genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.303.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93122632--93122708	40	1.9	40	91	0	127	37	31	15	15	1.89
93132528--93132574	20	2.3	21	75	10	53	21	31	12	34	1.91
93134009--93134042	3	11.3	3	93	0	59	70	0	29	0	0.87
93134158--93134249	45	2.0	45	100	0	184	40	19	23	16	1.91
93134655--93134842	96	2.0	96	85	4	254	41	1	15	40	1.57
93134938--93135475	126	4.3	126	89	1	810	33	18	20	27	1.96
93138492--93138873	116	3.3	116	95	0	658	47	8	3	40	1.51
93139887--93139912	7	3.7	7	100	0	52	61	11	0	26	1.30
93141078--93141127	20	2.4	22	86	10	77	40	0	30	30	1.57
93141078--93141129	11	4.9	11	83	9	72	42	0	28	28	1.56
93141078--93141135	11	5.5	10	80	15	64	39	0	29	31	1.57
93141078--93141141	31	2.1	31	85	5	85	40	0	28	31	1.57
93142891--93142979	44	2.0	44	100	0	178	41	17	11	29	1.84
93145024--93145136	46	2.5	44	82	7	129	26	20	30	22	1.98
93146289--93146345	21	2.8	21	86	2	80	8	29	31	29	1.87
93156015--93156059	21	2.1	21	88	8	65	44	0	8	46	1.34
93156084--93156124	22	1.9	21	85	14	57	48	0	2	48	1.14
93166516--93166571	21	2.7	21	75	10	60	23	28	30	17	1.97
93182901--93183068	33	5.3	33	73	11	161	34	11	22	31	1.90
93187336--93187373	19	2.0	20	94	5	69	60	10	5	23	1.50
93187833--93187867	17	2.1	16	94	5	61	77	0	0	22	0.78
93187825--93187858	7	4.9	7	89	10	52	73	0	0	26	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93189550--93189641	40	2.3	40	77	7	96	27	20	32	19	1.97
93189538--93189643	40	2.6	39	75	5	95	23	17	34	23	1.96
93189743--93189808	17	3.8	17	93	2	105	12	31	37	18	1.87
93190978--93191040	25	2.9	22	78	19	69	38	11	15	34	1.83
93191129--93191164	19	2.0	18	89	10	56	47	0	8	44	1.33
93195510--93195659	55	2.8	54	80	4	149	26	15	29	28	1.96
93195482--93195659	27	6.6	27	77	6	146	25	15	28	30	1.96
93195483--93195638	82	1.9	81	81	6	190	25	16	28	30	1.96
93203544--93203721	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
93203545--93203700	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
93203541--93203721	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
93211181--93211223	13	3.2	13	76	3	50	23	4	11	60	1.50
93212664--93212715	26	2.0	26	81	3	61	50	1	3	44	1.31
93213746--93213812	32	2.1	33	82	2	82	58	0	1	40	1.07
93220988--93221056	30	2.3	30	95	2	122	36	1	2	59	1.21
93225618--93225668	20	2.7	19	82	14	54	41	0	21	37	1.54
93228577--93228601	13	1.9	13	100	0	50	40	0	8	52	1.31
93232609--93232662	19	2.8	19	97	0	99	38	5	9	46	1.59
93232946--93232976	14	2.2	14	94	0	53	9	0	41	48	1.36
93232950--93233004	7	7.9	7	78	8	58	10	1	40	47	1.49
93232950--93233004	21	2.6	21	91	0	83	10	1	40	47	1.49
93233047--93233078	15	2.1	15	94	0	55	65	0	6	28	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93234238--93234402	37	4.5	37	90	0	240	14	48	12	24	1.79
93234773--93234829	28	2.0	28	100	0	114	24	14	7	54	1.64
93236765--93236932	9	19.1	9	70	11	82	47	18	0	33	1.53
93236745--93236877	43	2.8	49	77	16	170	48	16	0	34	1.46
93236722--93236915	79	2.5	79	81	8	218	48	15	0	35	1.50
93236788--93236915	36	3.4	36	79	15	143	48	17	0	33	1.53
93242030--93242058	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
93242807--93242938	43	3.1	42	78	5	131	28	18	21	32	1.96
93243075--93243158	34	2.4	35	92	4	143	28	11	17	41	1.85
93249549--93249583	5	7.0	5	93	0	52	14	0	5	80	0.89
93251342--93251561	113	1.9	113	91	0	359	33	21	21	23	1.97
93257977--93258048	27	2.7	25	72	12	63	40	45	1	12	1.50
93258096--93258120	13	1.9	13	100	0	50	48	52	0	0	1.00
93261466--93261508	5	8.0	5	80	14	50	20	0	2	76	0.89
93261475--93261514	18	2.2	18	91	8	64	27	0	0	72	0.85
93266841--93266888	23	2.1	23	100	0	96	45	8	16	29	1.76
93272978--93273056	37	2.1	37	85	2	104	44	7	7	40	1.61
