genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.26.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8860350--8860648	43	7.0	43	92	0	490	10	25	32	31	1.90
8860589--8861474	59	15.0	59	99	0	1745	10	23	34	31	1.88
8860503--8860766	102	2.6	102	72	17	283	10	24	33	31	1.90
8861297--8861545	102	2.4	102	73	12	276	10	24	34	31	1.88
8861413--8861545	43	3.1	43	96	0	239	10	24	34	30	1.89
8861686--8861779	38	2.5	38	89	0	134	23	21	24	30	1.99
8861756--8861944	43	4.4	43	87	4	249	13	23	32	30	1.93
8863949--8864136	41	4.6	41	87	1	288	28	28	22	19	1.98
8863949--8864136	81	2.3	82	90	0	288	28	28	22	19	1.98
8871792--8871850	29	2.1	28	87	9	84	30	25	13	30	1.94
8877002--8877224	47	4.7	47	73	10	165	28	18	29	24	1.98
8888413--8888491	40	2.0	40	97	0	149	25	6	20	48	1.73
8905759--8905963	103	2.0	103	96	1	376	34	20	16	29	1.94
8905927--8905999	29	2.5	29	95	0	137	23	34	17	24	1.96
8907542--8907600	26	2.3	26	97	2	111	16	23	10	49	1.77
8912524--8912569	24	1.9	24	82	8	58	8	21	2	67	1.29
8922437--8922709	46	5.8	48	81	10	296	24	31	17	26	1.97
8922437--8922709	93	2.9	95	80	10	308	24	31	17	26	1.97
8927041--8927086	22	2.0	22	83	8	56	28	21	32	17	1.96
8928634--8928689	28	2.0	28	100	0	112	35	10	28	25	1.89
8930340--8930652	46	6.6	48	74	14	206	23	30	18	27	1.98
8934716--8934817	50	2.0	51	84	1	134	37	19	11	31	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8944276--8944305	15	2.0	15	100	0	60	40	26	6	26	1.81
8944275--8944311	15	2.7	13	84	15	56	37	24	5	32	1.78
8946616--8946750	46	2.9	48	83	6	152	26	30	20	22	1.98
8955713--8955746	16	2.2	16	89	5	52	29	23	8	38	1.85
8960067--8960123	28	2.0	28	96	0	105	17	21	12	49	1.79
8964261--8964404	40	3.5	40	80	7	157	25	24	25	24	2.00
8972976--8973028	16	3.1	16	80	19	70	11	24	41	22	1.86
8972969--8973036	20	3.6	20	82	15	99	11	29	36	22	1.89
8975370--8975539	40	4.3	40	88	0	207	24	21	28	25	1.99
8975317--8975539	80	2.8	79	82	3	241	24	21	28	25	1.99
8975392--8975574	79	2.3	80	82	1	226	25	21	28	24	1.99
8983230--8983452	40	5.6	40	85	3	227	24	21	27	26	1.99
8983305--8983487	79	2.3	80	81	1	217	25	20	27	26	1.99
8985495--8985672	27	6.6	27	83	3	196	30	28	14	26	1.95
8985516--8985671	82	1.9	81	86	3	224	30	28	14	26	1.95
8989622--8990451	47	17.7	47	98	1	1569	23	19	29	27	1.98
8994374--8994462	46	1.9	46	90	0	142	26	26	24	21	1.99
8998620--8998675	15	3.7	15	85	7	78	10	16	12	60	1.58
9000611--9000783	46	3.7	46	75	7	154	24	17	26	31	1.97
9000605--9000775	93	1.8	93	86	2	245	23	19	26	30	1.98
9003094--9003166	33	2.2	33	90	4	112	30	21	26	21	1.99
9007117--9007217	40	2.5	40	93	0	166	20	19	28	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9011571--9011849	47	6.0	47	77	11	256	23	30	18	27	1.98
9011571--9011836	140	1.9	141	85	6	371	22	29	19	27	1.98
9018779--9018990	24	9.0	24	84	5	263	28	20	21	29	1.98
9018779--9018990	47	4.5	47	86	4	259	28	20	21	29	1.98
9019040--9019106	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
9019040--9019095	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
9019143--9019190	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
9027822--9027919	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
9027850--9027932	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
9027822--9027933	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
9029915--9029954	20	1.9	22	85	10	57	30	55	2	12	1.50
9043423--9043453	8	3.9	8	91	0	53	35	0	0	64	0.94
9046357--9046487	6	21.3	6	72	16	90	48	15	18	17	1.81
9046389--9046459	19	3.8	19	74	10	83	47	16	19	15	1.82
9046378--9046487	31	3.5	31	71	14	109	48	15	19	17	1.82
9046380--9046458	37	2.1	37	90	0	122	49	16	17	16	1.80
