genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.36.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12221087--12221143	26	2.2	26	78	6	62	33	8	22	35	1.85
12222205--12222259	25	2.3	22	76	14	56	63	0	34	1	1.05
12222970--12223013	21	2.0	22	87	12	65	18	6	0	75	1.02
12227845--12227922	22	3.4	22	68	16	68	37	14	25	23	1.92
12227004--12227973	47	20.6	47	97	0	1814	32	12	29	25	1.92
12227983--12228073	46	2.0	46	86	0	128	34	6	31	27	1.83
12230322--12230359	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
12236901--12237073	46	3.7	46	76	10	190	23	19	27	30	1.98
12240615--12240639	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
12241185--12241363	27	6.6	27	82	6	182	28	15	27	29	1.96
12241187--12241337	82	1.9	81	87	4	223	28	15	27	28	1.96
12241183--12241363	82	2.2	81	80	4	213	28	14	27	29	1.96
12242500--12242559	27	2.3	26	82	2	66	23	21	20	35	1.96
12251164--12251365	40	5.1	39	77	12	155	26	21	26	25	2.00
12253428--12253828	40	10.1	40	90	1	581	24	22	27	24	2.00
12257272--12257350	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
12263941--12264090	55	2.8	54	80	4	149	26	15	29	28	1.96
12263913--12264090	27	6.6	27	77	6	146	25	15	28	30	1.96
12263914--12264069	82	1.9	81	81	6	190	25	16	28	30	1.96
12267451--12267577	63	2.0	63	98	0	245	30	14	23	30	1.95
12268802--12268871	25	2.8	25	91	0	104	25	22	24	27	2.00
12269680--12269752	26	2.8	25	75	10	74	21	19	21	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12269668--12269743	26	2.9	27	76	7	77	23	21	19	35	1.96
12269797--12269904	27	3.9	27	75	13	94	31	7	18	42	1.78
12269802--12269983	54	3.3	55	83	4	185	30	7	20	42	1.79
12269860--12269983	27	4.6	27	83	7	146	27	7	22	42	1.80
12269881--12270023	27	5.3	26	75	11	119	28	11	22	37	1.88
12270003--12270106	27	3.9	26	85	6	102	41	10	20	27	1.85
12270015--12270106	27	3.4	27	90	0	139	42	8	21	27	1.82
12271832--12271860	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
12273352--12273764	50	8.7	50	70	16	236	29	19	27	23	1.98
12273165--12273664	93	5.3	93	74	13	391	28	19	28	23	1.98
12273163--12273755	142	4.2	138	78	10	465	29	19	28	23	1.98
12273215--12273664	188	2.4	188	92	1	744	28	19	28	23	1.98
12273402--12273757	142	2.5	142	88	1	522	28	19	28	23	1.98
12273483--12273808	142	2.3	141	87	2	456	29	18	27	23	1.98
12281618--12281712	18	5.1	17	72	18	57	25	4	11	58	1.50
12288423--12288533	27	4.1	27	85	7	138	39	16	15	28	1.89
12288672--12288735	32	2.0	32	81	0	74	29	21	18	29	1.97
12298596--12298692	30	3.2	30	75	2	106	28	26	15	28	1.96
12300476--12300572	30	3.2	31	73	5	101	27	28	15	27	1.96
12301430--12301478	20	2.3	20	82	10	53	32	8	14	44	1.74
12312022--12312072	10	5.0	10	85	4	66	41	19	25	13	1.88
12312023--12312075	21	2.6	21	88	5	74	43	20	22	13	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12312022--12312084	20	3.1	21	84	4	76	39	19	26	14	1.90
12313140--12313183	15	2.8	16	79	10	54	77	11	4	6	1.11
12313827--12313857	14	2.2	14	94	0	53	58	3	29	9	1.46
12316643--12316680	10	3.8	10	83	13	51	28	31	18	21	1.97
12316642--12316679	20	1.9	20	94	0	67	28	34	18	18	1.95
12316643--12316703	20	3.0	20	83	9	63	29	27	14	27	1.95
12316653--12316699	10	4.6	10	80	15	51	31	27	14	25	1.95
12318098--12318133	13	2.7	13	95	4	63	80	0	8	11	0.90
12319189--12319230	18	2.3	18	87	0	57	71	4	16	7	1.26
12320925--12320962	10	3.8	10	83	13	51	28	31	18	21	1.97
12320924--12320961	20	1.9	20	94	0	67	28	34	18	18	1.95
12320925--12320985	20	3.0	20	83	9	63	29	27	14	27	1.95
12320935--12320981	10	4.6	10	80	15	51	31	27	14	25	1.95
12321468--12321492	13	1.9	13	100	0	50	16	32	16	36	1.90
12326647--12326677	7	4.3	7	92	8	53	0	58	0	41	0.98
12326982--12327029	25	1.9	25	87	8	71	25	6	0	68	1.12
