genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.262.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80160248--80160329	29	2.6	31	79	13	87	53	4	2	39	1.35
80160248--80160330	31	2.7	30	81	9	96	54	4	2	38	1.35
80167096--80167150	14	3.9	14	77	20	60	60	0	38	1	1.08
80167147--80167218	31	2.3	31	79	18	87	31	0	31	36	1.58
80167468--80167524	28	2.0	28	86	6	80	21	0	10	68	1.19
80167468--80167507	15	2.9	13	86	13	62	20	0	7	72	1.08
80167782--80167806	12	2.1	12	100	0	50	44	0	8	48	1.32
80169886--80170083	48	4.1	48	90	1	272	48	10	10	30	1.71
80174938--80175002	33	2.0	33	84	6	87	27	26	23	23	2.00
80174970--80175030	28	2.2	28	87	0	86	31	22	21	24	1.98
80175136--80175212	26	3.0	26	86	0	109	41	24	19	14	1.89
80175388--80175664	27	10.3	26	82	8	261	18	18	19	44	1.88
80175388--80175664	54	5.1	54	81	7	294	18	18	19	44	1.88
80175387--80175664	81	3.5	80	83	5	330	19	17	19	43	1.88
80179504--80179562	18	3.4	18	78	15	63	10	28	0	61	1.29
80180087--80180126	21	1.9	21	84	0	53	35	10	25	30	1.88
80191640--80191752	59	1.9	59	80	3	129	46	10	13	30	1.77
80191693--80191911	84	2.6	83	84	7	291	46	10	14	29	1.77
80191902--80192009	54	2.0	55	90	1	173	44	6	7	41	1.58
80191956--80192488	88	6.2	88	80	10	488	42	11	13	33	1.80
80192268--80192404	72	1.9	72	83	5	179	43	12	13	31	1.81
80194677--80194735	23	2.6	23	88	0	82	52	16	16	13	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80196545--80196582	20	1.9	19	89	5	58	7	21	7	63	1.47
80200778--80200828	25	2.0	25	88	7	77	29	7	3	58	1.44
80202238--80202275	19	2.0	20	84	5	51	5	18	5	71	1.25
80203216--80203252	19	1.9	19	88	0	56	18	13	5	62	1.50
80215199--80215673	68	7.0	68	93	0	743	29	13	15	42	1.84
80216029--80216224	84	2.3	85	85	3	252	29	16	25	28	1.97
80216028--80216224	43	4.6	43	86	4	256	29	16	25	28	1.97
80220080--80220118	21	1.9	20	89	5	60	35	20	15	28	1.93
80222243--80222285	20	2.1	21	87	8	63	55	20	4	18	1.60
80222241--80222298	19	2.8	21	74	15	57	63	15	3	17	1.44
80223935--80223981	22	2.3	21	80	20	55	23	8	6	61	1.48
80223942--80223983	22	1.9	22	90	9	68	23	9	7	59	1.53
80222880--80224602	865	2.0	858	94	1	3011	28	11	10	49	1.73
80236254--80236548	46	6.2	46	79	9	295	28	18	23	28	1.98
80236298--80236548	97	2.6	97	93	0	412	28	19	24	27	1.99
80236560--80236665	41	2.5	43	81	4	108	31	19	17	31	1.96
80236599--80236685	44	2.0	44	86	0	120	32	21	20	25	1.98
80238128--80238162	15	2.3	15	85	0	52	28	2	2	65	1.21
80238428--80238474	22	2.3	21	82	17	55	21	8	8	61	1.51
80242497--80242901	101	4.0	101	98	0	774	31	16	27	25	1.96
80245287--80245317	15	2.1	15	100	0	62	32	0	6	61	1.21
80246103--80246147	10	4.4	10	86	5	63	86	8	2	2	0.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80246103--80246176	20	3.7	18	75	13	58	82	6	8	2	0.93
80246651--80246692	13	3.0	14	86	10	59	69	0	16	14	1.20
80248005--80248483	88	5.4	88	90	2	694	28	20	25	25	1.99
80248518--80248641	50	2.5	50	89	0	185	25	20	27	27	1.99
80248734--80249006	50	5.5	50	68	8	157	29	24	23	22	1.99
80248735--80249018	97	2.9	99	85	5	355	28	24	23	23	2.00
80249959--80250002	9	4.9	9	80	0	52	34	2	2	61	1.21
80252230--80252255	5	5.2	5	100	0	52	42	38	0	19	1.51
80254315--80254405	46	2.0	46	97	0	173	25	38	16	19	1.92
80256177--80256230	22	2.6	21	82	5	56	35	1	7	55	1.39
80256169--80256575	10	42.8	9	64	21	61	34	2	4	58	1.31
80256471--80256572	18	5.4	19	69	13	77	34	0	3	61	1.14
80256503--80256572	9	7.4	9	71	15	52	31	0	2	65	1.07
80259214--80259240	9	3.0	9	100	0	54	44	22	11	22	1.84
80259330--80259358	6	4.8	6	100	0	58	17	0	17	65	1.27
80259314--80259371	18	3.0	20	82	12	66	22	3	12	62	1.45
