genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.223.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   

This is table  223  of  313  ( 37448 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68595390--68595429	21	1.9	21	94	0	71	35	47	0	17	1.48
68595379--68595418	14	3.1	13	92	7	64	32	52	0	15	1.43
68595811--68596028	114	1.9	113	79	8	246	30	22	15	31	1.95
68595964--68596201	75	3.2	74	84	7	277	32	22	16	28	1.95
68595848--68596576	263	2.8	263	94	1	1259	31	21	16	30	1.95
68596038--68596384	188	1.8	188	84	5	477	32	21	16	29	1.95
68596227--68596464	75	3.2	74	84	7	277	33	21	16	28	1.95
68596376--68596954	114	5.1	114	74	9	484	29	21	16	32	1.95
68596451--68596850	113	3.5	112	74	11	373	29	21	15	33	1.94
68596376--68596954	227	2.5	228	92	2	925	29	21	16	32	1.95
68598940--68599178	41	5.8	41	72	8	182	39	22	21	15	1.91
68598918--68599179	82	3.2	82	86	4	368	40	22	22	14	1.91
68599764--68599801	19	2.0	19	100	0	76	31	21	21	26	1.98
68604725--68604761	15	2.5	15	90	0	56	29	56	5	8	1.51
68611500--68611606	52	2.1	52	100	0	214	39	11	14	34	1.82
68612580--68613596	342	3.0	341	98	0	1962	37	14	11	36	1.82
68614263--68614312	21	2.2	21	82	10	55	44	18	14	24	1.86
68615710--68615873	83	2.0	83	95	2	294	44	2	17	35	1.62
68615512--68615940	179	2.3	186	84	6	568	41	1	17	39	1.60
68615498--68615957	96	4.9	95	82	10	522	41	1	17	40	1.59
68615967--68616229	126	2.1	124	90	2	402	34	16	20	28	1.94
68629201--68629237	15	2.5	15	86	0	56	37	0	0	62	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68632523--68632609	40	2.2	40	95	0	156	42	28	5	22	1.77
68642723--68642747	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
68651138--68651162	13	1.9	13	100	0	50	32	16	0	52	1.44
68651818--68652009	94	2.0	95	88	3	289	32	13	14	39	1.85
68652503--68652535	17	1.9	17	88	11	50	60	9	12	18	1.57
68654486--68654546	32	1.9	32	86	0	86	36	8	14	40	1.76
68659048--68659111	22	3.0	21	76	15	67	29	20	15	34	1.94
68662974--68663009	15	2.4	15	95	0	63	25	13	8	52	1.68
68666334--68666605	9	29.0	9	68	17	94	34	2	2	59	1.26
68666471--68666531	11	6.2	10	77	12	56	31	1	1	65	1.12
68666387--68666543	38	4.2	37	74	17	103	37	2	2	57	1.26
68666558--68666607	17	2.9	17	88	11	68	30	0	2	68	1.01
68666558--68666616	26	2.2	27	87	6	84	30	1	1	66	1.12
68667088--68667622	201	2.7	201	86	3	720	40	12	10	36	1.77
68667686--68667724	20	2.0	20	90	5	62	33	25	23	17	1.96
68674375--68674411	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
68675068--68675151	22	3.9	22	74	12	77	16	8	19	55	1.65
68675050--68675151	42	2.4	43	80	11	122	17	9	17	54	1.69
68675050--68675162	20	5.4	20	77	9	111	18	11	16	53	1.73
68675244--68675300	21	2.8	20	75	5	60	22	10	12	54	1.68
68675294--68675339	22	2.1	22	83	0	56	17	10	13	58	1.62
68675240--68675356	20	5.7	20	71	13	76	20	11	13	53	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68676592--68676618	7	3.9	7	100	0	54	44	0	29	25	1.54
68681345--68681428	19	4.4	18	86	8	71	38	9	17	34	1.83
68681347--68681419	19	3.7	19	91	7	119	36	9	16	36	1.81
68681360--68681442	21	3.9	22	84	12	70	37	8	15	38	1.78
68681619--68681657	19	2.0	21	85	10	55	15	10	5	69	1.34
68682045--68682086	4	11.0	4	82	10	52	23	0	2	73	0.94
68682045--68682085	11	3.6	11	83	3	55	21	0	2	75	0.92
68684926--68684957	15	2.1	15	94	0	55	68	9	6	15	1.36
68702962--68703002	21	1.9	22	85	5	57	34	0	0	65	0.93
68704165--68704209	24	1.9	24	90	4	74	31	2	4	62	1.27
68704166--68704216	24	2.2	24	82	3	59	35	1	3	58	1.28
68709854--68709894	22	1.9	22	85	5	57	53	2	2	41	1.27
68709879--68710002	9	13.4	9	70	16	58	63	4	3	29	1.28
68709902--68709965	21	3.2	21	73	24	66	67	3	1	28	1.15
68709879--68710002	17	6.7	19	66	19	57	63	4	3	29	1.28
