genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.19.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6323644--6323683	21	2.0	20	86	13	57	12	7	45	35	1.70
6325503--6325726	27	8.3	27	81	0	223	35	18	19	26	1.95
6325503--6325724	81	2.7	82	83	3	261	35	18	19	26	1.95
6325866--6325919	27	2.0	27	85	0	72	22	22	20	35	1.96
6342707--6342773	28	2.4	28	87	9	93	32	25	13	28	1.93
6350027--6350195	46	3.6	46	74	14	141	28	19	28	23	1.98
6350068--6350195	46	2.7	46	80	7	150	28	19	30	21	1.97
6358621--6358757	45	3.1	45	79	9	147	22	17	14	45	1.85
6362191--6362219	9	3.3	9	95	4	51	44	0	6	48	1.29
6364856--6365247	40	9.8	41	80	4	433	23	20	28	27	1.99
6364856--6365247	120	3.3	120	88	2	511	23	20	28	27	1.99
6372966--6373197	40	5.8	41	86	4	312	23	21	28	25	1.99
6372966--6373217	120	2.1	120	92	2	427	23	21	28	26	1.99
6372966--6373197	80	2.9	80	89	1	349	23	21	28	25	1.99
6382296--6382336	17	2.4	17	83	4	55	21	9	0	68	1.18
6383585--6383665	35	2.2	35	85	12	101	60	3	3	32	1.32
6383870--6383958	19	5.0	17	74	15	65	31	3	1	64	1.17
6383870--6383958	9	10.0	9	73	20	64	31	3	1	64	1.17
6383917--6384030	61	1.9	58	81	12	133	30	2	3	63	1.25
6396262--6396354	30	3.1	29	82	3	96	36	18	16	29	1.92
6400877--6400919	22	2.0	22	90	9	70	37	0	25	37	1.56
6404157--6404264	43	2.5	43	78	0	126	29	16	20	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6406302--6406385	43	2.0	43	85	4	116	28	25	19	27	1.98
6413407--6413490	43	2.0	43	83	9	109	29	28	16	25	1.97
6415502--6415538	11	3.5	11	88	3	58	37	8	29	24	1.84
6419025--6419079	19	3.0	17	92	5	65	34	21	9	34	1.85
6419033--6419079	19	2.5	19	100	0	94	34	23	10	31	1.89
6421106--6421209	27	3.9	27	79	8	79	38	21	9	30	1.85
6421134--6421222	27	3.3	27	84	6	110	40	17	11	30	1.85
6421626--6421714	28	2.8	32	77	16	96	28	20	22	29	1.98
6421628--6421722	33	3.0	31	75	20	90	28	21	23	27	1.99
6424594--6424658	26	2.4	27	92	2	105	40	15	9	35	1.79
6425743--6425838	40	2.4	41	86	6	126	25	17	32	25	1.97
6426707--6426789	43	1.9	43	82	4	105	28	27	14	28	1.95
6428945--6429013	35	2.0	34	97	0	120	18	14	21	43	1.86
6433269--6433363	39	2.4	42	81	16	130	26	15	30	27	1.96
6441014--6441045	15	2.2	15	94	5	57	25	6	12	56	1.59
6446982--6447008	10	2.7	10	100	0	54	51	7	0	40	1.30
6448686--6448836	27	5.5	27	90	3	212	27	13	28	30	1.94
6448686--6448836	55	2.7	55	90	0	230	27	13	28	30	1.94
6451141--6451255	41	2.7	41	75	17	103	25	6	5	62	1.41
6451223--6451287	15	4.5	15	77	16	66	26	7	1	64	1.29
6451240--6451284	12	3.5	12	84	9	54	24	8	0	66	1.20
6451419--6451451	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6451654--6451695	3	14.0	3	89	0	57	26	0	7	66	1.17
6451649--6451693	9	5.0	9	80	0	54	24	2	8	64	1.34
6451649--6451695	18	2.6	18	89	0	76	25	2	8	63	1.34
6451656--6451695	15	2.7	15	96	0	71	25	0	7	67	1.16
6457660--6457790	65	2.0	65	83	2	165	24	19	7	48	1.75
6458203--6458311	46	2.4	46	88	0	164	30	18	24	26	1.98
6458227--6458337	46	2.4	46	83	0	132	34	13	27	24	1.93
6458696--6459249	143	3.9	143	82	2	623	29	20	22	27	1.98
6458719--6459249	285	1.9	284	85	1	740	30	20	22	27	1.98
6459252--6459808	176	3.2	176	84	4	712	31	21	17	29	1.96
6459254--6459705	88	5.1	87	67	11	220	31	21	17	29	1.96
6459711--6459826	44	2.6	44	78	5	126	30	22	21	25	1.99
6461095--6461180	15	5.9	14	76	11	59	26	6	1	65	1.25
6461122--6461169	15	3.1	16	85	11	64	25	8	2	64	1.32
6461320--6461370	27	1.9	26	88	4	75	15	11	3	68	1.34
6461388--6461442	3	18.0	3	81	3	56	27	5	5	61	1.40
6461401--6461442	18	2.3	18	91	0	66	26	2	7	64	1.32
6461403--6461485	15	5.7	15	75	13	68	20	4	8	66	1.37
