4	148	27	24	15	32	1.95
70251523--70251560	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
70256796--70256921	64	2.0	60	92	6	207	28	30	13	23	1.92
70259081--70259118	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
70259348--70259518	93	1.8	93	91	0	279	29	28	20	22	1.98
70259343--70259515	46	3.7	46	77	10	190	30	27	20	22	1.98
70259938--70259994	30	1.9	30	85	0	78	33	24	5	36	1.78
70260330--70260499	85	2.0	85	98	0	331	30	20	25	24	1.99
70267233--70267680	220	2.0	225	89	3	683	41	10	15	32	1.82
70270992--70271051	21	2.9	21	97	0	111	13	11	10	65	1.49
70273268--70273292	8	3.1	8	100	0	50	48	0	0	52	1.00
70274033--70274801	393	2.0	395	90	1	1211	31	20	15	31	1.94
70276997--70277055	20	2.8	20	77	10	57	52	6	6	33	1.54
70278291--70278346	28	2.0	28	96	0	103	35	23	10	30	1.89
70285297--70285383	43	2.0	45	84	4	115	52	2	21	22	1.58
70304284--70304366	39	2.1	39	97	0	157	40	25	6	27	1.79
70314088--70314255	40	4.2	40	82	8	148	27	27	20	24	1.99
70314125--70314255	40	3.3	40	89	2	201	28	27	20	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70314088--70314308	80	2.8	80	79	11	229	27	26	21	24	1.99
70321526--70321663	41	3.4	41	80	6	156	32	28	15	22	1.95
70321627--70321717	46	2.0	46	89	2	139	36	21	14	27	1.92
70322399--70322489	46	2.0	46	89	2	139	36	21	14	27	1.92
70321570--70323889	772	3.0	772	99	0	4622	36	20	9	33	1.85
70323171--70323261	46	2.0	46	89	2	139	36	21	14	27	1.92
70327113--70327148	18	2.0	18	100	0	72	33	5	16	44	1.71
70337751--70338157	47	8.6	47	86	4	552	27	28	8	34	1.87
70337772--70338157	143	2.7	143	95	1	679	27	28	9	34	1.88
70337751--70338160	190	2.2	191	88	4	591	27	28	8	35	1.87
70356322--70356436	27	4.3	26	85	5	140	37	22	22	17	1.94
70356322--70356436	54	2.1	54	91	3	187	37	22	22	17	1.94
70361371--70361407	19	1.9	19	94	0	65	21	0	5	72	1.04
70363528--70363640	42	2.7	42	81	2	120	47	18	17	15	1.82
70363623--70363661	20	1.9	20	84	5	51	35	15	20	28	1.93
70378768--70378810	4	10.8	4	84	0	59	20	25	2	51	1.60
70388240--70388532	45	6.6	45	90	3	416	25	29	21	23	1.99
70391966--70391992	13	2.1	13	100	0	54	40	14	7	37	1.74
70396140--70396292	43	3.6	44	86	5	206	32	25	13	28	1.93
70400822--70400877	28	2.0	28	100	0	112	46	10	14	28	1.78
70403934--70404057	43	2.9	43	79	10	112	33	24	14	27	1.94
70408018--70408048	14	2.3	13	94	5	53	25	0	3	70	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70409155--70409199	22	2.0	22	100	0	90	44	22	13	20	1.85
70411734--70411776	21	2.0	21	90	0	68	11	4	37	46	1.61
70415229--70415259	3	10.3	3	100	0	62	64	0	0	35	0.94
70415258--70415283	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
70421253--70421301	25	2.0	25	84	8	64	53	20	12	14	1.73
70425610--70425839	41	5.6	41	80	5	241	24	21	25	28	1.99
70425610--70425839	81	2.8	82	81	3	277	24	21	25	28	1.99
70426433--70427437	201	5.0	201	99	0	2001	29	11	21	37	1.88
70428039--70428084	23	2.0	23	100	0	92	26	8	30	34	1.86
70430124--70430165	21	2.0	21	100	0	84	47	4	19	28	1.69
70431164--70431206	22	1.9	23	85	4	61	58	4	0	37	1.19
70431242--70431424	43	4.3	43	87	1	233	24	17	30	27	1.97
70431227--70431424	85	2.3	86	84	2	238	24	16	28	29	1.97
70432542--70432609	34	2.0	34	94	0	118	35	5	32	26	1.81
70434187--70434227	19	2.0	21	90	9	68	26	9	7	56	1.58
70435937--70435978	17	2.5	17	88	11	61	90	0	9	0	0.45
70435987--70436026	20	2.0	20	90	0	62	52	10	5	32	1.56
70439428--70439505	34	2.3	34	97	0	147	37	8	2	51	1.47
70441102--70441132	15	2.0	16	93	6	55	54	0	0	45	0.99
70443855--70443927	36	2.0	36	100	0	146	34	21	16	27	1.95
70446618--70446927	46	6.6	48	76	10	232	27	20	28	23	1.99
70451307--70451410	46	2.3	45	80	8	113	25	28	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70457265--70457478	46	4.6	48	81	12	202	29	17	28	24	1.98
70457313--70457478	91	1.8	90	82	12	214	27	18	28	25	1.98
70457217--70457478	138	1.9	138	82	8	336	28	19	27	24	1.98
70462597--70462647	25	2.0	25	100	0	102	23	0	33	43	1.54
70470524--70470646	47	2.6	47	93	0	210	26	24	12	37	1.90
70470784--70470868	44	1.9	44	83	4	109	24	24	12	37	1.91
70475920--70476035	42	2.7	42	80	10	128	33	24	18	24	1.97
70475901--70476059	43	3.7	42	80	7	169	30	25	19	23	1.98
70483320--70483413	44	2.2	44	80	5	102	32	22	19	25	1.97
70483319--70483425	44	2.5	42	76	10	99	30	21	20	27	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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