genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.22.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7524227--7524366	43	3.3	43	74	14	130	31	22	18	27	1.97
7524209--7524369	85	1.9	85	82	7	202	32	22	18	26	1.97
7525671--7525715	18	2.5	18	82	7	56	55	2	2	40	1.24
7526104--7526431	163	2.0	163	100	0	656	48	6	5	40	1.51
7527985--7528024	21	1.9	21	85	10	55	52	5	0	42	1.23
7527967--7528014	24	1.9	26	83	8	64	50	8	0	41	1.33
7528670--7528738	23	3.0	23	95	0	120	43	24	4	27	1.73
7532562--7532589	6	4.7	6	100	0	56	32	32	0	35	1.58
7533272--7533311	13	2.9	15	78	17	50	82	0	7	10	0.84
7533366--7533413	24	2.0	24	83	4	60	60	6	2	31	1.33
7535922--7536026	43	2.5	42	82	4	140	29	16	24	29	1.96
7542902--7543115	46	4.6	45	77	9	166	21	28	20	28	1.98
7543459--7543516	30	1.9	30	89	0	89	27	24	13	34	1.93
7547644--7547986	40	8.6	40	91	2	485	24	20	27	27	1.99
7554762--7554933	79	2.2	79	84	3	220	25	21	27	25	1.99
7554709--7554931	40	5.6	39	81	8	209	25	21	27	25	1.99
7554789--7554966	79	2.2	80	80	3	191	25	21	28	24	1.99
7568632--7569233	301	2.0	301	99	0	1186	27	10	18	43	1.83
7578370--7578406	19	1.9	19	100	0	74	32	16	8	43	1.77
7578372--7578414	19	2.3	19	91	0	68	37	16	4	41	1.69
7595766--7595988	39	5.7	40	85	8	257	25	27	21	25	2.00
7595766--7595988	79	2.8	80	81	11	244	25	27	21	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7595766--7595988	118	1.9	119	82	11	289	25	27	21	25	2.00
7602146--7602182	16	2.3	16	100	0	74	29	32	13	24	1.93
7604712--7604770	30	2.0	30	83	6	75	32	23	1	42	1.64
7607272--7607400	50	2.6	50	91	2	197	31	29	15	23	1.95
7617886--7617926	15	2.7	15	88	0	55	17	17	9	56	1.67
7617883--7617965	15	5.5	15	69	8	53	13	19	14	53	1.73
7620391--7620444	27	2.0	27	85	0	72	40	7	12	38	1.72
7628887--7628935	26	1.9	25	91	4	80	34	4	0	61	1.15
7628897--7628938	13	3.2	13	74	12	50	35	2	0	61	1.09
7650529--7650607	34	2.3	33	79	10	88	25	26	24	24	2.00
7654097--7654181	43	2.0	42	88	2	125	24	16	25	32	1.96
7658114--7658162	17	2.8	19	87	6	52	14	38	30	16	1.88
7658121--7658162	17	2.5	17	96	0	75	16	42	28	11	1.84
7663125--7663156	15	2.0	17	88	11	50	25	0	31	43	1.55
7666965--7667107	20	7.2	20	72	11	114	22	13	6	58	1.58
7666950--7667106	41	3.9	39	75	15	115	21	14	7	56	1.62
7666929--7667057	62	2.1	61	82	4	152	19	18	8	53	1.70
7667071--7667107	19	1.9	19	88	0	56	24	10	5	59	1.52
7667358--7667391	18	1.9	17	88	5	50	26	0	2	70	1.01
7668968--7669010	22	2.0	21	82	8	52	27	0	27	44	1.55
7669521--7669552	15	2.1	15	94	0	55	65	0	6	28	1.16
7671501--7671580	39	2.1	39	95	0	142	22	13	15	48	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7673028--7673155	62	2.1	60	95	2	229	34	7	13	45	1.70
7673482--7673914	105	4.2	104	88	5	626	34	6	4	55	1.44
7674017--7674302	9	31.7	9	67	20	82	45	15	3	35	1.63
7674060--7674265	18	11.0	18	70	10	110	45	15	4	34	1.66
7674020--7674285	74	3.5	74	84	6	336	45	15	3	35	1.62
7676019--7676044	12	2.2	12	100	0	52	34	7	26	30	1.85
7677962--7678247	143	2.0	143	98	0	554	31	19	14	34	1.92
7678235--7678348	57	2.0	57	98	0	219	32	25	21	21	1.98
7680279--7680454	27	6.5	27	86	3	210	30	27	14	26	1.95
7680300--7680454	82	1.9	81	89	4	240	30	27	14	27	1.95
7682653--7682720	29	2.3	29	80	5	75	29	32	11	26	1.92
7682823--7682901	29	2.7	30	80	13	101	29	30	16	24	1.96
7691633--7691808	27	6.5	27	86	3	210	30	27	14	26	1.95
7691654--7691808	82	1.9	81	89	4	240	30	27	14	27	1.95
7693155--7693228	37	2.0	37	97	0	139	17	29	27	25	1.97
7693988--7694055	29	2.3	29	80	5	75	29	32	11	26	1.92
7694158--7694236	29	2.7	30	80	13	101	29	30	16	24	1.96
