genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.241.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74571947--74571976	15	1.9	16	93	6	53	43	0	6	50	1.28
74572235--74572266	15	2.1	16	94	5	57	21	31	6	40	1.78
74575942--74575975	16	2.1	16	88	5	50	8	0	14	76	1.01
74583314--74583525	29	7.2	28	74	10	167	23	25	13	37	1.91
74583314--74583525	59	3.6	58	85	3	264	23	25	13	37	1.91
74591292--74591356	32	2.0	32	93	0	112	35	12	10	41	1.78
74591731--74592019	29	9.9	29	76	4	224	23	23	13	39	1.90
74591731--74592001	59	4.6	59	81	4	273	22	23	14	39	1.91
74595944--74596137	85	2.3	86	82	5	241	34	24	17	23	1.96
74595946--74596201	43	6.0	43	81	5	227	31	23	17	26	1.97
74595946--74596201	85	3.0	84	80	6	203	31	23	17	26	1.97
74600884--74601016	7	18.7	7	70	11	56	39	38	0	21	1.54
74600944--74601011	14	4.9	14	82	10	77	35	44	0	20	1.52
74600942--74601016	21	3.5	21	74	15	73	38	40	0	21	1.53
74603751--74603786	16	2.2	16	90	9	56	36	25	5	33	1.79
74607612--74607649	15	2.4	17	78	17	53	36	26	23	13	1.91
74607617--74607649	15	2.2	15	94	0	57	39	27	21	12	1.88
74609015--74609071	25	2.3	24	87	3	78	26	22	22	28	1.99
74609064--74609121	25	2.3	25	90	0	89	31	25	20	22	1.98
74624569--74624613	13	3.5	13	93	0	81	20	8	15	55	1.66
74625774--74625809	17	2.1	18	89	5	56	22	13	22	41	1.89
74636127--74636200	37	2.0	37	100	0	148	40	8	18	32	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74643170--74643203	13	2.6	13	100	0	68	29	0	0	70	0.87
74643390--74643443	20	2.7	19	80	8	72	24	3	5	66	1.29
74643701--74643744	18	2.4	18	92	0	70	52	11	2	34	1.50
74644055--74644117	33	1.9	33	84	12	85	46	0	1	52	1.10
74646645--74646777	61	2.2	60	85	4	180	51	3	6	39	1.42
74650178--74650231	26	2.0	26	85	3	72	59	16	7	16	1.59
74651829--74651870	21	2.0	21	85	0	57	14	21	2	61	1.43
74653148--74653413	103	2.6	104	91	0	426	19	20	30	29	1.97
74660640--74660905	103	2.6	104	91	0	426	19	20	30	29	1.97
74669421--74669522	11	9.4	11	73	13	77	56	0	2	40	1.14
74669421--74669522	42	2.4	42	88	5	159	56	0	2	40	1.14
74669467--74669532	31	2.2	30	89	5	105	57	0	1	40	1.08
74669505--74669538	18	2.0	16	88	11	50	58	0	0	41	0.98
74669505--74669552	17	2.8	18	81	9	55	58	0	0	41	0.98
74674194--74674231	13	2.9	13	88	7	51	60	0	2	36	1.11
74676443--74676490	22	2.1	23	85	11	64	66	6	0	27	1.15
74680061--74680219	79	2.0	79	100	0	318	17	3	23	54	1.59
74680423--74680523	52	1.9	52	95	0	184	32	21	18	26	1.97
74686583--74686894	87	3.7	86	83	5	339	47	11	10	30	1.73
74686584--74686894	174	1.8	169	81	6	392	47	11	10	30	1.73
74687277--74687307	14	2.2	14	94	0	53	32	29	12	25	1.93
74688392--74688430	20	2.0	20	94	0	69	30	7	10	51	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74688444--74688470	12	2.2	12	100	0	54	22	14	7	55	1.64
74691253--74691305	19	2.8	18	83	11	61	32	1	0	66	1.03
74693240--74693443	59	3.4	59	88	0	309	35	3	8	52	1.50
74693487--74693565	29	2.7	28	74	14	70	37	13	6	41	1.70
74693594--74693638	24	1.9	23	86	4	63	53	26	0	20	1.46
74694251--74694291	22	2.0	20	85	9	55	60	0	0	39	0.96
74710166--74710484	69	4.6	68	80	5	266	23	22	15	37	1.93
74710165--74710484	138	2.3	138	79	4	351	23	23	15	37	1.93
74712947--74713047	29	3.7	27	70	20	84	52	15	0	31	1.43
74712931--74713057	54	2.4	54	87	9	172	53	14	1	29	1.51
74712984--74713056	9	8.1	9	72	11	60	53	15	1	30	1.50
74712931--74713044	41	2.8	40	76	17	110	52	15	0	30	1.49
74712939--74713063	62	2.0	65	82	9	159	53	15	1	29	1.51
74712931--74713063	13	10.0	13	72	18	105	53	15	1	30	1.51
74712958--74713063	25	4.6	25	71	20	81	51	16	0	31	1.50
74714760--74714785	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
