genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   

This is table  66  of  313  ( 37448 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22341893--22341958	24	2.7	24	76	6	71	31	22	22	22	1.98
22342783--22342822	20	2.0	20	90	0	62	32	17	30	20	1.95
22343399--22343432	17	2.0	17	100	0	68	11	35	29	23	1.90
22349138--22349329	40	4.8	40	91	1	305	23	23	29	22	1.99
22350782--22350812	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
22350779--22350818	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
22351005--22351250	49	4.9	48	78	11	249	21	25	18	34	1.96
22351007--22351250	53	4.8	52	79	8	252	21	25	18	34	1.96
22351007--22351250	102	2.4	102	97	0	452	21	25	18	34	1.96
22355671--22356202	266	2.0	266	98	0	1037	33	28	14	24	1.94
22362710--22362800	29	3.2	27	62	17	67	27	34	13	25	1.93
22362689--22362804	58	2.0	58	100	0	232	25	32	13	27	1.94
22362696--22362787	29	3.2	29	62	17	73	27	31	13	28	1.93
22363580--22363610	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
22363577--22363616	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
22363805--22364056	55	4.7	54	76	11	191	22	25	17	34	1.96
22365542--22365739	108	1.8	110	87	4	303	23	25	17	33	1.96
22365495--22365749	55	4.8	54	80	9	260	22	25	17	35	1.95
22366133--22366311	98	1.8	98	97	0	340	25	21	10	43	1.84
22379228--22379405	27	6.6	27	81	5	189	30	28	14	26	1.95
22379248--22379404	82	1.9	81	88	3	235	30	28	14	26	1.95
22383092--22383126	16	2.2	16	100	0	70	25	25	17	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22386162--22386219	29	2.0	29	96	0	107	56	6	32	3	1.42
22387429--22387644	40	5.4	40	88	3	271	24	22	27	25	2.00
22391328--22391359	16	1.9	17	93	6	57	31	6	0	62	1.20
22394969--22395016	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
22395053--22395119	20	3.3	20	89	0	107	32	13	20	32	1.92
22395170--22395311	47	3.1	46	85	6	180	28	21	22	28	1.99
22395169--22395318	71	2.1	69	88	3	219	28	20	23	27	1.99
22395169--22395318	24	6.4	24	87	5	200	28	20	23	27	1.99
22395526--22395589	31	2.1	31	87	0	92	35	14	23	26	1.93
22395576--22395603	7	4.0	7	100	0	56	57	0	14	28	1.38
22402454--22402487	17	1.9	18	94	5	61	29	5	0	64	1.17
22409363--22409401	17	2.3	17	90	0	60	7	7	35	48	1.61
22411601--22411679	9	8.8	9	95	0	131	24	8	30	36	1.86
22412375--22412539	40	4.1	40	80	9	176	26	27	21	24	1.99
22427245--22427390	40	3.7	40	80	7	154	23	21	28	26	1.99
22427366--22427502	73	1.9	73	95	0	247	27	19	27	26	1.99
22427378--22427496	39	3.2	39	67	20	117	29	18	26	26	1.98
22428750--22428830	40	2.0	40	100	0	162	19	17	28	34	1.95
22439533--22439571	12	3.2	12	80	20	53	51	0	15	33	1.44
22442271--22442311	19	2.2	19	86	4	57	70	4	2	21	1.18
22442237--22442310	31	2.4	31	78	13	82	66	4	2	27	1.23
22446118--22446204	20	4.6	19	71	16	74	21	4	2	71	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22446101--22446210	55	2.0	56	92	3	188	20	4	2	71	1.16
22446111--22446207	29	3.4	29	70	8	101	20	5	2	72	1.15
22446298--22446389	8	12.9	7	91	7	102	27	0	1	71	0.93
22446326--22446394	6	10.5	6	86	10	66	26	0	1	72	0.93
22446298--22446389	26	3.2	29	80	16	88	27	0	1	71	0.93
22446334--22446394	26	2.3	27	86	8	90	26	0	1	72	0.94
22447184--22447231	23	2.1	22	84	3	60	18	0	29	52	1.46
22447147--22447209	15	4.3	15	72	11	58	19	0	28	52	1.46
22447264--22447482	41	5.4	41	87	1	298	16	20	25	37	1.93
22447537--22447562	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
22447950--22447979	14	2.1	14	93	0	51	16	0	36	46	1.47
22449459--22449509	21	2.4	21	86	0	66	15	35	31	17	1.92
22463183--22463207	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
22463753--22463931	27	6.6	27	81	7	175	27	15	27	29	1.96
22463755--22463910	82	1.9	81	85	3	215	28	15	28	28	1.96
