genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.252.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77407571--77408136	282	2.0	282	97	0	1080	21	25	15	37	1.93
77410718--77411124	107	3.8	107	92	0	647	31	18	19	30	1.96
77411883--77411913	15	2.1	15	93	0	53	58	0	9	32	1.31
77413777--77413810	13	2.6	13	95	0	59	26	8	14	50	1.72
77414860--77414891	16	2.0	16	100	0	64	31	18	12	37	1.88
77415405--77415443	17	2.3	17	86	0	51	15	2	7	74	1.15
77417471--77417578	57	1.9	55	88	3	162	41	10	9	38	1.71
77419750--77419858	56	2.0	55	92	5	184	40	12	8	38	1.74
77420239--77420279	19	2.2	19	100	0	82	29	0	9	60	1.28
77421144--77421183	20	2.0	20	85	9	55	42	0	0	57	0.98
77421480--77421660	100	1.8	100	80	4	222	33	13	17	35	1.89
77423002--77423083	43	2.0	43	92	4	141	24	7	19	48	1.74
77427516--77428178	331	2.0	330	96	0	1220	31	20	14	33	1.92
77450200--77450355	45	3.5	45	87	1	215	43	14	20	21	1.87
77460142--77460208	27	2.3	30	85	7	95	17	4	7	70	1.28
77465169--77465198	12	2.5	12	94	0	51	46	26	13	13	1.80
77469381--77469468	43	2.0	43	97	0	167	44	18	11	26	1.83
77473509--77473559	15	3.3	15	78	5	57	78	3	13	3	1.03
77477691--77477718	7	4.0	7	100	0	56	28	28	0	42	1.56
77481357--77481396	20	2.0	20	85	0	53	27	0	25	47	1.52
77488002--77488117	3	38.7	3	92	0	196	0	35	0	64	0.94
77491695--77491755	4	15.2	4	77	16	56	19	1	3	75	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77491681--77491741	18	3.4	18	76	15	54	19	3	3	73	1.11
77491679--77491753	8	9.1	8	74	10	53	20	2	2	74	1.06
77491678--77491775	44	2.2	47	80	15	118	21	4	4	70	1.21
77496863--77496913	15	3.6	14	76	21	52	11	3	1	82	0.89
77501957--77502003	23	2.0	23	100	0	94	38	0	17	44	1.48
77504745--77504785	16	2.6	16	78	21	50	31	4	0	63	1.15
77505099--77505138	20	2.0	20	85	9	55	62	2	0	35	1.09
77514533--77514621	28	3.2	28	87	7	128	32	22	22	22	1.98
77514985--77515099	27	4.3	27	91	1	160	20	16	23	40	1.91
77518744--77519127	194	2.0	194	89	1	590	32	14	18	34	1.91
77521157--77521385	39	5.8	40	83	10	253	26	21	27	24	1.99
77521157--77521385	79	2.9	80	83	10	267	26	21	27	24	1.99
77521157--77521412	79	3.3	78	81	11	215	26	21	27	24	1.99
77530682--77530720	15	2.7	14	76	7	51	46	5	0	48	1.24
77531639--77531693	28	2.0	26	82	6	65	60	7	9	23	1.52
77532169--77532199	16	1.9	16	93	0	53	48	3	0	48	1.17
77535175--77535226	26	2.0	27	96	3	97	26	1	0	71	0.97
77535177--77535233	26	2.2	26	87	6	80	28	1	0	70	0.98
77535176--77535233	27	2.2	26	90	3	89	27	1	0	70	0.97
77546487--77546515	9	3.2	9	100	0	58	55	0	0	44	0.99
77546464--77546515	18	2.7	20	82	14	56	51	1	1	44	1.23
77559903--77559933	12	2.6	12	94	0	53	25	38	25	9	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77566395--77566433	18	2.1	18	85	4	51	64	2	5	28	1.28
77569530--77569707	27	6.6	27	81	3	169	29	27	15	26	1.96
77575056--77575147	47	2.0	47	93	0	157	34	8	15	41	1.78
77575501--77575581	20	4.1	20	76	12	76	12	25	19	41	1.87
77584949--77585005	20	2.8	20	89	0	78	26	28	0	45	1.54
77588611--77588671	17	3.7	16	72	14	61	45	1	3	49	1.28
77591638--77591696	27	2.2	26	79	8	66	66	1	1	30	1.12
77595430--77595679	123	2.0	123	98	0	482	40	19	20	19	1.92
77598008--77598036	13	2.1	14	93	6	51	10	6	0	82	0.83
77598603--77598667	11	6.0	10	78	16	67	23	30	0	46	1.53
77598603--77598666	23	2.9	21	88	11	101	21	31	0	46	1.52
77598606--77598675	11	6.4	11	79	11	63	21	32	1	44	1.61
77603684--77603869	44	4.2	44	88	0	282	26	24	22	26	2.00
77603684--77603869	88	2.1	88	94	0	327	26	24	22	26	2.00
77603965--77604103	45	3.1	45	69	8	131	25	26	19	28	1.99
77603995--77604832	87	9.6	87	81	3	891	23	26	24	25	2.00
77603995--77604832	175	4.8	174	81	3	970	23	26	24	25	2.00
