genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.302.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92818679--92818747	25	2.7	25	72	2	66	52	1	0	46	1.09
92821080--92821383	91	3.3	91	100	0	608	23	28	20	27	1.99
92821035--92821474	47	9.5	44	74	10	276	23	29	19	27	1.98
92825602--92825632	8	4.0	8	95	4	55	74	0	0	25	0.82
92830909--92831222	174	1.8	174	83	2	425	23	25	14	37	1.92
92831155--92831350	90	2.2	91	84	4	254	22	23	14	38	1.91
92831200--92831363	45	3.6	44	67	8	123	23	22	13	40	1.89
92835747--92835790	21	2.1	21	86	0	61	18	27	36	18	1.94
92855865--92855901	18	2.1	18	100	0	74	27	5	16	51	1.66
92860023--92860322	70	4.3	69	78	3	307	25	17	24	33	1.96
92871553--92871721	46	3.7	46	77	13	177	26	20	30	21	1.98
92871553--92871767	46	4.7	44	72	17	152	26	19	30	23	1.98
92871917--92871942	13	2.0	13	100	0	52	38	7	7	46	1.61
92872888--92872926	21	1.9	21	89	5	62	17	38	23	20	1.93
92878073--92878118	23	2.0	24	83	12	60	39	21	15	23	1.92
92878531--92878578	21	2.3	21	86	10	64	25	22	10	41	1.85
92880504--92880535	16	2.0	16	100	0	64	37	6	25	31	1.81
92883605--92883662	4	15.5	4	87	10	63	74	0	3	22	0.97
92883605--92883682	40	2.0	38	82	9	95	71	2	6	19	1.19
92885147--92885860	89	8.0	88	75	5	500	29	20	16	32	1.95
92885165--92885758	133	4.5	134	78	4	522	30	20	16	32	1.95
92885670--92885928	96	2.7	96	88	0	365	29	20	15	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92885728--92885909	51	3.7	49	74	10	167	29	19	17	32	1.95
92885676--92886001	96	3.5	96	84	3	326	30	19	15	34	1.93
92885146--92886280	44	24.9	44	69	10	566	29	20	17	33	1.95
92885951--92886340	94	4.1	94	89	0	564	26	20	20	33	1.97
92895050--92895118	28	2.4	28	80	7	75	46	21	11	20	1.82
92897099--92897366	74	3.6	73	82	6	308	20	37	2	39	1.65
92900441--92900499	29	2.0	29	100	0	118	40	10	16	32	1.82
92901228--92901290	32	1.9	33	90	3	101	49	1	0	49	1.10
92903718--92903894	50	3.5	50	88	2	257	35	16	21	26	1.94
92903872--92904073	31	6.5	31	91	0	314	28	18	26	26	1.98
92904079--92904107	7	4.1	7	100	0	58	44	13	27	13	1.82
92904111--92904236	47	2.7	48	83	2	157	29	15	25	30	1.95
92909871--92910095	40	5.7	40	87	5	287	25	27	22	24	2.00
92909871--92910095	119	1.9	120	84	6	305	25	27	22	24	2.00
92913331--92913426	48	2.0	48	93	0	165	25	13	20	40	1.89
92916885--92916910	3	8.7	3	100	0	52	34	0	30	34	1.58
92917139--92917179	21	2.0	20	85	4	55	60	0	12	26	1.31
92917189--92917213	11	2.3	11	100	0	50	48	0	16	36	1.46
92919182--92919227	21	2.1	23	88	8	69	19	4	10	65	1.41
92919218--92919248	13	2.4	13	94	0	53	16	3	12	67	1.35
92920827--92920910	42	2.0	42	97	0	159	33	13	9	44	1.76
92921147--92921199	27	1.9	27	85	11	72	75	9	5	9	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92921147--92921197	15	3.7	13	79	15	50	74	9	5	9	1.21
92922405--92922447	21	2.0	21	86	8	61	62	4	11	20	1.46
92922450--92922474	11	2.3	11	100	0	50	48	0	16	36	1.46
92934554--92934606	26	2.0	26	96	0	97	56	18	9	15	1.65
92941458--92941510	26	2.0	26	96	0	97	56	18	9	15	1.65
92947671--92947918	48	5.3	46	76	10	180	25	27	18	28	1.98
92947700--92947966	48	5.7	47	76	9	217	25	28	19	27	1.98
92948633--92948671	20	2.0	20	85	10	53	35	20	0	43	1.52
92952515--92952559	18	2.6	18	85	3	56	22	28	33	15	1.95
92954585--92954610	12	2.2	12	100	0	52	15	15	0	69	1.20
92962008--92962438	222	1.9	222	95	0	781	34	14	15	35	1.89
92964900--92964957	30	1.9	30	86	6	82	20	29	29	20	1.98
92966288--92966356	34	2.0	34	97	0	129	39	26	21	13	1.90
92967845--92967915	37	1.9	37	91	0	115	25	29	19	25	1.99
92968057--92968421	47	7.8	46	90	5	181	25	31	11	31	1.92
92968121--92968452	47	7.1	47	96	0	565	26	31	11	31	1.91
92973486--92973748	40	6.6	40	90	0	364	25	26	22	25	2.00
