genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25746013--25746086	31	2.4	33	80	11	93	58	2	0	39	1.13
25746252--25746330	28	2.6	32	69	15	78	55	2	2	39	1.27
25749404--25749435	14	2.3	14	94	0	55	9	25	9	56	1.61
25750031--25750064	17	1.9	18	88	5	52	26	8	5	58	1.51
25753014--25753062	21	2.3	21	92	0	80	28	2	2	67	1.13
25754768--25754819	20	2.5	20	81	9	61	26	1	1	69	1.10
25755538--25755571	17	1.9	18	94	5	61	26	11	5	55	1.58
25771498--25771528	14	2.2	14	94	0	53	16	9	0	74	1.07
25771888--25771912	12	2.1	12	100	0	50	32	0	24	44	1.54
25776583--25776621	18	2.2	18	86	9	53	79	10	7	2	1.02
25784803--25784846	21	2.1	21	91	0	70	25	13	9	52	1.70
25789435--25790240	177	4.5	177	90	0	1254	30	18	23	28	1.98
25789780--25790053	44	6.2	45	68	14	133	30	16	22	29	1.96
25792448--25792699	126	2.0	127	91	0	407	26	14	21	37	1.92
25793053--25793719	88	7.7	88	91	2	928	34	22	23	20	1.97
25793053--25794000	264	3.7	262	83	8	1137	33	21	23	21	1.97
25793364--25793686	44	7.3	44	66	18	190	32	23	24	18	1.97
25793486--25793964	245	2.0	245	88	1	728	32	21	22	23	1.98
25793731--25794000	88	3.1	88	85	1	346	33	19	22	24	1.97
25795331--25795361	14	2.2	14	94	0	53	12	9	0	77	0.99
25799820--25799851	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
25799820--25799850	14	2.2	14	100	0	62	19	0	0	80	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25804273--25804320	5	9.6	5	100	0	96	18	0	0	81	0.70
25806555--25806594	18	2.1	20	90	9	66	62	0	17	20	1.33
25808435--25808513	28	2.8	28	88	0	113	34	10	25	30	1.89
25810486--25810843	57	6.2	57	98	0	662	16	18	36	27	1.93
25815800--25815865	28	2.4	28	81	0	87	43	7	19	28	1.78
25815936--25816627	39	17.7	39	99	0	1323	17	23	30	28	1.97
25822560--25822597	20	1.9	20	84	10	51	23	7	7	60	1.51
25824912--25824952	20	2.1	19	86	13	57	29	2	2	65	1.18
25838130--25838165	18	2.0	18	100	0	72	38	16	11	33	1.84
25841432--25841533	14	7.2	13	72	25	59	25	7	1	64	1.31
25841429--25841538	29	3.8	30	69	17	79	26	7	1	64	1.29
25841503--25841548	15	2.9	15	90	6	65	26	6	0	67	1.15
25845017--25845103	4	21.8	4	97	0	165	25	0	22	51	1.48
25846108--25846176	6	11.5	6	85	11	97	81	0	2	15	0.81
25846363--25846392	6	5.0	6	95	0	51	0	0	80	20	0.72
25850283--25850357	29	2.6	29	93	0	123	17	18	26	37	1.93
25852703--25852774	33	2.2	33	92	2	119	50	0	16	33	1.46
25858090--25858130	21	1.9	22	85	5	57	39	17	2	41	1.62
25860299--25860376	40	2.0	40	92	5	133	57	5	12	24	1.55
25861098--25861132	10	3.5	10	88	0	52	65	2	11	20	1.37
25862055--25862088	12	2.8	12	86	0	50	35	11	0	52	1.38
25862419--25862708	150	1.9	150	88	4	433	39	4	10	46	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25862423--25862723	52	5.9	51	70	17	182	38	4	10	46	1.58
25862678--25862720	19	2.2	20	91	4	70	37	2	9	51	1.47
25862697--25862755	21	2.8	21	79	7	57	44	3	8	44	1.51
25868894--25869070	50	3.5	50	88	2	257	35	16	21	26	1.94
25869048--25869249	31	6.5	31	89	0	296	29	19	25	25	1.98
25869287--25869412	47	2.7	48	86	2	166	29	15	25	29	1.96
25887923--25887974	25	2.0	28	85	11	74	50	1	19	28	1.58
25890051--25890080	14	2.1	14	93	0	51	16	0	36	46	1.47
25895105--25895137	15	2.2	15	94	0	57	45	21	9	24	1.80
25900383--25900489	55	2.0	54	96	1	196	34	28	0	36	1.64
25901629--25901680	13	4.2	12	76	13	61	51	1	0	46	1.12
25901746--25901781	13	2.8	12	88	12	54	50	0	2	47	1.15
25902098--25902137	21	1.9	21	84	0	53	60	2	0	37	1.11
25902312--25902371	14	4.4	14	87	4	86	38	11	1	48	1.50
25903535--25903587	23	2.3	23	100	0	106	54	0	3	41	1.18
25903594--25903628	9	4.0	9	88	7	54	71	0	11	17	1.14
25903582--25903628	17	2.7	18	86	6	69	74	0	10	14	1.07
