genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21993787--21993892	53	2.0	53	100	0	212	33	32	13	20	1.91
22001672--22001719	20	2.4	21	75	10	55	43	18	8	29	1.79
22003084--22003189	27	3.9	27	81	9	119	33	20	24	21	1.97
22004257--22004364	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
22005643--22005683	21	2.0	21	85	0	55	29	0	31	39	1.57
22006947--22006986	20	2.0	20	90	0	62	40	5	15	40	1.68
22007102--22007146	23	2.0	23	86	8	65	57	0	8	33	1.30
22009204--22009482	95	2.9	95	84	2	357	26	19	19	34	1.96
22013432--22013496	28	2.3	28	91	0	103	32	27	7	32	1.85
22013612--22013675	28	2.2	28	86	2	83	25	25	18	31	1.98
22014128--22014166	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
22018142--22018201	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
22024028--22024088	28	2.2	28	90	0	95	31	27	8	32	1.86
22024194--22024284	28	3.2	28	85	4	121	23	24	20	31	1.98
22024738--22024778	18	2.3	18	86	0	55	24	2	4	68	1.22
22039360--22039393	12	2.8	12	86	0	50	26	61	0	11	1.30
22039722--22039773	24	2.2	24	92	0	86	34	17	7	40	1.78
22042621--22042646	13	2.0	13	100	0	52	38	0	30	30	1.58
22044782--22044826	22	2.0	22	83	8	56	40	4	2	53	1.33
22062187--22062228	18	2.4	17	81	18	50	28	4	0	66	1.12
22067569--22067603	18	1.9	18	88	0	52	54	5	8	31	1.54
22071050--22071081	16	2.0	16	93	0	55	71	3	0	25	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22073894--22074078	40	4.7	40	82	7	209	24	22	28	24	2.00
22073894--22074078	79	2.3	81	83	7	227	24	22	28	24	2.00
22073947--22074111	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
22087521--22087568	18	2.8	16	81	12	60	77	6	2	14	1.06
22087521--22087569	17	2.8	18	80	20	59	77	6	2	14	1.05
22088970--22089028	28	2.3	28	83	13	74	57	10	15	16	1.64
22089449--22089477	12	2.3	13	94	5	51	68	0	31	0	0.89
22102905--22102949	22	2.0	22	100	0	90	62	4	13	20	1.48
22105891--22105972	34	2.4	34	82	9	114	25	24	21	28	1.99
22109106--22109160	28	2.0	28	92	0	92	25	27	1	45	1.64
22115643--22115814	46	3.8	45	81	11	176	26	18	30	25	1.98
22115786--22115918	50	2.7	50	93	0	230	30	18	25	25	1.98
22120053--22120104	21	2.5	21	81	9	63	34	1	17	46	1.59
22121133--22121183	26	2.0	26	84	0	66	39	3	11	45	1.59
22126730--22126781	21	2.5	21	77	20	56	36	1	17	44	1.60
22130516--22130683	60	2.8	59	83	5	189	54	2	1	41	1.23
22130579--22130671	29	3.3	26	68	25	71	51	3	0	45	1.17
22139437--22139559	65	1.9	65	91	0	201	43	15	21	19	1.87
22139838--22139865	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
22145127--22145179	22	2.4	23	84	12	76	28	5	22	43	1.76
22146020--22146055	10	3.6	10	96	0	63	36	2	0	61	1.11
22146076--22146259	43	4.3	43	85	5	248	24	17	30	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22146076--22146259	85	2.2	86	87	4	257	24	17	30	27	1.97
22146419--22146448	10	3.0	10	95	0	51	33	0	0	66	0.92
22148573--22148624	16	3.2	16	67	5	50	32	28	9	28	1.89
22148558--22148624	33	2.0	33	100	0	134	29	26	11	31	1.92
22148558--22148612	17	3.3	17	69	5	58	27	25	14	32	1.95
22151307--22151430	48	2.7	46	81	8	146	25	28	17	28	1.98
22151403--22151526	47	2.7	45	81	12	144	24	29	18	27	1.98
22152657--22152690	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
22157865--22157911	24	2.0	24	86	0	67	38	2	36	23	1.67
22159328--22159432	27	3.9	27	77	7	106	19	23	21	35	1.96
22162283--22162453	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
22162278--22162450	46	3.7	46	80	13	219	28	28	21	21	1.98
22168550--22168587	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
22168812--22168937	46	2.7	46	90	0	189	32	26	19	22	1.97
22185966--22186008	22	2.0	22	90	0	68	37	4	0	58	1.19
22185967--22186023	22	2.9	21	80	12	59	33	3	0	63	1.12
