genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.266.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81460929--81461040	13	8.5	13	78	5	109	45	3	9	41	1.54
81460929--81461067	66	2.1	66	83	0	170	45	2	10	41	1.52
81461191--81461242	18	2.8	19	83	11	63	57	1	1	38	1.21
81462006--81462037	15	2.1	15	94	0	55	53	15	3	28	1.57
81463483--81463787	147	2.1	145	81	6	339	37	23	13	24	1.92
81464507--81464546	13	2.9	14	85	11	55	47	45	0	7	1.31
81464514--81464559	14	3.4	13	85	8	56	47	45	0	6	1.28
81464996--81465036	20	2.0	20	86	9	57	39	43	0	17	1.49
81465169--81465201	14	2.3	15	94	5	59	36	33	0	30	1.58
81465533--81466162	114	5.5	115	80	5	582	28	24	21	26	1.99
81465606--81466188	227	2.6	226	79	4	636	27	24	21	25	1.99
81470413--81470468	5	11.2	5	84	7	78	41	17	0	41	1.50
81472051--81472078	11	2.5	11	100	0	56	28	17	10	42	1.83
81475220--81475267	17	2.9	16	81	9	60	62	0	0	37	0.95
81481629--81482246	44	13.7	45	73	11	214	31	17	21	29	1.96
81481620--81482228	89	6.8	89	70	14	307	31	18	20	29	1.96
81481767--81482053	41	6.6	42	73	14	206	31	18	19	30	1.96
81481620--81482019	181	2.2	181	90	1	642	30	16	22	30	1.96
81482310--81482432	45	2.8	44	82	2	147	39	18	12	30	1.87
81482901--81482940	22	1.9	20	90	10	62	20	50	12	17	1.78
81483892--81484003	60	1.9	60	81	9	140	33	8	2	54	1.46
81484103--81484144	18	2.4	17	88	8	57	21	2	4	71	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81484032--81484222	90	2.1	92	96	1	350	19	14	4	60	1.51
81485612--81485913	123	2.5	119	87	6	437	45	3	12	38	1.59
81485794--81486322	157	3.4	155	87	4	681	44	3	10	41	1.56
81502457--81502510	16	3.3	16	80	14	65	50	12	9	27	1.71
81502458--81502793	17	18.8	17	66	20	102	43	10	11	33	1.76
81502480--81502799	36	8.9	36	78	9	255	42	10	11	35	1.76
81502504--81502799	18	16.5	17	67	15	107	41	9	12	36	1.76
81503494--81503595	6	16.3	6	78	17	84	0	21	0	78	0.75
81503493--81503574	7	12.4	7	77	12	77	0	19	0	80	0.71
81503493--81503599	25	4.1	26	82	11	130	0	21	0	78	0.75
81503486--81503580	15	6.3	15	77	18	81	1	17	0	81	0.76
81503494--81503599	41	2.5	42	80	13	126	0	21	0	78	0.75
81503500--81503599	15	7.1	15	75	20	85	0	22	0	78	0.76
81503696--81503743	14	3.5	14	83	10	64	0	16	4	79	0.89
81503712--81503765	20	2.6	22	80	13	71	0	11	11	77	0.99
81503698--81503763	27	2.4	27	78	12	73	0	12	7	80	0.91
81504263--81504391	29	4.5	28	77	10	109	38	5	22	33	1.77
81504717--81504766	25	2.0	25	100	0	100	44	0	16	40	1.47
81504746--81505451	76	9.3	75	90	3	992	34	20	16	27	1.95
81504746--81505451	151	4.7	150	87	4	992	34	20	16	27	1.95
81517465--81517515	6	8.2	6	79	16	50	74	0	3	21	0.98
81523654--81523780	37	3.3	38	84	6	166	40	9	11	37	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81523702--81523963	17	14.5	17	66	20	88	40	10	12	35	1.78
81523643--81523780	40	3.5	38	85	5	170	41	10	12	36	1.76
81523701--81523807	56	1.9	56	86	3	153	41	10	11	37	1.75
81523707--81523821	56	2.1	57	83	4	146	46	9	11	33	1.72
81523864--81523963	18	5.7	18	76	14	68	41	11	15	33	1.82
81524719--81524773	6	9.5	6	77	15	53	0	21	0	78	0.76
81524872--81524928	22	2.6	22	78	10	64	1	12	10	75	1.12
81525424--81525533	30	3.7	30	78	4	116	37	5	21	35	1.77
81533255--81533312	30	1.9	30	85	0	80	46	0	32	20	1.51
81534002--81534038	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
81539572--81540307	372	2.0	372	95	0	1330	32	17	23	25	1.97
81540717--81540745	12	2.4	12	100	0	58	24	6	24	44	1.77
81543023--81543173	79	1.9	79	84	0	203	44	16	9	29	1.80
81548915--81548964	21	2.4	21	89	0	82	20	34	24	22	1.97
81550456--81550506	13	3.9	13	84	0	75	29	7	27	35	1.85
81550658--81551303	323	2.0	323	99	0	1274	43	10	7	39	1.66