77604264--77604831	43	13.0	44	68	7	253	22	26	25	25	2.00
77603907--77604832	262	3.5	262	87	1	1275	23	25	24	26	2.00
77607058--77607115	25	2.3	25	91	8	91	6	8	6	77	1.12
77615631--77615669	19	2.1	19	95	0	69	0	46	10	43	1.37
77616896--77617003	54	2.0	53	87	5	155	27	20	26	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77618695--77618899	88	2.3	89	87	5	279	45	3	3	46	1.40
77618817--77618942	47	2.6	49	71	11	114	43	2	2	51	1.27
77619049--77619090	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
77619040--77619081	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
77619238--77619328	45	2.0	45	85	2	121	35	28	5	30	1.80
77619309--77619358	16	3.1	16	91	0	82	34	36	0	30	1.58
77619617--77620028	126	3.3	126	91	0	646	29	21	16	31	1.96
77620069--77620369	96	3.1	94	83	4	381	40	18	3	37	1.67
77620393--77620429	15	2.4	16	90	4	58	43	29	0	27	1.55
77620395--77620476	14	5.7	15	82	8	57	45	34	0	20	1.52
77620412--77620482	7	10.4	7	83	3	83	45	36	0	18	1.50
77621281--77621392	40	2.8	39	83	4	145	40	25	16	17	1.91
77621460--77621653	41	4.8	41	87	4	268	25	21	24	29	1.99
77621763--77621813	26	2.0	26	84	0	66	58	5	11	23	1.55
77621997--77622033	14	2.6	14	95	0	65	21	0	29	48	1.50
77622082--77622114	14	2.3	15	94	5	59	30	0	33	36	1.58
77622352--77622598	129	1.9	130	79	4	275	32	1	18	47	1.57
77627858--77627891	14	2.4	14	95	0	59	26	0	23	50	1.50
77627938--77627989	7	7.3	7	78	4	50	28	1	26	42	1.66
77627999--77628256	139	1.9	139	85	4	360	29	0	28	41	1.62
77630855--77631046	43	4.6	40	80	13	156	26	16	26	30	1.96
77630855--77631046	86	2.3	85	79	9	205	26	16	26	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77631201--77631263	30	2.1	30	93	0	108	25	3	14	57	1.52
77641068--77641154	37	2.4	37	80	5	95	14	12	40	32	1.84
77641065--77641156	38	2.5	37	82	3	105	15	11	40	32	1.84
77647153--77647192	18	2.2	18	86	8	55	50	10	17	22	1.76
77654452--77654568	38	2.6	46	72	27	124	34	29	11	23	1.91
77654479--77654555	38	2.0	38	100	0	154	38	32	10	18	1.84
77655467--77655513	23	2.1	22	88	11	69	25	17	4	53	1.62
77655774--77655826	26	2.0	26	85	7	72	28	30	20	20	1.98
77658413--77658445	10	3.5	10	84	16	52	27	0	24	48	1.51
77661404--77661441	19	2.0	19	89	0	58	36	7	23	31	1.84
77661939--77662011	35	2.1	35	89	0	110	38	30	12	19	1.88
77663094--77663426	9	38.4	9	72	15	222	45	19	0	34	1.57
77663098--77663424	25	13.0	25	75	12	125	45	19	0	34	1.57
77663094--77663382	16	17.8	16	68	22	115	44	20	1	33	1.58
77663123--77663307	34	5.2	34	70	22	139	42	21	1	34	1.60
77663211--77663267	29	2.0	29	89	0	87	42	17	1	38	1.60
77668492--77668611	41	2.9	41	77	0	132	22	19	28	30	1.98
77668963--77669009	14	3.3	15	88	8	71	25	0	34	40	1.56
77668996--77669036	21	2.0	20	85	4	55	19	0	41	39	1.52
77669028--77669083	7	7.9	7	80	4	67	19	1	48	30	1.59
77669025--77669072	22	2.2	22	92	0	78	14	2	50	33	1.55
77669078--77669108	15	2.0	16	93	6	55	25	0	35	38	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77669491--77669543	19	2.8	18	80	8	61	71	3	3	20	1.17
77669840--77670298	124	3.7	124	87	0	614	32	18	22	26	1.97
77671253--77671333	38	2.2	37	88	2	117	30	1	0	67	0.98
77671278--77671338	25	2.3	26	86	5	79	34	0	0	65	0.93
77672952--77672995	3	14.7	3	95	0	79	63	2	0	34	1.07
77673610--77673648	16	2.3	18	86	8	55	64	7	23	5	1.40
77674627--77674671	17	2.5	19	78	14	58	40	2	0	57	1.11
77674675--77675126	9	52.0	9	71	16	244	45	18	0	35	1.55
77674672--77674867	25	7.9	25	70	19	117	46	17	0	36	1.48
77674672--77675082	16	25.2	16	67	22	132	45	18	0	34	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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