genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.21.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7105010--7105108	28	3.5	28	80	0	99	39	11	21	28	1.87
7108066--7108120	18	3.1	19	84	10	71	45	12	20	21	1.84
7109612--7109832	40	5.6	40	81	3	225	25	25	23	25	2.00
7111776--7111956	81	2.2	81	85	3	240	37	17	15	29	1.90
7111732--7111955	27	8.3	27	81	3	202	37	17	15	28	1.91
7115431--7115602	93	1.8	93	93	0	299	28	29	20	21	1.98
7115424--7115599	46	3.8	46	79	12	207	29	28	20	21	1.98
7120674--7120806	66	2.0	66	92	0	221	20	24	18	36	1.95
7123066--7123240	46	3.8	46	96	1	307	30	29	20	20	1.97
7133081--7133348	40	6.7	40	97	0	482	28	20	27	22	1.99
7135271--7135390	59	2.0	59	93	0	204	28	25	23	22	1.99
7137217--7137329	57	2.0	57	96	0	208	27	12	24	35	1.91
7137239--7137334	29	3.3	29	64	18	74	26	11	27	35	1.90
7137560--7137751	96	2.0	96	96	0	357	21	13	32	32	1.92
7139324--7139421	51	1.9	51	91	0	160	40	7	24	27	1.81
7139964--7140081	60	2.0	60	93	3	202	26	24	28	20	1.99
7142149--7142376	40	5.7	40	96	0	393	32	20	26	21	1.97
7147696--7148020	163	2.0	163	96	0	605	25	16	24	33	1.96
7151066--7151411	40	8.7	40	85	8	483	29	19	27	23	1.98
7151181--7151237	18	3.1	18	87	9	87	26	15	28	29	1.96
7151184--7151240	20	3.0	19	90	7	89	28	15	28	28	1.96
7151066--7151411	118	2.9	115	84	11	455	29	19	27	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7151066--7151357	158	1.8	158	95	0	530	29	19	27	23	1.98
7159723--7160670	40	23.7	40	98	0	1770	33	20	25	20	1.97
7168980--7169967	40	24.7	40	99	0	1868	28	19	27	24	1.99
7175617--7175695	39	2.0	39	97	0	149	32	3	29	34	1.75
7178565--7178697	40	3.3	40	94	0	230	32	20	27	19	1.97
7183392--7183451	29	2.0	30	83	3	77	30	23	8	38	1.84
7187702--7187735	18	1.9	17	88	5	50	67	5	0	26	1.13
7193518--7193579	29	2.1	29	93	0	106	12	14	20	51	1.75
7196417--7196589	46	3.7	46	80	13	219	21	21	28	28	1.98
7196414--7196584	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
7204000--7204175	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
7203997--7204168	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
7211581--7211750	46	3.7	46	75	13	159	22	21	26	29	1.99
7211578--7211748	93	1.8	93	88	0	261	22	21	26	29	1.99
7239831--7239980	55	2.8	54	80	4	149	26	15	29	28	1.96
7239803--7239980	27	6.6	27	77	6	146	25	15	28	30	1.96
7239804--7239959	82	1.9	81	81	6	190	25	16	28	30	1.96
7245684--7246211	263	2.0	264	93	0	905	32	17	19	31	1.95
7272130--7272175	24	1.9	24	86	0	65	43	4	34	17	1.69
7281165--7281989	412	2.0	412	99	0	1632	36	12	18	33	1.88
7296018--7296087	25	2.8	25	91	0	104	24	21	27	27	1.99
7296118--7296148	16	1.9	16	93	0	53	35	16	19	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7297015--7297100	27	3.1	27	76	17	95	34	9	16	39	1.80
7297078--7297261	27	6.8	27	77	5	176	28	9	19	41	1.83
7297078--7297261	81	2.3	81	79	5	194	28	9	19	41	1.83
7297260--7297351	27	3.4	27	74	5	96	45	7	18	28	1.76
7298633--7298720	46	1.9	46	86	2	124	21	18	27	32	1.96
7309939--7310023	42	2.0	43	83	2	109	18	14	34	32	1.91
7314056--7314096	16	2.7	15	81	7	55	9	9	19	60	1.55
7323034--7323162	46	2.8	46	95	0	222	29	29	21	19	1.98
7323042--7323181	46	3.0	45	88	4	140	28	29	21	20	1.98
7331303--7331362	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
7332532--7332589	26	2.2	27	76	14	68	34	3	1	60	1.24
7339762--7339797	18	2.0	18	100	0	72	38	5	11	44	1.63
7344171--7344217	24	2.0	24	100	0	94	34	14	4	46	1.64
7344173--7344231	24	2.7	21	85	15	68	32	15	5	47	1.67
7350820--7350862	22	2.0	22	95	0	77	39	23	23	13	1.90