9046426--9046487	25	2.5	25	89	0	97	45	14	20	19	1.85
9046619--9046678	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
9047004--9047061	27	2.2	27	81	3	64	31	15	22	31	1.95
9047020--9047207	27	7.0	27	86	1	252	27	21	17	34	1.95
9047020--9047234	54	4.0	54	84	4	256	27	20	17	34	1.95
9047014--9047234	81	2.7	81	82	6	279	27	19	17	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9047193--9047293	27	3.8	27	79	7	109	29	10	19	39	1.86
9047193--9047261	26	2.6	27	86	2	95	27	10	20	42	1.84
9047193--9047293	53	1.9	53	82	8	125	29	10	19	39	1.86
9047193--9047314	27	4.6	27	76	10	108	27	9	21	40	1.85
9049870--9049972	46	2.2	48	85	3	138	35	14	23	26	1.93
9053516--9053561	19	2.4	19	96	0	83	13	39	26	21	1.90
9055261--9055294	17	1.9	18	94	5	61	47	8	26	17	1.77
9060403--9060992	295	2.0	295	100	0	1180	39	20	13	26	1.90
9061400--9061837	40	10.9	40	92	0	723	27	28	19	23	1.98
9061400--9061837	80	5.5	80	99	0	858	27	28	19	23	1.98
9069859--9070115	40	6.4	40	97	0	469	27	27	19	24	1.99
9073699--9073782	42	2.0	42	95	0	150	45	7	25	22	1.77
9075747--9075965	39	5.6	39	89	0	312	30	29	20	20	1.97
9083618--9084494	39	22.5	39	98	0	1655	30	32	20	16	1.94
9087499--9087684	68	2.8	65	75	13	175	31	17	30	21	1.96
9090044--9090073	11	2.7	11	100	0	60	50	10	16	23	1.75
9097719--9097779	30	2.0	30	96	0	113	27	3	11	57	1.49
9104594--9104628	19	1.9	18	88	11	54	40	22	0	37	1.55
9105540--9105607	30	2.3	30	82	5	75	27	20	5	45	1.74
9115688--9115755	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
9115577--9115904	174	1.9	174	96	0	611	30	24	14	30	1.95
9115857--9115935	29	2.7	30	78	13	101	29	29	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9123470--9123676	67	3.1	65	76	12	192	24	28	15	30	1.96
9136818--9136858	22	1.9	22	85	5	57	39	12	7	41	1.70
9139618--9139690	31	2.4	30	79	4	83	26	26	13	34	1.93
9139620--9139840	30	7.3	29	74	9	158	25	24	12	38	1.90
9139655--9139839	90	2.1	90	88	0	271	25	23	11	38	1.89
9141971--9142114	43	3.3	43	81	9	150	28	15	26	29	1.96
9146073--9146129	30	1.9	30	88	0	87	15	19	42	22	1.89
9150717--9150795	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
9150914--9151203	47	6.1	47	89	2	436	28	31	8	31	1.88
9150914--9151203	96	3.0	96	92	1	476	28	31	8	31	1.88
9156720--9156786	30	2.2	30	83	2	80	23	29	11	34	1.91
9156778--9156856	29	2.7	30	82	7	108	17	24	12	45	1.83
9156784--9156967	30	6.2	29	73	6	111	21	24	13	41	1.88
9156825--9156994	89	1.9	90	81	3	209	22	24	13	38	1.91
9159324--9159515	40	4.8	40	79	7	178	26	21	26	25	2.00
9159324--9159508	79	2.3	79	80	7	187	25	22	26	25	2.00
9159377--9159541	79	2.1	79	80	6	183	27	20	26	26	1.99
9167211--9167281	18	3.9	18	83	0	97	32	12	22	32	1.92
9167209--9167279	36	2.0	36	91	0	115	30	12	22	33	1.91
9167818--9167859	21	2.0	22	90	4	68	28	2	47	21	1.63
9167818--9167859	11	4.0	10	87	3	57	28	2	47	21	1.63
9173160--9173335	46	3.8	46	80	14	218	21	21	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9192383--9192558	46	3.8	46	78	14	191	20	21	28	29	1.98
9192380--9192551	93	1.8	93	91	2	283	20	22	28	28	1.99
9201136--9201188	23	2.4	22	90	6	72	49	30	1	18	1.59
9201144--9201191	23	2.1	23	100	0	96	50	29	0	20	1.49
9204105--9204367	40	6.6	39	86	4	278	25	27	21	25	1.99
9204105--9204367	120	2.2	119	82	4	307	25	27	21	25	1.99
9204299--9204376	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
9211819--9212161	40	8.6	40	90	2	451	27	28	20	24	1.99
9215456--9215618	42	3.9	42	75	6	159	27	17	25	29	1.97
9218869--9218909	21	1.9	22	90	5	66	24	2	29	43	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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