genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.269.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82159827--82159922	11	9.4	11	70	23	68	60	0	3	36	1.13
82159819--82159942	31	3.8	31	69	24	101	61	0	3	35	1.12
82159804--82159900	38	2.5	39	93	5	160	62	0	2	35	1.07
82159877--82159953	20	4.3	20	63	27	64	62	0	2	35	1.09
82159858--82159942	31	2.8	31	98	1	163	60	0	3	36	1.14
82159810--82159961	69	2.2	68	82	6	191	63	0	2	34	1.09
82159908--82159961	20	2.9	18	84	10	72	64	0	1	33	1.04
82159839--82159960	31	4.1	30	85	6	126	63	0	2	34	1.08
82165678--82165708	9	3.4	9	100	0	62	32	0	0	67	0.91
82170308--82170506	108	1.9	106	81	8	242	23	18	10	47	1.80
82171396--82171785	46	8.5	46	90	0	618	24	15	26	33	1.95
82171794--82172068	132	2.1	132	84	1	363	30	21	25	22	1.99
82177424--82177476	26	2.0	26	100	0	106	26	45	7	20	1.78
82178364--82178424	9	6.6	9	87	12	88	24	8	29	37	1.84
82186090--82186298	69	3.0	69	87	1	285	44	23	6	24	1.77
82186090--82186338	69	3.6	68	83	3	277	43	24	6	24	1.78
82186090--82186338	138	1.8	138	82	5	324	43	24	6	24	1.78
82193221--82193254	17	1.9	18	88	5	52	35	23	0	41	1.55
82193686--82193719	18	1.9	18	88	5	52	2	20	11	64	1.39
82193859--82193928	28	2.3	32	80	14	94	50	5	1	42	1.35
82198372--82198417	18	2.6	18	96	0	83	39	23	26	10	1.88
82205118--82205144	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82205205--82205255	16	3.1	16	72	13	50	33	1	5	58	1.33
82205271--82205306	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
82206745--82206806	26	2.4	26	97	0	115	35	16	27	20	1.94
82207740--82207835	10	9.7	10	69	18	67	60	0	4	35	1.16
82207736--82207778	18	2.2	20	84	8	63	60	0	0	39	0.97
82207738--82207797	30	1.9	32	90	6	97	58	0	3	38	1.15
82207795--82207857	32	2.0	33	81	12	78	63	0	4	31	1.15
82214981--82215060	32	2.5	32	89	2	108	17	15	15	52	1.75
82214999--82215062	32	2.0	32	100	0	128	18	12	15	53	1.73
82224310--82224351	16	2.7	15	79	13	50	26	23	9	40	1.85
82228288--82228349	31	2.0	31	87	3	90	17	16	25	40	1.90
82232829--82232890	31	2.0	31	90	3	99	17	14	27	40	1.89
82244119--82244190	36	2.0	36	91	0	117	25	0	47	27	1.52
82249581--82249609	6	4.8	6	100	0	58	34	0	0	65	0.93
82249711--82249799	40	2.3	39	88	5	126	38	2	5	53	1.37
82253837--82253890	27	2.0	27	89	7	83	24	35	16	24	1.95
82256851--82256914	19	3.3	19	85	8	92	39	7	14	39	1.74
82256852--82256927	21	3.7	21	89	3	111	40	9	11	38	1.74
82257127--82257165	19	2.0	21	85	10	55	15	10	5	69	1.34
82257387--82257426	3	13.3	3	84	10	55	32	0	0	67	0.91
82257371--82257425	15	3.7	15	74	16	53	30	0	1	67	1.01
82257373--82257424	12	4.1	12	80	14	52	28	0	1	69	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82257685--82257800	51	2.3	52	80	7	132	31	6	6	56	1.48
82261783--82261824	15	2.9	15	86	6	61	83	0	16	0	0.65
82261786--82261823	19	2.0	20	89	5	60	81	0	18	0	0.69
82263082--82263661	131	4.5	132	88	3	872	30	21	23	25	1.99
82263648--82264023	44	8.7	43	74	9	232	27	21	23	27	1.99
82263645--82264107	44	10.7	43	72	11	198	28	21	23	27	1.99
82263637--82264117	216	2.2	217	89	1	718	28	20	23	27	1.99
82271603--82271832	99	2.4	96	83	4	289	27	21	22	28	1.99
82275912--82275947	18	1.9	19	88	5	56	38	0	0	61	0.96
82282039--82282088	3	17.0	3	83	4	66	62	2	4	32	1.25
82283765--82283827	5	12.8	5	89	3	101	42	0	0	57	0.99
82289653--82289715	5	12.8	5	89	3	101	57	0	0	42	0.99
82301693--82301735	20	2.2	19	83	4	50	39	4	9	46	1.57
82305042--82305195	42	3.7	40	78	13	152	35	1	0	61	1.12
82305046--82305195	80	1.9	82	85	2	214	36	2	0	60	1.13
82305133--82305202	33	2.2	32	84	2	86	34	0	1	64	1.03
