genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3238073--3238203	23	5.4	24	83	9	167	27	22	19	31	1.97
3238080--3238204	50	2.6	48	88	3	189	28	20	19	32	1.97
3238253--3238319	20	3.3	20	91	0	107	34	20	11	32	1.90
3238356--3238403	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
3239157--3239646	27	18.1	27	74	8	199	33	10	19	36	1.86
3239145--3239392	54	4.6	54	80	6	223	31	9	18	40	1.83
3239248--3239428	81	2.2	81	88	2	258	30	9	19	40	1.84
3239431--3239535	55	1.9	55	88	0	156	41	11	21	24	1.86
3239557--3239661	27	3.9	27	78	9	90	34	10	16	39	1.83
3242627--3242721	24	4.0	24	89	6	140	28	22	21	28	1.99
3242648--3242720	23	3.1	23	96	2	128	30	20	20	28	1.98
3242771--3242837	20	3.3	20	91	0	107	32	22	11	32	1.90
3242874--3242921	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
3244080--3244157	27	2.9	27	79	11	88	21	20	21	35	1.96
3244175--3244507	27	12.3	27	78	5	226	30	9	21	38	1.86
3244286--3244493	80	2.6	81	85	2	258	28	9	22	40	1.84
3244485--3244588	27	3.9	27	90	0	154	40	9	22	27	1.85
3244288--3244534	134	1.8	134	79	3	282	30	9	21	38	1.85
3244458--3244599	54	2.6	54	78	0	158	36	9	21	32	1.85
3244594--3244683	27	3.3	27	85	3	119	32	11	16	40	1.84
3244577--3244683	54	2.0	54	81	7	128	30	11	19	38	1.87
3244594--3244698	27	3.9	27	78	9	90	34	10	16	39	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3249093--3249125	16	2.1	16	94	0	57	21	18	18	42	1.89
3257087--3257117	14	2.3	14	94	5	55	29	6	0	64	1.18
3259309--3259354	21	2.3	20	85	7	58	34	21	10	32	1.88
3259317--3259359	21	2.0	21	95	0	77	27	23	11	37	1.89
3259744--3259788	21	2.2	20	88	7	65	22	0	2	75	0.91
3276394--3276426	14	2.4	14	90	10	50	60	0	0	39	0.97
3293005--3293220	27	8.0	27	79	3	202	39	19	13	26	1.90
3293032--3293220	80	2.3	81	87	0	263	39	18	13	28	1.89
3293208--3293515	27	11.5	26	83	7	334	19	17	20	41	1.90
3293210--3293515	80	3.8	82	85	6	394	19	17	20	42	1.90
3293208--3293516	107	2.9	106	85	1	422	19	17	20	42	1.90
3301078--3301105	12	2.3	12	100	0	56	46	35	0	17	1.49
3315546--3315598	25	2.1	25	96	0	97	37	7	32	22	1.82
3322550--3322595	16	2.9	16	86	0	65	52	19	17	10	1.74
3322547--3322602	24	2.3	24	81	0	67	50	19	19	10	1.77
3322823--3322934	28	4.0	28	82	2	118	27	13	31	27	1.94
3329874--3329938	27	2.4	27	82	7	71	32	23	18	26	1.97
3329891--3329956	27	2.4	27	89	0	96	28	18	16	36	1.93
3329935--3330352	27	15.7	27	82	2	432	32	9	19	38	1.84
3329935--3330352	53	7.8	54	82	4	445	32	9	19	38	1.84
3329933--3330353	133	3.2	134	84	2	526	32	9	19	38	1.84
3330674--3330731	28	2.1	28	86	0	80	34	34	8	22	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3333073--3333196	46	2.7	46	91	0	194	20	22	26	29	1.99
3340109--3340279	93	1.8	93	88	0	261	21	21	28	28	1.99
3340113--3340286	46	3.8	45	73	13	165	21	21	28	28	1.99
3348692--3348753	29	2.1	29	82	8	72	43	4	19	32	1.72
3352141--3352166	13	2.0	13	100	0	52	15	30	38	15	1.88
3359266--3359356	28	3.2	28	83	6	78	24	14	32	28	1.94
3359287--3359351	28	2.3	29	91	2	105	24	15	32	27	1.95
3369648--3369773	55	2.3	55	80	1	137	30	29	24	15	1.96
3372433--3372537	26	4.1	26	85	2	142	26	24	20	28	1.99
3372587--3372633	20	2.3	20	92	7	78	34	19	10	36	1.86
3372669--3372716	25	1.9	25	86	0	69	27	18	22	31	1.97
3380035--3380069	18	1.9	18	88	0	52	31	8	25	34	1.86
3380663--3380735	25	2.9	24	86	11	94	27	24	20	27	1.99
3380683--3380736	26	2.1	25	96	3	99	27	22	18	31	1.97
3380786--3380832	20	2.3	20	92	7	78	34	19	10	36	1.86
3380868--3380915	25	1.9	25	86	0	69	27	18	22	31	1.97
3383227--3383609	40	9.6	40	89	3	486	26	27	21	24	1.99
3383541--3383618	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
