genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23433967--23434030	29	2.2	30	85	2	85	56	4	7	31	1.49
23435827--23435859	16	2.1	16	100	0	66	48	0	0	51	1.00
23436517--23436579	30	2.1	30	96	0	117	26	3	12	57	1.51
23436705--23436739	12	3.0	12	95	4	63	65	0	0	34	0.93
23438895--23438931	20	1.9	20	88	5	58	40	0	8	51	1.32
23441091--23441411	46	7.0	46	89	0	408	39	14	23	21	1.91
23443860--23443962	3	33.0	3	74	9	55	30	4	2	62	1.31
23444109--23444158	26	1.9	26	87	0	73	34	8	0	58	1.28
23444192--23444232	20	2.1	19	86	4	55	26	14	4	53	1.61
23444271--23444309	8	4.8	8	87	6	60	15	2	0	82	0.79
23444281--23444319	11	3.5	11	83	10	53	12	5	0	82	0.83
23456411--23456544	46	2.9	46	87	0	196	35	18	25	20	1.96
23457442--23457480	20	2.0	20	94	0	69	12	48	20	17	1.80
23461573--23461805	114	2.0	114	98	0	448	42	9	4	43	1.55
23465031--23465057	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
23473487--23473619	66	2.0	66	88	2	196	35	27	13	23	1.92
23473651--23473718	35	1.9	35	84	0	91	30	16	22	30	1.95
23475864--23475890	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
23476056--23476080	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
23484117--23484161	6	7.2	6	82	9	54	28	4	17	48	1.66
23491693--23491726	9	3.7	9	84	7	50	41	0	8	50	1.34
23492073--23492278	110	1.9	109	83	5	272	34	14	13	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23492925--23492984	22	2.9	20	80	9	68	38	16	3	41	1.65
23492931--23492984	20	2.5	22	80	11	60	40	16	1	40	1.59
23493164--23493405	37	6.5	37	84	1	297	37	17	23	21	1.94
23495617--23495650	17	2.0	18	88	11	54	41	11	0	47	1.40
23496586--23496616	15	2.1	15	93	0	53	38	32	0	29	1.57
23498458--23498559	44	2.3	44	81	5	116	33	13	13	39	1.84
23498459--23498816	45	8.0	45	69	12	148	27	15	14	43	1.85
23498534--23498821	90	3.2	89	87	1	405	25	16	14	44	1.85
23513496--23513544	23	2.1	23	100	0	98	34	8	12	44	1.71
23514082--23514155	37	2.0	37	94	0	130	28	8	18	44	1.78
23516024--23516069	23	2.0	24	86	4	67	52	28	2	17	1.56
23516596--23516767	43	4.0	44	74	13	160	31	25	17	25	1.97
23516596--23516753	44	3.7	42	73	13	117	30	25	17	25	1.97
23517839--23517863	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
23518299--23518344	22	2.1	22	100	0	92	21	21	4	52	1.64
23522946--23523007	29	2.1	31	90	6	101	48	16	9	25	1.76
23522958--23523021	29	2.2	29	83	5	76	50	17	7	25	1.72
23525056--23525119	20	3.2	20	82	6	76	40	4	10	43	1.61
23525233--23525356	20	6.3	19	68	15	65	40	3	16	39	1.65
23527071--23527116	21	2.2	21	77	14	51	34	4	17	43	1.69
23529848--23529887	4	10.0	4	94	0	71	52	22	0	25	1.47
23537001--23537032	9	3.7	9	95	4	57	81	0	0	18	0.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23537652--23537800	61	2.5	60	84	7	194	45	10	17	26	1.81
23538835--23538881	22	2.1	22	92	0	76	14	17	34	34	1.90
23540692--23540717	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
23540835--23540868	17	2.0	17	94	0	59	55	5	0	38	1.24
23547444--23547490	22	2.2	21	84	3	58	36	21	8	34	1.84
23547461--23547522	19	3.2	19	88	4	88	33	16	9	40	1.81
23548100--23549205	132	8.4	132	94	0	1899	26	24	17	31	1.97
23548100--23549205	527	2.1	528	93	0	1917	26	24	17	31	1.97
23548095--23549200	88	12.6	88	72	13	735	26	24	17	31	1.97
23555593--23555762	19	9.2	19	89	8	262	36	14	10	38	1.80
23555593--23555759	36	4.5	36	96	3	289	36	13	10	38	1.80
23556261--23556594	131	2.6	130	87	3	462	27	16	19	36	1.93
23568050--23568437	88	4.4	89	83	3	379	33	19	22	23	1.97
23568096--23568437	177	1.9	177	81	4	404	33	19	22	23	1.97
23569253--23569285	16	2.1	16	88	5	50	72	3	12	12	1.23
23571205--23571465	131	2.0	132	90	0	416	27	16	18	37	1.93
23575444--23575479	18	2.1	17	94	5	63	36	16	0	47	1.47
