genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.155.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49024875--49025035	87	1.9	87	81	5	200	32	19	21	26	1.97
49024610--49025588	218	4.5	218	94	0	1660	30	20	21	27	1.98
49024604--49025601	131	7.6	129	69	11	480	31	19	21	27	1.98
49025522--49025625	44	2.4	44	83	3	120	26	24	20	28	1.99
49025257--49025772	262	2.0	261	79	6	569	29	20	22	27	1.98
49027563--49027601	16	2.4	16	91	0	60	35	12	2	48	1.55
49027547--49027649	34	3.0	35	75	8	97	37	10	3	47	1.57
49028459--49028504	21	2.2	21	84	0	56	4	39	19	36	1.72
49029511--49029588	39	2.0	38	95	2	138	34	26	17	19	1.94
49040651--49040953	9	35.3	9	69	16	207	33	2	21	42	1.68
49040655--49040951	94	3.2	94	100	0	594	32	3	21	42	1.68
49040772--49040953	25	7.4	25	71	14	101	32	2	20	43	1.66
49040870--49041096	16	13.6	16	68	20	85	33	2	18	45	1.61
49040866--49040973	25	4.2	25	77	6	92	30	2	21	45	1.66
49041025--49041065	13	2.8	15	85	14	59	34	0	19	46	1.50
49041154--49041200	20	2.3	20	82	10	60	55	2	2	40	1.24
49041150--49041202	21	2.5	22	84	9	74	56	1	1	39	1.21
49044014--49044065	27	1.9	27	84	0	68	48	9	0	42	1.36
49044464--49044504	18	2.3	18	87	4	57	31	43	0	24	1.54
49045920--49045987	15	4.9	14	71	16	52	41	35	0	23	1.55
49045923--49045960	15	2.5	15	86	0	58	36	42	0	21	1.53
49046435--49046673	41	5.8	40	74	5	194	34	22	25	17	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49046435--49046672	82	2.9	82	86	5	313	34	22	25	17	1.96
49047909--49047976	22	3.3	22	67	23	65	51	13	4	30	1.60
49049317--49049374	20	2.8	21	75	12	66	37	1	5	55	1.33
49056465--49056505	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
49065029--49065061	13	2.5	13	100	0	66	42	0	0	57	0.98
49065811--49065839	12	2.4	12	100	0	58	48	13	20	17	1.81
49067635--49067718	44	1.9	44	90	0	132	30	5	4	58	1.43
49068915--49068971	11	5.4	11	72	8	55	35	10	8	45	1.70
49071781--49072026	50	4.9	50	88	0	339	21	31	22	25	1.98
49079159--49079190	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
49079402--49079459	30	1.9	30	85	0	80	31	22	3	43	1.70
49081060--49081092	17	1.9	17	93	0	57	36	3	3	57	1.29
49081421--49081467	20	2.3	20	82	7	60	72	2	0	25	0.96
49081435--49081479	20	2.2	20	84	7	56	75	4	0	20	0.97
49093742--49093774	17	1.9	18	88	11	52	42	9	0	48	1.35
49099256--49099288	6	5.5	6	100	0	66	33	0	0	66	0.92
49100846--49100975	66	2.0	66	86	3	181	29	22	16	32	1.95
49100912--49101537	81	7.7	81	79	5	615	26	23	15	34	1.95
49100992--49101537	243	2.2	243	94	0	932	26	22	15	34	1.95
49104498--49104547	25	2.1	23	85	14	66	40	12	6	42	1.67
49108003--49108035	15	2.3	15	89	5	50	63	0	12	24	1.28
49108859--49108896	3	12.7	3	100	0	76	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49110517--49110626	49	2.2	49	83	3	141	33	13	26	26	1.93
49114316--49114388	36	2.0	36	100	0	146	35	5	34	24	1.79
49115830--49115886	29	1.9	30	85	3	80	38	5	12	43	1.65
49116062--49116119	29	2.0	29	86	0	80	50	13	5	31	1.64
49116073--49116142	29	2.3	29	85	4	86	44	14	7	34	1.72
49118333--49118382	9	5.6	9	87	0	64	28	10	22	40	1.86
49118328--49118382	18	3.1	18	85	12	78	27	10	21	40	1.87
49123181--49123211	15	2.1	15	93	0	53	61	6	3	29	1.37
49123753--49124334	290	2.0	290	95	0	1047	38	17	13	30	1.89
49128838--49128881	20	2.4	18	82	14	54	43	6	4	45	1.51
49128798--49128926	69	1.9	68	86	1	186	48	6	3	40	1.48
49128805--49128949	68	2.1	69	80	3	159	50	5	3	40	1.42
49131625--49131836	107	2.0	107	93	0	361	32	19	19	29	1.96
49132140--49132180	16	2.5	17	84	4	57	63	0	2	34	1.08
49137929--49138105	88	2.0	87	83	1	219	25	26	14	33	1.95
49140150--49140193	23	1.9	23	81	9	54	15	36	0	47	1.46
