genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2845146--2845587	221	2.0	221	100	0	884	32	20	19	27	1.97
2845959--2846005	17	2.6	19	83	13	71	27	0	36	36	1.57
2849787--2849826	19	2.2	18	90	4	62	40	0	0	60	0.97
2857383--2857453	26	2.7	26	82	4	81	29	1	0	69	0.98
2857388--2857427	18	2.2	18	90	0	62	32	0	0	67	0.91
2865455--2865622	90	1.9	90	89	2	266	38	23	19	19	1.93
2875379--2875422	21	2.1	21	100	0	88	40	25	4	29	1.75
2878499--2878538	6	6.8	6	88	2	55	77	0	5	17	0.94
2878499--2878538	12	3.4	12	93	3	64	77	0	5	17	0.94
2878499--2878539	18	2.3	18	91	4	66	75	0	7	17	1.02
2880241--2880277	9	4.1	9	85	0	56	48	13	8	29	1.71
2883666--2883723	25	2.2	26	81	6	64	60	0	39	0	0.97
2883690--2883764	18	3.5	21	73	19	57	68	0	29	2	1.04
2889773--2889957	79	2.3	81	83	9	229	24	22	27	25	2.00
2889774--2889957	40	4.6	39	81	11	189	25	22	27	25	2.00
2889774--2889990	79	2.7	79	80	9	194	26	22	27	24	2.00
2894879--2894921	20	2.2	20	84	8	54	20	39	23	16	1.92
2896767--2896810	18	2.4	18	92	0	70	15	9	43	31	1.79
2903316--2903362	21	2.2	20	82	14	51	48	14	2	34	1.56
2905127--2905167	14	2.9	14	79	20	50	19	17	0	63	1.31
2906205--2906261	27	2.1	27	96	0	105	45	17	8	28	1.78
2906259--2906304	22	2.1	22	88	8	67	47	8	4	39	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2906825--2906873	24	2.1	23	85	14	66	61	18	0	20	1.35
2911304--2911377	37	2.0	37	100	0	148	24	2	32	40	1.69
2912284--2912324	21	1.9	22	85	5	57	9	4	46	39	1.58
2912341--2912421	33	2.5	33	93	0	135	28	20	23	27	1.99
2920071--2920151	33	2.5	33	89	0	126	27	20	24	27	1.99
2920898--2920963	28	2.3	28	82	5	71	30	22	3	43	1.68
2942733--2942837	46	2.3	45	85	8	131	23	27	18	30	1.97
2944623--2944688	28	2.3	29	81	2	71	31	24	3	40	1.70
2956864--2956930	21	3.3	21	83	4	75	29	19	11	38	1.88
2956864--2956930	10	6.6	10	76	6	64	29	19	11	38	1.88
2958778--2958816	19	2.0	20	90	5	62	46	15	0	38	1.46
2966163--2966465	40	7.6	40	89	2	405	27	27	20	24	1.99
2975145--2975313	27	6.2	27	84	4	196	30	26	15	27	1.96
2975157--2975312	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
2980640--2980686	22	2.2	21	85	11	60	38	0	17	44	1.48
2981745--2981863	60	2.0	60	94	0	211	22	19	37	20	1.94
2981932--2982032	27	3.7	27	90	0	139	27	24	9	37	1.87
2981912--2982042	27	4.9	27	79	3	84	30	23	9	35	1.88
2982027--2983054	27	38.3	27	88	1	1413	33	20	22	23	1.97
2983637--2983722	6	14.2	6	71	20	63	18	18	13	48	1.80
2983637--2983713	31	2.5	30	89	2	109	18	19	12	49	1.79
2984953--2985019	26	2.6	24	81	9	71	52	0	19	28	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2993672--2993757	42	2.0	42	82	4	102	25	27	27	18	1.98
2999042--2999087	3	15.3	3	100	0	92	32	0	0	67	0.91
3002254--3002433	47	3.8	47	79	7	159	23	25	16	33	1.96
3002254--3002433	94	1.9	94	81	2	218	23	25	16	33	1.96
3015728--3015815	45	2.0	45	93	0	149	27	10	21	40	1.85
3016974--3017200	111	2.1	110	92	2	375	25	25	27	22	2.00
3024954--3025131	27	6.6	27	81	6	164	30	27	15	26	1.96
3024975--3025130	82	1.9	81	84	6	208	30	27	16	26	1.96
3033142--3033319	27	6.6	27	80	3	160	28	28	16	26	1.97
3033163--3033318	82	1.9	81	82	3	197	28	28	16	26	1.97
3035089--3035132	23	1.9	23	90	0	70	18	20	20	40	1.91
3043572--3043611	20	2.0	21	85	14	57	42	12	20	25	1.86
3045692--3045754	22	2.8	23	83	9	76	17	20	19	42	1.89
3045728--3045797	23	3.0	23	76	15	81	17	24	20	38	1.93
3050412--3050481	33	2.1	33	100	0	140	32	31	2	32	1.73
3058865--3058931	29	2.2	30	82	10	75	41	0	1	56	1.08
3061756--3061819	24	2.6	25	82	9	78	20	4	1	73	1.09
