genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.133.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43044561--43044591	15	2.1	15	93	0	53	19	0	45	35	1.51
43044575--43044632	21	2.7	22	76	15	66	25	0	37	36	1.57
43044593--43044641	22	2.3	21	82	10	55	28	0	36	34	1.58
43044809--43044869	15	4.1	15	74	16	56	26	0	34	37	1.57
43045171--43046578	291	4.9	292	92	2	2263	42	13	17	25	1.86
43045171--43046578	147	9.7	146	92	3	2236	42	13	17	25	1.86
43046493--43046676	98	1.9	97	89	1	287	42	11	16	29	1.83
43046346--43046822	244	2.0	244	92	0	792	43	12	17	27	1.85
43046590--43046950	146	2.5	142	86	4	508	45	11	16	27	1.81
43049902--43050201	23	13.3	23	72	17	182	30	7	23	39	1.81
43049911--43050141	91	2.6	89	92	4	369	30	6	23	39	1.79
43051096--43051194	42	2.3	43	89	1	146	24	19	33	23	1.97
43070388--43070512	62	2.0	62	100	0	250	34	16	16	33	1.90
43080201--43080252	25	2.1	25	100	0	104	30	19	15	34	1.93
43083643--43083976	105	3.2	101	83	9	444	43	12	16	27	1.84
43083791--43084165	188	2.0	189	90	5	591	45	13	14	26	1.81
43084006--43084209	107	1.9	108	90	3	331	44	14	15	25	1.84
43084215--43084442	105	2.2	103	87	7	316	29	16	14	39	1.88
43084390--43084501	59	1.9	59	98	0	215	35	8	8	47	1.64
43089845--43089907	29	2.2	28	78	13	65	49	3	11	36	1.54
43091898--43091954	11	5.4	11	77	12	57	40	1	14	43	1.55
43091888--43091954	11	6.4	10	77	8	53	38	1	16	43	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43091883--43091954	21	3.4	21	86	3	92	37	1	18	43	1.59
43092295--43092375	25	3.3	25	81	5	85	16	28	20	34	1.94
43092412--43092474	26	2.5	26	80	12	60	22	17	23	36	1.95
43097688--43098102	199	2.1	198	84	2	546	28	21	22	26	1.99
43099106--43099202	24	4.0	23	70	15	63	40	18	18	22	1.92
43099087--43099202	49	2.4	49	77	2	117	39	20	17	22	1.92
43103413--43103470	29	2.0	29	96	0	107	27	15	17	39	1.90
43103806--43103994	94	2.0	95	90	1	299	13	24	16	44	1.84
43110897--43110935	16	2.4	16	86	0	60	38	10	25	25	1.87
43110897--43110941	16	2.8	16	80	6	56	42	8	24	24	1.83
43111126--43111205	26	3.2	25	72	16	76	48	2	3	45	1.33
43111126--43111229	49	2.1	48	80	7	111	50	2	2	43	1.31
43112941--43112992	20	2.7	20	88	5	63	5	28	3	61	1.37
43112953--43112992	20	2.0	20	100	0	80	5	30	5	60	1.40
43130040--43130074	18	1.9	18	88	11	54	60	0	0	40	0.97
43130642--43130678	15	2.4	16	95	4	67	27	0	5	67	1.12
43135405--43135444	20	2.0	20	85	9	55	30	20	2	47	1.63
43144294--43144323	5	6.0	5	92	0	51	3	0	56	40	1.16
43151543--43151572	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
43153709--43153756	22	2.2	21	78	14	53	47	6	0	45	1.27
43170778--43170820	24	1.9	23	86	13	63	55	2	2	39	1.25
43184066--43184115	25	1.9	27	84	8	68	52	14	0	34	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43184655--43185005	175	2.0	175	96	0	648	36	18	10	34	1.85
43185439--43185484	22	2.1	22	87	0	65	43	19	23	13	1.86
43185466--43185545	25	3.2	26	89	3	103	38	22	22	16	1.92
43185833--43185863	5	6.2	5	92	0	53	19	3	0	77	0.90
43185891--43185919	13	2.1	14	93	6	51	65	0	0	34	0.93
43186568--43186605	11	3.5	11	88	0	58	0	39	5	55	1.23
43194414--43194490	21	3.7	21	68	6	66	46	18	18	16	1.84
43194409--43194510	42	2.4	42	83	6	127	49	17	17	15	1.81
43194480--43194580	21	4.8	21	67	12	64	47	13	16	21	1.82
43196772--43196820	22	2.3	21	85	3	71	42	2	0	55	1.11
43197788--43197866	36	2.1	38	83	4	99	39	6	1	53	1.35
43201334--43201372	10	3.8	10	86	3	51	48	2	0	48	1.15
43202051--43202102	24	2.2	24	85	0	68	53	9	3	32	1.51
43204017--43204068	24	2.2	24	85	0	68	53	9	3	32	1.51
43205220--43205280	30	2.0	30	93	0	104	40	26	8	24	1.83
43206964--43207031	27	2.5	27	83	7	84	13	11	16	58	1.62
