genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.298.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91598527--91598772	41	6.1	40	92	1	393	34	21	23	20	1.96
91598533--91598772	81	3.0	81	92	1	401	34	21	23	20	1.97
91598789--91598920	48	2.8	46	77	11	149	48	30	0	20	1.55
91599044--91599087	15	3.0	15	83	3	54	20	2	29	47	1.62
91599179--91599346	37	4.5	37	92	0	255	11	49	15	23	1.77
91606541--91607093	210	2.6	210	92	0	890	34	13	19	32	1.91
91611559--91611628	35	2.0	35	88	5	106	32	2	10	54	1.48
91617184--91617308	64	2.0	64	96	0	232	27	14	24	34	1.94
91623174--91623221	12	3.8	12	79	15	60	22	0	14	62	1.32
91623170--91623226	27	2.1	27	100	0	114	28	0	14	57	1.37
91625285--91625690	210	1.9	210	83	2	528	32	14	21	31	1.94
91625932--91625982	25	2.0	25	92	0	84	39	5	17	37	1.74
91625935--91625982	12	3.9	12	75	5	51	39	4	18	37	1.70
91630603--91630653	12	4.1	13	76	16	54	41	3	17	37	1.68
91630605--91630653	25	2.0	25	91	0	80	38	4	18	38	1.70
91634819--91634986	84	2.0	84	95	2	302	39	20	14	25	1.90
91635919--91635960	18	2.3	18	91	0	66	33	2	0	64	1.07
91638548--91638729	49	3.7	49	88	2	274	25	18	26	29	1.98
91638550--91638745	100	2.0	99	94	1	347	27	18	24	29	1.98
91640716--91641128	203	2.0	203	95	0	745	38	15	26	19	1.91
91642647--91642702	22	2.4	23	85	5	69	42	39	8	8	1.68
91644744--91644799	29	1.9	29	96	0	103	33	7	12	46	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91651786--91651826	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
91656652--91656701	22	2.2	23	78	7	57	48	2	2	48	1.24
91660430--91660463	18	1.9	18	88	5	52	58	8	0	32	1.29
91660772--91660814	19	2.3	19	84	8	52	18	20	0	60	1.36
91662490--91662538	26	1.9	26	87	4	73	16	2	30	51	1.56
91662942--91663003	17	3.6	17	70	20	56	50	1	1	46	1.20
91664917--91664951	18	1.9	18	88	11	54	37	0	0	62	0.95
91666959--91667045	42	2.1	41	84	2	111	42	10	5	41	1.63
91667740--91667785	18	2.6	18	86	6	58	58	2	0	39	1.10
91672546--91672642	43	2.3	44	87	5	137	49	13	6	30	1.66
91672659--91672698	19	2.2	18	90	4	62	45	12	2	40	1.56
91674145--91674198	27	2.0	27	96	3	92	18	31	11	37	1.86
91677314--91677411	43	2.3	43	85	5	135	48	14	5	31	1.65
91679097--91679189	46	2.0	46	97	0	177	32	5	10	51	1.59
91679173--91679209	18	2.0	19	89	5	58	32	5	13	48	1.65
91683073--91683118	23	2.0	23	100	0	92	26	4	17	52	1.63
91685762--91685828	23	2.7	26	80	17	88	40	32	1	25	1.65
91685776--91685842	23	2.9	23	88	4	100	37	32	1	28	1.66
91685776--91685850	23	3.3	23	87	7	91	38	33	1	26	1.65
91697440--91697480	3	13.7	3	100	0	82	34	0	31	34	1.58
91703217--91703264	24	2.0	24	100	0	96	20	12	29	37	1.90
91707847--91707944	51	1.9	51	87	0	142	32	21	11	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91708041--91708369	43	7.6	43	74	13	266	35	21	23	20	1.96
91708041--91708363	86	3.7	86	79	8	316	35	21	22	20	1.96
91708122--91708359	129	1.8	129	88	5	365	34	21	22	21	1.97
91710543--91710585	18	2.4	18	80	0	50	27	4	6	60	1.43
91710521--91710661	74	1.9	73	80	9	162	31	5	7	55	1.50
91710753--91710795	18	2.2	21	80	16	56	30	2	6	60	1.35
91710833--91710862	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
91715553--91715600	12	3.8	12	74	15	51	20	0	16	62	1.33
91715549--91715605	27	2.1	27	96	0	105	26	0	15	57	1.38
91718384--91718436	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
91718752--91718911	80	2.0	80	98	0	311	31	23	22	22	1.98
91720004--91720113	26	4.2	26	97	0	184	36	24	5	33	1.79
91734054--91734093	16	2.4	16	88	12	55	2	22	0	75	0.93
91734994--91735077	34	2.5	35	86	2	100	29	16	11	41	1.84
91746410--91746466	23	2.5	23	80	5	62	64	3	8	22	1.37
