genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.47.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15724366--15724474	26	4.3	26	90	6	156	28	19	22	29	1.98
15724685--15724775	38	2.7	31	70	22	85	37	17	21	23	1.94
15725659--15725735	27	2.9	27	88	3	102	27	19	18	35	1.95
15725660--15725745	27	3.2	27	85	3	93	27	16	17	38	1.91
15725700--15726227	27	19.7	27	84	3	575	31	10	19	38	1.86
15725764--15726228	80	5.8	80	87	2	605	32	10	19	37	1.87
15729141--15729374	49	4.7	49	80	5	281	29	26	17	26	1.98
15729141--15729381	100	2.4	99	84	4	315	29	26	18	25	1.98
15731634--15731661	11	2.5	11	100	0	56	53	17	0	28	1.44
15732168--15732447	81	3.5	82	87	5	376	30	10	20	39	1.85
15732166--15732447	27	10.5	27	84	6	326	30	9	20	39	1.85
15736511--15736603	19	4.9	19	76	13	77	65	2	1	31	1.11
15736443--15736682	10	24.8	9	67	18	92	60	3	2	33	1.30
15736778--15736918	10	14.3	10	73	8	92	32	0	4	62	1.20
15736750--15736836	29	3.0	29	75	8	70	35	1	4	58	1.26
15737152--15737203	16	3.2	16	94	0	86	28	0	36	34	1.58
15737184--15737278	45	2.1	44	86	5	129	34	5	26	33	1.79
15737434--15737469	9	4.3	9	80	20	51	52	0	0	47	1.00
15737405--15737469	24	2.6	25	82	7	78	50	3	0	46	1.17
15737600--15737760	47	3.6	46	69	18	140	48	3	3	45	1.34
15746525--15746623	38	2.6	38	83	0	117	36	2	11	50	1.49
15748890--15748923	15	2.2	16	89	5	52	47	11	14	26	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15753615--15753748	56	2.4	56	91	0	214	26	12	25	35	1.92
15758744--15758803	28	2.2	26	77	11	66	26	26	11	35	1.91
15758758--15758829	28	2.6	28	88	0	99	29	27	12	30	1.93
15763934--15764254	80	4.0	80	99	0	624	26	14	11	47	1.77
15772025--15772217	98	2.0	98	90	2	307	23	32	21	22	1.98
15773724--15773832	42	2.6	42	81	7	123	30	26	18	24	1.98
15774439--15774480	16	2.6	16	92	0	66	35	21	0	42	1.53
15778822--15778999	27	6.6	26	80	6	169	26	16	28	28	1.97
15778823--15778978	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
15778819--15778999	82	2.2	81	82	2	220	26	16	28	28	1.97
15787362--15787403	22	1.9	22	85	0	57	50	14	4	30	1.63
15787362--15787414	22	2.5	21	79	11	56	45	16	7	30	1.75
15791458--15791630	46	3.7	46	77	10	190	21	21	27	29	1.98
15791455--15791626	93	1.8	93	92	0	290	21	21	28	28	1.99
15796462--15796637	46	3.8	46	77	11	189	21	19	27	31	1.97
15796459--15796630	93	1.8	93	91	2	283	21	19	27	30	1.98
15799610--15799793	92	2.0	92	100	0	368	33	7	25	33	1.84
15804578--15804749	86	2.0	86	96	0	317	33	9	21	36	1.85
15805797--15805866	27	2.6	26	84	8	86	42	21	7	28	1.79
15805871--15805959	27	3.3	27	91	0	151	31	24	6	37	1.82
15805884--15806050	27	6.2	27	82	1	138	36	25	7	31	1.83
15805871--15806023	54	2.8	54	82	3	164	36	24	6	32	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15805940--15806079	27	5.1	27	80	4	129	38	25	7	28	1.83
15805938--15806050	54	2.1	54	86	0	154	40	24	7	27	1.81
15806062--15806203	27	5.3	27	87	2	187	35	18	20	26	1.95
15806008--15806204	81	2.4	82	79	5	206	36	19	17	27	1.94
15806062--15806203	54	2.6	54	91	2	214	35	18	20	26	1.95
15806586--15806667	6	13.3	6	73	19	71	19	18	14	47	1.82
15806589--15806659	25	2.8	25	83	12	85	19	19	14	46	1.84
15806586--15806658	31	2.4	31	88	0	110	19	19	13	47	1.82
15808617--15808867	27	9.6	27	72	7	115	39	20	7	31	1.81
15808756--15808867	54	2.1	54	84	3	145	41	22	7	28	1.80
15808869--15808923	27	2.0	27	92	0	92	32	23	5	38	1.78
15808875--15809013	27	5.1	27	78	3	118	39	22	7	30	1.81
15808723--15809015	146	2.0	146	98	0	568	37	22	6	32	1.80
15808902--15809013	54	2.1	54	84	3	145	41	22	7	28	1.80
15808750--15808986	119	2.0	119	82	1	287	39	22	6	31	1.79
15808969--15809041	27	2.7	26	83	6	83	41	20	8	30	1.81
15808916--15809044	54	2.4	54	81	2	143	41	20	8	29	1.82
15809026--15809167	27	5.3	27	88	3	178	35	18	19	26	1.95
