genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.267.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88157006--88157309	119	2.6	119	93	2	504	25	21	26	25	2.00
88157949--88158044	48	2.0	48	93	0	165	27	15	21	35	1.94
88163932--88164094	82	2.0	80	92	4	274	44	12	22	20	1.84
88165251--88165435	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
88165252--88165435	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
88165304--88165468	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
88167758--88167797	17	2.3	18	91	8	66	32	0	12	55	1.38
88170047--88170165	48	2.5	48	98	0	229	35	5	27	31	1.81
88170312--88170397	37	2.3	37	91	0	136	22	19	32	25	1.97
88171908--88171946	12	3.2	12	88	3	51	23	0	5	71	1.05
88172472--88172586	60	1.9	60	87	7	171	23	19	30	26	1.98
88194319--88194353	17	2.0	17	88	5	52	14	31	0	54	1.40
88202354--88202535	46	4.0	46	88	1	258	24	29	9	36	1.87
88202372--88202597	46	4.9	44	85	4	145	24	28	11	35	1.90
88202509--88202606	47	2.1	47	92	0	160	26	28	11	33	1.91
88206862--88206889	14	2.0	14	100	0	56	21	7	42	28	1.79
88213576--88213612	18	2.1	18	100	0	74	21	32	18	27	1.97
88214607--88214703	37	2.6	37	95	0	167	27	30	18	22	1.97
88214698--88215470	49	15.9	49	98	1	1495	30	28	8	32	1.87
88222010--88222230	40	5.6	41	79	11	230	24	24	27	23	2.00
88223765--88223976	81	2.6	80	74	3	199	30	22	18	28	1.97
88229884--88230086	40	5.1	40	85	5	261	23	23	28	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88233390--88233439	25	2.0	25	88	0	73	36	26	12	26	1.91
88237251--88237279	14	2.1	14	100	0	58	20	31	20	27	1.98
88246932--88247019	40	2.2	39	83	2	113	35	30	18	15	1.92
88246932--88247049	39	3.0	39	82	3	130	33	28	19	17	1.95
88255090--88256117	49	21.3	49	93	2	1701	29	30	8	31	1.87
88255090--88256117	96	10.7	98	94	2	1701	29	30	8	31	1.87
88256104--88256157	18	2.7	19	78	13	56	38	20	0	40	1.53
88265073--88265188	47	2.5	47	85	0	160	32	8	31	26	1.87
88266608--88266684	25	3.1	25	80	9	70	33	18	24	23	1.96
88266641--88266718	25	3.1	25	76	7	68	30	16	26	25	1.97
88266697--88266746	25	2.0	25	84	0	64	38	18	22	22	1.94
88276450--88276474	13	1.9	13	100	0	50	8	8	16	68	1.38
88279477--88279524	20	2.5	20	86	10	64	66	2	6	25	1.26
88279519--88279580	27	2.3	26	78	8	70	51	11	0	37	1.38
88281299--88281662	37	9.8	37	98	0	683	23	32	21	22	1.98
88281826--88282199	47	8.0	47	88	0	523	27	29	11	32	1.92
88282101--88282174	22	3.2	22	65	29	55	24	32	13	29	1.93
88284908--88284964	29	2.0	29	82	6	71	29	24	12	33	1.92
88285288--88285357	21	3.2	21	64	18	52	41	25	10	22	1.85
88309033--88309081	24	2.0	24	96	0	89	44	28	22	4	1.71
88318372--88318429	23	2.5	23	85	0	80	22	18	13	44	1.85
88327206--88327261	18	3.1	18	84	5	69	50	1	19	28	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88328324--88328377	20	2.7	20	100	0	108	51	16	5	25	1.66
88329970--88330048	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
88330166--88330386	47	4.6	47	94	1	370	30	28	9	31	1.88
88333964--88334063	26	4.0	25	81	12	127	35	24	8	33	1.84
88333982--88334050	21	3.0	21	73	18	75	31	24	8	34	1.86
88338237--88338431	95	2.1	94	94	1	345	29	27	15	27	1.96
88339250--88339302	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
88340788--88340921	26	5.2	26	93	0	214	35	23	8	33	1.84
88343569--88343602	16	2.2	16	89	5	52	20	2	20	55	1.56
88348774--88349160	35	11.1	35	100	0	774	28	22	25	22	1.99
88350479--88350547	36	1.9	36	96	0	129	18	27	27	26	1.98
88350696--88350826	27	4.9	27	80	5	131	22	16	19	41	1.90
88350711--88350832	54	2.3	54	82	2	147	20	17	22	39	1.92
88353812--88354026	91	2.4	91	82	6	267	28	13	25	32	1.94
88354105--88354232	38	3.3	39	77	6	102	34	12	20	32	1.90
88357226--88357287	32	1.9	32	96	0	115	30	27	24	17	1.97
