genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.246.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75890009--75890191	94	1.9	94	83	2	233	37	13	18	31	1.89
75890099--75890415	54	5.9	54	77	0	312	37	15	19	27	1.92
75890122--75890415	161	1.8	162	83	0	392	37	14	19	27	1.91
75890128--75890386	107	2.4	107	82	3	297	37	14	20	27	1.92
75891087--75891129	14	3.3	14	81	15	56	4	16	0	79	0.90
75904430--75904481	20	2.7	19	80	16	54	59	1	0	38	1.08
75910332--75910357	5	5.2	5	100	0	52	19	23	0	57	1.40
75910332--75910384	20	2.9	19	78	13	51	24	20	1	52	1.56
75911602--75911648	13	3.3	15	77	17	55	27	4	0	68	1.08
75928616--75928652	18	2.1	18	89	0	56	16	32	18	32	1.93
75932796--75932841	24	1.9	24	90	0	74	47	0	32	19	1.50
75932795--75932848	24	2.3	23	84	9	72	50	0	29	20	1.49
75935054--75935108	28	2.0	29	89	7	87	60	14	5	20	1.54
75935332--75935396	34	1.9	34	87	0	94	43	13	10	32	1.79
75935961--75936030	31	2.3	31	94	0	122	21	35	25	17	1.95
75936015--75936089	29	2.6	29	86	0	96	18	40	24	17	1.91
75936457--75936505	26	2.0	24	84	8	62	71	4	22	2	1.13
75937579--75937612	16	2.1	16	94	0	59	23	5	11	58	1.55
75946252--75946375	58	2.1	59	87	1	178	15	8	16	59	1.59
75946359--75946402	19	2.3	19	88	0	61	13	9	25	52	1.70
75950423--75950585	53	2.9	54	91	6	256	22	15	14	47	1.81
75950413--75950585	59	3.0	59	88	10	286	22	15	15	46	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75955676--75955937	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
75964122--75964148	6	4.5	6	100	0	54	33	0	14	51	1.43
75968516--75968582	30	2.2	30	91	0	107	38	19	17	23	1.93
75968674--75968758	29	2.9	28	82	10	91	35	29	12	22	1.91
75968643--75968805	30	5.4	30	75	7	116	39	26	15	19	1.91
75969143--75969188	16	2.9	16	87	6	58	34	19	17	28	1.94
75973384--75973427	18	2.4	19	88	7	65	75	2	0	22	0.92
75973191--75973338	9	15.8	9	68	12	66	63	3	3	29	1.27
75973868--75974124	9	27.8	9	66	19	84	31	2	3	62	1.24
75973951--75974043	26	3.5	25	75	20	75	33	1	4	61	1.23
75973957--75974112	53	2.9	54	79	14	162	32	0	3	62	1.18
75974020--75974059	20	2.1	19	86	13	55	30	0	7	62	1.23
75973974--75974070	20	5.2	20	72	21	54	32	1	5	60	1.25
75974067--75974122	20	3.1	18	77	10	51	26	0	0	73	0.84
75985143--75985367	50	4.4	50	78	3	164	23	26	20	29	1.99
75987390--75987426	18	2.0	19	89	5	58	35	10	13	40	1.80
75987760--75987822	26	2.4	26	84	5	83	36	15	7	39	1.77
75990570--75990977	94	4.3	95	82	5	438	33	16	25	24	1.96
75994687--75994868	28	6.5	28	95	1	303	33	26	12	27	1.92
76000011--76000041	14	2.3	13	94	5	53	38	9	0	51	1.35
76000977--76001018	13	3.2	13	87	9	59	30	0	14	54	1.40
76001819--76001986	85	2.0	86	92	2	284	30	10	14	44	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76001915--76002141	80	2.9	78	77	6	242	29	12	12	44	1.80
76019936--76019989	21	2.6	21	80	11	58	40	9	27	22	1.84
76025094--76025145	12	4.7	12	77	18	58	61	34	1	1	1.18
76025099--76025143	20	2.2	21	92	4	74	60	37	2	0	1.09
76030720--76030790	26	2.5	29	80	11	76	36	7	7	49	1.57
76030720--76030792	28	2.6	29	76	10	78	36	6	6	49	1.56
76033683--76033752	7	9.6	7	73	14	52	1	21	1	75	0.96
76033683--76033754	15	4.5	15	74	10	63	1	20	1	76	0.94
76034101--76034135	18	1.9	18	88	0	52	14	0	25	60	1.35
76034429--76034541	29	3.9	29	96	1	199	19	22	38	20	1.94
76038322--76038567	35	7.0	35	76	8	205	21	23	23	31	1.98
76038321--76038635	69	4.5	70	78	7	309	21	23	22	32	1.98
