genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.175.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54361148--54361200	23	2.3	23	80	9	63	35	24	20	18	1.95
54361214--54361290	23	3.3	23	83	0	91	45	18	15	20	1.85
54365008--54365049	21	2.0	21	85	0	57	33	0	23	42	1.55
54365388--54365473	25	3.4	26	80	7	97	22	27	13	36	1.92
54365484--54365536	24	2.2	24	83	6	63	16	24	20	37	1.93
54365572--54365653	25	3.3	24	72	3	74	23	29	19	28	1.98
54365552--54365650	50	2.0	50	84	7	130	23	26	19	31	1.98
54369265--54369297	5	6.6	5	92	0	57	54	0	3	42	1.15
54373008--54373051	5	8.8	5	83	16	56	0	18	2	79	0.83
54373014--54373051	14	2.6	15	91	4	60	0	18	0	81	0.69
54374967--54375001	17	2.1	17	100	0	70	17	11	31	40	1.85
54375294--54375339	23	2.0	23	86	0	65	60	2	0	36	1.09
54378286--54378576	44	6.6	45	76	12	164	29	20	17	31	1.96
54378322--54378619	88	3.4	89	82	1	339	30	21	16	30	1.96
54378312--54378619	132	2.3	131	82	3	332	30	21	16	31	1.95
54378329--54378621	44	6.6	44	79	4	232	30	21	17	31	1.96
54386664--54386710	19	2.3	21	79	17	55	46	6	19	27	1.74
54390890--54391701	428	1.9	428	99	0	1606	33	22	11	32	1.90
54398740--54398963	104	2.2	104	93	1	378	31	31	19	17	1.95
54399292--54399355	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
54399299--54399355	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
54406684--54406731	21	2.2	21	81	3	60	8	0	12	79	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54406951--54406993	6	6.7	6	80	15	50	34	30	0	34	1.58
54412964--54413015	22	2.4	22	87	3	70	42	7	25	25	1.81
54413310--54413435	65	1.9	65	84	6	166	62	1	26	8	1.33
54414434--54414545	44	2.5	44	86	0	170	41	12	16	29	1.86
54427259--54427328	3	24.0	3	78	5	72	65	1	4	28	1.20
54432131--54432175	18	2.5	18	88	0	63	37	11	13	37	1.80
54432398--54432445	18	2.5	20	77	22	57	14	10	45	29	1.78
54432407--54432451	18	2.5	18	89	7	65	13	13	46	26	1.80
54438233--54438274	17	2.6	16	78	17	50	57	7	2	33	1.39
54438725--54438761	9	4.1	9	89	0	56	29	8	13	48	1.71
54440312--54440510	104	1.9	104	91	0	326	32	14	11	41	1.82
54448672--54448708	2	18.5	2	100	0	74	0	48	0	51	1.00
54452944--54453025	31	2.7	29	71	15	76	47	6	0	46	1.27
54454099--54454137	14	2.8	14	100	0	78	41	12	0	46	1.42
54454410--54454474	22	2.9	23	73	13	64	49	1	4	44	1.32
54455964--54456035	36	2.0	36	100	0	144	36	11	22	30	1.89
54461681--54461746	32	2.0	33	97	2	125	34	12	12	40	1.80
54464279--54464329	26	2.0	25	81	11	59	47	11	7	33	1.69
54467355--54467398	18	2.4	18	96	0	79	20	36	20	22	1.95
54471528--54471616	45	2.0	46	91	6	148	26	23	17	31	1.97
54471571--54471787	36	6.0	36	91	4	357	28	19	14	37	1.91
54474461--54474511	20	2.4	21	81	15	61	50	1	1	45	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54474461--54474513	21	2.5	21	82	14	65	49	1	1	47	1.23
54486955--54487070	51	2.3	51	80	7	121	56	6	6	31	1.48
54487814--54487870	21	2.7	21	94	0	96	35	12	12	40	1.80
54492009--54492049	22	1.9	22	85	5	57	19	9	2	68	1.29
54494204--54494409	103	2.0	103	96	0	376	28	19	24	28	1.98
54503978--54504611	44	14.6	43	73	14	367	28	20	23	27	1.99
54504071--54504186	43	2.7	43	82	4	135	29	18	23	28	1.98
54504196--54504569	89	4.3	88	74	11	288	28	20	23	27	1.99
54503978--54504692	217	3.3	216	88	3	1050	28	20	23	27	1.99
54504238--54504567	173	1.9	173	81	8	395	28	20	23	27	1.99
54506465--54506505	22	1.9	22	85	5	57	19	9	2	68	1.29
54507542--54507634	42	2.2	43	82	3	109	34	5	10	49	1.60
54507638--54507705	33	2.1	33	86	5	93	26	8	16	48	1.75
54507672--54507760	42	2.1	43	85	2	117	33	10	10	46	1.71
54513355--54513398	18	2.5	17	82	17	54	63	0	4	31	1.14
54517701--54517738	19	2.1	18	95	5	67	63	0	0	36	0.95
