genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.170.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53108840--53109033	91	2.2	87	86	6	268	30	21	20	27	1.98
53108932--53110334	173	8.1	172	81	8	1342	28	23	19	29	1.98
53109051--53109516	217	2.1	216	83	9	608	28	23	19	29	1.98
53109315--53109595	84	3.3	82	73	12	287	29	22	19	28	1.98
53109183--53111286	44	48.7	44	65	17	299	28	23	18	29	1.98
53109485--53109770	128	2.2	128	93	1	380	30	23	19	26	1.98
53108932--53110464	517	3.0	513	77	10	1621	28	23	19	29	1.98
53110044--53110555	217	2.4	217	93	0	889	27	23	18	29	1.98
53108933--53110808	173	10.9	173	77	10	1065	29	23	18	28	1.98
53109227--53111273	346	5.9	347	76	12	1235	28	23	18	29	1.98
53110478--53110763	129	2.2	127	84	6	353	30	24	16	28	1.97
53110559--53110796	89	2.8	85	74	12	234	31	25	15	28	1.95
53109809--53111376	563	2.8	561	85	6	1922	28	23	18	29	1.98
53110355--53111244	173	5.2	172	76	10	886	28	23	17	29	1.97
53110821--53111284	89	5.3	89	79	10	494	26	24	18	30	1.98
53111166--53111286	45	2.7	43	80	11	136	24	23	19	31	1.98
53119427--53119472	24	1.9	24	86	0	65	10	26	17	45	1.81
53120185--53120263	41	1.9	41	100	0	158	13	21	13	50	1.77
53120193--53120260	22	3.2	22	67	12	70	14	22	13	50	1.77
53123240--53123272	15	2.2	15	94	0	57	63	12	0	24	1.28
53123280--53123318	13	3.2	12	86	13	53	74	7	2	15	1.15
53123810--53123867	28	2.2	27	81	9	66	74	1	5	18	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53124773--53124804	5	6.4	5	100	0	64	18	0	18	62	1.33
53126569--53126612	17	2.6	17	89	3	63	43	0	0	56	0.99
53128711--53128764	14	3.7	14	76	16	56	59	14	0	25	1.36
53128710--53128787	30	2.6	30	82	10	104	52	16	2	28	1.57
53130099--53130227	52	2.4	52	90	2	195	48	12	9	30	1.72
53141170--53141385	87	2.5	87	87	4	328	43	11	11	32	1.77
53144770--53144796	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
53157903--53157952	17	2.9	18	80	14	52	34	10	2	54	1.45
53163445--53163653	2	104.5	2	97	0	391	0	0	48	50	1.07
53167005--53167099	44	2.1	44	90	1	145	53	5	7	33	1.51
53167020--53167109	44	2.0	44	91	0	144	55	5	5	33	1.46
53171308--53171387	19	4.1	19	80	6	97	38	11	16	33	1.84
53171892--53171933	22	1.9	22	90	0	66	30	7	4	57	1.47
53176518--53176542	12	2.1	12	100	0	50	68	0	32	0	0.90
53176511--53176558	21	2.3	21	78	7	53	75	0	22	2	0.91
53176511--53176563	20	2.5	20	78	6	52	75	0	20	3	0.96
53177776--53178496	132	5.5	132	96	0	1208	30	20	24	24	1.99
53177915--53178229	44	7.2	44	63	16	132	31	20	23	24	1.98
53178443--53178954	44	11.8	44	72	14	280	29	19	23	26	1.98
53177781--53178583	396	2.0	396	88	3	1179	30	20	24	25	1.99
53178480--53178959	217	2.2	217	92	0	782	29	19	23	26	1.98
53179162--53179201	19	2.1	19	95	0	71	37	10	20	32	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53179703--53179745	22	2.0	22	90	0	68	30	9	4	55	1.52
53180380--53180407	4	7.0	4	100	0	56	75	0	0	25	0.81
53181153--53181349	98	2.0	98	95	0	358	27	10	25	37	1.88
53186804--53186889	36	2.4	36	84	3	113	31	3	54	10	1.51
53186977--53187132	30	5.2	30	88	3	233	51	1	9	36	1.46
53190013--53190092	25	3.2	25	80	0	97	33	15	28	22	1.94
53193361--53193569	111	1.9	107	92	3	346	40	16	17	25	1.90
53193886--53193947	30	2.2	29	78	13	67	27	4	4	62	1.36
53194681--53194711	11	2.7	12	95	5	55	9	0	3	87	0.66
53194415--53194809	111	3.5	112	91	3	643	24	16	15	42	1.87
53199317--53199357	20	2.0	20	100	0	82	29	24	0	46	1.53
53204443--53204479	3	12.3	3	100	0	74	35	0	32	32	1.58
53205604--53205796	103	1.9	103	88	0	296	30	17	16	36	1.91
53216551--53216704	42	3.6	43	77	8	152	26	16	25	31	1.97
53216558--53216722	43	3.9	42	76	12	158	24	16	26	31	1.97
