Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   

This is table  187  of  313  ( 37448 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
57696203--57696491
88
3.3
87
72
10
255
30
20
23
25
1.98
57696377--57696556
44
4.1
44
68
12
118
28
20
25
26
1.99
57696377--57696646
131
2.1
131
87
2
391
30
20
23
26
1.98
57696597--57696957
44
8.5
44
67
13
175
30
22
19
26
1.98
57696591--57697016
128
3.3
128
87
1
584
31
22
20
26
1.98
57696938--57697028
44
2.1
44
83
8
114
31
19
20
27
1.97
57697841--57697880
4
9.8
4
89
5
62
22
2
0
75
0.93
57697840--57697880
17
2.5
17
92
4
66
21
2
0
75
0.92
57697841--57697881
21
2.0
21
95
0
73
21
2
0
75
0.92
57699000--57699029
16
1.9
15
93
6
51
23
0
3
73
0.98
57699825--57699860
16
2.2
16
100
0
72
25
0
36
38
1.56
57700096--57700130
18
2.0
17
88
5
52
54
0
0
45
0.99
57700195--57700246
15
3.6
15
80
12
56
53
1
0
44
1.11
57700315--57700366
15
3.6
15
80
12
56
53
1
0
44
1.11
57700079--57700491
120
3.4
120
96
2
733
49
5
2
42
1.38
57700532--57700579
26
1.9
25
84
16
64
52
2
0
45
1.12
57700487--57700696
92
2.3
92
82
7
232
49
3
2
44
1.35
57700522--57700715
92
2.1
92
86
5
268
46
4
3
45
1.41
57708346--57708393
24
2.0
24
100
0
96
37
4
4
54
1.39
57708526--57708578
21
2.5
21
90
0
79
30
35
9
24
1.87
57708641--57708696
21
2.7
21
88
0
85
26
8
35
28
1.87
57711992--57713370
690
2.0
689
99
0
2722
38
16
16
28
1.91
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
57712683--57714853
946
2.3
947
99
0
4238
39
15
16
28
1.90
57715115--57715183
33
2.1
34
83
8
88
37
10
15
36
1.82
57717553--57717600
19
2.4
20
89
10
80
31
0
4
64
1.12
57717556--57717635
23
3.6
24
82
12
82
26
1
5
67
1.18
57717553--57717603
20
2.6
19
93
6
84
31
0
3
64
1.11
57717819--57717924
48
2.2
48
81
1
122
23
20
29
26
1.99
57719817--57719877
28
2.2
27
82
11
70
45
0
3
50
1.17
57722874--57722903
8
3.9
8
95
4
53
40
0
20
40
1.52
57724318--57724362
21
2.2
21
84
4
56
33
6
0
60
1.23
57726069--57726158
44
2.0
44
100
0
180
23
15
22
38
1.92
57734457--57734510
22
2.4
23
81
6
58
51
9
0
38
1.34
57734738--57734769
14
2.1
16
88
11
50
34
12
9
43
1.75
57744212--57744335
54
2.3
53
80
5
133
21
27
25
25
2.00
57746131--57746166
17
2.1
18
94
5
65
41
16
5
36
1.72
57747150--57747185
17
2.1
18
94
5
65
41
16
5
36
1.72
57753763--57753860
23
4.3
23
93
2
162
20
23
26
29
1.99
57753765--57753853
45
2.0
45
95
0
160
19
24
26
29
1.98
57762140--57762173
17
1.9
18
94
5
61
47
14
5
32
1.69
57771186--57771225
9
4.2
9
84
9
53
55
7
5
32
1.50
57771190--57771229
19
2.2
18
86
13
55
52
5
5
37
1.45
57773653--57773837
79
2.3
81
84
7
236
24
22
27
25
2.00
57773654--57773837
40
4.6
40
83
9
216
24
22
27
25
2.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
57773706--57773870
79
2.1
79
84
6
210
26
21
27
25
1.99
57781632--57781854
39
5.7
40
86
7
273
25
22
27
24
2.00
57781632--57781854
79
2.8
81
85
8
282
25
22
27
24
2.00
57781632--57781887
79
3.3
79
82
9
224
26
21
27
24
1.99
57791570--57791690
27
4.5
27
73
12
95
33
13
28
24
1.93
57791561--57791719
27
5.9
27
71
8
90
32
13
28
25
1.94
57805714--57805898
50
3.7
50
88
0
262
22
30
22
24
1.99
57808161--57808295
50
2.7
50
81
1
162
21
29
22
25
1.99
57809408--57809476
25
2.8
25
78
12
70
20
1
4
73
1.07
57809443--57809479
14
2.9
13
88
11
51
18
0
8
72
1.08
57809421--57809479
25
2.4
25
85
5
75
20
1
5
72
1.12
57809687--57809734
25
1.9
25
82
0
60
20
6
8
64
1.43
57811129--57811161
6
5.7
6
89
3
50
12
0
12
75
1.04
57811119--57811167
12
4.2
12
84
7
57
12
2
8
77
1.07
57811119--57811182
17
3.7
17
82
12
69
14
1
9
75
1.12
57811138--57811229
47
2.0
