genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.251.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77205278--77205334	25	2.2	24	82	14	69	45	3	3	47	1.37
77206130--77206178	3	16.3	3	86	0	71	61	2	4	32	1.26
77206245--77206484	3	80.7	3	66	15	52	62	5	7	25	1.43
77206276--77206329	23	2.3	23	83	0	72	57	3	7	31	1.44
77207617--77207685	35	2.0	35	97	0	129	20	10	50	18	1.75
77208604--77208650	20	2.3	21	78	10	53	61	23	4	10	1.46
77209049--77209075	2	13.5	2	100	0	54	51	48	0	0	1.00
77209652--77209732	3	27.7	3	75	14	71	27	3	2	66	1.21
77209640--77209698	20	3.1	18	70	27	50	23	6	1	67	1.24
77209648--77209733	22	4.2	20	75	14	63	26	3	2	67	1.19
77209694--77209730	19	1.9	19	94	0	65	29	0	5	64	1.15
77210059--77210111	26	2.0	26	82	7	63	20	1	7	69	1.22
77210236--77210550	110	2.9	110	87	0	427	31	14	19	34	1.92
77213287--77213387	43	2.4	42	80	12	125	27	16	14	40	1.88
77219176--77219222	19	2.4	19	82	3	58	44	8	0	46	1.33
77223067--77223143	40	1.9	40	100	0	154	42	10	9	37	1.71
77224806--77224875	27	2.6	27	80	8	79	25	2	21	50	1.63
77224844--77224911	35	2.0	33	86	13	95	27	2	19	50	1.62
77225824--77225865	14	3.0	14	82	0	57	42	16	9	30	1.80
77225789--77225855	34	1.9	35	87	3	100	44	13	10	31	1.77
77230218--77230264	25	1.9	25	87	12	71	53	4	4	38	1.40
77231031--77231086	26	2.1	27	90	6	87	33	3	10	51	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77231008--77231086	14	5.6	14	74	14	72	35	3	11	49	1.57
77231678--77231736	23	2.4	26	76	18	72	45	1	8	44	1.44
77232068--77232243	9	18.9	9	66	21	69	67	1	4	26	1.19
77232174--77232218	19	2.4	19	88	0	63	66	4	2	26	1.22
77236212--77236252	22	1.9	21	85	5	55	51	2	2	43	1.28
77241462--77241503	3	14.0	3	100	0	84	66	0	33	0	0.92
77243307--77243353	20	2.1	24	81	14	57	46	0	2	51	1.13
77245243--77245284	16	2.6	16	80	0	57	14	0	26	59	1.35
77245909--77246230	96	3.4	96	81	10	394	38	17	1	42	1.59
77245940--77246216	92	3.0	92	85	7	373	38	17	1	42	1.58
77245909--77246278	188	2.0	188	79	6	401	40	19	1	38	1.60
77248422--77249050	314	2.0	314	94	0	1116	35	10	17	36	1.85
77257225--77257282	26	2.2	26	81	6	64	17	20	24	37	1.93
77257335--77257475	24	5.8	25	72	9	103	21	23	19	36	1.95
77258800--77258855	24	2.3	24	81	0	67	19	19	17	42	1.89
77270155--77270196	21	2.0	21	81	9	50	45	2	11	40	1.54
77270697--77270751	25	2.3	23	78	12	58	21	23	20	34	1.97
77273245--77273296	27	2.0	25	85	7	68	30	23	11	34	1.90
77277359--77278328	138	7.0	138	99	0	1904	25	16	23	34	1.95
77280524--77280562	19	1.9	19	90	10	60	76	0	20	2	0.90
77284104--77284172	23	3.2	22	78	17	74	57	1	4	36	1.27
77284146--77284180	10	3.4	10	88	7	52	68	0	2	28	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77284092--77284180	21	4.2	21	70	16	67	59	1	3	35	1.21
77284279--77284315	16	2.4	15	86	4	56	43	24	5	27	1.76
77284637--77284701	19	3.4	18	77	12	67	32	1	1	64	1.12
77284692--77284758	19	3.6	19	76	8	66	38	1	1	58	1.17
77285159--77285224	13	5.5	13	73	12	52	36	6	3	54	1.41
77286719--77286801	34	2.4	34	78	7	89	46	13	9	30	1.75
77286751--77286830	34	2.3	34	85	6	99	45	12	10	32	1.75
77290854--77291000	28	5.2	28	99	0	285	32	10	6	49	1.64
77290874--77290981	17	7.4	17	61	33	63	32	9	7	50	1.62
77291200--77291229	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
77292369--77292435	35	1.9	35	84	3	91	40	16	13	29	1.87
77293769--77293814	3	15.3	3	100	0	92	32	0	0	67	0.91
77294674--77294736	20	3.2	19	80	13	65	47	0	3	49	1.17
77294997--77295057	3	20.3	3	89	0	95	60	0	1	37	1.07
77298218--77298275	23	2.8	20	80	17	57	56	3	0	39	1.16
77299889--77299939	21	2.5	21	90	3	86	56	13	11	17	1.66