74721877--74721929	19	2.7	20	77	11	56	28	7	3	60	1.41
74721932--74722021	29	3.2	28	81	7	119	32	2	1	64	1.13
74721940--74722026	10	9.3	10	70	15	53	27	2	1	68	1.08
74721940--74722043	19	5.6	18	73	10	75	29	2	0	66	1.13
74721932--74722037	56	1.9	56	88	3	160	32	2	0	64	1.15
74721939--74722027	9	9.9	8	71	17	52	29	2	1	67	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74721940--74722043	27	3.8	26	76	16	93	29	2	0	66	1.13
74721946--74722043	28	3.5	27	75	16	92	30	3	1	65	1.15
74722117--74722345	90	2.5	90	85	6	331	33	9	21	35	1.85
74728576--74728629	20	2.5	21	80	11	65	81	3	12	1	0.91
74728971--74729165	107	1.8	107	88	2	302	25	17	10	45	1.81
74729626--74729847	45	5.1	44	64	18	140	30	23	22	24	1.99
74729608--74730298	87	7.9	87	88	1	945	29	23	22	24	1.99
74729827--74730030	44	4.6	45	66	16	122	26	24	24	25	2.00
74729590--74730314	350	2.1	349	86	2	1008	30	23	22	24	1.99
74730540--74730736	44	4.5	44	66	10	134	29	19	23	26	1.98
74730476--74730968	132	3.7	132	90	1	740	30	18	23	26	1.98
74730476--74730963	263	1.9	263	89	2	757	30	19	23	27	1.98
74731389--74732306	459	2.0	459	100	0	1836	28	23	20	26	1.99
74734546--74734589	13	3.5	13	78	12	56	36	2	6	54	1.40
74734539--74734590	24	2.2	24	92	0	86	34	1	7	55	1.39
74736862--74736904	20	2.1	21	95	4	79	46	0	20	32	1.51
74737668--74737708	21	2.0	21	85	4	57	26	4	21	46	1.72
74746896--74746939	21	2.2	20	95	4	79	45	0	0	54	0.99
74746876--74746947	16	4.2	16	74	19	65	48	0	0	51	1.00
74746989--74747036	19	2.7	18	76	20	55	52	4	2	41	1.32
74747026--74747096	38	1.9	36	83	11	90	53	4	2	39	1.35
74756770--74756807	14	2.6	15	84	15	53	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74756770--74756808	15	2.7	15	88	11	55	46	0	0	53	1.00
74760338--74760471	42	3.2	41	72	16	96	40	14	23	20	1.90
74773336--74773496	83	2.0	80	86	3	223	27	13	19	40	1.88
74782312--74782379	24	2.8	24	88	0	109	25	20	25	29	1.99
74785410--74785456	15	2.9	16	73	20	53	36	2	0	61	1.08
74785481--74785609	57	2.2	59	77	14	133	39	4	5	50	1.46
74786538--74786579	20	2.2	20	82	4	50	69	23	4	2	1.20
74788368--74788458	45	2.0	45	97	0	173	35	6	1	57	1.32
74790223--74790261	21	1.9	21	89	5	62	46	5	5	43	1.48
74790594--74790697	51	2.0	51	92	0	172	19	32	17	30	1.95
74791457--74791508	20	2.6	20	78	0	50	44	11	5	38	1.65
74798245--74798276	15	2.1	15	94	0	55	28	0	6	65	1.16
74798361--74798421	27	2.3	27	91	0	95	32	19	16	31	1.94
74816531--74816562	17	2.0	17	88	11	50	28	40	12	18	1.87
74817924--74817964	22	1.9	21	85	5	55	53	7	0	39	1.29
74817927--74817999	29	2.5	29	80	8	85	60	5	1	32	1.28
74818211--74818268	27	2.2	26	78	9	64	62	5	3	29	1.33
74819493--74819543	23	2.2	23	85	0	75	29	0	1	68	1.00
74820600--74820644	20	2.2	20	80	7	56	62	2	0	35	1.08
74820616--74820667	27	1.9	27	88	7	79	63	3	0	32	1.12
74821379--74821454	31	2.4	32	88	2	118	32	6	13	47	1.68
74821607--74821674	27	2.3	29	78	14	77	30	8	14	45	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74827413--74827572	68	2.3	69	84	7	202	25	8	24	42	1.82
74828041--74828235	20	9.7	20	69	5	124	38	8	14	37	1.77
74828051--74828188	61	2.3	60	82	9	165	41	8	15	34	1.78
74828038--74828228	101	1.9	101	88	4	287	40	8	15	35	1.78
74828113--74828236	40	3.1	40	88	1	167	37	8	14	39	1.76
74828131--74828251	40	3.0	41	85	6	149	39	8	14	38	1.75
74828289--74828533	112	2.2	112	82	3	296	37	16	13	32	1.87
74828740--74828788	26	1.9	25	83	4	62	44	2	2	51	1.24
74828784--74828839	21	2.7	21	69	20	53	33	3	5	57	1.39
74836960--74837077	43	2.7	43	85	12	170	34	28	16	19	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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