genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.273.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   

This is table  273  of  313  ( 37448 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83382525--83382561	17	2.1	17	90	5	56	72	0	8	18	1.08
83383785--83383857	38	2.0	35	94	0	101	16	30	16	32	1.91
83389921--83390099	71	2.5	71	98	0	342	31	17	13	36	1.90
83390098--83390132	14	2.5	14	90	0	52	60	2	17	20	1.49
83390224--83390471	85	2.8	87	81	10	308	36	18	18	26	1.94
83390384--83390417	16	2.1	16	88	0	50	64	5	11	17	1.45
83390224--83390478	91	2.9	88	83	9	324	36	18	18	26	1.94
83390436--83390786	191	1.8	192	95	0	632	34	21	13	29	1.93
83390750--83391492	388	1.9	388	99	0	1477	24	21	16	36	1.94
83402161--83402480	3	106.7	3	100	0	640	33	0	33	33	1.58
83404331--83413707	100	93.8	100	80	2	8427	25	20	21	33	1.97
83404269--83406052	50	35.9	50	70	2	927	26	21	20	31	1.98
83404338--83406435	449	4.7	444	77	4	1486	26	21	19	32	1.97
83406037--83406106	36	1.9	36	94	0	122	28	12	10	48	1.74
83406156--83408534	50	47.7	50	68	4	811	25	20	21	33	1.97
83408706--83413707	50	100.1	50	68	5	2058	24	20	21	33	1.97
83408570--83408817	125	2.0	124	83	2	309	22	18	21	37	1.94
83413759--83414629	89	9.8	88	79	3	830	25	23	22	28	1.99
83413768--83414629	267	3.2	266	79	1	956	25	23	22	28	1.99
83414395--83414619	45	5.0	44	64	13	111	25	24	22	28	2.00
83419468--83419513	3	15.3	3	100	0	92	67	0	0	32	0.91
83425486--83425569	11	7.2	11	68	21	55	44	5	9	40	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83425474--83425543	34	2.0	35	91	2	115	35	4	14	45	1.64
83426405--83426468	13	4.9	13	84	0	83	35	23	9	31	1.87
83426697--83426743	20	2.4	20	82	3	60	44	0	2	53	1.12
83428514--83428629	62	1.9	61	80	5	135	46	17	11	25	1.80
83429049--83429115	31	2.2	31	100	0	134	26	0	11	61	1.31
83438585--83438629	11	4.1	12	75	18	53	64	0	0	35	0.94
83438588--83438627	10	3.9	10	80	6	53	67	0	0	32	0.91
83438583--83438629	23	2.0	23	84	8	60	61	0	0	38	0.96
83439907--83439940	17	2.0	17	88	11	52	29	14	8	47	1.75
83440971--83441089	56	2.0	60	84	6	156	46	8	12	32	1.72
83443981--83444036	7	8.0	7	100	0	112	57	0	0	42	0.99
83448661--83448778	46	2.5	47	79	2	121	30	27	11	30	1.92
83453178--83453277	7	13.7	7	76	15	71	81	0	19	0	0.70
83453178--83453271	8	11.5	8	76	15	86	80	0	19	0	0.70
83453178--83453271	9	10.3	9	78	16	79	80	0	19	0	0.70
83453179--83453271	25	3.8	24	81	12	109	80	0	19	0	0.71
83453179--83453280	37	2.9	34	80	15	118	79	0	20	0	0.73
83454528--83455445	132	7.1	131	89	3	1089	28	17	23	29	1.97
83455042--83455384	44	7.8	44	68	13	204	28	17	25	28	1.97
83456029--83456074	19	2.4	19	92	0	74	15	52	19	13	1.75
83456263--83456307	18	2.5	19	82	7	58	13	11	2	73	1.19
83457065--83457123	3	20.0	3	76	10	59	32	1	3	62	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83460804--83461015	41	5.1	41	94	0	334	24	27	20	27	1.99
83466820--83466915	38	2.5	38	82	1	111	33	17	16	32	1.93
83467340--83467364	13	1.9	13	100	0	50	16	36	24	24	1.94
83469496--83469599	43	2.4	43	75	10	104	31	29	16	22	1.95
83469496--83469610	44	2.7	43	74	9	126	30	28	17	23	1.97
83471309--83471349	14	3.1	13	89	10	57	17	29	36	17	1.92
83471318--83471350	14	2.4	14	95	5	59	18	27	36	18	1.94
83474118--83474455	168	2.0	168	100	0	676	32	18	17	31	1.94
83476313--83476347	15	2.3	15	90	0	52	68	8	14	8	1.38
83476702--83476780	41	1.9	41	94	0	140	39	18	18	22	1.93
83490253--83490279	13	2.1	13	100	0	54	33	0	22	44	1.53
83498069--83498110	9	4.5	10	77	17	54	7	9	11	71	1.31
83499415--83499481	33	2.0	33	100	0	134	38	11	14	34	1.84
83499600--83499753	60	2.5	61	83	6	179	38	7	13	40	1.74
83511195--83511494	79	3.9	76	83	6	349	33	18	15	32	1.93