49145335--49145372	6	6.3	6	88	11	60	47	2	50	0	1.15
49147908--49147951	23	1.9	23	81	9	54	15	36	0	47	1.46
49152797--49152834	6	6.3	6	88	11	60	47	2	50	0	1.15
49160198--49160793	297	2.0	301	87	4	866	30	13	17	37	1.89
49163181--49165300	707	3.0	700	94	1	3765	30	24	15	29	1.96
49172578--49172629	24	2.3	22	77	9	59	57	1	1	38	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49172701--49172740	19	2.1	19	86	9	55	52	7	5	35	1.51
49176547--49176597	15	3.4	15	81	10	68	25	23	25	25	2.00
49176531--49176600	30	2.3	30	85	0	95	24	22	27	25	2.00
49176639--49176923	91	3.1	90	91	0	408	33	15	19	31	1.93
49176661--49176830	45	3.8	45	67	12	132	35	15	20	28	1.93
49176639--49176942	23	13.4	23	64	14	82	32	15	20	32	1.93
49177585--49177624	17	2.3	18	91	4	64	25	0	2	72	0.97
49178298--49178367	21	3.3	20	74	18	63	42	1	2	52	1.24
49179183--49179476	126	2.3	126	93	0	491	32	17	21	28	1.96
49181016--49181063	22	2.2	22	85	7	62	39	0	39	20	1.53
49181016--49181063	11	4.4	11	78	7	53	39	0	39	20	1.53
49186246--49186290	3	16.0	3	77	13	51	33	0	2	64	1.06
49187165--49187216	16	3.2	16	88	0	77	30	0	34	34	1.58
49187197--49187306	45	2.6	43	80	9	129	33	5	29	31	1.80
49187446--49187480	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
49209071--49209095	11	2.3	11	100	0	50	56	16	0	28	1.41
49212429--49212533	52	2.0	52	96	0	192	28	19	9	42	1.82
49213000--49213034	18	1.9	18	88	0	52	17	0	5	77	0.96
49232366--49232400	15	2.3	15	90	0	52	65	2	5	25	1.28
49234100--49234240	44	3.2	44	86	3	194	32	4	21	40	1.75
49238769--49238830	20	3.1	20	73	15	65	58	0	3	38	1.15
49238713--49238824	42	2.7	39	75	16	118	54	1	4	39	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49238804--49238868	31	2.1	31	97	0	121	60	1	0	38	1.07
49239739--49239765	13	2.1	13	100	0	54	59	0	0	40	0.98
49247072--49247102	16	1.9	16	93	0	53	54	3	0	41	1.16
49249190--49249321	23	5.7	23	94	0	237	30	26	21	21	1.98
49249408--49249436	8	3.6	8	100	0	58	34	27	13	24	1.93
49250112--49250747	318	2.0	318	99	0	1245	35	18	13	32	1.89
49254371--49254668	150	2.0	150	91	0	488	20	29	18	32	1.96
49257913--49258002	41	2.2	41	89	0	135	25	34	23	16	1.95
49259609--49259671	32	2.0	32	96	0	117	17	11	44	26	1.82
49262409--49262554	37	4.0	37	93	1	242	24	21	16	36	1.94
49262518--49262786	46	5.6	46	84	10	340	28	22	14	34	1.93
49262561--49262780	52	4.3	52	85	8	299	27	22	14	35	1.93
49262518--49262786	98	2.7	98	93	0	457	28	22	14	34	1.93
49267298--49267323	3	8.7	3	100	0	52	69	0	30	0	0.89
49268224--49268308	42	2.0	41	88	2	125	48	10	3	37	1.55
49269509--49269562	26	2.1	26	82	6	65	31	11	7	50	1.66
49271803--49271851	11	4.2	11	75	14	53	71	0	28	0	0.86
49271803--49271845	14	3.1	14	79	0	50	69	0	30	0	0.88
49272612--49272679	30	2.3	30	82	10	77	23	8	19	48	1.76
49274612--49274776	43	3.9	41	77	13	133	30	29	19	21	1.97
49275165--49275217	27	2.0	27	96	0	97	39	16	0	43	1.49
49276603--49276680	27	2.9	27	92	0	129	29	21	32	16	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49276755--49276824	19	3.7	19	82	3	97	37	10	0	52	1.35
49276760--49276830	37	1.9	37	100	0	142	39	11	0	49	1.39
49276851--49276943	37	2.5	37	98	0	177	48	0	12	38	1.42
49276851--49276943	18	5.0	19	76	5	109	48	0	12	38	1.42
49277141--49277211	37	1.9	37	100	0	142	49	0	11	39	1.39
49277147--49277215	19	3.7	19	82	5	97	52	0	10	37	1.36
49277291--49277368	27	2.9	27	88	0	120	15	32	23	29	1.95
49278548--49278597	3	17.3	3	75	8	50	38	4	0	58	1.17
49278954--49279126	36	5.3	35	69	22	128	32	9	1	56	1.38
49278912--49279126	62	3.6	61	88	6	309	33	8	0	57	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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