77303737--77303800	23	2.8	22	74	6	65	42	0	0	57	0.98
77303996--77304029	11	2.9	11	91	8	50	50	0	2	47	1.16
77304751--77304794	23	1.9	24	86	9	65	68	2	0	29	1.02
77305546--77305658	29	3.9	29	71	5	86	52	15	14	18	1.75
77305545--77305689	58	2.5	58	78	5	159	51	15	14	19	1.77
77305642--77305711	31	2.3	31	97	0	131	48	12	14	24	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77306790--77306897	57	1.9	56	92	1	162	29	13	19	37	1.91
77310932--77310995	10	6.4	10	77	0	56	40	18	6	34	1.76
77314546--77314602	28	2.0	28	96	0	105	40	17	10	31	1.84
77316170--77316219	21	2.4	21	93	0	82	8	22	0	70	1.13
77317947--77317983	17	2.1	18	90	5	58	21	29	35	13	1.92
77325741--77325778	19	1.9	20	84	10	51	28	15	2	52	1.56
77329459--77329511	21	2.6	19	77	13	61	41	15	13	30	1.85
77329933--77330027	27	3.5	27	82	0	109	46	10	21	22	1.81
77333106--77333179	27	2.7	27	82	0	94	29	16	25	28	1.97
77333310--77333425	27	4.3	27	78	0	106	39	8	25	25	1.84
77334558--77334623	32	2.0	34	88	11	102	12	33	25	28	1.92
77338111--77338152	17	2.4	18	88	4	59	85	2	4	7	0.80
77338103--77338152	18	2.8	17	82	11	64	86	4	4	6	0.80
77338594--77338626	7	4.7	7	96	0	57	78	0	12	9	0.95
77338954--77339247	98	2.9	100	78	14	343	26	15	9	47	1.77
77338964--77339115	49	3.1	49	66	19	127	28	14	7	49	1.71
77340118--77340256	46	3.0	46	87	2	208	28	15	24	32	1.95
77340241--77340272	16	2.0	16	93	0	55	34	18	34	12	1.89
77340195--77340318	62	2.0	62	90	3	196	31	16	25	25	1.97
77340257--77341453	46	26.1	46	89	2	1789	25	15	26	32	1.95
77343478--77343531	21	2.7	19	77	11	56	40	1	0	57	1.09
77343478--77343538	9	6.3	9	76	10	50	42	1	0	55	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77343668--77343711	18	2.5	18	88	3	63	15	4	6	72	1.22
77345068--77345465	51	7.8	51	80	3	478	24	16	28	30	1.97
77345066--77345457	102	3.8	102	98	0	757	24	16	28	30	1.97
77345379--77345459	26	3.2	26	61	22	62	24	14	28	32	1.95
77348873--77348910	12	3.2	12	96	3	69	13	7	31	47	1.71
77348963--77349040	39	2.0	40	85	7	106	34	20	20	24	1.96
77349249--77349311	25	2.6	25	89	2	92	15	39	20	23	1.91
77352933--77353402	114	4.1	114	92	0	692	34	18	21	25	1.96
77359522--77359565	21	2.1	21	100	0	88	38	9	13	38	1.77
77359521--77359576	21	2.8	19	87	10	85	37	8	16	37	1.80
77359555--77359599	23	2.0	23	86	4	65	40	2	17	40	1.62
77359565--77359609	23	2.0	23	82	4	56	35	2	15	46	1.58
77359773--77359811	19	2.0	21	85	10	55	15	10	5	69	1.34
77360033--77360075	3	14.3	3	90	9	70	34	0	0	65	0.93
77366470--77366502	16	2.0	16	94	5	57	81	0	0	18	0.68
77366633--77367121	88	5.6	88	86	0	620	28	27	23	20	1.99
77367121--77367496	44	8.7	44	83	6	455	27	18	25	28	1.98
77367121--77367450	170	1.9	170	88	3	495	27	17	25	29	1.97
77367122--77367503	126	2.9	129	87	5	520	28	17	25	28	1.98
77368338--77368412	19	3.8	19	91	6	123	37	9	16	37	1.80
77368339--77368401	21	3.1	21	95	4	112	38	9	14	38	1.78
77371564--77371601	9	4.3	9	90	6	60	31	23	10	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77371564--77371601	17	2.2	18	90	4	60	31	23	10	34	1.89
77377643--77377671	15	1.9	15	100	0	58	37	0	6	55	1.27
77381346--77381393	17	2.8	17	93	0	78	41	6	2	50	1.39
77385866--77385908	20	2.2	20	83	4	61	34	2	2	60	1.22
77385903--77386018	60	1.9	60	86	6	164	40	6	15	37	1.72
77386476--77386533	20	2.9	19	77	10	62	37	1	0	60	1.07
77395292--77395803	107	4.8	107	93	0	825	31	18	19	30	1.96
77398430--77399011	44	13.3	45	75	7	518	30	26	15	26	1.96
77398715--77398876	85	1.9	85	90	0	261	33	28	14	24	1.94
77398421--77399008	217	2.7	217	95	0	1059	30	26	15	26	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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