68723765--68723791	7	3.9	7	100	0	54	25	29	0	44	1.54
68725027--68725143	21	5.6	21	73	9	89	53	13	11	20	1.71
68725221--68725333	20	5.4	20	79	7	111	53	16	11	18	1.73
68725232--68725316	43	2.0	43	86	9	120	56	18	8	16	1.64
68725232--68725316	22	4.0	22	75	7	86	56	18	8	16	1.64
68725242--68725333	21	4.4	21	77	11	91	53	17	9	19	1.71
68725222--68725331	42	2.7	40	82	13	125	54	17	10	17	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68725972--68726008	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
68732659--68732697	20	2.0	19	90	5	60	17	23	25	33	1.96
68732761--68733295	201	2.7	201	86	3	720	36	10	12	40	1.77
68733433--68735183	143	12.1	143	70	10	836	39	14	9	37	1.78
68733480--68735179	284	5.8	284	72	11	866	38	14	9	37	1.78
68734030--68734190	86	1.9	86	84	5	218	36	18	10	35	1.85
68734272--68735140	142	6.1	141	77	5	791	39	13	7	38	1.75
68734311--68735169	291	3.0	285	80	6	932	39	14	7	38	1.75
68734956--68735407	223	2.0	222	87	2	638	36	13	8	40	1.76
68735178--68735494	143	2.2	144	82	5	374	37	15	8	38	1.78
68735297--68735721	227	1.9	227	90	1	681	36	16	10	36	1.84
68735522--68736158	143	4.5	141	83	2	731	38	15	8	37	1.78
68735522--68736160	282	2.2	285	83	3	761	38	15	8	37	1.78
68736093--68736226	66	2.0	66	83	0	169	31	18	8	41	1.80
68735957--68736371	209	2.0	209	81	5	498	35	17	8	38	1.80
68736159--68738896	143	19.2	143	77	6	2047	38	15	9	36	1.81
68736159--68738895	285	9.6	283	75	9	1973	38	15	9	36	1.81
68736159--68738895	428	6.4	427	73	10	1500	38	15	9	36	1.81
68736998--68737667	229	3.0	229	76	11	650	38	15	9	36	1.80
68738152--68738846	130	5.1	131	75	14	558	38	15	8	36	1.78
68740491--68743353	143	20.0	143	86	3	3178	37	15	10	36	1.82
68741430--68741787	70	5.1	66	60	18	148	38	13	12	36	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68742655--68743353	142	5.0	135	71	14	397	37	15	10	36	1.81
68743355--68743697	143	2.4	143	96	0	625	40	11	9	38	1.74
68743161--68743543	212	1.8	211	85	2	536	41	12	9	36	1.76
68743355--68743849	143	3.4	143	87	4	579	40	11	9	38	1.73
68742871--68743777	497	1.8	499	81	6	1138	39	13	9	37	1.78
68746350--68746393	21	2.1	21	82	0	52	70	2	2	25	1.10
68746410--68746434	13	1.9	13	100	0	50	72	0	0	28	0.86
68751798--68751834	17	2.2	17	90	4	58	59	2	2	35	1.26
68753101--68753181	40	2.0	40	97	0	153	49	14	2	33	1.57
68753115--68753178	14	4.7	14	70	14	53	53	14	1	31	1.50
68756037--68756080	19	2.3	19	88	0	61	56	27	4	11	1.53
68756044--68756084	19	2.2	19	95	0	73	46	34	7	12	1.69
68756053--68756086	10	3.5	10	84	8	52	47	32	8	11	1.71
68765517--68765583	29	2.4	28	84	2	89	32	7	14	44	1.74
68767457--68767506	19	2.7	18	81	9	55	52	22	8	18	1.71
68767721--68767768	23	2.1	23	84	0	60	43	14	14	27	1.84
68770187--68770254	25	2.8	25	90	2	102	22	30	5	41	1.77
68770308--68770345	18	2.1	18	90	5	58	42	13	0	44	1.43
68777911--68777984	25	3.0	25	84	5	98	21	29	5	43	1.75
68778037--68778073	19	1.9	19	88	0	56	40	16	0	43	1.48
68786233--68786273	17	2.4	17	87	0	55	19	39	29	12	1.88
68786242--68786275	17	2.0	17	94	0	59	14	35	32	17	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68787115--68787144	14	2.1	14	93	0	51	40	0	13	46	1.43
68790795--68790819	8	3.1	8	100	0	50	36	0	0	64	0.94
68790807--68790889	28	3.0	29	72	19	86	24	6	1	68	1.19
68795767--68795810	20	2.2	20	95	0	79	45	20	2	31	1.64
68797898--68797935	15	2.6	14	84	15	51	44	23	0	31	1.54
68801351--68801387	12	3.0	12	92	4	56	70	2	16	10	1.27
68801356--68801392	12	3.1	12	92	0	56	67	0	16	16	1.23
68807450--68807553	52	2.0	52	100	0	208	40	11	11	36	1.78
68811115--68811194	39	2.1	39	97	0	151	38	25	12	23	1.90
68820146--68820754	49	12.6	49	95	2	1063	33	8	29	29	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313