15809550--15809637	6	14.3	6	73	17	74	18	17	15	48	1.81
15809550--15809628	31	2.5	31	91	0	122	17	17	15	49	1.80
15809550--15809637	19	4.8	18	72	18	74	18	17	15	48	1.81
15816716--15816880	24	6.8	24	86	4	215	29	20	21	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15816736--15816880	74	2.0	74	91	0	236	30	18	20	30	1.97
15816911--15816977	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
15816911--15816966	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
15817113--15817179	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
15817113--15817168	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
15832932--15832981	25	2.0	25	100	0	100	44	12	32	12	1.78
15840934--15841111	40	4.5	40	91	3	263	25	28	22	23	1.99
15845873--15846041	48	3.6	46	79	9	180	29	19	26	24	1.98
15846713--15846750	18	2.1	18	90	0	58	26	5	26	42	1.76
15851525--15851672	40	3.5	42	76	12	144	26	15	27	31	1.96
15854264--15854350	24	3.6	24	75	3	93	24	16	33	26	1.95
15859201--15859531	27	12.3	27	83	2	414	27	22	9	41	1.84
15859543--15859731	27	7.0	27	86	0	243	34	20	20	24	1.96
15859929--15860012	27	3.2	26	86	5	96	20	21	20	38	1.94
15860103--15860158	22	2.5	22	82	0	67	19	25	21	33	1.97
15860323--15860396	27	2.8	27	83	6	80	17	22	21	37	1.94
15860514--15860633	6	19.8	6	70	20	81	21	15	14	48	1.81
15860520--15860568	19	2.7	18	87	9	64	22	16	14	46	1.82
15860539--15860633	30	3.2	30	93	3	165	22	14	13	49	1.78
15860514--15860633	24	4.7	25	73	16	102	21	15	14	48	1.81
15863211--15863285	38	2.0	38	97	0	141	37	24	12	26	1.90
15872606--15873026	36	11.7	36	100	0	842	36	13	11	39	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15879279--15879457	40	4.5	39	80	8	175	24	22	28	24	1.99
15879334--15879496	79	2.1	79	80	6	179	25	19	28	25	1.99
15910688--15910975	144	2.0	144	98	0	558	32	23	11	31	1.91
15911550--15911733	79	2.3	81	82	11	222	25	27	22	25	2.00
15911550--15911733	40	4.6	41	83	12	199	25	27	22	25	2.00
15922687--15922800	57	2.0	57	96	0	210	25	22	26	25	2.00
15923182--15923446	40	6.7	40	89	4	358	26	27	21	24	2.00
15923182--15923446	119	2.2	121	86	4	369	26	27	21	24	2.00
15923495--15923540	23	2.0	23	91	0	74	28	15	15	41	1.87
15924420--15924557	69	2.0	69	98	0	267	34	29	5	30	1.81
15926368--15926549	91	2.0	91	97	0	346	32	19	18	29	1.96
15931713--15931804	27	3.4	27	84	0	103	35	18	19	26	1.95
15932457--15932508	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
15943394--15943899	44	11.5	44	88	0	726	25	30	15	28	1.96
15947041--15947216	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
15947038--15947209	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
15954538--15954713	46	3.8	46	79	14	209	20	20	29	29	1.98
15954535--15954706	93	1.8	93	95	2	310	20	20	29	28	1.98
15967120--15967151	13	2.5	13	100	0	64	46	0	37	15	1.46
15980626--15980749	48	2.6	50	81	13	152	25	20	32	20	1.98
15986052--15986100	13	3.9	13	76	23	52	30	28	20	20	1.98
15986028--15986148	61	2.0	61	96	0	224	27	28	19	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15989487--15989628	42	3.3	41	80	8	115	23	16	25	33	1.96
15989487--15989629	43	3.3	42	80	9	137	23	17	25	33	1.96
15989531--15989629	42	2.3	43	84	5	139	25	15	24	35	1.94
15989531--15989648	43	2.8	42	81	3	139	24	15	25	34	1.94
15999464--15999558	27	3.4	28	89	2	129	26	12	28	32	1.93
15999489--15999571	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
16001405--16001430	12	2.2	12	100	0	52	15	15	15	53	1.73
16011897--16011978	23	3.7	22	72	25	75	30	3	1	64	1.18
16011958--16012025	32	2.2	31	86	2	91	30	4	0	64	1.13
16011939--16012001	23	2.7	23	76	11	65	33	1	0	65	1.03

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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