genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.260.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79724012--79724335	23	14.2	22	67	19	80	32	4	23	39	1.75
79724753--79724787	5	7.4	5	87	12	56	0	17	0	82	0.66
79724753--79724789	9	4.0	9	89	3	56	0	16	0	83	0.64
79728263--79728397	58	2.3	57	86	5	182	43	0	2	52	1.21
79729583--79729634	21	2.5	21	84	6	61	42	0	0	57	0.98
79729532--79729681	59	2.6	56	81	12	153	38	2	2	56	1.28
79730268--79730301	10	3.5	10	84	8	52	17	5	0	76	0.98
79730269--79730306	19	2.0	20	94	5	69	18	5	0	76	0.97
79730913--79730943	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
79731010--79731053	23	2.0	22	82	13	54	27	9	6	56	1.55
79737150--79737199	25	2.0	25	96	0	91	38	14	4	44	1.63
79737325--79737367	21	2.0	21	81	0	50	58	6	0	34	1.25
79737455--79737515	24	2.5	23	80	15	61	49	4	0	45	1.23
79737644--79737708	30	2.3	27	84	7	76	44	3	0	52	1.16
79737674--79737710	16	2.3	17	81	13	51	48	0	0	51	1.00
79738014--79738357	44	7.8	43	69	14	211	29	19	25	25	1.98
79737989--79739621	132	12.4	132	88	1	2153	32	18	23	25	1.97
79739382--79739841	220	2.1	220	82	0	562	32	19	22	25	1.98
79739526--79739709	88	2.1	88	91	0	296	32	19	23	24	1.97
79739250--79740324	352	3.1	352	82	4	1007	32	18	23	26	1.97
79739122--79740564	484	3.0	482	88	1	2149	31	18	23	26	1.97
79739818--79744411	44	104.6	43	61	15	343	31	17	24	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79739602--79740117	132	3.9	132	87	1	719	31	18	23	26	1.97
79739866--79740324	220	2.1	219	92	0	765	32	18	23	26	1.97
79743074--79743400	176	1.9	174	82	7	421	29	18	26	26	1.98
79740086--79743882	132	28.8	132	85	2	4910	31	17	24	26	1.97
79743863--79744931	132	7.8	131	76	9	940	32	17	24	25	1.97
79743647--79744102	220	2.1	220	88	0	680	32	16	25	25	1.96
79743863--79744931	264	3.9	263	76	11	1041	32	17	24	25	1.97
79744401--79744615	56	3.8	56	94	0	376	33	15	26	23	1.95
79744916--79746073	132	8.8	131	89	0	1638	30	18	24	26	1.98
79744692--79745151	220	2.1	220	86	0	643	30	20	23	26	1.98
79744823--79745019	88	2.2	88	90	0	322	31	20	22	24	1.98
79744916--79746073	527	2.2	527	89	1	1730	30	18	24	26	1.98
79745790--79745985	44	4.5	44	66	12	132	27	20	27	25	1.99
79745966--79746157	88	2.2	87	90	0	294	32	21	20	25	1.97
79746053--79747245	132	9.1	132	87	1	1552	30	19	23	26	1.98
79746270--79746466	44	4.5	44	66	18	131	31	20	21	26	1.98
79746053--79747236	527	2.2	527	85	1	1604	30	18	23	26	1.98
79747246--79748848	132	12.2	132	87	1	2241	31	18	23	26	1.97
79747246--79754127	264	26.7	264	86	5	7438	30	18	24	26	1.97
79747682--79748671	44	22.6	44	61	15	203	31	18	24	26	1.98
79748788--79749058	56	4.8	56	95	0	479	32	15	27	23	1.95
79749009--79749374	132	2.8	132	85	0	500	33	18	22	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79749135--79749592	220	2.1	220	85	1	614	31	20	22	26	1.98
79749359--79750982	132	12.3	131	85	3	2159	30	17	24	26	1.97
79749271--79749462	88	2.2	88	92	0	312	32	19	22	24	1.97
79747246--79754127	396	17.8	396	85	5	7463	30	18	24	26	1.97
79750759--79750969	44	4.8	44	70	12	173	30	18	27	24	1.98
79750871--79752092	111	11.0	111	99	0	2408	29	18	25	27	1.98
79751984--79754127	132	16.3	132	95	1	3682	30	18	23	27	1.98
79753895--79754347	220	2.1	220	86	5	646	30	18	25	25	1.98
79754031--79754204	88	2.0	88	88	0	258	33	17	24	24	1.96
79754119--79756284	132	16.4	132	89	2	3274	30	18	23	26	1.98
79754220--79756251	44	46.2	44	62	16	337	30	18	23	26	1.98
79757283--79761172	132	29.4	132	87	1	4990	31	17	23	26	1.97
79757626--79757825	44	4.5	44	65	15	117	30	17	24	27	1.97
79758813--79759156	44	7.8	45	66	16	166	29	19	26	25	1.98
79761122--79761215	43	2.2	43	92	1	154	31	18	25	24	1.97