91748768--91748845	41	1.9	41	97	0	147	19	20	24	35	1.95
91753367--91753497	41	3.2	41	80	4	131	22	19	5	51	1.67
91763999--91764081	41	2.0	41	95	0	148	57	9	19	13	1.63
91764413--91764486	25	2.8	26	81	10	87	77	2	5	14	1.07
91764401--91764486	6	14.5	6	74	13	72	76	2	5	15	1.07
91764401--91764490	31	2.8	32	75	14	96	76	2	5	15	1.07
91769343--91769375	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91771990--91772021	10	3.3	10	95	4	57	62	0	6	31	1.20
91772009--91772052	17	2.4	18	77	14	54	56	9	0	34	1.31
91772047--91772076	15	2.0	15	93	0	51	40	10	0	50	1.36
91775278--91775344	13	5.1	14	75	21	65	70	0	0	29	0.88
91775279--91775344	5	12.6	5	88	3	78	71	0	0	28	0.87
91779887--91780645	379	2.0	380	98	0	1475	30	21	18	29	1.97
91782079--91782110	10	3.3	10	95	4	57	62	0	6	31	1.20
91782106--91782168	27	2.3	26	76	10	63	49	11	1	38	1.48
91782135--91782164	15	2.0	15	93	0	51	40	10	0	50	1.36
91782186--91782219	15	2.3	15	90	5	52	44	8	0	47	1.34
91784446--91784481	18	2.0	18	88	0	54	41	13	8	36	1.75
91784622--91784656	18	1.9	18	94	0	61	45	17	20	17	1.85
91785274--91785330	30	1.9	30	88	0	87	31	22	5	40	1.76
91787302--91787363	21	2.9	19	76	19	54	66	0	4	29	1.12
91787388--91787437	22	2.3	22	82	6	57	72	2	4	22	1.12
91787472--91787512	18	2.3	18	95	0	73	58	0	9	31	1.31
91787854--91787932	14	5.5	14	73	10	70	62	0	3	34	1.14
91791359--91791401	17	2.5	17	88	0	59	25	25	32	16	1.96
91796660--91796837	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
91796681--91796836	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
91811506--91811725	110	2.0	110	96	0	404	40	22	7	29	1.80
91811915--91812024	57	1.9	58	92	5	188	31	27	18	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91813020--91813090	24	3.0	23	82	12	83	59	2	1	36	1.21
91813033--91813090	8	7.5	8	84	7	84	60	1	1	36	1.17
91819644--91819694	23	2.3	23	96	3	95	21	13	3	60	1.49
91826712--91826748	18	2.0	19	89	5	58	2	62	0	35	1.10
91826710--91826751	18	2.4	17	84	11	57	2	57	0	40	1.12
91833943--91833968	9	2.9	9	100	0	52	65	23	0	11	1.25
91836351--91836526	46	3.8	46	81	10	223	19	21	30	28	1.98
91836347--91836518	93	1.8	93	94	0	308	19	22	30	27	1.98
91841880--91841930	23	2.3	22	83	6	59	45	15	5	33	1.71
91842918--91842956	17	2.3	17	90	0	60	66	23	0	10	1.22
91843827--91843881	27	2.0	27	92	0	92	43	0	9	47	1.35
91844054--91844107	26	2.1	26	100	0	108	44	11	3	40	1.58
91848528--91848582	25	2.2	25	93	0	92	36	14	9	40	1.78
91848980--91849048	35	2.0	35	100	0	138	34	11	11	42	1.78
91850064--91850098	18	1.9	18	88	0	52	51	5	34	8	1.56
91851636--91851664	15	1.9	15	100	0	58	27	27	13	31	1.94
91856865--91857170	153	2.0	153	100	0	612	30	20	15	33	1.93
91860782--91860833	20	2.7	20	85	8	63	44	28	21	5	1.75
91861079--91861211	61	2.2	58	82	6	169	40	2	3	54	1.28
91868067--91868169	43	2.4	43	86	0	116	36	21	13	28	1.91
91887496--91887673	27	6.6	27	83	5	180	29	28	15	26	1.96
91887517--91887672	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91892080--91892147	31	2.2	31	86	0	91	45	10	11	32	1.74
91893790--91893843	27	2.0	27	96	0	99	31	12	22	33	1.92
91900371--91900411	19	2.1	20	86	4	57	41	0	2	56	1.13
91913497--91913612	45	2.6	44	80	5	126	43	18	16	21	1.88
91913826--91913911	40	2.2	40	86	0	118	41	15	9	33	1.79
91914607--91914635	14	2.1	14	93	6	51	0	20	0	79	0.74
91914701--91914748	5	9.6	5	100	0	96	60	0	0	39	0.97
91918278--91918336	29	2.0	28	84	12	75	66	6	5	22	1.36
91919130--91919175	19	2.3	20	92	3	76	71	23	0	4	1.03
91931255--91931394	31	4.5	31	85	0	190	44	15	10	30	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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