genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26054144--26054182	20	2.0	19	90	5	60	53	2	2	41	1.28
26054240--26054268	13	2.3	13	94	5	51	75	0	17	6	1.01
26054266--26054324	20	3.0	20	78	9	68	66	3	28	1	1.18
26055256--26055334	40	2.0	40	85	5	106	31	20	18	29	1.97
26057051--26058593	772	2.0	770	96	0	2836	27	13	16	42	1.86
26058895--26058928	5	6.8	5	100	0	68	41	17	0	41	1.50
26061479--26061542	33	1.9	33	93	0	110	14	42	15	28	1.86
26064941--26065018	27	2.9	27	90	0	111	28	28	23	20	1.99
26070710--26070737	7	4.0	7	100	0	56	14	0	0	85	0.59
26070801--26070866	20	3.2	20	66	26	57	36	9	13	40	1.76
26070784--26070866	41	2.0	41	97	0	157	37	7	14	40	1.74
26071133--26071183	24	2.1	24	81	0	57	29	21	7	41	1.81
26082464--26082517	26	2.1	26	100	0	108	42	14	16	25	1.87
26083255--26083293	20	2.0	20	94	0	69	23	10	2	64	1.37
26086697--26086737	18	2.4	17	87	4	55	43	2	2	51	1.28
26094649--26094687	16	2.4	16	91	0	60	33	25	5	35	1.78
26105799--26105840	16	2.6	16	96	0	75	7	21	11	59	1.56
26106881--26106926	22	2.0	24	91	8	78	56	0	0	43	0.99
26108452--26108507	29	1.9	29	85	0	76	26	30	25	17	1.97
26122264--26122288	12	2.1	12	100	0	50	44	8	24	24	1.80
26123871--26124440	176	3.2	176	88	3	781	31	17	24	27	1.97
26127012--26127043	16	2.1	16	88	11	50	21	0	18	59	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26132569--26132602	18	1.9	17	94	5	59	41	0	2	55	1.15
26134355--26134456	43	2.4	43	85	7	140	34	13	20	31	1.92
26134355--26134456	40	2.5	40	85	7	134	34	13	20	31	1.92
26134564--26134633	20	3.5	20	74	12	72	48	17	0	34	1.47
26134594--26134747	58	2.7	58	82	3	170	46	11	3	38	1.57
26135230--26135257	14	2.0	14	100	0	56	14	7	21	57	1.61
26137075--26137139	30	2.1	30	83	8	78	44	0	0	55	0.99
26137089--26137149	31	2.0	31	87	6	88	40	0	1	57	1.08
26142528--26142572	13	3.5	13	75	0	54	37	28	8	24	1.86
26143740--26143787	22	2.2	23	81	7	55	33	6	6	54	1.51
26143735--26143780	22	2.1	22	83	0	56	30	4	6	58	1.43
26146663--26146697	15	2.2	16	90	5	54	31	2	2	62	1.24
26146775--26146803	6	4.8	6	100	0	58	17	0	0	82	0.66
26146818--26147030	3	71.0	3	68	17	61	28	6	4	60	1.41
26150829--26150875	19	2.5	19	86	6	60	25	23	10	40	1.87
26151912--26151994	14	5.8	14	71	18	55	24	6	3	66	1.31
26151984--26152023	21	1.9	21	89	0	62	25	7	0	67	1.16
26154032--26154072	5	8.4	5	82	15	50	19	21	14	43	1.87
26158267--26158332	33	2.0	33	100	0	132	39	12	12	36	1.80
26158727--26159334	85	7.1	85	89	1	842	37	21	21	19	1.95
26158719--26159290	256	2.2	255	88	1	844	37	21	21	19	1.94
26158739--26159218	41	11.3	42	64	18	156	37	21	21	19	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26162293--26162364	35	2.1	33	82	7	81	20	18	8	52	1.70
26162746--26162819	29	2.6	28	79	14	71	27	6	1	64	1.26
26162741--26162825	32	2.6	32	75	17	84	27	7	1	64	1.26
26162779--26162825	17	2.9	15	85	14	67	27	6	0	65	1.16
26162779--26162826	15	2.9	16	77	22	55	27	6	0	66	1.15
26162967--26163046	25	3.2	24	74	15	63	33	10	0	56	1.33
26163904--26164187	44	6.5	44	69	13	156	21	22	21	34	1.97
26163938--26164446	88	5.9	88	83	7	557	21	22	21	34	1.97
26163846--26164099	132	1.9	132	86	3	359	20	22	21	34	1.97
26164295--26164448	44	3.5	44	68	10	134	23	20	22	33	1.97
26164464--26165180	178	4.0	178	89	1	1078	27	23	17	31	1.97
26164735--26164823	45	2.0	45	82	8	110	30	22	17	29	1.97
26164973--26165069	44	2.2	44	78	10	108	26	23	17	31	1.97
26168510--26168563	15	3.6	14	85	9	72	59	11	16	12	1.61
26178703--26178751	24	2.1	24	81	7	57	61	8	0	30	1.25
26178967--26178996	15	2.0	15	93	0	51	70	0	3	26	1.03
26182931--26182988	23	2.5	23	81	10	66	44	13	6	34	1.71