47
81
12
109
16
2
13
68
1.30
57815429--57815470
3
14.0
3
80
9
50
30
2
2
64
1.19
57815708--57815770
32
2.0
30
84
6
81
34
0
4
60
1.18
57815725--57815768
22
2.0
21
82
4
52
34
0
6
59
1.24
57815943--57815968
12
2.2
12
100
0
52
42
0
7
50
1.31
57819319--57819422
49
2.1
49
89
0
154
28
7
11
51
1.65
57820822--57821137
120
2.6
120
95
1
562
42
3
4
50
1.39
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
57821029--57821182
51
3.0
50
67
20
120
43
2
4
49
1.36
57821224--57821257
16
2.1
16
94
0
59
38
0
0
61
0.96
57821248--57821364
16
7.2
16
69
12
60
47
0
3
49
1.18
57821192--57821601
81
5.1
81
71
16
316
44
1
4
49
1.31
57821122--57821482
199
1.8
200
93
1
625
44
1
4
49
1.32
57821272--57821655
120
3.2
120
94
0
689
44
1
5
48
1.34
57821423--57821458
18
2.0
18
100
0
72
33
0
0
66
0.92
57821573--57821728
73
2.1
73
96
0
285
44
3
6
46
1.45
57821927--57821973
16
2.9
16
93
0
76
27
36
0
36
1.57
57826351--57826399
7
7.1
7
77
13
57
14
46
0
38
1.44
57828776--57828822
23
2.0
23
100
0
94
21
21
8
48
1.76
57829125--57829159
15
2.4
15
90
4
54
48
0
8
42
1.33
57832278--57832311
9
3.7
9
92
4
50
35
0
5
58
1.22
57833773--57833866
37
2.5
35
80
14
100
30
23
1
44
1.60
57834549--57834594
6
7.7
6
95
0
83
0
17
0
82
0.67
57834549--57834606
12
4.8
12
89
6
82
0
20
0
79
0.74
57834549--57834602
18
3.0
18
89
5
83
0
20
0
79
0.73
57834663--57834697
17
2.0
18
88
5
54
14
8
5
71
1.29
57834651--57834710
23
2.8
21
82
10
59
13
8
3
75
1.16
57835422--57835479
25
2.4
24
85
8
73
39
15
5
39
1.70
57835585--57835612
11
2.5
11
100
0
56
42
0
0
57
0.99
57839440--57839486
24
2.0
24
88
8
71
53
0
2
44
1.12
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
57844212--57844281
6
11.7
6
96
0
131
32
1
15
50
1.53
57845578--57845712
61
2.2
61
86
0
189
47
7
2
42
1.46
57850758--57850792
7
5.0
7
100
0
70
42
14
14
28
1.84
57857544--57857662
59
2.0
59
96
0
220
40
4
7
47
1.51
57857829--57857853
9
2.8
9
100
0
50
24
0
0
76
0.80
57858037--57858281
112
2.2
113
90
0
384
31
17
12
38
1.87
57858633--57858773
67
2.1
67
87
0
201
36
18
6
38
1.76
57858892--57858944
26
2.0
26
96
0
97
35
20
20
22
1.96
57859796--57859824
6
4.8
6
100
0
58
51
0
0
48
1.00
57860172--57860221
18
2.7
18
82
14
66
22
2
6
70
1.20
57862456--57862569
15
8.0
15
75
11
87
26
20
25
28
1.99
57862458--57862517
29
2.1
29
90
0
93
23
15
28
33
1.94
57862587--57862690
22
4.6
22
66
9
66
36
14
16
32
1.89
57862591--57862734
68
2.2
66
83
5
173
36
12
17
34
1.87
57862610--57862739
44
2.9
44
82
4
127
38
10
16
34
1.83
57862610--57862739
22
5.8
22
69
3
89
38
10
16
34
1.83
57876889--57876935
13
3.6
13
75
11
51
34
4
34
27
1.77
57876882--57876940
26
2.3
26
96
0
109
27
6
28
37
1.82
57876882--57876948
26
2.6
26
90
0
80
29
7
28
34
1.85
57877185--57877245
19
3.1
19
81
9
70
50
0
1
47
1.10
57879011--57879322
72
4.3
72
92
1
493
55
15
6
23
1.63
57879751--57879834
18
4.7
18
96
0
150
39
13
14
33
1.84
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
57880723--57880854
43
3.1
43
92
0
210
28
33
18
19
1.95
57880803--57880911
57
1.9
57
90
0
173
30
35
11
22
1.90
57880860--57880965
43
2.5
42
86
4
140
33
32
13
21
1.92
57880760--57880946
100
1.9
100
86
0
266
28
33
14
22
1.94
57887533--57887580
18
2.7
18
96
0
87
39
12
12
35
1.81
57888469--57888600
43
3.1
43
92
0
210
28
33
18
19
1.95
57888549--57888657
57
1.9
57
90
0
173
30
35
11
22
1.90
57888606--57888711
43
2.5
42
86
4
140
33
32
13
21
1.92
57888506--57888692
100
1.9
100
86
0
266
28
33
14
22
1.94
57891712--57891771
24
2.5
24
89
2
95
58
8
10
23
1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313