43208823--43208889	34	2.0	34	96	0	125	11	22	17	47	1.80
43214034--43214060	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
43227090--43227115	6	4.3	6	100	0	52	15	0	0	84	0.62
43229601--43229639	19	2.1	19	85	4	53	35	0	12	51	1.40
43231354--43231397	22	2.0	22	95	0	79	43	4	18	34	1.70
43231376--43231830	243	1.9	243	95	0	820	46	6	21	26	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43231847--43231927	31	2.6	32	81	13	96	37	0	3	59	1.15
43231847--43231923	29	2.6	30	82	10	88	37	0	3	58	1.17
43233705--43233792	46	1.9	46	86	2	124	40	1	13	44	1.51
43233851--43233898	24	2.0	24	100	0	96	41	12	29	16	1.85
43233988--43234054	21	3.2	21	66	8	55	16	19	17	46	1.85
43233990--43234091	42	2.4	42	91	0	168	17	21	15	45	1.86
43235337--43235488	71	2.1	72	91	1	243	22	17	29	30	1.96
43241708--43241809	49	2.1	49	98	0	195	25	9	12	51	1.70
43243482--43243579	23	4.3	23	90	2	162	31	26	21	20	1.98
43243489--43243577	45	2.0	45	95	0	160	31	26	22	19	1.97
43245991--43246026	17	2.1	17	100	0	72	30	5	11	52	1.59
43246922--43246961	17	2.3	18	86	4	55	60	2	0	37	1.11
43254316--43254726	206	2.0	205	96	0	759	28	15	18	38	1.91
43256977--43257138	39	4.2	39	87	3	227	24	25	27	21	1.99
43256977--43257141	78	2.1	78	89	2	251	24	25	28	21	1.99
43257002--43257158	78	2.0	78	86	0	215	24	24	28	22	2.00
43257989--43258260	135	2.0	135	99	0	535	25	15	23	35	1.94
43264876--43265475	151	4.0	149	89	5	825	31	9	7	51	1.63
43266770--43266800	11	2.8	11	95	0	53	29	0	3	67	1.06
43271260--43271298	17	2.2	17	86	9	51	61	2	2	33	1.23
43271260--43271297	18	2.1	19	85	5	51	63	2	2	31	1.22
43282940--43283053	60	1.9	59	91	5	185	32	16	11	39	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43282943--43283076	60	2.3	58	84	7	175	31	19	11	38	1.87
43283529--43283566	20	1.9	20	88	0	58	28	13	28	28	1.94
43283943--43283981	16	2.4	16	82	0	51	10	0	35	53	1.35
43284024--43284296	125	2.2	124	88	2	413	29	14	23	32	1.94
43284619--43284657	20	2.0	20	94	0	69	51	0	5	43	1.24
43285395--43285447	19	2.8	19	77	2	63	28	5	0	66	1.15
43285379--43285447	10	7.0	10	74	9	52	28	5	0	65	1.16
43285538--43285752	109	2.0	108	92	0	358	26	19	14	39	1.91
43286951--43286988	19	2.0	19	89	0	58	65	0	10	23	1.23
43290906--43290941	8	4.5	8	90	10	56	77	0	0	22	0.76
43290912--43290942	9	3.6	9	91	8	55	80	0	0	19	0.71
43290906--43290942	17	2.2	16	95	4	65	78	0	0	21	0.75
43291543--43291603	19	3.2	19	71	15	54	47	3	1	47	1.28
43291536--43291617	39	2.1	39	82	6	96	50	3	1	45	1.27
43293220--43293379	53	3.0	53	96	0	284	26	16	19	37	1.93
43300354--43300421	34	2.0	35	88	2	102	44	14	7	33	1.73
43301076--43301119	21	2.1	21	95	0	79	38	18	11	31	1.86
43301376--43301412	17	2.1	18	90	5	58	48	2	5	43	1.40
43301475--43301507	11	3.1	11	86	4	50	69	18	0	12	1.18
43327682--43327745	29	2.2	29	83	8	76	57	1	3	37	1.24
43332760--43332792	4	8.2	4	100	0	66	51	0	0	48	1.00
43334635--43334732	23	4.3	23	89	2	153	31	25	21	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43334642--43334730	45	2.0	45	93	0	151	31	25	22	20	1.98
43336896--43337128	119	2.0	118	91	2	378	37	24	8	29	1.85
43345242--43345285	21	2.1	21	86	0	61	27	34	9	29	1.87
43348686--43348715	3	10.0	3	100	0	60	33	0	33	33	1.58
43350500--43350532	15	2.1	17	88	11	52	66	0	0	33	0.92
43351255--43351305	26	2.0	25	84	3	66	35	7	11	45	1.70
43351430--43351455	13	2.0	13	100	0	52	69	0	0	30	0.89
43352899--43352931	16	1.9	18	88	11	52	63	0	3	33	1.10
43357307--43357341	15	2.2	16	90	5	54	28	2	0	68	1.04
43367412--43367455	9	4.9	9	85	0	61	43	0	4	52	1.22

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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