genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24727288--24727433	43	3.4	43	77	5	143	31	22	15	30	1.95
24736391--24736416	13	2.0	13	100	0	52	15	23	30	30	1.95
24736841--24736883	10	4.1	10	80	11	50	53	27	2	16	1.55
24737605--24737759	43	3.6	42	73	16	122	31	24	18	25	1.97
24742194--24742275	40	2.0	40	100	0	164	23	21	18	36	1.95
24744640--24744762	42	2.9	42	81	0	129	43	18	17	19	1.88
24744918--24745126	43	4.9	43	76	9	160	40	24	13	21	1.90
24748271--24748411	72	2.0	72	84	2	185	41	21	17	19	1.90
24748607--24748636	15	2.0	15	93	0	51	36	13	3	46	1.60
24752820--24753081	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
24766192--24766319	35	3.6	35	84	1	130	42	32	8	16	1.78
24767609--24767788	35	5.1	35	82	6	204	35	4	29	30	1.77
24767609--24767781	70	2.5	70	87	3	233	36	4	28	30	1.76
24767609--24767824	70	3.1	70	85	1	227	35	4	29	30	1.78
24767725--24767823	35	2.8	35	81	0	117	33	5	31	30	1.79
24787342--24787458	40	2.9	40	92	0	180	23	25	23	27	2.00
24787355--24787537	40	4.6	40	80	5	169	22	25	24	27	2.00
24787843--24787921	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
24789474--24789507	12	2.8	12	100	0	68	44	0	0	55	0.99
24791377--24791442	21	3.2	19	71	12	51	22	18	19	39	1.92
24791433--24791507	39	1.9	39	97	0	141	13	28	22	36	1.92
24791494--24791521	14	2.0	14	100	0	56	21	28	14	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24791455--24791560	53	2.0	53	100	0	212	15	26	20	37	1.92
24791508--24791586	39	2.0	39	87	0	113	15	24	21	39	1.91
24796343--24796431	39	2.3	39	86	7	119	41	0	5	52	1.25
24797791--24798872	369	3.0	364	87	4	1520	39	13	21	25	1.90
24800508--24800623	57	2.0	57	81	8	135	46	16	16	20	1.84
24801308--24801354	25	1.9	24	87	12	69	51	8	19	21	1.73
24804662--24804709	25	1.9	25	86	0	69	27	25	12	35	1.92
24835990--24836047	30	1.9	30	86	6	82	17	27	34	20	1.95
24845575--24845622	21	2.2	20	79	13	51	18	12	20	47	1.81
24845589--24845630	21	2.0	21	95	0	75	14	11	23	50	1.76
24849419--24849484	30	2.2	30	86	0	87	21	19	30	28	1.98
24852721--24852840	29	4.1	28	100	0	204	57	13	0	29	1.37
24852721--24852840	58	2.1	58	100	0	240	57	13	0	29	1.37
24853710--24853753	21	2.1	21	83	8	54	77	2	11	9	1.08
24853719--24853770	22	2.5	21	78	9	54	78	7	7	5	1.08
24858822--24858858	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
24859383--24859413	8	3.9	8	100	0	62	12	9	25	51	1.70
24859352--24859453	50	2.0	51	86	7	145	23	5	28	42	1.77
24867189--24867236	21	2.3	21	88	0	69	16	29	27	27	1.97
24867462--24867491	9	3.2	9	95	4	51	66	23	0	10	1.21
24871114--24871324	46	4.6	44	79	10	167	23	29	18	27	1.98
24878838--24878957	44	2.6	45	81	11	138	23	29	20	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24878881--24879193	158	2.0	158	92	1	520	27	28	18	25	1.98
24880924--24880957	16	2.1	16	100	0	68	41	29	11	17	1.85
24886244--24886315	31	2.2	33	80	11	87	30	1	9	58	1.39
24888738--24888866	47	2.7	46	79	9	136	36	21	18	23	1.95
24888759--24888866	46	2.3	47	84	4	139	37	23	17	22	1.94
24891310--24891337	13	2.2	13	100	0	56	39	7	10	42	1.67
24891460--24891507	16	2.7	18	78	15	55	43	2	2	52	1.24
24896035--24896061	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
24896866--24896898	16	2.0	17	88	5	50	51	6	12	30	1.63
24907171--24907247	9	8.6	9	84	5	102	45	19	7	27	1.77
24907171--24907240	27	2.6	27	90	0	113	45	21	7	25	1.77
24907346--24907371	5	5.2	5	100	0	52	0	0	57	42	0.98
24910693--24910737	22	2.0	24	86	8	67	31	6	17	44	1.75
24918170--24918227	13	4.5	13	73	18	59	0	22	0	77	0.77
24918173--24918235	6	10.2	6	78	11	56	0	22	0	77	0.76
24920960--24921014	3	18.3	3	100	0	110	65	0	0	34	0.93