6461393--6461491	27	3.5	28	72	11	87	22	6	7	64	1.40
6462401--6466503	957	4.3	953	85	3	5269	35	12	20	30	1.90
6475496--6475606	39	2.9	39	90	1	170	38	18	6	36	1.77
6475492--6475606	20	5.9	19	75	7	115	39	19	6	35	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6475514--6475635	39	3.1	38	83	6	147	36	19	7	36	1.80
6475799--6475851	24	2.2	24	86	3	72	33	15	26	24	1.95
6479417--6479594	27	6.6	26	80	8	162	26	15	28	29	1.96
6479414--6479594	82	2.2	81	83	2	229	26	16	28	29	1.96
6482004--6482650	329	2.0	329	96	0	1206	26	21	31	20	1.98
6484457--6484573	60	2.0	60	92	0	198	21	25	25	27	1.99
6485875--6486104	116	2.0	115	90	0	361	21	16	25	36	1.93
6488625--6488808	40	4.7	40	80	8	200	26	21	26	25	2.00
6488677--6488841	79	2.1	79	80	8	176	27	20	26	25	1.99
6493590--6493715	47	2.7	47	89	6	186	25	26	17	30	1.97
6504923--6505105	99	1.8	100	92	1	314	27	25	19	27	1.99
6504931--6505111	49	3.7	49	77	4	202	27	25	19	27	1.99
6509839--6509916	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
6509869--6510196	174	1.9	174	95	1	595	29	14	25	30	1.95
6512895--6512980	24	3.6	24	81	7	86	41	18	22	17	1.90
6512900--6512991	24	3.8	23	75	11	69	40	20	22	16	1.91
6513032--6513090	26	2.3	26	82	2	75	37	25	20	16	1.93
6513571--6513609	5	7.6	5	82	5	51	41	17	0	41	1.50
6526388--6526553	48	3.4	48	94	1	278	36	4	28	30	1.78
6527439--6527467	9	3.2	9	100	0	58	89	0	0	10	0.48
6527624--6527708	26	3.3	26	86	1	91	36	22	21	20	1.95
6535203--6535251	24	2.0	24	100	0	98	24	0	26	48	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6535415--6535498	24	3.3	25	76	14	82	53	1	1	44	1.16
6535396--6535530	55	2.3	60	86	11	181	50	1	2	45	1.23
6535445--6535512	24	2.9	23	72	8	66	51	1	1	45	1.19
6537046--6537137	23	4.1	22	72	14	62	25	20	16	38	1.93
6537303--6537361	20	3.0	20	89	0	91	37	3	22	37	1.71
6540747--6543568	902	3.1	902	98	0	5366	31	8	19	40	1.82
6544624--6544706	24	3.4	24	94	1	139	25	21	22	30	1.99
6544755--6544821	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
6544755--6544810	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
6544858--6544905	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
6549035--6549078	20	2.2	20	84	8	54	47	13	15	22	1.81
6549185--6549239	20	2.7	21	83	11	69	49	16	10	23	1.77
6552047--6552230	79	2.3	82	81	11	215	25	27	21	25	2.00
6552047--6552230	40	4.6	41	82	12	190	25	27	21	25	2.00
6557451--6557513	31	2.1	31	96	3	119	47	6	19	26	1.73
6559986--6560089	52	2.0	52	100	0	208	25	19	26	28	1.98
6564727--6564760	10	3.3	10	88	8	50	50	0	0	50	1.00
6582730--6582768	21	1.9	21	89	5	62	53	10	0	35	1.35
6584260--6584488	48	4.8	48	87	0	323	31	26	17	24	1.97
6584450--6584550	37	2.7	37	86	6	125	25	26	19	27	1.99
6594232--6594455	40	5.6	40	84	3	270	25	24	25	24	2.00
6594236--6594442	83	2.5	80	88	5	283	23	24	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6598323--6598431	37	2.9	37	94	0	182	26	30	19	23	1.98
6598578--6599484	48	18.8	48	96	1	1674	31	28	6	33	1.83
6599500--6599618	23	5.1	22	62	28	59	24	30	13	31	1.93
6599462--6599647	94	2.0	94	87	2	266	26	28	11	33	1.92
6599406--6599626	47	4.7	47	85	3	268	26	27	11	34	1.90
6620412--6620496	43	2.0	43	84	9	111	23	14	25	36	1.93
6633357--6633437	40	2.0	40	92	0	135	33	11	19	35	1.87
6637206--6637284	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
6644757--6644830	29	2.6	29	89	4	105	25	32	16	25	1.96
6649816--6649987	43	4.0	43	68	11	127	25	16	25	32	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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