genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.204.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   

This is table  204  of  313  ( 37448 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62565362--62565460	51	2.0	50	90	6	155	22	14	28	35	1.93
62572076--62572145	21	3.2	21	72	18	70	22	15	25	35	1.94
62581809--62581937	51	2.5	51	79	0	168	38	5	13	42	1.67
62586927--62587055	51	2.5	51	80	0	168	38	6	13	41	1.70
62589481--62589795	48	6.7	48	74	12	214	29	19	28	22	1.98
62589481--62589753	96	2.9	95	90	3	410	30	19	28	21	1.98
62591264--62591379	46	2.5	46	84	6	137	23	30	18	27	1.98
62599524--62599550	6	4.5	6	100	0	54	85	0	0	14	0.61
62607664--62607786	47	2.6	47	83	2	140	30	9	32	26	1.89
62607874--62608006	27	5.3	27	62	17	88	33	4	30	31	1.78
62607852--62608034	49	3.7	49	100	0	366	31	6	31	30	1.83
62609460--62609611	40	3.8	40	86	0	205	23	22	28	25	1.99
62609787--62609838	25	2.1	25	85	7	70	28	7	32	30	1.85
62611397--62611443	25	1.9	24	86	4	67	74	2	17	6	1.12
62612268--62612596	47	6.9	47	95	0	532	32	7	30	29	1.86
62612715--62612793	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
62613982--62614029	13	3.5	13	78	10	60	10	37	35	16	1.83
62613973--62614029	28	2.0	28	100	0	114	14	38	33	14	1.85
62613973--62614016	15	3.1	15	74	12	56	15	38	31	13	1.87
62614455--62614523	32	2.1	33	91	2	113	43	23	2	30	1.68
62615089--62615136	18	2.7	18	90	0	78	60	2	0	37	1.09
62617995--62618271	27	10.3	26	80	6	223	42	20	17	19	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62617995--62618260	81	3.3	80	83	4	291	42	21	16	19	1.89
62636229--62636339	56	2.0	56	85	3	152	43	15	15	26	1.86
62636229--62636339	28	4.0	28	81	0	132	43	15	15	26	1.86
62636426--62636452	14	1.9	14	100	0	54	51	0	11	37	1.37
62651963--62651997	8	4.5	8	96	3	63	91	8	0	0	0.42
62651962--62652003	15	2.8	14	83	16	57	88	11	0	0	0.53
62651962--62652003	22	1.9	22	95	0	75	88	11	0	0	0.53
62651963--62652003	16	2.6	15	88	11	64	90	9	0	0	0.46
62651965--62652006	6	7.3	6	86	5	52	88	11	0	0	0.53
62657770--62657809	16	2.4	17	87	4	64	70	2	0	27	1.01
62657757--62657790	9	3.7	9	84	7	50	70	0	2	26	1.01
62669714--62669741	6	4.7	6	100	0	56	28	0	0	71	0.86
62672346--62672395	10	4.9	10	80	11	57	54	4	0	42	1.19
62673690--62674067	190	2.0	189	93	0	639	35	20	10	33	1.87
62677650--62677775	63	2.0	64	85	1	173	23	24	23	29	1.99
62678401--62678447	20	2.6	18	83	16	62	78	2	10	8	1.04
62678413--62678464	20	2.6	20	81	6	52	75	1	17	5	1.10
62680274--62680316	17	2.5	17	92	0	68	30	20	2	46	1.63
62687103--62687258	64	2.5	64	88	1	215	21	30	23	23	1.99
62689335--62689388	25	2.0	27	82	10	67	25	20	3	50	1.65
62693081--62693178	29	3.3	29	71	23	87	26	28	16	28	1.97
62693081--62693229	61	2.5	59	80	13	160	26	26	16	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62700995--62701229	119	2.0	119	84	1	310	36	11	22	29	1.89
62701777--62701830	15	3.7	15	71	14	58	40	29	7	22	1.81
62706998--62707098	20	5.1	20	61	4	51	34	16	27	20	1.95
62706972--62707114	40	3.6	40	83	7	173	33	17	28	20	1.95
62721303--62722262	39	24.6	39	97	1	1768	29	20	26	23	1.99
62732211--62732302	22	4.2	22	81	13	100	30	29	0	40	1.57
62732252--62732354	52	2.0	51	81	12	122	33	33	0	33	1.58
62732304--62732345	22	1.9	22	90	0	66	33	33	0	33	1.58
62732380--62732438	27	2.2	27	82	8	68	40	1	1	55	1.20
62732389--62732440	27	1.9	27	88	7	79	38	0	1	59	1.08
62732532--62732594	24	2.7	23	75	18	58	28	0	4	66	1.12
62734725--62734760	18	2.1	18	89	5	56	50	19	0	30	1.48
62734713--62734802	24	3.8	24	78	10	105	46	24	0	28	1.53
62734746--62736028	61	22.0	61	90	7	1857	46	24	0	28	1.53
62735563--62736046	23	18.2	24	76	19	270	47	24	0	28	1.53
