genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.247.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76204409--76204497	40	2.2	40	90	2	144	39	16	19	24	1.92
76205193--76205257	21	3.0	22	84	6	78	16	20	23	40	1.92
76207739--76207861	62	2.0	62	96	0	228	40	10	15	33	1.82
76208896--76208982	37	2.4	37	94	0	147	25	1	29	43	1.62
76210490--76210524	12	2.9	12	82	0	52	68	2	2	25	1.17
76211655--76211701	25	1.9	24	86	4	67	19	0	10	70	1.16
76212332--76212380	14	3.5	14	79	20	66	30	0	18	51	1.47
76212320--76212379	28	2.1	28	100	0	120	30	0	18	51	1.46
76214837--76214917	41	2.0	41	100	0	162	14	9	27	48	1.76
76217371--76217526	42	3.7	42	77	16	169	30	26	18	24	1.98
76224705--76224860	42	3.7	42	77	16	169	30	26	18	24	1.98
76226655--76226679	5	5.0	5	100	0	50	20	0	20	60	1.37
76240553--76240706	56	2.7	55	87	5	209	30	7	16	45	1.75
76245220--76245255	5	7.2	5	100	0	72	61	0	0	38	0.96
76246992--76247112	52	2.3	53	79	13	135	71	3	6	19	1.23
76247013--76247082	30	2.3	31	80	14	83	70	2	8	18	1.26
76249224--76249467	40	6.1	39	81	5	247	16	30	18	34	1.93
76249238--76249298	20	3.1	20	70	13	63	16	32	21	29	1.95
76249247--76249311	20	3.3	20	72	12	71	13	33	20	32	1.91
76249204--76249461	81	3.2	79	81	2	255	17	30	17	34	1.93
76249357--76249451	20	4.8	20	69	0	73	17	33	15	32	1.92
76249415--76249482	20	3.4	20	76	15	61	16	29	17	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76249444--76249492	20	2.5	20	82	0	62	12	28	22	36	1.90
76249965--76249990	13	2.0	13	100	0	52	38	7	15	38	1.76
76251859--76251894	18	2.1	18	90	10	58	44	16	13	25	1.85
76260696--76260940	124	2.0	124	94	0	427	21	25	15	37	1.93
76261650--76261682	17	1.9	17	100	0	66	24	27	6	42	1.78
76273479--76273580	41	2.5	40	87	6	141	27	25	19	27	1.99
76273479--76273595	41	2.9	41	82	5	112	28	25	20	25	1.99
76279316--76279409	29	3.3	29	73	8	84	23	13	25	37	1.92
76280387--76280480	29	3.3	29	73	8	84	23	13	25	37	1.92
76286215--76286261	21	2.2	21	80	0	58	12	23	12	51	1.74
76286279--76286310	16	1.9	17	93	6	57	28	9	0	62	1.26
76286793--76286837	20	2.2	20	88	0	63	20	20	11	48	1.79
76288695--76288879	101	1.8	102	89	3	293	23	17	27	31	1.97
76288692--76288881	51	3.7	51	84	2	240	22	16	28	32	1.96
76288801--76288881	26	3.2	26	65	28	73	22	13	29	34	1.92
76288883--76288975	45	2.1	45	89	0	141	27	20	20	31	1.97
76291520--76291904	51	7.6	51	92	0	524	19	28	23	28	1.98
76291549--76291679	25	5.2	25	60	23	58	19	27	22	30	1.98
76292517--76292831	156	2.0	156	98	0	603	41	16	17	25	1.89
76296984--76297269	51	5.6	51	78	6	285	28	14	26	30	1.95
76296980--76297261	102	2.8	101	90	2	415	28	15	26	29	1.96
76297333--76297388	27	2.1	27	96	0	103	33	8	26	30	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76303097--76303126	14	2.1	14	100	0	60	56	0	20	23	1.42
76305274--76305357	21	4.0	21	84	4	98	35	25	23	15	1.94
76305274--76305357	44	2.0	41	81	11	98	35	25	23	15	1.94
76306547--76306578	16	2.1	16	94	5	57	40	0	0	59	0.97
76312488--76312802	43	7.5	41	77	11	269	34	26	18	21	1.96
76312480--76312802	85	3.8	85	88	1	443	33	26	18	21	1.96
76316617--76316662	18	2.6	18	86	3	58	41	2	0	56	1.11
76317942--76318016	28	2.6	29	75	12	75	50	4	2	42	1.35
76318731--76318756	6	4.3	6	100	0	52	38	0	0	61	0.96
76320967--76321203	27	8.8	27	80	5	203	45	17	14	21	1.84
76320954--76321148	54	3.6	53	85	2	257	45	15	15	23	1.84
76320954--76321189	81	2.9	79	81	4	258	44	17	14	22	1.85
76321381--76321457	26	3.0	26	90	0	109	14	23	24	37	1.92
76322103--76322145	20	2.2	20	86	0	59	48	18	13	18	1.80
76343680--76343839	28	5.8	27	77	5	142	27	20	18	33	1.96
76343675--76343841	82	2.0	84	86	4	232	28	19	18	34	1.95