7350912--7351015	27	3.9	27	70	5	84	42	18	18	21	1.90
7351000--7351059	22	2.7	22	84	0	75	33	23	23	20	1.97
7351293--7351367	34	2.2	34	83	11	91	41	21	12	25	1.87
7351403--7351486	27	3.2	26	77	14	91	27	13	21	38	1.90
7351411--7351485	26	2.8	27	83	4	98	29	13	21	36	1.91
7351495--7351600	54	2.0	54	88	3	160	27	8	23	40	1.83
7351470--7351599	27	4.8	27	81	5	138	29	9	22	39	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7355416--7355445	5	6.0	5	92	0	51	0	23	0	76	0.78
7356504--7356571	28	2.4	28	95	0	118	33	26	7	32	1.84
7361247--7361311	28	2.3	28	91	0	103	35	27	7	29	1.85
7361417--7361506	28	3.2	27	84	7	110	21	24	22	32	1.98
7361427--7361517	27	3.2	28	82	4	85	23	26	18	31	1.97
7361417--7361531	55	2.1	56	82	8	137	20	24	20	34	1.96
7362598--7362631	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
7364695--7364844	75	2.0	75	96	2	275	23	18	34	23	1.96
7367582--7367620	5	7.8	5	82	0	51	0	23	0	76	0.78
7374800--7374879	41	2.0	41	94	0	142	18	18	16	46	1.85
7375507--7375568	28	2.2	29	88	2	90	27	12	30	29	1.93
7377219--7377305	43	2.0	43	88	0	129	20	20	14	43	1.87
7377549--7377628	28	2.8	28	83	10	101	30	33	15	21	1.94
7381494--7381573	29	2.8	28	86	3	115	27	32	15	25	1.95
7384552--7384767	40	5.5	40	87	6	282	24	24	27	23	2.00
7396612--7396671	31	2.0	30	83	9	77	36	0	18	45	1.50
7396706--7396780	33	2.3	33	84	11	93	38	17	24	20	1.93
7403216--7403275	31	2.0	30	83	9	77	36	0	18	45	1.50
7403310--7403384	33	2.3	33	84	11	93	38	17	24	20	1.93
7409811--7409879	21	3.1	21	66	18	59	26	13	21	39	1.90
7411346--7411421	31	2.5	31	88	0	116	21	34	28	15	1.94
7417502--7417818	40	7.9	40	94	0	553	24	28	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7427611--7427676	31	2.1	31	91	0	105	24	25	12	37	1.90
7427868--7428008	23	6.0	24	88	5	200	28	21	21	28	1.99
7427882--7428006	47	2.7	47	91	5	191	28	22	20	28	1.99
7428058--7428116	20	3.0	20	92	0	100	33	20	11	33	1.89
7430929--7431091	43	3.8	43	81	5	179	30	23	16	30	1.96
7437954--7438034	42	1.9	42	92	0	135	23	28	22	25	1.99
7445912--7445952	13	3.0	14	75	17	50	70	0	7	21	1.11
7450949--7450986	19	2.0	19	85	10	51	68	0	10	21	1.19
7454246--7454378	46	2.9	46	85	3	178	22	21	24	32	1.98
7479031--7479642	306	2.0	306	96	0	1136	28	18	10	42	1.83
7494239--7494327	33	2.7	33	89	0	142	25	21	19	33	1.97
7508104--7508400	50	5.9	50	75	7	235	24	18	26	30	1.98
7508591--7508622	16	2.1	16	94	5	57	43	0	18	37	1.51
7510742--7510837	27	3.6	27	68	10	70	41	14	19	23	1.89
7510841--7510890	22	2.3	22	78	0	55	38	24	20	18	1.93
7511140--7511173	14	2.4	14	85	0	50	41	29	8	20	1.82
7511229--7511319	27	3.4	26	83	6	110	36	10	14	38	1.81
7511244--7511320	27	2.9	27	94	0	127	33	9	16	40	1.81
7513609--7513784	27	6.6	26	73	9	104	41	23	7	27	1.81
7513609--7513813	54	3.8	53	76	3	169	40	23	7	27	1.82
7513659--7513814	81	1.9	81	84	2	206	41	23	7	28	1.80
7513633--7513814	27	6.7	27	78	3	161	40	23	7	28	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7513798--7514019	27	8.3	27	84	0	266	34	18	20	25	1.96
7514446--7514510	22	3.0	22	77	8	69	20	21	23	35	1.96
7514669--7514770	27	3.8	26	85	5	114	20	23	19	36	1.95
7514902--7515012	31	3.6	31	92	0	168	19	18	14	47	1.82
7514989--7515041	18	3.0	18	86	2	63	20	13	15	50	1.76
7514902--7515020	6	19.3	6	73	14	100	20	17	14	47	1.82
7521409--7521441	14	2.5	14	90	9	52	24	6	27	42	1.78
7521406--7521649	50	4.9	50	77	3	240	25	17	27	30	1.97
7521410--7521594	101	1.8	101	85	0	262	25	16	27	31	1.96
7521847--7521876	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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