12329024--12329102	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
12329221--12329633	47	8.7	47	93	1	691	29	30	8	32	1.86
12329221--12329633	190	2.2	188	93	0	691	29	30	8	32	1.86
12330772--12330813	18	2.3	18	100	0	84	42	19	4	33	1.72
12341176--12341697	49	10.9	49	94	2	866	28	30	9	31	1.88
12341176--12341694	192	2.7	192	92	1	898	28	30	9	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12346062--12346236	99	1.8	94	80	8	208	25	30	18	25	1.98
12348934--12349012	40	2.0	40	100	0	158	24	27	12	35	1.92
12348937--12349021	40	2.1	40	93	0	143	23	24	14	37	1.92
12350720--12350791	26	2.7	27	86	4	110	37	19	11	31	1.87
12350771--12351007	27	8.8	27	82	3	226	39	20	10	29	1.86
12351250--12351366	40	2.9	41	88	2	182	21	23	29	25	1.99
12351509--12351572	22	2.9	22	79	9	76	21	21	21	34	1.97
12356836--12356881	20	2.3	20	84	0	56	23	19	17	39	1.92
12356828--12356901	30	2.5	30	84	8	80	22	20	18	37	1.94
12359141--12359258	12	9.8	12	68	18	50	70	3	18	7	1.26
12359158--12359261	18	5.6	18	75	5	82	71	3	18	6	1.24
12359154--12359261	6	17.7	6	70	6	74	71	3	18	6	1.23
12359222--12359259	13	2.8	13	82	17	51	73	0	18	7	1.06
12359223--12359273	21	2.4	21	74	6	50	74	1	17	5	1.11
12359276--12359338	33	1.9	33	84	12	85	53	6	26	12	1.62
12361115--12361168	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
12361115--12361188	30	2.5	30	86	8	98	21	20	18	39	1.93
12361115--12361179	20	3.2	20	71	16	53	23	21	16	38	1.93
12362790--12363065	100	2.7	99	86	6	353	26	15	25	32	1.96
12362790--12363074	150	1.9	152	89	2	450	26	16	24	31	1.96
12362840--12363074	50	4.7	50	86	6	332	27	17	24	30	1.97
12363907--12363935	14	2.1	14	100	0	58	58	0	13	27	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12370719--12370821	37	2.8	37	95	0	179	26	32	18	23	1.97
12370962--12372305	48	28.0	48	97	0	2458	31	27	6	34	1.82
12377211--12377249	20	2.0	20	85	10	53	20	33	17	28	1.96
12383060--12383110	27	1.9	26	84	4	66	35	19	27	17	1.94
12395756--12396019	98	2.7	98	95	1	458	36	21	23	18	1.95
12395969--12396019	27	1.9	26	84	4	66	35	19	27	17	1.94
12398414--12398538	37	3.4	37	80	0	142	32	25	15	26	1.95
12398470--12398548	37	2.1	37	85	0	104	35	29	16	18	1.93
12406103--12406166	27	2.4	28	82	10	71	26	15	17	40	1.89
12406385--12406427	17	2.4	17	80	7	50	23	44	23	9	1.82
12409465--12409593	46	2.8	46	91	0	204	20	21	27	30	1.98
12414910--12415085	46	3.8	46	76	4	183	21	19	27	31	1.97
12414908--12415077	93	1.8	93	87	0	250	21	20	27	30	1.98
12417413--12417459	23	2.1	22	88	7	76	48	6	31	10	1.63
12418424--12418472	23	2.1	23	100	0	98	55	0	14	30	1.40
12430823--12430919	32	3.0	32	79	8	133	35	17	22	24	1.95
12430814--12430911	33	3.0	33	80	7	137	32	19	26	21	1.97
12432172--12432343	93	1.8	93	92	0	290	29	29	19	20	1.97
12432164--12432339	46	3.8	46	78	10	196	30	28	19	21	1.97
12433715--12433744	14	2.1	15	93	6	53	50	16	0	33	1.46
12439060--12439391	48	6.9	47	78	5	333	26	28	17	27	1.98
12439058--12439391	96	3.5	96	89	0	490	26	27	17	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12439060--12439390	144	2.3	144	82	3	371	26	28	17	27	1.98
12441748--12441968	40	5.6	40	85	2	295	28	26	22	23	1.99
12448866--12449127	40	6.6	40	89	1	384	29	26	21	23	1.99
12472991--12473318	48	6.8	48	79	4	365	27	28	17	27	1.98
12473000--12473318	96	3.3	95	89	3	464	27	28	17	27	1.97
12490167--12490226	30	2.0	30	93	0	102	35	21	15	28	1.93
12493887--12493946	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
12506410--12507279	139	6.3	139	99	0	1731	29	28	20	22	1.98
12507657--12508175	260	2.0	260	98	0	1011	30	20	9	40	1.83
12519207--12519254	19	2.6	19	83	3	62	37	2	12	47	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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