92975646--92975887	40	6.1	40	87	5	314	25	26	22	25	2.00
92975665--92975887	79	2.8	79	90	2	331	25	26	22	24	2.00
92980093--92980152	28	2.1	28	87	6	86	30	31	3	35	1.74
92980093--92980152	14	4.3	14	77	8	59	30	31	3	35	1.74
92980514--92980543	11	2.7	11	89	0	51	76	6	3	13	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92980970--92981139	84	2.0	84	97	0	322	33	30	15	20	1.94
92987153--92987212	28	2.1	28	90	0	93	30	33	3	33	1.74
92987153--92987212	14	4.3	14	79	8	68	30	33	3	33	1.74
92990344--92990515	93	1.8	93	94	0	308	27	30	21	20	1.98
92990336--92990511	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
92990934--92990993	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
92992219--92992306	39	2.3	39	91	0	140	25	23	25	26	2.00
92993001--92993089	30	3.0	30	79	11	94	56	15	17	10	1.67
92993001--92993083	15	5.6	14	73	10	58	55	16	18	9	1.68
92993012--92993089	15	5.2	15	75	9	70	55	15	17	11	1.69
93013331--93013392	27	2.3	27	81	8	72	46	1	1	50	1.20
93014347--93014401	18	3.0	18	82	10	67	52	1	0	45	1.11
93014433--93014524	37	2.4	36	79	12	96	52	4	3	40	1.38
93016746--93016814	34	2.0	34	100	0	138	28	17	15	37	1.91
93025071--93025114	11	3.9	11	77	16	54	36	9	27	27	1.87
93025184--93025223	20	2.0	20	90	9	64	65	0	17	17	1.28
93025422--93025459	19	2.0	19	94	0	67	60	0	39	0	0.97
93026192--93026220	14	2.1	14	100	0	58	13	37	6	41	1.72
93026573--93026615	20	2.2	20	95	0	77	34	18	13	32	1.90
93032041--93032103	29	2.2	29	85	0	81	33	11	17	38	1.85
93032259--93032306	17	2.9	16	76	11	53	72	6	2	18	1.15
93033012--93033131	63	1.9	62	93	1	204	43	23	10	22	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93035810--93035875	20	3.2	22	79	10	68	66	0	3	30	1.06
93040421--93040468	23	2.1	23	100	0	96	37	18	12	31	1.88
93041624--93041740	54	2.2	54	89	3	173	26	18	22	32	1.97
93043008--93043045	20	1.9	20	100	0	76	26	31	28	13	1.93
93044383--93044411	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
93050249--93050312	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
93050325--93050407	20	4.2	20	92	0	139	32	19	12	36	1.88
93052805--93052961	57	2.8	57	84	3	192	34	22	15	27	1.94
93052805--93053010	57	3.6	57	79	4	182	33	20	16	28	1.95
93053170--93053195	8	3.2	8	100	0	52	34	11	11	42	1.77
93058874--93058917	18	2.4	18	96	0	79	31	11	18	38	1.86
93058923--93059206	141	2.0	141	98	0	550	40	22	7	29	1.81
93077319--93077383	32	2.0	32	85	5	87	23	24	15	36	1.93
93077701--93077767	20	3.3	20	89	4	100	31	19	13	35	1.90
93077701--93077754	11	5.3	11	70	17	53	31	20	12	35	1.90
93085301--93085365	32	2.0	32	88	5	96	23	26	15	35	1.94
93086325--93086459	27	5.0	27	80	0	162	28	22	8	39	1.84
93086469--93088004	54	28.4	54	87	2	1900	37	17	19	25	1.94
93086469--93088004	108	14.2	108	86	1	2144	37	17	19	25	1.94
93086469--93088004	324	4.7	324	98	0	2892	37	17	19	25	1.94
93088052--93088128	9	7.9	9	71	16	55	33	20	10	35	1.87
93088044--93088119	11	7.5	11	71	16	74	32	19	11	35	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93088045--93088150	40	2.7	40	94	2	178	31	20	13	34	1.91
93088044--93088133	20	4.5	20	95	0	162	32	20	13	34	1.91
93106163--93106216	19	3.1	19	70	25	64	24	0	46	29	1.53
93106151--93106216	33	2.0	33	96	0	123	24	0	43	31	1.54
93107335--93107405	31	2.3	31	82	2	81	45	7	11	36	1.67
93110716--93110807	48	1.9	48	86	0	130	26	21	26	26	2.00
93115458--93115487	7	4.3	7	91	0	51	46	13	10	30	1.75
93115544--93115620	40	1.9	40	86	5	111	33	33	15	16	1.91
93117257--93117299	22	2.0	22	100	0	86	32	18	23	25	1.97
93122610--93122694	40	2.2	40	85	4	111	37	34	14	14	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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