24924807--24924902	32	3.1	31	75	19	94	35	8	12	43	1.73
24924818--24924902	28	2.9	29	76	11	91	34	9	10	45	1.71
24926265--24926299	17	2.1	18	89	10	56	51	0	2	45	1.16
24927283--24927341	16	3.8	17	76	19	74	11	10	1	76	1.10
24927281--24927355	16	5.2	13	75	20	53	12	9	1	77	1.06
24927281--24927355	30	2.5	30	89	8	109	12	9	1	77	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24927372--24927435	9	7.5	8	80	16	67	10	4	3	81	0.96
24927372--24927435	17	3.7	17	79	8	76	10	4	3	81	0.96
24927369--24927435	35	2.0	32	86	13	91	10	5	2	80	0.99
24927603--24927629	14	1.9	14	100	0	54	44	0	0	55	0.99
24927487--24927629	37	4.0	35	75	8	137	39	1	2	56	1.22
24927588--24927629	21	1.9	23	85	9	61	45	0	0	54	0.99
24927681--24927727	20	2.4	19	86	13	60	23	6	0	70	1.10
24927822--24927869	18	2.5	19	83	6	62	77	0	4	18	0.93
24927951--24928000	22	2.2	23	82	10	59	78	0	10	12	0.98
24927968--24928036	32	2.2	30	90	7	111	79	1	10	8	0.99
24929523--24929592	16	4.4	16	96	0	104	31	0	35	32	1.58
24929571--24929665	45	2.1	44	88	1	136	32	6	27	33	1.82
24929825--24929859	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
24935196--24935225	7	4.4	7	91	8	53	40	0	0	60	0.97
24935189--24935224	13	2.8	13	95	0	63	38	2	0	58	1.13
24942006--24942140	64	2.1	64	92	0	225	25	17	38	18	1.92
24942728--24942846	43	2.7	43	75	8	116	28	21	16	32	1.96
24942810--24943160	87	4.0	88	71	16	237	29	21	17	32	1.96
24958653--24958737	37	2.3	36	84	9	102	50	3	1	44	1.26
24962167--24962251	40	2.2	40	84	2	109	29	30	21	18	1.97
24962366--24962442	22	3.4	22	73	16	75	24	29	11	33	1.91
24962322--24962477	47	3.3	46	84	4	190	26	29	10	33	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24968017--24968096	25	3.0	25	72	19	72	48	17	7	26	1.73
24971144--24971208	10	6.5	10	79	11	71	36	4	0	58	1.19
24971916--24971960	19	2.4	19	96	0	81	66	8	0	24	1.20
24983163--24983291	18	7.2	18	90	0	195	29	25	14	30	1.95
24983169--24983291	36	3.4	36	98	0	237	30	25	13	30	1.94
24987345--24987375	11	2.8	11	95	0	53	19	48	3	29	1.64
24991907--24992027	20	6.1	20	70	7	75	19	19	23	37	1.95
24992388--24992450	20	3.2	20	74	0	72	19	20	19	41	1.91
24993546--24993588	23	1.9	23	85	4	61	46	23	4	25	1.71
25012817--25012982	27	6.1	27	82	0	179	31	19	21	27	1.97
25013117--25013194	27	2.9	26	85	10	97	21	23	23	32	1.98
25022519--25022716	47	4.3	46	76	10	172	25	26	17	30	1.97
25040129--25040297	47	3.6	46	78	13	157	30	17	27	24	1.97
25040127--25040352	94	2.4	93	80	5	249	30	18	26	23	1.98
25040174--25040348	47	3.7	46	81	10	194	30	18	28	22	1.97
25041366--25041712	177	2.0	177	92	0	577	38	9	17	34	1.82
25052824--25052856	14	2.3	15	89	5	50	69	0	0	30	0.88
25061988--25062409	114	3.8	110	80	9	378	55	14	2	27	1.51
25065412--25065580	85	2.0	85	92	0	284	39	13	28	18	1.89
25071228--25071405	27	6.6	27	82	3	196	26	15	28	29	1.96
25071227--25071405	82	2.2	81	82	3	216	26	15	28	29	1.96
25072756--25072933	40	4.4	40	82	4	191	25	19	27	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25072797--25072949	79	1.9	79	85	7	213	25	19	27	27	1.99
25080392--25080585	47	4.1	47	95	0	334	25	28	10	35	1.89
25080442--25080563	22	5.3	22	63	24	63	24	28	12	34	1.92
25086056--25086180	40	3.2	40	83	7	157	26	27	23	23	2.00
25086251--25086391	40	3.5	40	81	6	171	26	26	21	24	2.00
25094441--25094661	40	5.6	40	82	2	248	25	26	21	25	2.00
25098424--25098451	14	2.0	14	100	0	56	57	0	0	42	0.99
25101089--25101131	8	5.4	8	82	0	50	44	20	20	13	1.86
25101089--25101140	16	3.2	16	83	0	59	46	21	19	13	1.84
25101361--25101438	29	2.8	28	75	7	86	24	12	32	30	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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