23577383--23577413	14	2.1	15	94	5	55	77	0	22	0	0.77
23584800--23584900	34	2.7	39	76	17	113	26	25	21	25	2.00
23584831--23584904	34	2.2	34	90	2	123	25	25	22	25	2.00
23589140--23589225	42	2.0	42	100	0	172	33	9	11	45	1.73
23590472--23590501	7	4.3	7	91	0	51	80	3	0	16	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23594088--23594226	74	1.9	73	90	1	224	45	12	3	38	1.59
23595059--23595107	21	2.3	21	79	6	55	38	0	2	59	1.09
23595497--23595640	41	3.5	41	85	3	200	36	18	14	30	1.90
23598494--23598533	20	2.0	21	85	14	57	55	15	5	25	1.60
23601616--23601758	55	2.6	54	80	2	169	19	25	28	25	1.99
23610033--23610135	43	2.4	43	95	0	188	23	14	36	25	1.93
23610117--23610190	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
23610582--23610738	40	3.9	40	92	0	242	26	23	26	23	2.00
23610503--23610732	80	2.9	80	82	5	234	26	23	26	23	2.00
23610503--23610733	120	1.9	120	81	6	281	26	23	25	23	2.00
23611422--23611523	30	3.4	31	83	5	122	29	22	3	44	1.71
23614525--23614666	73	1.9	74	94	1	250	38	23	14	22	1.92
23627833--23627889	30	1.9	30	92	0	96	28	14	19	38	1.90
23632920--23632945	7	3.7	7	100	0	52	73	0	11	15	1.11
23636481--23636742	135	1.9	134	93	0	452	34	13	19	31	1.91
23638082--23638155	22	3.4	22	76	0	85	37	22	12	27	1.90
23641431--23641472	20	2.1	21	87	12	63	16	16	4	61	1.50
23647759--23647860	27	3.8	27	85	0	132	40	21	14	23	1.90
23649206--23649255	24	2.1	24	81	7	57	32	18	22	28	1.97
23654403--23654586	51	3.6	51	83	3	176	26	14	27	32	1.94
23656830--23656858	13	2.2	13	100	0	58	31	13	17	37	1.89
23657916--23657951	6	6.0	6	96	0	54	0	61	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23657913--23657947	17	2.1	17	88	0	52	0	60	0	40	0.97
23660176--23660226	24	2.2	24	77	22	56	33	0	5	60	1.21
23660354--23660430	14	5.0	15	71	20	52	42	15	9	32	1.78
23660370--23660409	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
23660358--23660424	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
23660393--23660432	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
23662555--23662597	14	2.9	14	77	12	50	34	4	6	53	1.49
23666296--23666344	5	9.8	5	86	0	62	24	0	53	22	1.47
23672273--23672353	31	2.6	31	80	0	90	22	30	27	19	1.98
23673149--23673212	32	2.0	32	87	6	94	62	7	1	28	1.32
23688231--23688494	40	6.7	40	89	5	360	25	27	21	25	1.99
23696700--23696871	45	3.8	44	89	1	236	26	13	23	36	1.93
23696700--23696897	45	4.4	46	85	3	235	27	12	24	35	1.92
23697994--23698164	88	1.9	88	100	0	342	22	12	23	41	1.88
23702113--23702198	45	1.9	45	87	0	127	29	16	22	32	1.95
23702123--23702210	45	2.0	45	84	4	115	32	14	21	30	1.94
23705499--23705575	26	3.0	24	81	9	82	37	9	19	33	1.83
23710697--23711046	40	8.8	40	93	0	592	26	21	28	23	1.99
23710697--23711046	80	4.4	80	98	0	655	26	21	28	23	1.99
23723824--23723871	20	2.4	20	85	0	69	41	16	18	22	1.90
23723824--23723878	20	2.7	19	81	10	65	38	16	20	25	1.92
23726762--23726907	40	3.7	40	90	3	215	27	26	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23726950--23727512	282	2.0	282	98	0	1099	30	21	12	35	1.90
23727474--23727563	45	2.0	45	91	0	144	46	12	10	31	1.74
23735019--23735230	40	5.3	40	89	3	295	25	25	21	26	1.99
23734986--23735282	80	3.7	81	82	8	310	25	25	20	27	1.99
23735019--23735283	119	2.2	120	83	7	333	26	26	21	26	1.99
23737112--23737149	18	2.2	18	85	4	51	7	26	7	57	1.54
23739844--23739891	20	2.4	20	92	0	87	41	18	20	18	1.90
23757742--23757784	21	1.9	21	86	13	59	58	0	0	41	0.98
23762857--23762947	48	1.9	47	88	6	139	20	15	25	38	1.92
23762875--23762947	22	3.1	22	70	21	67	21	17	24	35	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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