93273147--93273185	18	2.2	18	86	13	55	43	15	0	41	1.46
93275944--93275999	24	2.4	25	79	11	64	39	3	7	50	1.47
93275980--93276014	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
93275993--93276178	59	3.1	58	69	19	175	41	3	3	51	1.36
93275876--93276205	106	3.0	104	86	8	399	42	3	4	49	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93276017--93276215	66	3.2	65	70	19	206	41	3	6	49	1.44
93275970--93276268	120	2.5	120	97	0	562	43	2	4	49	1.36
93276100--93276134	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
93276052--93276239	61	3.1	61	69	19	194	42	2	6	48	1.40
93276220--93276254	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
93276419--93276509	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
93276490--93276542	16	3.2	16	94	5	97	37	37	0	24	1.56
93276762--93276900	69	2.0	67	98	0	233	46	7	7	39	1.59
93280200--93280259	30	2.0	30	100	0	120	56	13	16	13	1.67
93282150--93282207	21	2.8	20	76	7	62	51	17	1	29	1.55
93282156--93282208	20	2.6	21	84	3	72	49	16	1	32	1.57
93282536--93282641	53	2.0	53	94	0	185	40	16	16	26	1.89
93282783--93282980	99	2.0	99	95	0	360	37	17	12	32	1.87
93284175--93284211	18	1.9	19	89	10	58	75	0	0	24	0.80
93296095--93296157	33	1.9	33	87	6	92	28	20	1	49	1.58
93296095--93296151	6	10.4	5	76	16	51	26	21	1	50	1.58
93296356--93296408	5	10.4	5	93	2	88	79	1	0	18	0.83
93297163--93297207	18	2.6	17	89	6	72	51	2	0	46	1.13
93297168--93297207	18	2.3	18	95	4	73	50	2	0	47	1.14
93303178--93303230	19	2.8	19	85	0	79	47	15	18	18	1.83
93303200--93303258	25	2.4	25	88	0	91	47	15	18	18	1.83
93303376--93303431	27	2.1	26	90	3	85	39	23	19	17	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93304106--93304496	27	15.0	27	81	6	367	25	20	16	37	1.93
93304141--93304186	23	2.0	23	91	8	76	30	13	19	36	1.90
93304107--93304496	54	7.5	54	80	7	410	25	20	16	37	1.93
93304212--93304459	126	2.0	126	94	0	433	25	21	14	38	1.91
93304185--93304489	153	2.0	153	91	0	493	24	21	15	37	1.93
93304364--93304528	81	2.0	81	79	4	172	26	19	17	36	1.94
93304527--93304774	53	4.7	53	82	3	275	32	9	18	39	1.83
93304543--93304831	80	3.6	79	76	10	257	32	10	19	38	1.85
93304524--93304804	27	10.5	27	76	8	209	32	10	18	38	1.85
93306440--93306501	17	3.8	16	78	16	56	29	20	0	50	1.49
93310129--93310177	24	2.0	25	96	4	91	63	16	4	16	1.46
93312901--93312938	16	2.3	17	90	4	60	18	13	0	68	1.21
93318573--93318631	31	2.0	30	87	12	86	44	15	10	30	1.79
93319251--93319333	18	4.6	17	71	23	55	46	2	1	49	1.22
93325201--93325230	16	1.9	15	93	6	51	53	23	20	3	1.60
93325921--93326022	28	3.5	27	73	21	89	25	18	29	26	1.98
93328659--93328687	3	10.0	3	92	7	51	34	0	0	65	0.93
93330024--93330083	30	2.0	30	100	0	120	36	20	23	20	1.95
93333520--93333631	27	4.2	26	85	7	143	37	23	24	15	1.93
93333520--93333631	54	2.1	54	88	3	163	37	23	24	15	1.93
93335062--93335135	24	3.1	24	92	0	112	22	40	5	31	1.77
93336154--93336204	17	2.9	17	94	2	84	41	5	23	29	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93336193--93336228	18	2.0	18	100	0	72	50	11	27	11	1.72
93336402--93336428	8	3.4	8	100	0	54	22	40	11	25	1.87
93341375--93341458	26	3.2	26	96	0	150	34	5	23	35	1.80
93345768--93345906	40	3.5	40	93	2	217	25	28	24	21	1.99
93346978--93347306	72	4.6	72	84	3	423	51	15	7	24	1.69
93347721--93347766	18	2.4	19	85	14	67	36	17	8	36	1.81
93347731--93347765	18	1.9	18	100	0	70	42	11	11	34	1.77
93349285--93349348	31	2.1	31	88	8	96	28	4	10	56	1.54
93350687--93350740	22	2.5	22	81	0	63	50	5	24	20	1.69
93353853--93353908	24	2.3	24	90	0	94	37	10	21	30	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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