83511194--83511512	151	2.1	150	83	6	414	36	17	15	31	1.91
83511616--83511665	14	3.6	14	84	7	66	64	0	12	24	1.27
83511634--83512050	164	2.5	164	91	1	665	35	19	18	26	1.95
83511729--83511902	89	2.0	89	87	4	253	36	17	19	26	1.94
83511818--83511958	73	1.9	74	88	2	212	31	22	19	26	1.98
83511968--83511994	14	1.9	14	100	0	54	62	7	14	14	1.51
83511884--83512093	92	2.3	89	89	4	323	34	20	19	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83520104--83520249	29	5.0	29	100	0	292	10	34	13	41	1.79
83528240--83528275	12	3.0	12	95	0	63	41	5	25	27	1.77
83533430--83533900	234	2.0	235	96	0	872	21	24	18	36	1.95
83536529--83536584	24	2.3	24	84	6	78	66	0	1	32	1.03
83536529--83536580	8	6.5	8	86	8	70	65	0	1	32	1.04
83536734--83536798	25	2.8	24	83	6	80	52	6	7	33	1.55
83536787--83536859	32	2.4	31	83	4	85	58	4	4	32	1.36
83536808--83536850	16	2.8	16	80	16	54	60	0	2	37	1.10
83536819--83536950	25	5.6	25	73	8	98	57	3	3	34	1.35
83536817--83536933	50	2.3	50	81	5	130	56	4	3	35	1.36
83540515--83540961	223	2.0	223	99	0	885	35	11	24	29	1.90
83541328--83541367	19	2.1	19	95	0	71	25	17	20	37	1.94
83545675--83545727	21	2.5	20	79	11	61	43	15	0	41	1.46
83545999--83546478	238	2.0	238	90	1	766	36	15	13	34	1.87
83548279--83548307	15	2.0	15	93	6	51	31	20	20	27	1.98
83553629--83553682	12	4.2	12	73	13	54	44	3	7	44	1.49
83553926--83554034	41	2.7	41	85	0	128	28	19	22	30	1.98
83557342--83557385	22	2.0	22	95	0	79	38	4	27	29	1.76
83571011--83571246	50	4.6	51	82	3	244	26	19	30	24	1.98
83570965--83571246	100	2.8	102	80	6	295	27	19	29	23	1.98
83575464--83575525	29	2.3	26	80	17	81	48	3	11	37	1.55
83581288--83581312	9	2.8	9	100	0	50	68	8	0	24	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83581273--83581345	18	4.1	18	67	13	53	60	4	0	35	1.16
83586817--83586956	38	3.7	38	100	0	280	20	23	13	42	1.88
83586967--83587060	48	2.0	48	85	8	129	21	12	25	40	1.89
83589201--83589294	48	2.0	48	89	4	145	19	13	26	40	1.89
83590648--83590925	27	10.3	27	82	7	289	43	18	19	18	1.88
83590648--83590925	81	3.4	82	82	7	334	43	18	19	18	1.88
83591288--83591358	27	2.6	27	77	6	72	23	22	25	28	2.00
83591939--83592118	53	3.4	52	83	5	220	41	15	18	24	1.89
83591939--83592152	53	4.1	52	81	7	209	40	14	20	24	1.90
83592526--83592594	30	2.3	30	90	5	104	23	20	21	34	1.96
83596148--83596189	17	2.5	17	77	14	50	21	0	2	76	0.90
83607388--83607599	102	2.1	103	95	2	383	39	3	8	49	1.50
83610184--83610303	64	1.9	64	91	3	197	48	20	4	26	1.68
83610281--83610317	10	3.8	10	92	7	67	54	21	0	24	1.45
83610281--83610317	19	1.9	19	100	0	74	54	21	0	24	1.45
83610420--83610531	19	6.1	19	67	12	72	46	15	8	30	1.74
83616052--83616083	13	2.5	13	100	0	64	31	6	31	31	1.82
83621514--83621574	23	2.7	23	94	0	104	44	21	19	14	1.86
83622877--83623291	120	3.5	120	91	2	665	41	2	6	48	1.43
83623069--83623256	61	3.1	61	70	14	208	42	1	7	48	1.40
83623121--83623172	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
83624007--83624097	44	2.0	45	83	6	114	35	23	4	37	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83625441--83625545	51	2.1	50	90	1	165	27	10	20	41	1.84
83628142--83628248	26	3.9	27	68	14	94	43	0	1	53	1.18
83628200--83628234	18	2.0	17	88	5	52	40	2	2	54	1.30
83628424--83628461	16	2.4	16	95	0	67	26	34	2	36	1.71
83630599--83630625	13	2.1	13	100	0	54	55	14	7	22	1.64
83631944--83631969	9	2.9	9	100	0	52	57	0	0	42	0.98
83635250--83635287	15	2.5	15	95	0	67	21	15	21	42	1.89
83636477--83636510	12	2.8	12	90	0	50	76	0	0	23	0.79
83636475--83636539	7	9.1	7	71	15	53	67	0	3	29	1.05
83636484--83636565	34	2.4	33	80	12	85	63	0	4	31	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313