62735668--62735739	34	2.1	34	97	0	135	45	30	0	23	1.53
62735919--62736015	28	3.1	33	82	15	141	49	22	0	27	1.50
62739211--62739465	124	2.1	124	87	3	361	31	23	15	29	1.95
62740420--62740452	11	3.1	11	82	8	50	18	3	0	78	0.87
62746539--62746592	28	2.0	28	85	3	74	53	14	3	27	1.58
62747897--62747944	24	2.0	24	100	0	96	25	16	12	45	1.82
62750809--62750843	18	1.9	18	88	11	54	8	2	34	54	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62752545--62752670	41	3.1	41	79	6	114	30	16	24	27	1.97
62752904--62752968	32	2.1	31	85	2	85	38	7	13	40	1.74
62754073--62754112	15	2.5	17	80	19	50	55	20	5	20	1.62
62754332--62754699	132	2.8	132	87	2	499	30	18	25	25	1.98
62754590--62754807	110	2.0	110	88	0	328	28	19	25	27	1.99
62757947--62758155	44	4.8	44	67	17	146	30	20	25	24	1.99
62758469--62759059	44	13.4	44	63	16	195	30	17	24	27	1.97
62757921--62761208	132	24.9	132	86	1	4421	30	17	23	28	1.97
62761872--62761909	20	2.0	20	89	5	60	15	5	2	76	1.08
62762545--62762580	3	12.3	3	94	5	65	33	0	0	66	0.92
62762647--62762690	23	2.0	22	82	13	54	27	9	6	56	1.55
62762727--62762756	12	2.6	12	94	5	53	36	6	0	56	1.26
62762863--62762928	31	2.1	31	83	8	80	37	7	3	51	1.46
62769106--62769152	25	2.0	24	87	8	69	34	23	6	36	1.80
62770269--62770446	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
62770290--62770445	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
62775079--62775146	29	2.3	29	82	0	73	27	20	17	33	1.95
62790020--62790107	3	29.7	3	78	6	54	52	1	3	43	1.25
62790007--62790091	44	1.9	44	97	0	161	49	2	4	43	1.36
62800304--62800369	31	2.1	31	82	5	78	42	10	10	36	1.74
62801874--62802248	187	2.0	187	98	0	723	32	16	21	29	1.95
62808090--62808149	20	3.0	20	85	0	84	45	13	8	33	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62808183--62808239	18	2.9	19	79	10	62	33	17	14	35	1.90
62811083--62811126	23	2.0	22	86	8	63	65	6	6	20	1.39
62819081--62819172	20	4.6	20	72	14	73	45	15	7	31	1.74
62819186--62819234	19	2.7	18	80	3	53	32	8	16	42	1.77
62825705--62825840	68	2.0	68	92	0	227	33	30	10	25	1.89
62826010--62827104	545	2.0	546	98	0	2138	31	18	16	33	1.93
62828582--62828618	12	3.2	12	77	14	51	29	0	24	45	1.53
62828972--62829053	6	13.7	6	74	14	62	20	14	15	48	1.80
62831278--62831314	19	1.9	19	89	10	58	43	0	2	54	1.14
62835611--62835735	63	2.0	63	82	0	151	27	24	20	28	1.99
62836386--62836422	19	1.9	19	88	0	56	75	0	16	8	1.02
62837374--62837423	25	2.0	25	88	0	73	40	40	10	10	1.72
62840265--62840295	7	4.4	7	100	0	62	87	0	0	12	0.55
62841911--62841960	10	4.5	11	78	12	57	68	4	0	28	1.08
62841911--62841967	13	4.9	12	81	14	50	64	3	0	31	1.10
62841958--62841992	16	2.1	17	89	10	54	42	0	0	57	0.99
62846709--62846745	12	3.0	12	88	4	56	18	0	2	78	0.87
62852396--62852576	40	4.6	39	82	6	186	25	27	22	25	2.00
62860074--62860336	40	6.6	39	86	4	278	25	27	21	25	1.99
62860074--62860336	120	2.2	119	82	4	307	25	27	21	25	1.99
62860268--62860345	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
62869433--62869789	44	8.1	44	82	4	324	33	17	19	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62871747--62871771	12	2.1	12	100	0	50	16	0	0	84	0.63
62884117--62884173	29	2.0	29	96	0	105	50	3	14	31	1.59
62890142--62890202	27	2.3	27	88	0	95	24	18	26	31	1.97
62892024--62892075	27	1.9	27	84	0	68	28	30	11	28	1.92
62896239--62896418	91	2.0	91	87	2	263	21	15	25	38	1.92
62905485--62905517	11	2.8	12	81	9	50	81	3	9	6	0.95
62910985--62911032	3	16.0	3	95	0	87	64	0	2	33	1.05
62911713--62911787	24	3.1	24	77	7	89	26	57	9	6	1.55
62913365--62913733	165	2.3	162	82	7	444	37	15	7	39	1.75
62913611--62913765	69	2.3	69	86	3	206	33	18	5	42	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313