79760866--79761479	307	2.0	307	90	2	957	30	20	23	25	1.98
79761164--79763089	132	14.6	132	84	5	2453	30	19	23	26	1.98
79760594--79761827	571	2.2	570	86	4	1752	31	19	23	25	1.98
79760990--79761347	175	2.1	175	84	3	463	30	20	23	25	1.99
79760726--79761831	439	2.5	435	85	5	1462	31	19	23	26	1.98
79761549--79761919	88	4.2	88	73	11	373	31	20	23	23	1.98
79761635--79761740	44	2.4	44	91	0	176	25	19	27	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79761503--79761831	176	1.9	176	89	3	511	31	18	24	25	1.97
79762161--79762516	44	8.1	43	68	15	210	30	17	25	26	1.98
79765599--79765634	18	2.0	18	94	0	63	38	8	27	25	1.84
79767200--79767238	20	2.0	20	85	5	53	64	0	2	33	1.08
79767173--79767224	25	2.1	24	82	10	61	65	1	1	30	1.14
79767399--79767462	29	2.2	30	91	2	103	39	3	32	25	1.71
79771930--79771974	22	2.0	22	100	0	90	37	4	26	31	1.76
79778197--79778295	37	2.8	36	77	10	105	25	15	18	41	1.89
79784221--79784282	30	2.1	29	84	3	79	27	9	20	41	1.84
79792008--79792060	18	2.9	18	80	2	61	41	45	1	11	1.51
79826044--79826077	17	2.0	17	88	0	50	52	0	5	41	1.25
79826914--79827117	41	5.0	41	88	0	291	22	26	22	28	1.99
79826918--79827117	82	2.4	83	91	3	325	22	27	22	29	1.99
79826916--79827147	41	5.7	40	77	12	222	22	26	21	28	1.99
79826918--79827147	82	2.8	81	86	6	304	22	26	21	29	1.99
79826923--79827147	123	1.8	123	86	5	330	22	26	22	28	1.99
79829493--79829575	19	4.4	19	82	0	76	19	27	26	26	1.99
79830015--79830064	24	2.1	24	92	0	82	50	16	4	30	1.63
79834612--79834636	9	2.8	9	100	0	50	60	28	0	12	1.32
79841549--79841603	22	2.6	22	83	11	62	23	5	1	69	1.19
79842175--79842215	19	2.2	20	87	12	61	60	0	0	39	0.96
79842216--79842254	18	2.0	18	85	14	51	35	2	0	61	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79842492--79842566	15	4.9	15	76	11	71	62	6	0	30	1.21
79842499--79842533	7	4.9	7	86	6	52	60	8	0	31	1.27
79842498--79842567	23	3.1	22	80	11	79	62	7	0	30	1.21
79846786--79846834	20	2.5	19	80	6	53	67	12	10	10	1.43
79846792--79846835	20	2.2	20	87	0	61	68	11	11	9	1.40
79847664--79847700	19	1.9	19	88	0	56	40	0	5	54	1.24
79852797--79852934	42	3.5	40	74	18	137	31	27	18	22	1.97
79852839--79852967	33	3.6	33	71	18	105	36	27	17	18	1.94
79852795--79852969	76	2.3	76	89	1	262	33	28	18	19	1.96
79854272--79854353	36	2.3	36	91	0	128	14	41	3	40	1.64
79854272--79854353	18	4.6	18	87	3	112	14	41	3	40	1.64
79856952--79857003	25	2.1	25	85	7	70	57	7	3	30	1.45
79858503--79858554	24	2.2	24	85	0	68	50	11	3	34	1.57
79861231--79861275	22	2.0	22	91	0	72	42	2	33	22	1.66
79863653--79863702	25	2.0	26	88	4	75	66	10	10	14	1.46
79866783--79866835	19	2.7	21	74	14	58	37	0	1	60	1.08
79867325--79867352	6	4.7	6	100	0	56	0	67	0	32	0.91
79869895--79869945	24	2.2	24	77	22	56	33	0	5	60	1.21
79870101--79870167	34	1.9	35	87	3	100	46	13	8	31	1.74
79870136--79870175	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
79878861--79879003	41	3.5	41	88	0	205	30	20	18	30	1.96
79879626--79879650	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79881956--79882160	75	2.7	75	86	0	275	30	17	21	31	1.96
79903110--79903274	76	2.2	73	78	5	177	29	8	20	41	1.82
79911998--79912235	120	2.0	120	94	0	413	23	14	19	42	1.88
79918781--79918807	9	3.0	9	100	0	54	66	0	0	33	0.92
79919669--79919695	10	2.7	10	100	0	54	22	0	22	55	1.44
79921416--79921440	12	2.1	12	100	0	50	52	8	24	16	1.70
79927491--79927546	24	2.3	25	84	12	80	16	33	0	50	1.45
79928792--79928823	13	2.4	13	94	5	55	15	21	21	40	1.91
79932284--79932355	35	2.1	35	94	0	126	40	12	23	23	1.89
79938379--79938411	14	2.4	14	94	0	57	42	6	0	51	1.26

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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