3061760--3061819	23	2.5	22	84	13	66	20	5	1	73	1.11
3062415--3062459	8	5.6	8	84	7	56	24	2	2	71	1.09
3062425--3062459	15	2.2	16	95	5	63	22	2	0	74	0.95
3063791--3063834	18	2.4	19	81	11	56	34	13	13	38	1.84
3064364--3064402	17	2.2	18	90	4	62	23	46	17	12	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3075698--3075761	31	2.1	31	91	2	103	23	4	12	59	1.52
3080472--3080841	135	2.7	134	89	2	535	39	21	9	29	1.85
3080473--3080872	27	14.8	26	81	4	374	39	21	10	29	1.86
3080475--3080980	54	9.4	53	80	7	316	38	20	12	28	1.89
3080799--3081022	27	8.3	27	83	1	234	36	18	18	25	1.94
3080473--3080978	81	6.2	80	73	13	240	38	20	12	28	1.89
3080802--3081022	54	4.1	54	85	2	266	36	19	19	25	1.95
3081251--3081297	24	2.0	24	83	8	60	29	19	21	29	1.97
3081557--3081611	29	1.9	28	88	3	83	21	23	29	25	1.99
3081549--3081642	33	3.0	32	75	16	97	23	21	27	27	1.99
3085285--3085311	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
3085760--3085885	28	4.5	28	92	2	191	26	12	27	32	1.93
3085760--3085885	55	2.2	57	90	2	193	26	12	27	32	1.93
3085788--3085898	28	4.0	27	91	3	143	29	11	25	33	1.91
3089674--3089746	12	6.2	12	74	3	58	39	6	0	53	1.28
3089674--3089727	6	9.2	6	77	4	56	46	3	0	50	1.19
3090044--3090086	10	4.3	10	82	8	52	0	18	0	81	0.69
3090041--3090086	14	3.2	15	87	6	60	0	19	0	80	0.71
3090041--3090086	23	2.0	23	86	4	65	0	19	0	80	0.71
3095718--3095755	13	2.9	13	100	0	76	44	0	7	47	1.32
3101072--3101129	6	9.8	6	79	3	64	15	3	3	77	1.04
3101072--3101149	18	4.4	17	75	18	61	17	3	2	75	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3101690--3101726	18	2.1	18	100	0	74	27	10	16	45	1.80
3104077--3104101	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
3129690--3130427	94	7.8	94	87	6	1012	22	29	18	28	1.97
3134202--3134384	67	2.8	64	77	6	165	24	30	15	29	1.96
3135118--3135178	30	2.0	30	87	0	86	29	24	8	37	1.84
3156327--3156418	40	2.3	40	84	3	114	30	27	13	29	1.94
3158913--3158982	27	2.5	27	81	4	77	34	35	17	12	1.88
3158926--3158982	27	2.1	28	86	3	80	35	35	15	14	1.88
3158929--3159001	28	2.7	29	79	10	82	41	31	13	13	1.84
3159670--3159705	18	2.0	18	88	0	54	33	11	11	44	1.75
3168113--3168473	123	2.9	123	97	0	677	29	25	8	36	1.85
3172503--3172552	18	2.8	18	100	0	100	24	22	12	42	1.87
3174900--3175020	65	1.9	65	89	5	192	54	16	5	23	1.63
3175343--3175430	43	2.0	43	100	0	176	32	27	11	28	1.91
3185200--3185370	93	1.8	93	94	0	306	28	29	21	21	1.98
3185195--3185367	46	3.7	46	79	13	210	29	28	20	21	1.98
3195493--3195674	101	1.8	101	91	2	303	45	17	3	33	1.67
3197898--3197961	32	2.0	32	100	0	128	28	21	0	50	1.49
3204299--3204413	44	2.7	43	76	11	128	31	27	16	24	1.96
3205520--3205544	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
3206608--3206677	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
3206608--3206705	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3209064--3209123	29	2.1	29	87	0	84	46	13	5	35	1.65
3209702--3209733	17	1.9	16	93	6	55	75	3	3	18	1.08
3213824--3213905	29	2.8	29	98	0	155	36	15	24	23	1.94
3225075--3225137	28	2.2	29	88	2	92	20	23	23	31	1.98
3225085--3225148	28	2.2	28	86	2	83	23	26	18	31	1.98
3226911--3226939	6	4.8	6	100	0	58	34	13	0	51	1.42
3229563--3229593	14	2.3	14	94	5	55	29	6	0	64	1.18
3237734--3237808	38	1.9	39	91	2	125	28	24	10	37	1.88
3237750--3237848	45	2.2	45	96	0	180	28	21	9	41	1.83
3237802--3237865	31	2.1	31	90	0	101	25	23	14	37	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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