25904999--25905040	5	8.2	5	91	2	57	38	0	23	38	1.55
25905449--25905733	45	6.3	45	92	0	428	19	19	20	40	1.92
25905913--25906103	18	10.6	18	74	14	153	35	12	15	36	1.86
25905901--25906183	36	7.6	36	70	15	166	35	12	15	36	1.86
25905901--25906183	72	3.8	72	78	10	207	35	12	15	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25906142--25906183	18	2.3	18	87	0	57	38	11	16	33	1.86
25909535--25909596	27	2.3	26	76	13	63	38	1	11	48	1.49
25916238--25916282	22	2.0	21	100	0	72	37	44	8	8	1.67
25918638--25918672	9	3.9	9	88	11	54	88	0	11	0	0.51
25919711--25920730	510	2.0	510	100	0	2040	26	17	20	35	1.95
25921207--25921331	48	2.7	47	81	5	137	33	28	14	24	1.94
25928363--25928490	48	2.7	47	83	4	152	35	30	13	21	1.91
25929520--25929558	6	6.5	6	100	0	78	82	0	0	17	0.68
25932585--25932609	7	3.6	7	100	0	50	88	0	12	0	0.53
25933583--25933669	39	2.2	40	83	8	106	39	2	5	52	1.38
25938493--25938517	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
25943505--25943696	50	3.7	49	86	6	231	19	28	25	27	1.99
25943791--25943822	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
25944034--25944091	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
25951915--25951947	13	2.6	13	90	4	50	57	0	0	42	0.98
25952345--25952391	7	7.0	7	92	2	71	44	14	8	31	1.76
25953364--25953402	12	2.9	15	78	21	50	48	0	0	51	1.00
25957540--25957571	6	5.2	6	96	3	55	65	0	31	3	1.08
25958051--25958125	39	1.9	38	84	7	98	29	4	0	66	1.09
25961931--25962163	82	2.8	82	98	0	448	32	10	12	44	1.76
25962848--25962873	12	2.2	12	100	0	52	61	0	0	38	0.96
25962981--25963019	14	2.7	14	84	4	51	61	2	0	35	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25963141--25963326	31	5.9	31	81	8	214	26	21	9	42	1.83
25963149--25963327	64	2.8	63	92	2	288	25	21	9	43	1.83
25963141--25963326	95	2.0	94	82	9	227	26	21	9	42	1.83
25963745--25963887	58	2.5	57	81	6	153	49	10	16	23	1.76
25963766--25963878	58	1.9	59	85	1	156	50	9	16	23	1.75
25963748--25963906	59	2.7	58	80	8	151	49	10	16	24	1.76
25964123--25964158	14	2.5	15	86	4	56	47	2	5	44	1.41
25970976--25971004	15	1.9	15	100	0	58	17	13	34	34	1.89
25971222--25971280	12	5.2	11	78	13	57	76	3	13	6	1.12
25983612--25983686	36	2.1	36	100	0	150	34	17	21	26	1.95
25995164--25995203	19	2.2	19	90	4	64	42	2	12	42	1.56
25999563--25999610	19	2.6	19	83	3	62	37	2	12	47	1.53
25999627--25999712	42	2.0	42	95	0	154	29	4	15	51	1.63
25999732--25999783	25	2.1	25	100	0	104	15	21	7	55	1.64
26002740--26002826	31	2.8	31	82	6	88	37	3	2	56	1.29
26002859--26002902	23	1.9	23	86	9	63	45	6	13	34	1.70
26005005--26005074	2	36.0	2	87	5	81	0	54	0	45	0.99
26005579--26005848	137	2.0	138	87	0	398	39	20	8	31	1.83
26007471--26007508	20	1.9	20	89	10	60	47	7	5	39	1.55
26009985--26010043	30	1.9	31	82	3	75	25	22	5	47	1.71
26012757--26012835	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
26012954--26013097	47	3.1	47	85	2	191	25	31	11	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26024159--26024196	20	1.9	20	89	10	60	31	7	26	34	1.85
26035741--26035772	16	1.9	17	93	6	57	15	3	0	81	0.82
26036411--26036485	33	2.4	31	81	4	87	24	25	34	16	1.95
26039793--26039824	16	1.9	17	93	6	57	15	3	0	81	0.82
26041268--26041311	22	2.0	22	100	0	88	27	4	18	50	1.66
26049968--26050016	25	2.0	25	83	0	62	32	20	16	30	1.94
26050149--26050244	26	3.8	26	90	2	135	26	25	22	26	2.00
26050463--26050546	30	2.8	30	92	7	143	33	17	23	25	1.97
26052010--26052035	11	2.4	11	100	0	52	15	0	7	76	0.99
26053084--26053127	23	2.0	22	82	8	54	56	11	15	15	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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