76350816--76351189	187	2.0	187	99	0	739	37	14	14	33	1.86
76352142--76352210	31	2.3	31	85	7	88	23	8	18	49	1.75
76354182--76354298	25	5.0	22	71	16	92	11	16	25	46	1.81
76354218--76354283	25	2.6	25	95	0	114	10	13	27	48	1.75
76356346--76356404	30	2.0	30	87	9	86	22	49	0	28	1.50
76360443--76360504	19	3.2	19	69	13	63	35	46	8	9	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76360440--76360532	39	2.4	39	88	0	114	33	46	8	11	1.71
76374431--76374475	13	3.5	13	78	3	56	31	20	6	42	1.77
76376716--76376761	22	2.1	22	91	0	74	58	28	10	2	1.43
76377047--76377122	11	6.8	11	75	21	61	40	0	2	56	1.13
76377065--76377199	68	2.0	69	89	1	209	41	2	3	51	1.34
76378246--76378303	26	2.3	26	82	8	66	37	0	5	56	1.21
76378247--76378322	34	2.2	33	79	9	82	39	0	6	53	1.27
76379579--76379613	18	1.9	19	88	11	56	57	5	25	11	1.56
76381971--76382056	45	1.9	45	90	0	136	36	23	13	26	1.93
76382058--76382355	51	5.9	50	77	3	310	30	27	17	24	1.97
76382065--76382351	102	2.8	102	90	2	445	31	27	17	24	1.97
76387975--76388082	37	2.9	36	78	11	105	41	3	1	52	1.30
76387975--76388050	11	6.8	11	75	21	54	40	2	1	55	1.22
76387997--76388069	39	1.9	37	86	10	103	41	5	1	52	1.33
76388061--76388178	62	1.9	60	86	3	164	42	4	4	49	1.42
76388140--76388526	193	2.0	193	100	0	774	38	10	12	38	1.78
76392738--76392762	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
76394522--76394601	41	2.0	41	100	0	160	56	0	15	28	1.39
76394583--76394629	25	2.0	24	91	8	78	51	0	19	29	1.47
76395248--76395655	113	3.6	113	89	2	554	27	22	21	28	1.99
76395872--76396050	77	2.3	76	79	8	211	32	18	19	29	1.96
76395710--76396245	266	2.0	266	95	0	955	32	19	19	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76396824--76396873	15	3.4	14	77	5	55	32	2	26	40	1.67
76396824--76396880	22	2.6	21	86	5	60	33	1	26	38	1.67
76396794--76396876	29	2.9	30	80	7	100	30	2	30	37	1.70
76396831--76396879	15	3.3	15	74	8	55	32	2	26	38	1.68
76396840--76396892	22	2.5	22	96	3	99	32	3	26	37	1.74
76402779--76402847	21	3.3	21	85	0	93	36	20	42	1	1.61
76403280--76403532	42	6.0	41	81	9	217	26	22	21	30	1.99
76403283--76403533	85	3.0	84	83	8	253	25	21	21	30	1.98
76403283--76403552	127	2.1	129	81	8	311	26	22	21	29	1.99
76404128--76404156	15	1.9	15	100	0	58	24	6	6	62	1.45
76408926--76408979	26	2.1	26	100	0	108	35	18	14	31	1.91
76410662--76410702	21	2.0	21	90	0	64	36	17	12	34	1.87
76418363--76418625	33	7.8	32	68	23	150	20	20	28	31	1.97
76418331--76418615	102	2.8	102	96	1	527	20	19	29	31	1.97
76423068--76423116	16	3.1	16	80	11	57	46	0	2	51	1.12
76423253--76423343	45	2.0	44	82	2	110	35	26	5	32	1.80
76423322--76423375	16	3.4	16	89	0	72	33	31	0	35	1.58
76423604--76423638	16	2.2	16	94	0	61	28	34	0	37	1.58
76423611--76423648	16	2.4	16	90	0	58	34	34	0	31	1.58
76423331--76423876	273	2.0	273	98	0	1047	32	19	23	24	1.98
76428916--76429123	33	5.7	33	70	21	130	21	18	27	32	1.97
76428911--76429122	75	2.8	75	89	0	334	21	18	28	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76433173--76433235	21	2.8	22	80	11	74	65	3	11	20	1.38
76441678--76441724	21	2.2	22	81	11	53	40	21	8	29	1.83
76442510--76442636	62	2.0	63	98	1	247	22	21	29	26	1.99
76445576--76445616	18	2.3	18	87	4	57	34	12	17	36	1.87
76447359--76447428	20	3.3	20	73	13	61	38	0	0	61	0.96
76448922--76448971	21	2.4	21	90	3	75	36	12	14	38	1.83
76455517--76455554	19	2.0	19	94	0	67	44	5	18	31	1.72
76460241--76460278	19	2.0	19	94	0	67	44	5	18	31	1.72
76462652--76462680	14	2.0	15	93	6	51	20	0	6	72	1.07
76462694--76462904	9	22.7	9	71	19	64	35	2	3	58	1.29

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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