82305050--82305162	11	11.2	11	67	21	52	39	2	0	57	1.13
82306535--82306681	60	2.5	60	83	3	181	22	12	27	38	1.90
82318819--82318867	22	2.2	23	88	3	73	59	4	4	32	1.35
82322441--82322491	13	3.5	15	78	13	61	47	1	0	50	1.12
82322438--82322497	28	2.1	29	87	9	88	46	1	0	51	1.10
82322507--82322548	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82322511--82322547	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
82322580--82322636	15	3.5	15	71	17	51	49	3	1	45	1.29
82326917--82326941	8	3.1	8	100	0	50	88	0	0	12	0.53
82326998--82327050	18	2.9	18	76	15	56	58	3	1	35	1.27
82328454--82328508	19	2.9	19	77	0	65	60	0	0	40	0.97
82335716--82335769	15	3.5	15	72	5	54	55	3	1	38	1.28
82348553--82348780	48	4.7	46	72	10	145	25	22	17	35	1.95
82348561--82348780	97	2.3	95	79	8	214	25	23	16	35	1.95
82361525--82361627	42	2.4	44	82	6	131	27	14	23	34	1.94
82363891--82363923	9	3.7	9	95	0	57	33	6	3	57	1.38
82368767--82368791	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
82369216--82369250	18	2.0	17	88	5	52	31	0	2	65	1.07
82369419--82372333	989	2.9	989	99	0	5794	29	19	17	33	1.95
82379721--82379751	16	1.9	16	93	0	53	29	0	0	70	0.87
82380143--82380198	14	3.9	14	77	20	53	64	0	1	33	1.04
82384076--82384114	5	7.6	5	82	5	51	38	0	17	43	1.50
82384705--82384766	24	2.6	24	82	10	81	19	22	17	40	1.91
82391825--82391863	5	7.6	5	82	5	51	41	0	17	41	1.50
82392396--82392443	23	2.1	23	84	0	60	18	27	20	33	1.96
82396001--82396246	125	2.0	125	99	0	483	28	14	21	34	1.93
82399724--82399762	5	7.6	5	82	5	51	41	0	17	41	1.50
82400295--82400342	23	2.1	23	84	0	60	18	27	20	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82400941--82401180	120	2.0	120	99	0	471	30	10	20	38	1.86
82403242--82403292	11	4.7	11	76	13	61	60	0	0	39	0.97
82405515--82405680	90	1.9	88	80	12	198	38	13	7	40	1.73
82405816--82405868	9	6.0	9	80	12	56	67	1	3	26	1.17
82405906--82405971	20	3.2	20	75	16	55	63	1	6	28	1.27
82406211--82406249	20	2.0	20	90	10	62	25	2	5	66	1.25
82406212--82406255	20	2.2	20	84	8	54	27	2	4	65	1.23
82406241--82406307	33	2.0	33	83	11	84	34	2	1	61	1.20
82406264--82406324	26	2.3	27	86	8	81	36	3	1	59	1.24
82406477--82406677	91	2.2	93	83	4	241	37	8	18	35	1.82
82407042--82407072	6	5.2	6	100	0	62	19	0	0	80	0.71
82407166--82407199	13	2.6	13	90	0	50	32	0	0	67	0.91
82407205--82407238	13	2.5	14	85	9	52	61	0	0	38	0.96
82407265--82407299	15	2.3	15	90	0	52	54	0	2	42	1.15
82407655--82407708	25	2.0	28	86	10	78	48	5	5	40	1.50
82408124--82408162	14	2.8	14	80	0	51	38	10	2	48	1.51
82412744--82412817	9	8.2	9	76	8	71	39	24	9	27	1.86
82412748--82412817	18	3.9	18	77	7	79	38	25	10	25	1.87
82412744--82412817	27	2.7	27	79	8	87	39	24	9	27	1.86
82422553--82423646	233	4.6	234	78	12	962	37	11	7	43	1.69
82423511--82423553	13	3.1	14	87	9	54	32	2	4	60	1.30
82422784--82423646	476	1.8	479	84	6	1194	37	10	7	44	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82427660--82427701	19	2.1	20	91	8	68	40	0	0	59	0.97
82429012--82429077	31	2.1	31	86	5	89	39	7	13	39	1.73
82430957--82431017	10	6.1	10	74	12	54	32	13	24	29	1.93
82430958--82431018	20	3.0	20	83	9	79	32	13	26	27	1.93
82434421--82434457	12	3.1	12	84	0	56	32	21	24	21	1.98
82443005--82443032	12	2.3	12	100	0	56	46	0	17	35	1.49
82443214--82443254	16	2.7	16	85	7	59	41	0	12	46	1.41
82446951--82447062	37	3.0	37	94	0	188	46	12	7	33	1.69
82446960--82447020	17	3.4	17	68	12	50	52	13	3	31	1.56
82446967--82447066	20	5.3	20	61	13	59	49	11	7	33	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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