22185974--22186020	17	2.8	17	78	18	53	34	2	0	63	1.06
22189681--22189740	29	2.1	29	100	0	120	33	20	13	33	1.91
22196898--22197136	41	5.8	41	88	6	299	28	24	20	27	1.99
22202100--22202178	39	2.0	39	100	0	158	22	13	20	43	1.87
22206193--22206245	3	17.7	3	100	0	106	66	0	33	0	0.92
22210185--22210234	10	5.0	10	85	0	73	22	2	2	74	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22213535--22213593	29	2.0	29	96	0	109	45	5	13	35	1.66
22216745--22216941	97	2.0	98	96	1	360	44	21	17	16	1.86
22217885--22217925	7	5.7	7	88	5	64	82	0	0	17	0.66
22218492--22218516	13	1.9	13	100	0	50	44	0	16	40	1.47
22218533--22218592	20	3.0	20	74	16	61	21	10	1	66	1.30
22219839--22219951	43	2.7	41	82	5	145	30	25	15	28	1.95
22229651--22229677	14	1.9	14	100	0	54	40	7	0	51	1.30
22233074--22233109	18	2.0	18	94	0	63	11	8	0	80	0.90
22235043--22235099	29	1.9	30	85	3	80	26	33	28	12	1.92
22235288--22235329	21	1.9	23	85	9	61	23	4	14	57	1.56
22239751--22239795	21	2.1	21	95	0	81	55	4	6	33	1.46
22243365--22243444	24	3.2	24	68	16	63	37	7	16	38	1.77
22243500--22243573	27	3.0	24	74	18	87	28	12	24	35	1.91
22243353--22243699	51	6.8	51	82	1	363	30	10	19	38	1.86
22243353--22243699	153	2.3	153	84	3	464	30	10	19	38	1.86
22247930--22248294	182	2.0	182	100	0	730	29	11	13	45	1.79
22248868--22248898	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
22251920--22251949	14	2.1	14	93	0	51	40	16	13	30	1.87
22256174--22256259	29	3.0	29	76	10	86	25	29	15	30	1.96
22257694--22257726	16	2.1	16	100	0	66	18	6	27	48	1.71
22267371--22267405	18	1.9	18	88	0	52	34	0	0	65	0.93
22270052--22270076	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22273585--22273633	23	2.1	23	100	0	98	20	4	34	40	1.71
22275402--22275492	46	2.0	46	88	0	137	27	30	6	35	1.82
22275506--22275813	47	6.6	47	93	0	499	25	28	12	34	1.92
22275506--22276015	94	5.3	94	80	9	594	26	29	11	33	1.91
22275650--22275771	23	5.3	22	62	30	58	25	30	13	31	1.93
22275672--22275749	25	3.2	25	64	29	69	29	29	10	30	1.90
22275676--22275750	23	3.2	23	63	29	59	28	29	10	32	1.90
22275844--22275905	30	2.1	30	96	0	115	37	30	3	29	1.73
22275719--22275952	77	3.0	76	80	13	314	28	29	9	31	1.89
22275874--22276015	47	3.0	47	96	0	257	28	29	10	31	1.90
22275874--22276046	94	1.8	94	87	0	256	28	30	9	31	1.89
22276089--22276125	18	2.0	19	89	5	58	45	24	0	29	1.53
22278788--22279106	40	8.0	40	84	0	413	27	28	19	24	1.98
22278790--22279106	80	4.0	80	94	0	508	27	28	19	24	1.98
22281643--22281667	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
22287396--22287447	21	2.5	21	78	9	63	17	11	13	57	1.64
22287455--22287520	18	3.4	18	70	13	60	18	15	3	63	1.43
22289365--22289440	38	2.0	38	94	0	134	39	2	6	51	1.42
22292365--22292432	34	2.0	35	85	2	93	25	23	32	19	1.97
22296179--22296249	36	2.0	36	85	0	97	30	22	22	23	1.99
22308720--22309052	47	7.0	47	95	1	567	32	8	29	29	1.87
22308720--22309103	47	8.1	48	91	3	541	32	9	30	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22309222--22309300	37	2.1	37	86	4	106	25	17	30	26	1.97
22317703--22317783	25	3.2	25	89	0	117	24	20	17	37	1.94
22317718--22317829	25	4.5	24	78	8	102	25	21	20	32	1.98
22320316--22320496	40	4.6	40	90	2	278	25	27	23	23	2.00
22328484--22328624	40	3.6	40	89	3	207	26	26	22	24	2.00
22329267--22329345	41	1.9	41	97	0	149	45	21	8	24	1.80
22331626--22331778	42	3.5	42	70	13	110	27	18	26	26	1.98
22338577--22339073	45	11.1	45	89	1	680	23	18	28	29	1.98
22338914--22338987	25	3.2	25	61	18	59	24	18	28	28	1.98
22341827--22341913	25	3.5	25	73	6	86	24	20	19	35	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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