53219671--53219779	42	2.6	42	95	0	191	22	26	22	28	1.99
53225381--53225417	17	2.1	18	90	5	58	54	2	0	43	1.14
53225394--53225523	61	2.2	61	82	6	162	43	2	4	50	1.35
53226846--53226871	6	4.3	6	100	0	52	30	0	34	34	1.58
53232295--53232590	152	1.9	152	97	0	556	39	15	7	37	1.76
53235920--53235952	17	1.9	17	93	0	57	30	6	12	51	1.63
53235938--53236001	27	2.4	26	89	2	92	39	1	6	53	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53240639--53240671	15	2.2	15	94	0	57	42	18	3	36	1.66
53244006--53244047	22	1.9	22	95	0	75	19	35	23	21	1.96
53246225--53246283	21	2.8	21	69	19	59	38	23	6	30	1.81
53246977--53247027	23	2.3	22	79	3	57	33	0	5	60	1.21
53248876--53248929	28	2.0	28	88	3	83	40	3	9	46	1.54
53254171--53254205	17	2.1	17	88	0	52	45	5	17	31	1.71
53258413--53258449	19	1.9	19	100	0	74	59	18	5	16	1.55
53261707--53261741	18	1.9	18	88	0	52	31	11	5	51	1.61
53264741--53264799	31	1.9	31	100	0	118	38	6	30	23	1.81
53265383--53265407	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
53268137--53268196	22	2.9	21	79	18	63	30	1	0	68	0.99
53268149--53268206	30	1.9	31	85	3	82	29	3	0	67	1.07
53271755--53271866	49	2.3	49	98	0	215	36	13	22	27	1.92
53280488--53280528	18	2.3	18	87	4	57	39	0	21	39	1.54
53285655--53285885	90	2.6	91	86	2	315	36	19	9	35	1.83
53286012--53286046	13	2.7	13	100	0	70	57	0	0	42	0.99
53286036--53286108	10	7.6	10	81	6	80	63	0	2	34	1.09
53286038--53286108	9	7.6	9	82	7	79	63	0	2	33	1.09
53286038--53286108	19	3.7	19	81	7	90	63	0	2	33	1.09
53286289--53286486	9	21.2	9	68	18	77	30	5	2	62	1.28
53286405--53286451	19	2.5	19	86	6	60	36	2	2	59	1.21
53286405--53286465	28	2.2	28	85	5	79	32	1	3	62	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53286425--53286486	27	2.2	28	88	2	90	29	0	3	67	1.06
53287073--53287098	11	2.4	11	100	0	52	38	7	0	53	1.30
53287084--53287159	22	3.2	22	73	20	80	30	2	0	67	1.05
53287056--53287206	39	3.6	39	72	20	133	32	2	0	64	1.07
53287084--53287162	23	3.3	23	81	18	90	31	2	0	65	1.06
53287073--53287211	50	2.7	52	85	7	187	33	2	0	64	1.09
53287112--53287211	11	9.2	11	75	17	59	32	2	0	66	1.03
53287098--53287212	12	9.0	13	70	14	55	32	1	0	66	1.02
53290159--53290207	21	2.3	20	83	13	55	48	4	0	46	1.20
53290407--53290437	16	1.9	16	93	0	53	54	0	16	29	1.42
53306841--53306942	41	2.5	41	90	3	152	27	19	25	27	1.99
53316118--53316177	21	3.0	20	77	18	70	58	1	1	38	1.18
53316183--53316208	11	2.4	11	100	0	52	53	0	7	38	1.30
53316124--53316226	49	2.1	48	85	5	136	61	0	2	34	1.18
53316140--53316226	39	2.3	37	76	9	102	58	1	2	37	1.18
53323859--53323905	2	23.5	2	95	0	85	0	46	0	53	1.00
53326316--53326426	34	3.3	33	79	3	123	36	0	18	44	1.51
53326648--53326679	15	2.1	15	94	0	55	59	0	12	28	1.34
53329824--53329853	9	3.4	9	90	9	53	63	0	0	36	0.95
53329879--53329926	25	1.9	25	87	8	71	60	4	2	33	1.27
53329879--53330070	92	2.1	92	97	0	359	56	4	3	34	1.37
53329963--53330017	25	2.3	25	81	12	71	63	5	0	30	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53330432--53330474	18	2.4	18	88	0	59	41	9	25	23	1.84
53330872--53331090	104	2.1	104	100	0	438	31	10	21	36	1.87
53331101--53331125	12	2.1	12	100	0	50	16	24	36	24	1.94
53335053--53335120	33	2.1	33	97	0	127	13	19	23	44	1.85
53338723--53338767	21	2.1	21	88	8	65	28	11	0	60	1.31
53339233--53339297	33	1.9	33	84	6	85	52	4	13	29	1.61
53339257--53339428	86	2.0	86	97	0	326	38	7	14	38	1.75
53340574--53340618	8	5.6	8	92	7	74	88	0	11	0	0.50
53340568--53340612	8	5.1	9	91	8	67	86	2	11	0	0.65
53344293--53344349	24	2.3	25	77	17	66	31	22	24	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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