81562229--81562289	30	2.0	30	93	0	104	21	21	18	39	1.93
81563517--81563571	21	2.6	21	88	0	83	21	7	40	30	1.81
81563834--81563885	22	2.3	22	77	9	52	50	5	1	42	1.37
81566818--81566844	14	1.9	14	100	0	54	11	14	7	66	1.43
81572296--81572346	21	2.4	22	74	9	52	39	1	3	54	1.30
81572746--81572814	26	2.7	26	88	2	104	40	2	0	56	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81574010--81574047	4	9.5	4	100	0	76	0	23	0	76	0.79
81582539--81582659	25	5.3	21	66	29	54	49	4	2	43	1.35
81583084--81583153	29	2.3	29	85	4	86	22	12	15	48	1.79
81583438--81583474	19	1.9	20	88	5	58	0	27	2	70	1.01
81584596--81584624	15	1.9	15	100	0	58	48	13	6	31	1.69
81588109--81588145	19	1.9	19	89	10	58	32	10	0	56	1.34
81589730--81589767	20	1.9	20	84	10	51	60	0	5	34	1.19
81590143--81590177	14	2.5	14	86	13	54	40	2	5	51	1.40
81590908--81590972	4	16.2	4	93	0	94	21	0	27	50	1.49
81591516--81591609	44	2.2	43	83	9	113	42	0	3	54	1.16
81592928--81593217	97	3.0	96	86	5	365	41	2	16	40	1.60
81592933--81593267	97	3.4	95	82	6	359	40	2	17	40	1.61
81593266--81593557	126	2.3	126	86	1	415	33	16	20	29	1.95
81594701--81594743	18	2.4	18	88	0	59	44	9	27	18	1.80
81595349--81595373	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
81596155--81596215	21	3.0	20	80	7	77	14	22	26	36	1.93
81596486--81596560	27	3.2	25	63	25	63	28	8	9	54	1.60
81596500--81596573	19	3.5	19	68	25	58	29	8	5	56	1.51
81596484--81596574	46	2.0	46	97	0	173	28	7	8	54	1.58
81598312--81598342	13	2.4	13	94	0	53	67	0	0	32	0.91
81598380--81598409	11	2.7	11	100	0	60	50	0	20	30	1.49
81598376--81598418	11	3.9	11	90	0	59	46	0	23	30	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81599448--81599495	5	9.8	5	78	13	55	64	0	2	33	1.05
81599448--81599494	10	4.8	10	82	12	62	65	0	2	31	1.04
81599448--81599494	18	2.4	20	89	10	71	65	0	2	31	1.04
81599997--81600048	24	2.2	24	92	0	86	34	1	7	55	1.39
81607645--81607674	14	2.1	14	93	0	51	90	0	10	0	0.47
81607645--81607674	16	1.9	15	93	6	51	90	0	10	0	0.47
81609633--81609682	10	4.8	10	79	18	57	76	8	0	16	1.02
81609633--81609682	19	2.4	19	83	12	55	76	8	0	16	1.02
81609782--81610589	151	5.3	151	84	6	1056	29	9	8	52	1.64
81609988--81610023	16	2.1	18	90	10	58	25	5	5	63	1.38
81609797--81610598	307	2.6	303	90	4	1220	30	9	8	51	1.64
81610836--81610875	19	2.1	19	85	0	53	15	0	7	77	0.98
81616539--81616681	74	1.9	74	100	0	286	30	16	20	31	1.95
81622559--81622703	40	3.6	39	79	8	141	31	24	22	21	1.98
81622731--81622812	40	2.0	40	92	0	137	29	21	23	25	1.99
81622835--81622879	21	2.1	21	83	4	54	31	0	26	42	1.56
81622915--81622941	7	3.9	7	100	0	54	40	0	44	14	1.46
81623041--81623067	14	1.9	14	100	0	54	25	0	29	44	1.54
81623094--81623142	14	3.4	14	82	2	62	20	0	30	48	1.50
81623089--81623142	7	7.6	7	77	4	54	22	0	27	50	1.50
81623137--81623172	14	2.5	15	95	4	65	19	0	44	36	1.51
81623130--81623169	21	1.9	21	84	0	53	15	0	45	40	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81623736--81623858	40	3.1	40	80	6	133	31	21	23	23	1.98
81623769--81623847	41	1.9	42	89	2	124	34	18	22	24	1.97
81625224--81625266	18	2.4	18	88	0	59	18	27	9	44	1.80
81628898--81629042	40	3.6	39	79	8	141	31	24	22	21	1.98
81629070--81629151	40	2.0	40	92	0	137	29	21	23	25	1.99
81629174--81629218	21	2.1	21	83	4	54	31	0	26	42	1.56
81629254--81629280	7	3.9	7	100	0	54	40	0	44	14	1.46
81629380--81629406	14	1.9	14	100	0	54	25	0	29	44	1.54
81629433--81629481	14	3.4	14	82	2	62	20	0	30	48	1.50
81629428--81629481	7	7.6	7	77	4	54	22	0	27	50	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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