3383655--3383939	143	2.0	143	97	0	534	29	25	16	29	1.96
3391412--3391674	40	6.6	40	88	3	325	26	27	20	24	1.99
3395205--3395256	27	2.0	26	82	10	63	34	1	17	46	1.59
3398090--3398121	16	2.0	16	93	0	55	46	25	21	6	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3398342--3398427	28	3.0	29	86	9	108	25	16	27	30	1.97
3400283--3400405	46	2.7	46	87	0	183	24	20	23	31	1.98
3400741--3400819	38	2.1	38	100	0	158	34	2	24	39	1.69
3403765--3403798	18	1.9	18	88	5	52	32	14	11	41	1.82
3404914--3405038	29	4.3	29	82	1	153	30	29	13	26	1.94
3423019--3423147	64	2.0	64	93	0	222	40	5	20	34	1.75
3423742--3424121	47	8.1	47	96	0	688	31	8	30	28	1.88
3425498--3425862	40	9.1	40	92	0	568	26	20	27	25	1.99
3426029--3426075	25	1.9	25	82	4	60	27	8	31	31	1.87
3433069--3433223	78	2.0	78	94	0	274	32	16	13	37	1.88
3441481--3441514	18	1.9	18	88	5	52	29	17	11	41	1.85
3443845--3443917	27	2.7	27	87	10	112	28	35	10	24	1.90
3447333--3447579	49	5.0	50	82	2	300	25	18	27	28	1.98
3447438--3447521	28	3.2	27	65	25	72	25	16	28	29	1.97
3459426--3459472	23	2.0	23	83	0	58	23	31	8	36	1.85
3463788--3464650	46	18.7	46	99	0	1663	32	28	17	21	1.96
3473425--3473600	46	3.8	46	78	11	198	22	21	27	28	1.99
3473421--3473592	93	1.8	93	91	2	283	22	21	27	28	1.99
3475471--3475515	6	7.3	6	80	5	54	17	6	0	75	1.01
3478978--3479101	45	2.8	45	90	2	187	27	28	22	21	1.99
3479094--3479481	38	10.2	38	88	0	524	30	25	22	21	1.99
3479751--3479949	45	4.5	46	80	8	234	28	28	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3479751--3479956	88	2.3	88	99	0	403	28	28	17	25	1.98
3479751--3479973	43	5.1	44	79	7	256	28	29	17	24	1.97
3485160--3485319	45	3.6	45	83	7	184	27	27	21	23	1.99
3485317--3485509	38	5.1	38	87	0	269	31	23	22	22	1.99
3485312--3485509	76	2.6	76	90	0	297	31	24	22	21	1.98
3485779--3485913	43	3.1	43	83	6	164	28	29	16	25	1.97
3486360--3486978	310	2.0	310	99	0	1220	32	20	12	33	1.91
3490843--3490901	28	2.1	28	90	3	93	28	35	11	23	1.91
3490827--3490901	27	2.7	27	83	2	96	28	33	13	25	1.93
3491115--3491166	16	3.2	17	86	8	72	11	23	15	50	1.76
3495376--3495634	81	3.2	81	82	3	254	41	19	8	30	1.81
3495376--3495634	27	9.6	27	81	2	225	41	19	8	30	1.81
3495939--3496059	41	3.0	41	92	0	197	20	20	30	28	1.98
3500573--3500665	40	2.3	39	87	3	123	27	27	15	29	1.96
3503546--3503583	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
3505671--3505695	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
3508142--3508189	20	2.4	20	92	0	78	29	16	14	39	1.88
3510936--3511051	47	2.5	46	86	10	171	32	7	31	27	1.85
3512085--3512189	53	2.0	53	98	0	201	26	10	32	30	1.90
3513330--3513677	40	8.7	40	88	1	502	25	22	27	24	2.00
3513854--3513904	25	2.0	25	88	7	77	27	7	35	29	1.85
3516165--3516515	47	7.4	47	93	1	567	32	8	30	28	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3520966--3521052	12	7.6	11	73	10	59	74	1	5	18	1.07
3520964--3521016	17	3.0	18	77	5	63	75	3	5	15	1.13
3521015--3521054	21	1.9	21	85	10	55	70	0	7	22	1.12
3526462--3526639	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
3526463--3526618	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
3526459--3526639	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
3529764--3529788	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
3543623--3543699	36	2.1	36	87	0	109	37	7	32	22	1.83
3543636--3543708	36	2.0	36	91	0	119	36	8	30	24	1.85
3559706--3559856	68	2.3	64	81	10	162	28	15	29	27	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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