7694574--7694860	100	3.0	100	71	18	338	35	16	5	42	1.71
7704462--7704595	43	3.1	43	82	1	151	26	28	17	27	1.98
7708259--7708439	20	9.1	19	67	20	79	56	8	15	18	1.64
7708342--7708439	20	4.8	20	73	13	85	58	11	13	17	1.63
7708504--7708561	16	3.4	16	74	21	64	20	8	0	70	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7708511--7708572	17	3.6	18	77	14	76	22	8	0	69	1.14
7708756--7709156	20	20.0	20	67	18	131	56	8	17	17	1.64
7708756--7708969	20	11.0	19	73	14	143	57	8	16	17	1.62
7708756--7708843	39	2.3	37	86	11	117	57	5	19	17	1.58
7708770--7708882	56	2.0	56	89	3	174	61	5	15	17	1.52
7708789--7708959	39	4.4	38	75	15	129	59	8	15	16	1.59
7708896--7709015	42	2.9	42	79	10	122	57	8	16	17	1.63
7708973--7709008	18	1.9	19	88	5	56	50	5	22	22	1.70
7710633--7710706	38	1.9	38	89	5	114	39	20	12	28	1.88
7712298--7712356	15	3.8	17	82	10	56	33	13	10	42	1.78
7712298--7712337	17	2.5	15	88	8	53	30	12	10	47	1.74
7713654--7713810	43	3.7	43	72	7	131	23	19	24	31	1.98
7714907--7715027	52	2.3	52	83	8	156	34	15	13	36	1.87
7719222--7719307	39	2.2	39	93	0	145	29	9	15	46	1.76
7719315--7719446	50	2.6	51	85	3	185	34	15	12	37	1.85
7722790--7722835	22	2.0	23	95	4	85	8	6	39	45	1.61
7724431--7724483	16	3.3	16	76	7	63	73	1	24	0	0.93
7726017--7726073	27	2.1	27	93	0	96	42	10	10	36	1.74
7727694--7727734	14	2.9	14	77	0	55	21	9	31	36	1.86
7732255--7732298	14	3.1	14	86	0	61	25	11	29	34	1.91
7743471--7743554	42	2.0	42	97	0	159	33	5	10	50	1.62
7743485--7743552	20	3.2	21	69	22	70	30	7	8	52	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7744513--7744616	52	2.0	52	98	0	199	22	13	25	38	1.91
7745211--7745241	10	3.1	10	100	0	62	12	29	0	58	1.35
7747457--7747501	23	2.0	23	82	8	56	37	8	13	40	1.76
7764530--7764563	11	3.0	11	86	4	50	58	0	0	41	0.98
7768671--7768734	31	2.1	31	100	0	128	37	9	15	37	1.80
7784561--7784621	24	2.4	23	82	15	68	31	0	0	68	0.89
7784570--7784626	24	2.4	24	85	11	73	35	0	0	64	0.93
7784561--7784632	26	2.8	25	77	8	74	36	0	0	63	0.94
7784615--7784674	27	2.2	28	80	14	72	51	6	1	40	1.38
7784619--7784685	27	2.5	26	80	9	64	55	7	1	35	1.37
7784810--7784843	17	2.0	17	100	0	68	41	11	23	23	1.87
7791230--7791280	24	2.1	24	100	0	102	35	23	7	33	1.84
7792732--7792759	12	2.3	12	100	0	56	14	25	25	35	1.93
7794842--7794883	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
7794832--7794874	15	3.0	15	83	10	54	48	0	0	51	1.00
7794983--7795017	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
7794833--7795130	154	1.9	156	95	2	546	47	5	3	44	1.41
7795250--7795288	16	2.4	16	86	0	51	28	33	2	35	1.71
7795263--7795319	16	3.6	16	95	0	87	33	36	0	29	1.58
7809377--7809436	30	2.0	30	86	0	84	38	8	25	28	1.84
7812447--7812518	35	2.1	35	89	5	110	37	15	6	40	1.74
7812540--7812702	78	2.1	78	96	1	301	26	16	8	47	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7813876--7813935	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
7821378--7821437	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
7825592--7825636	20	2.2	20	84	7	56	37	15	2	44	1.59
7830199--7830272	31	2.4	31	97	0	139	13	29	39	17	1.88
7831326--7831369	20	2.2	20	91	0	70	36	31	2	29	1.70
7837584--7837662	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
7837781--7838019	47	5.1	47	91	1	372	27	30	10	32	1.89
7839889--7840073	40	4.6	39	82	6	203	24	22	27	25	2.00
7839884--7840073	79	2.4	82	82	7	221	25	21	27	25	1.99
7839942--7840106	79	2.1	79	82	6	192	26	20	27	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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