54517696--54517738	13	3.1	14	87	12	63	62	0	0	37	0.95
54520017--54520055	20	1.9	20	89	5	60	56	0	5	38	1.22
54520556--54520596	10	4.0	10	82	17	57	70	0	0	29	0.87
54520561--54520601	7	5.9	7	100	0	82	70	0	0	29	0.87
54521997--54522119	9	13.6	9	70	15	76	61	2	5	30	1.32
54521997--54522119	28	4.5	27	73	12	92	61	2	5	30	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54522059--54522126	9	7.4	9	73	14	50	61	1	8	27	1.34
54522079--54522119	19	2.2	19	91	4	66	68	0	4	26	1.10
54522121--54522166	22	2.0	23	95	4	85	30	2	0	67	1.03
54523046--54523113	29	2.3	29	94	0	118	45	2	19	32	1.65
54526614--54526654	17	2.4	17	87	4	55	63	0	14	21	1.30
54526665--54526706	11	3.8	11	75	12	50	30	0	28	40	1.57
54526651--54526718	22	3.2	22	75	19	72	38	0	25	36	1.56
54527195--54527247	27	1.9	28	85	11	74	37	16	3	41	1.67
54527537--54527578	23	1.9	21	85	9	57	45	0	0	54	0.99
54527644--54527725	30	3.2	25	79	17	71	48	3	0	47	1.19
54527658--54527708	16	3.3	16	74	20	63	50	1	0	47	1.12
54527648--54527708	30	2.0	30	100	0	122	50	3	0	45	1.17
54527653--54527700	14	3.3	14	73	21	53	47	2	0	50	1.12
54530383--54530410	5	5.6	5	100	0	56	82	0	17	0	0.68
54535488--54535530	17	2.3	18	80	15	52	51	13	0	34	1.42
54541880--54541919	3	13.3	3	100	0	80	0	32	0	67	0.91
54545324--54545371	25	1.9	25	82	0	60	20	6	0	72	1.05
54548229--54548452	94	2.4	94	78	1	234	23	25	31	20	1.98
54551876--54551939	25	2.4	27	80	19	82	39	1	1	57	1.17
54551922--54551970	25	2.0	24	88	8	71	34	2	8	55	1.41
54564411--54564878	44	10.7	44	70	12	220	27	19	25	27	1.98
54564456--54564744	129	2.2	129	91	1	463	26	18	25	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54564456--54564782	129	2.5	129	84	4	428	26	18	25	29	1.98
54564931--54565082	44	3.4	45	77	4	130	30	20	24	24	1.98
54566640--54566703	25	2.4	27	80	19	82	39	1	1	57	1.17
54566686--54566745	30	2.1	27	82	14	68	38	3	6	51	1.45
54568207--54568385	29	6.2	29	83	6	211	22	21	11	44	1.85
54568207--54568385	86	2.1	87	87	5	256	22	21	11	44	1.85
54571660--54571685	12	2.2	12	100	0	52	53	7	0	38	1.30
54571852--54571898	19	2.5	19	76	13	53	29	0	14	55	1.40
54572113--54572150	20	2.0	20	85	10	53	39	0	0	60	0.97
54572294--54572322	13	2.1	14	93	6	51	51	0	0	48	1.00
54573309--54573358	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
54577948--54577997	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
54580512--54580574	23	2.8	22	81	11	65	60	3	1	34	1.22
54580512--54580557	24	2.0	23	87	12	67	58	4	2	34	1.30
54580823--54580864	21	2.0	21	90	9	68	52	7	11	28	1.64
54585378--54585430	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
54596435--54596478	20	2.1	22	91	8	74	29	0	4	65	1.12
54597934--54598119	73	2.5	73	99	0	363	27	6	24	40	1.80
54613162--54613207	22	2.1	22	83	0	56	32	13	32	21	1.92
54615336--54615397	31	2.0	31	90	6	99	38	27	4	29	1.77
54619559--54619599	20	2.0	20	100	0	82	14	14	4	65	1.42
54620714--54620739	12	2.2	12	100	0	52	15	23	0	61	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54622801--54622835	9	3.9	9	92	0	61	37	20	31	11	1.88
54623067--54623112	18	2.6	18	92	0	74	34	6	41	17	1.75
54623067--54623112	9	5.1	9	86	0	65	34	6	41	17	1.75
54622752--54623265	277	1.9	269	93	4	877	29	8	18	42	1.79
54623277--54623308	11	2.8	11	95	4	55	18	9	31	40	1.83
54624138--54624171	17	2.0	18	88	11	54	47	0	11	41	1.40
54632112--54632155	22	2.0	21	83	12	54	40	0	0	59	0.98
54638304--54638337	18	1.9	17	94	5	59	32	29	8	29	1.87
54643512--54643557	19	2.4	19	85	7	67	43	8	4	43	1.55
54643676--54643715	19	2.1	19	85	4	53	57	0	27	15	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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