88359994--88360018	12	2.1	12	100	0	50	52	0	0	48	1.00
88361717--88361754	18	2.1	18	85	9	51	60	13	5	21	1.52
88362129--88362238	38	2.9	38	71	15	100	34	14	15	35	1.88
88363127--88363161	13	2.8	13	86	4	54	62	0	34	2	1.10
88364279--88364338	30	2.0	30	86	0	84	55	13	3	28	1.54
88364432--88364481	24	2.1	24	96	0	91	50	8	10	32	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88365467--88365509	20	2.2	20	83	8	52	46	4	4	44	1.45
88368884--88369000	18	6.6	18	89	4	175	35	13	12	37	1.83
88368884--88369000	35	3.3	35	96	2	207	35	13	12	37	1.83
88372817--88372918	14	7.2	13	72	25	59	25	7	1	64	1.31
88372814--88372923	29	3.8	30	69	17	79	26	7	1	64	1.29
88372888--88372933	15	2.9	15	90	6	65	26	6	0	67	1.15
88372900--88372966	21	3.0	23	76	21	72	29	5	0	64	1.17
88373296--88373556	126	2.1	125	86	5	357	25	15	21	38	1.92
88375020--88375065	19	2.4	19	85	7	58	19	21	15	43	1.87
88379532--88379739	89	2.3	89	91	3	330	27	21	21	29	1.98
88379618--88379963	134	2.6	131	95	0	566	26	19	22	30	1.98
88379687--88379919	45	5.2	46	66	18	134	27	18	23	29	1.98
88379441--88379873	223	1.9	223	90	3	694	29	20	21	28	1.98
88379812--88380407	178	3.3	178	88	0	881	31	17	21	28	1.96
88380245--88380608	133	2.7	133	97	0	674	30	18	21	29	1.97
88380631--88380907	45	6.2	45	70	11	203	28	18	23	29	1.97
88380511--88380984	188	2.6	179	82	5	560	28	19	21	30	1.97
88380686--88380994	89	3.5	88	70	12	254	29	18	21	30	1.97
88380609--88380862	134	1.9	134	89	3	395	29	18	22	29	1.97
88380643--88380985	179	1.9	177	87	3	501	28	19	20	30	1.97
88380830--88381087	132	1.9	133	88	0	392	28	19	22	30	1.98
88380825--88381103	133	2.1	130	86	2	308	28	19	21	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88380962--88381703	178	4.2	178	89	0	1081	30	17	22	29	1.97
88379618--88381350	311	5.5	311	74	9	1321	30	18	21	29	1.97
88381499--88381840	133	2.6	134	80	9	421	29	18	22	29	1.97
88381655--88381884	45	5.1	45	71	15	165	28	19	23	29	1.98
88381675--88382019	179	1.9	179	86	3	498	27	19	22	31	1.98
88381802--88382067	134	2.0	134	90	1	426	27	19	22	30	1.98
88380378--88383000	980	2.7	980	90	2	3957	30	18	21	29	1.97
88381936--88382686	178	4.2	177	89	1	1088	31	18	21	28	1.97
88382466--88382820	133	2.7	135	78	12	399	30	18	20	29	1.97
88382723--88383223	45	11.2	45	70	8	290	28	18	23	29	1.97
88382655--88383223	179	3.2	179	91	0	895	28	18	22	30	1.97
88383234--88383534	87	3.5	84	77	9	234	35	21	21	21	1.96
88383214--88383569	88	4.1	88	79	5	350	35	20	22	21	1.96
88384003--88384029	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
88384566--88384667	14	7.2	13	72	25	59	25	7	1	64	1.31
88384563--88384672	29	3.8	30	69	17	79	26	7	1	64	1.29
88384637--88384682	15	2.9	15	90	6	65	26	6	0	67	1.15
88384649--88384715	21	3.0	23	76	21	72	29	4	0	65	1.12
88384649--88384721	27	2.5	31	71	13	73	27	5	0	67	1.13
88388132--88388179	20	2.4	20	85	0	69	56	12	6	25	1.59
88389544--88389612	31	2.2	32	97	2	131	23	11	31	33	1.90
88394375--88394420	20	2.3	21	82	14	62	26	17	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88397578--88397694	62	1.9	62	83	0	153	24	20	28	26	1.99
88402578--88402684	21	5.1	21	91	0	151	19	28	17	34	1.95
88403500--88403527	2	14.0	2	100	0	56	50	50	0	0	1.00
88409207--88409231	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
88411103--88411166	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
88411379--88411432	24	2.2	24	93	0	90	29	18	18	33	1.95
88411489--88411545	9	5.9	9	75	15	51	35	21	8	35	1.84
88411481--88411567	20	4.3	20	94	0	147	33	19	11	35	1.88
88411481--88411556	11	7.5	11	71	16	74	32	19	11	35	1.88
88419151--88419214	31	2.1	31	90	0	101	25	21	15	37	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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