80265170--80265207	19	2.1	19	85	5	51	68	7	18	5	1.34
80265426--80265468	16	2.8	16	86	6	63	0	58	0	41	0.98
80265427--80265474	23	2.0	24	84	11	64	0	54	0	45	0.99
80266285--80266373	45	2.0	43	91	8	142	22	11	11	55	1.67
80266298--80266369	21	3.3	21	66	17	56	20	9	12	56	1.64
80266292--80266364	24	3.2	24	62	18	64	23	10	12	53	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80266300--80266372	24	3.2	24	64	18	64	21	9	12	56	1.64
80278863--80279032	66	2.5	67	83	4	191	28	15	23	32	1.95
80279054--80279490	75	5.7	75	74	12	408	23	16	24	36	1.94
80279294--80279320	13	2.1	13	100	0	54	33	22	14	29	1.94
80284683--80284807	62	2.0	62	95	0	223	28	15	22	34	1.94
80285860--80285913	22	2.3	23	84	12	67	59	3	0	37	1.15
80289973--80290006	13	2.5	14	90	4	52	50	5	0	44	1.26
80290571--80290608	15	2.4	17	82	8	53	73	18	0	7	1.06
80290572--80290608	16	2.4	16	90	4	58	72	18	0	8	1.08
80293922--80294125	98	2.1	98	92	0	338	36	5	11	46	1.64
80294581--80294616	15	2.4	15	85	0	54	16	13	25	44	1.85
80301398--80301431	17	2.0	17	88	0	50	35	29	0	35	1.58
80307349--80307410	18	3.6	18	77	12	67	58	4	0	37	1.20
80309276--80309313	2	19.0	2	100	0	76	0	50	0	50	1.00
80313263--80313395	66	2.0	66	82	2	160	12	22	18	45	1.83
80317173--80317206	6	5.7	6	90	10	52	14	2	0	82	0.79
80317864--80317900	18	2.1	18	90	5	58	18	29	40	10	1.85
80319450--80319484	16	2.2	16	100	0	70	20	5	11	62	1.48
80319600--80319634	18	2.0	17	94	5	61	57	0	0	42	0.99
80320003--80320036	18	1.9	18	88	5	52	67	0	17	14	1.23
80338222--80338331	56	1.9	57	92	1	186	26	15	25	32	1.95
80338232--80338363	56	2.4	56	84	5	160	27	17	25	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80343704--80343744	21	1.9	22	85	5	57	41	14	0	43	1.45
80346913--80346991	40	2.0	40	92	0	131	36	35	13	13	1.85
80356651--80356690	20	2.0	20	90	0	62	12	22	10	55	1.67
80359928--80359994	26	2.5	27	80	9	75	38	11	22	26	1.89
80370730--80370772	21	2.2	19	83	8	50	48	0	2	48	1.14
80373996--80374216	99	2.3	99	83	2	268	28	21	22	28	1.99
80379196--80379238	22	2.0	22	100	0	86	32	0	34	32	1.58
80393750--80393838	43	2.1	43	97	0	169	30	21	13	34	1.92
80395294--80395343	5	10.0	5	93	0	64	42	0	6	52	1.26
80395443--80395476	17	2.0	17	100	0	68	23	5	11	58	1.55
80401192--80401245	24	2.2	24	96	0	99	33	12	22	31	1.92
80407780--80407823	21	2.1	21	82	0	52	25	36	20	18	1.95
80417197--80417242	22	2.1	21	84	4	56	39	4	8	47	1.54
80422513--80422581	36	1.9	35	96	0	120	30	31	5	30	1.81
80424333--80424480	60	2.5	60	81	3	165	23	11	25	39	1.88
80427498--80427579	33	2.5	33	82	7	96	64	6	0	29	1.17
80442509--80442557	22	2.2	23	88	3	73	59	4	4	32	1.35
80445296--80446699	700	2.0	701	98	0	2720	33	18	22	25	1.96
80447039--80447117	16	5.3	16	69	17	62	43	1	1	54	1.16
80447070--80447120	13	3.7	13	75	14	57	43	0	0	56	0.99
80447048--80447117	29	2.4	29	97	0	131	44	0	1	54	1.09
80447133--80447174	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80447137--80447173	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
80447192--80447257	15	4.3	15	73	17	55	53	1	0	45	1.09
80448556--80448606	21	2.4	21	86	0	66	35	3	25	35	1.75
80451684--80451734	18	2.9	18	77	13	52	58	1	1	37	1.20
80453572--80453626	23	2.4	23	81	6	67	18	0	30	50	1.47
80453609--80453640	16	2.0	16	93	0	55	21	0	25	53	1.46
80460556--80460612	15	3.7	15	72	6	51	57	5	0	36	1.21
80466446--80466485	20	2.0	20	100	0	80	50	0	0	50	1.00
80466441--80466485	20	2.4	18	85	7	54	46	2	0	51	1.13
80470074--80470138	22	3.0	22	93	0	103	52	18	9	20	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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