genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12315--12425	27	4.2	26	84	8	134	36	24	23	16	1.94
12315--12425	54	2.1	53	86	5	152	36	24	23	16	1.94
12531--12593	26	2.3	26	83	5	72	31	11	23	33	1.90
19017--19054	19	2.0	19	94	0	67	23	10	23	42	1.85
23910--24007	50	2.0	50	91	0	160	17	12	29	40	1.86
29327--29628	148	2.0	148	97	0	568	34	24	13	27	1.93
29764--29892	46	2.8	46	80	1	132	31	23	22	22	1.98
33664--33706	17	2.5	17	88	0	59	25	0	32	41	1.56
38299--38365	33	2.0	33	82	5	82	26	26	19	26	1.99
40541--40661	43	2.8	44	80	10	126	25	17	28	28	1.97
40567--40695	43	3.0	43	85	1	152	26	18	29	25	1.98
40630--40722	41	2.2	43	85	11	122	30	19	26	23	1.98
40629--40776	40	3.6	40	74	6	93	28	19	27	24	1.99
42705--42873	27	6.4	26	79	8	171	25	20	17	36	1.95
42692--42873	53	3.4	53	82	5	154	26	20	18	34	1.95
51438--51485	23	2.1	23	100	0	96	41	12	20	25	1.87
54230--54266	18	2.1	19	85	10	51	10	29	43	16	1.82
64623--64701	40	2.0	38	90	4	122	30	25	7	35	1.84
65283--65491	38	5.0	38	73	18	166	30	24	15	29	1.96
65323--65461	48	2.9	48	88	1	199	30	23	15	30	1.95
68568--68604	19	2.0	19	89	5	58	64	10	2	21	1.37
73169--73239	27	2.6	27	89	6	108	28	19	23	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73234--73346	27	4.2	27	89	4	158	41	20	7	30	1.79
73215--73329	54	2.1	54	84	6	144	40	22	9	26	1.85
73234--73411	54	3.3	53	79	7	164	41	22	7	28	1.82
73234--73419	81	2.3	81	78	7	189	40	22	8	29	1.82
73341--73415	27	2.8	27	87	4	98	41	24	9	25	1.84
73380--73731	27	13.2	27	84	2	406	30	23	6	39	1.81
73967--74018	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
74057--74116	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
74235--74334	6	16.3	6	72	15	80	17	19	15	49	1.80
74235--74334	43	2.3	43	86	3	130	17	19	15	49	1.80
76196--76278	27	3.1	27	85	0	112	31	19	21	27	1.97
76260--76455	27	7.3	27	82	4	189	39	19	9	31	1.84
76433--76815	27	14.2	27	85	5	454	30	22	6	40	1.78
76406--76815	54	7.6	54	91	0	559	30	22	6	40	1.80
76433--76815	81	4.7	81	89	1	545	30	22	6	40	1.78
77322--77425	31	3.4	31	84	0	136	18	18	14	49	1.80
77322--77446	6	20.3	6	69	16	69	18	17	14	49	1.79
77344--77437	31	2.8	34	76	14	95	19	20	12	47	1.81
88169--88291	28	4.4	28	88	2	167	26	12	27	33	1.92
88169--88291	55	2.2	57	86	2	169	26	12	27	33	1.92
88194--88304	28	4.0	27	88	3	89	29	11	25	33	1.91
92593--92899	46	6.7	46	98	0	569	21	18	28	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95174--95407	27	8.7	27	85	2	274	38	19	16	26	1.92
99192--99316	46	2.7	46	97	0	232	28	28	23	20	1.98
110868--110899	13	2.5	13	94	0	55	34	15	6	43	1.72
111180--111284	42	2.4	43	78	7	115	35	23	17	23	1.95
118760--118877	43	2.8	41	83	6	137	33	20	18	27	1.96
120546--120588	14	3.0	14	78	15	52	72	4	18	4	1.20
123130--123154	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
123704--123882	27	6.6	27	80	5	173	26	14	28	30	1.95
123705--123860	82	1.9	81	88	6	235	26	14	28	30	1.95
123701--123882	82	2.2	81	82	5	233	26	14	28	30	1.95
129515--129690	47	3.7	47	78	11	182	28	21	28	21	1.98
130723--130775	21	2.5	21	72	6	54	16	33	24	24	1.96
132143--132471	180	1.8	180	90	0	532	33	19	7	38	1.80
133038--133158	50	2.4	49	87	2	161	28	28	15	26	1.96
133590--133625	17	2.1	18	89	5	56	19	27	36	16	1.93
133684--133764	27	3.0	27	85	0	99	32	18	20	28	1.97
133749--133817	26	2.6	27	81	4	77	43	18	7	30	1.77
133800--134057	27	9.5	27	79	6	191	40	22	11	25	1.87