22463751--22463931	82	2.2	81	80	2	211	28	14	27	29	1.96
22463836--22463942	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
22465710--22465851	41	3.5	41	95	0	248	36	23	20	19	1.95
22474054--22474098	24	1.9	23	86	13	65	53	4	28	13	1.59
22475802--22475890	39	2.3	39	96	3	164	19	10	4	66	1.38
22479107--22479147	15	2.7	15	92	0	64	31	2	0	65	1.05
22479090--22479135	15	3.2	14	85	11	58	26	0	0	73	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22491148--22491218	37	1.9	37	100	0	142	40	5	8	45	1.58
22491158--22491218	20	3.2	20	65	21	58	44	4	8	42	1.55
22495835--22496048	115	1.9	115	100	0	428	34	18	22	24	1.96
22496027--22496153	43	3.0	43	85	9	177	27	16	25	29	1.97
22498692--22498764	36	2.0	36	97	0	137	65	13	8	12	1.46
22502522--22502578	25	2.3	25	93	0	96	36	15	22	24	1.94
22502953--22503173	48	4.6	49	76	12	185	28	19	27	24	1.99
22502940--22503173	96	2.4	96	83	6	278	27	19	27	25	1.99
22504362--22504412	21	2.4	21	100	0	102	15	39	25	19	1.91
22505485--22505527	22	2.0	22	81	9	52	32	4	2	60	1.30
22505610--22505965	177	2.0	177	97	0	667	30	14	14	41	1.86
22508166--22508225	21	2.9	21	74	0	57	38	13	28	20	1.90
22508171--22508281	42	2.6	43	80	4	118	42	15	23	18	1.88
22508248--22508288	21	2.0	21	90	0	64	51	19	17	12	1.76
22513715--22513741	12	2.2	12	100	0	54	18	18	25	37	1.94
22528821--22529043	40	5.6	40	81	7	256	26	26	22	24	2.00
22531605--22531749	40	3.6	40	94	1	238	24	28	25	22	1.99
22539633--22539784	40	3.8	39	91	5	234	24	28	23	23	1.99
22545522--22545555	17	2.0	17	100	0	68	23	29	35	11	1.90
22546170--22546209	20	2.0	20	90	0	62	20	30	17	32	1.95
22547083--22547165	25	3.3	25	79	0	94	37	19	20	22	1.94
22549954--22550304	45	7.9	45	88	2	440	28	27	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22553693--22553916	40	5.6	40	82	6	265	25	25	23	25	2.00
22557114--22557241	46	2.8	44	82	9	141	26	17	29	26	1.97
22571064--22571232	42	4.0	44	80	8	188	25	17	23	33	1.96
22579256--22579428	43	4.0	43	75	10	165	24	17	25	32	1.97
22580825--22580908	26	3.2	26	96	0	150	33	5	25	35	1.80
22582696--22582982	137	2.1	137	96	0	520	24	19	24	31	1.98
22584754--22584888	7	18.3	7	82	8	126	16	0	34	49	1.46
22595388--22595709	48	6.7	48	78	2	297	27	20	30	22	1.98
22595378--22595709	144	2.3	143	83	4	400	27	19	30	22	1.98
22598259--22598306	22	2.1	23	88	7	71	43	4	0	52	1.20
22598378--22598431	27	2.0	27	100	0	108	55	11	11	22	1.66
22601339--22601377	19	2.1	18	90	4	60	38	0	0	61	0.96
22601952--22602011	30	2.0	30	83	9	77	53	6	5	35	1.49
22602490--22602580	44	2.1	44	87	0	128	29	10	8	50	1.68
22616716--22616773	28	2.1	28	100	0	116	48	10	10	31	1.71
22618992--22619036	23	2.0	23	86	8	65	44	15	0	40	1.47
22620453--22620485	7	4.7	7	85	14	50	18	30	12	39	1.87
22620438--22620490	14	3.6	14	80	14	54	26	28	9	35	1.87
22620461--22620579	51	2.4	51	82	4	143	28	24	15	31	1.95
22623281--22623318	20	1.9	20	94	0	67	47	0	5	47	1.24
22625880--22625967	3	29.0	3	76	11	63	31	7	2	57	1.40
22625877--22625903	14	1.9	14	100	0	54	37	0	0	62	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22625874--22625906	17	1.9	17	93	0	57	39	0	0	60	0.97
22625894--22625943	18	2.8	18	84	0	73	34	12	2	52	1.50
22627237--22627297	27	2.3	27	85	0	77	29	26	8	36	1.85
22627249--22627309	27	2.3	26	83	5	77	27	24	9	37	1.87
22631439--22631502	32	2.0	32	96	0	119	31	17	6	45	1.73
22639617--22639680	29	2.2	29	88	0	92	15	23	32	28	1.95
22641339--22641604	103	2.6	104	90	3	419	19	20	29	29	1.97
22648829--22649094	103	2.6	104	89	3	410	19	21	29	29	1.98
22670119--22670166	20	2.4	20	92	0	87	31	25	14	29	1.95
22672915--22673011	42	2.3	42	80	1	115	48	6	2	43	1.39

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313