26186485--26186510	11	2.4	11	100	0	52	15	11	30	42	1.82
26190827--26191410	132	4.4	132	85	0	704	29	20	25	25	1.99
26190830--26191278	44	10.2	44	65	12	168	30	20	24	24	1.99
26190827--26191410	264	2.2	264	86	1	776	29	20	25	25	1.99
26192815--26192849	15	2.2	16	90	5	54	31	2	2	62	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26192822--26193221	3	133.7	3	64	16	64	29	7	3	59	1.42
26192869--26192918	13	3.8	13	79	12	57	32	4	0	64	1.12
26192866--26192928	26	2.4	25	76	7	72	31	7	0	60	1.26
26193279--26193332	24	2.3	23	83	6	63	29	3	1	64	1.21
26193276--26193351	25	3.0	25	77	13	75	28	5	2	63	1.30
26193250--26193319	38	1.9	38	88	8	110	31	5	1	61	1.28
26193243--26193327	38	2.6	32	74	24	86	30	4	1	63	1.22
26195654--26195693	20	2.0	20	90	0	62	35	10	10	45	1.71
26196696--26198675	990	2.0	990	100	0	3960	37	11	10	41	1.74
26200754--26200798	23	2.0	23	95	0	81	40	20	20	20	1.92
26208403--26208602	100	2.0	100	100	0	400	24	15	21	40	1.91
26209842--26209891	23	2.3	23	80	12	63	48	2	0	50	1.12
26211310--26211343	12	2.9	12	86	4	52	32	0	0	67	0.91
26212854--26212913	30	2.0	30	96	0	111	30	21	13	35	1.92
26214829--26214862	16	2.0	17	88	11	52	35	17	29	17	1.93
26222821--26222879	22	2.6	23	75	21	61	32	15	16	35	1.90
26227616--26227890	46	6.0	46	94	1	430	23	23	13	38	1.91
26231038--26231172	40	3.4	39	77	7	139	31	23	18	26	1.98
26231038--26231173	41	3.4	41	75	9	138	31	23	18	26	1.97
26232085--26232125	14	3.0	14	75	17	50	4	14	9	70	1.30
26233673--26233836	40	4.0	41	82	9	185	31	16	23	28	1.96
26237011--26237049	18	2.1	19	90	4	62	38	17	10	33	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26252599--26252629	6	5.2	6	100	0	62	16	0	0	83	0.64
26253804--26253861	29	2.0	29	100	0	116	37	24	13	24	1.91
26277322--26277512	43	4.4	43	83	0	211	30	28	14	26	1.95
26277322--26277514	86	2.2	86	85	0	251	31	27	14	25	1.95
26278693--26278736	22	2.0	22	86	0	61	56	0	0	43	0.99
26279058--26279137	40	2.0	40	97	0	151	40	17	8	33	1.81
26281550--26281584	17	2.0	18	88	5	54	51	0	11	37	1.38
26282223--26282295	7	10.3	7	80	2	56	41	34	0	24	1.55
26282623--26282723	40	2.5	40	78	10	109	35	14	19	29	1.92
26282939--26283016	40	1.9	41	89	7	124	26	20	21	30	1.98
26285017--26285302	69	4.1	69	79	6	319	34	19	17	28	1.95
26285017--26285306	138	2.1	138	83	3	361	34	19	18	27	1.95
26285186--26285423	121	2.0	121	83	3	300	33	18	18	29	1.95
26285309--26285438	69	1.9	69	83	0	170	33	18	18	29	1.95
26290854--26291024	80	2.1	80	83	0	207	26	22	20	30	1.98
26290854--26291025	40	4.3	40	79	1	175	26	22	20	30	1.98
26297351--26297386	17	2.1	17	89	0	54	41	8	2	47	1.48
26299795--26299854	30	2.0	30	83	6	77	20	25	31	23	1.98
26303619--26303681	17	3.5	18	76	12	58	63	0	31	4	1.15
26308352--26308385	17	2.0	17	88	0	50	23	29	17	29	1.97
26315026--26315191	32	5.1	32	87	1	170	30	10	22	35	1.89
26315107--26315202	33	2.9	33	93	0	165	34	9	22	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26322920--26322959	22	1.9	21	85	10	55	42	20	7	30	1.79
26331256--26331543	70	4.1	70	87	0	351	31	22	20	24	1.98
26331295--26331411	34	3.4	33	71	9	99	27	24	23	24	2.00
26331373--26331481	34	3.1	34	63	19	80	30	21	22	25	1.99
26332060--26332167	26	4.2	26	89	0	171	32	7	24	36	1.83
26340896--26340926	15	2.1	15	100	0	62	41	0	25	32	1.56
26345792--26345830	6	6.5	6	81	0	51	17	51	0	30	1.46
26345796--26345845	24	2.1	24	88	7	75	18	52	0	30	1.46
26345796--26345867	12	6.0	12	71	12	58	19	47	2	30	1.64
26345841--26345881	21	2.0	21	90	0	64	24	36	7	31	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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