133989--134068	28	2.9	27	77	15	83	43	20	10	26	1.82
134070--134151	27	3.0	26	79	13	76	39	14	10	35	1.82
134099--134151	27	2.0	27	88	0	79	39	13	13	33	1.83
134413--134530	41	2.9	41	83	5	157	22	21	29	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
134690--134737	22	2.2	22	85	7	62	22	29	20	27	1.99
137280--137336	27	2.1	27	86	0	78	31	14	24	29	1.94
137342--137391	26	1.9	26	91	0	82	36	18	10	36	1.84
137433--137616	27	6.9	26	78	11	124	36	22	11	29	1.89
137435--137615	53	3.4	55	82	6	167	37	22	11	28	1.89
137519--137726	54	3.9	54	76	6	163	43	21	7	27	1.78
137571--137696	27	4.6	27	81	1	126	49	20	3	26	1.66
137992--138114	41	3.0	41	85	0	174	24	19	26	29	1.98
138256--138320	22	3.0	22	77	8	78	21	24	21	32	1.98
138689--138747	27	2.2	27	78	0	64	23	18	23	33	1.97
140460--140493	17	1.9	18	88	5	52	32	29	2	35	1.73
141780--141842	18	3.4	18	78	8	65	69	4	15	9	1.32
143205--143271	20	3.3	20	80	2	80	22	26	14	35	1.93
143831--144659	414	2.0	414	96	0	1532	31	15	19	33	1.93
144984--145020	17	2.1	18	90	5	58	32	32	2	32	1.72
148662--148740	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
148910--149339	47	9.1	47	96	2	770	28	29	8	33	1.86
152874--152990	40	2.9	40	88	0	162	23	26	23	26	2.00
152887--153069	40	4.6	41	81	5	180	23	26	23	26	2.00
153375--153453	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
155207--155412	47	4.3	47	90	4	322	29	28	8	33	1.87
155215--155407	98	2.0	98	94	0	341	29	28	8	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
157771--157964	99	2.0	99	94	0	343	32	12	19	35	1.89
158046--158230	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
158047--158230	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
158099--158263	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
173188--173814	47	13.4	47	91	0	954	31	10	31	25	1.90
173945--174024	37	2.2	37	86	4	108	23	17	31	27	1.97
178010--178058	12	4.3	12	82	10	50	77	8	0	14	0.98
178024--178058	11	3.3	11	88	8	54	82	5	0	11	0.82
178029--178080	10	4.9	10	76	19	52	76	1	0	21	0.87
183716--183803	21	4.1	22	72	10	74	37	25	21	15	1.93
183994--184056	23	2.7	23	95	0	117	42	34	6	15	1.73
183994--184114	23	4.8	23	80	10	98	45	32	4	17	1.70
184008--184114	28	4.0	28	84	7	125	44	30	4	19	1.71
186368--186416	24	2.0	24	100	0	98	32	16	0	51	1.45
188083--188136	7	7.9	7	75	19	51	25	0	31	42	1.55
188083--188141	21	2.8	20	82	14	75	23	0	32	44	1.54
188083--188133	20	2.5	20	87	9	68	25	0	29	45	1.54
188223--188265	7	6.1	7	83	0	50	18	0	32	48	1.48
188521--188559	21	1.9	20	89	5	60	25	0	20	53	1.45
188716--188760	13	3.3	13	79	11	54	17	2	28	51	1.58
188619--188761	76	1.9	77	80	4	173	20	3	24	51	1.62
188717--188770	28	1.9	28	84	0	72	20	1	25	51	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
188619--188805	76	2.4	77	79	8	168	21	3	24	51	1.62
190368--190418	11	4.7	11	82	4	68	31	7	21	39	1.82
190365--190418	21	2.5	22	82	14	76	31	9	20	38	1.84
192485--192529	7	6.4	7	86	0	63	24	0	26	48	1.51
195338--195380	9	4.8	9	88	8	61	9	6	0	83	0.80
195337--195381	10	4.8	10	86	10	60	8	6	0	84	0.78
195423--195470	18	2.7	17	75	9	51	27	4	2	66	1.21
195398--195469	36	2.0	36	84	13	94	22	5	4	68	1.28
195459--195547	23	4.0	23	72	17	71	39	1	3	56	1.23
198483--198632	46	3.1	46	76	15	151	31	28	14	25	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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