76047374--76047417	22	2.0	22	100	0	88	22	22	18	36	1.95
76058621--76058725	31	3.4	30	77	12	115	40	2	3	52	1.34
76058650--76058728	11	7.6	11	66	18	53	43	1	2	53	1.22
76058599--76058731	61	2.2	61	94	0	230	42	3	4	49	1.38
76059386--76059423	3	12.7	3	94	0	67	65	0	0	34	0.93
76065739--76065842	44	2.5	40	76	22	113	36	30	4	27	1.78
76065750--76065842	44	2.1	46	91	4	154	37	31	4	26	1.76
76065758--76065855	46	2.2	44	85	7	126	40	31	6	21	1.78
76068703--76068736	3	11.3	3	100	0	68	35	32	0	32	1.58
76069462--76069540	15	5.4	14	79	13	70	69	1	26	2	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76069840--76069880	21	2.0	21	85	0	55	19	2	4	73	1.13
76069848--76069903	19	2.9	19	76	12	69	19	1	3	75	1.05
76080411--76080451	21	2.0	21	100	0	82	39	14	4	41	1.67
76081348--76081407	3	21.0	3	76	10	63	66	0	31	1	1.01
76081359--76081410	11	5.1	10	78	17	54	67	0	30	1	1.02
76082425--76082505	40	2.0	41	85	7	112	30	23	19	25	1.98
76082955--76082999	18	2.5	18	88	0	63	15	37	31	15	1.89
76086149--76086181	17	1.9	17	100	0	66	6	18	45	30	1.73
76088762--76088912	53	2.9	53	95	1	268	17	31	29	21	1.96
76090515--76090560	16	3.0	16	84	6	60	47	0	4	47	1.21
76091894--76091918	13	1.9	13	100	0	50	40	0	0	60	0.97
76098369--76098393	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
76102818--76102868	26	2.0	26	92	0	84	41	5	1	50	1.37
76103802--76103845	21	2.0	22	86	4	63	15	18	9	56	1.65
76110674--76110711	14	2.8	13	92	7	67	47	5	10	36	1.61
76110948--76111136	69	2.7	69	81	2	227	20	22	17	39	1.92
76110949--76111135	103	1.8	103	92	0	320	20	22	17	39	1.92
76114596--76114638	21	2.0	23	81	9	54	32	11	11	44	1.77
76118761--76118804	13	3.1	14	80	12	54	34	40	11	13	1.81
76122128--76122262	21	6.4	21	76	6	112	19	20	14	45	1.85
76122131--76122281	42	3.6	42	84	3	173	19	20	15	44	1.87
76122138--76122260	63	2.0	63	81	3	149	19	21	14	44	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76125717--76125777	31	2.0	31	90	0	95	26	4	8	60	1.45
76126554--76126578	3	8.3	3	100	0	50	36	32	32	0	1.58
76135970--76136032	16	3.7	16	80	15	81	63	12	12	11	1.52
76135965--76136050	36	2.4	36	100	0	172	59	13	12	13	1.62
76153620--76153644	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
76153803--76153854	9	5.8	9	100	0	104	34	32	9	23	1.87
76162680--76162723	22	2.0	22	86	0	61	29	11	29	29	1.92
76164331--76164414	25	3.4	25	91	1	125	40	2	1	55	1.20
76165201--76165249	14	3.4	15	76	23	52	71	18	4	6	1.23
76168853--76168885	17	1.9	17	100	0	66	24	18	27	30	1.98
76174634--76174665	13	2.5	13	100	0	64	0	34	9	56	1.32
76176148--76176202	27	2.0	27	86	6	76	45	3	1	49	1.30
76176191--76176236	21	2.2	20	84	3	56	36	4	4	54	1.40
76179069--76179123	21	2.6	21	94	0	92	29	25	29	16	1.97
76187739--76187784	23	2.0	23	100	0	92	17	13	17	52	1.75
76188508--76188538	15	2.1	15	93	0	53	35	3	19	41	1.67
76188493--76188541	18	2.7	18	77	0	62	40	2	22	34	1.66
76188583--76188617	18	1.9	18	94	0	61	62	5	22	8	1.45
76189435--76189466	16	2.0	16	100	0	64	43	18	18	18	1.88
76189486--76189677	97	2.0	97	100	0	384	26	15	22	35	1.94
76189751--76189792	15	2.7	16	78	14	52	45	2	0	52	1.13
76191765--76191798	18	2.0	18	88	11	54	44	0	2	52	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76191875--76192053	68	2.9	59	80	13	232	45	8	4	40	1.56
76191905--76192075	68	2.5	67	94	1	290	47	8	4	39	1.52
76192064--76192105	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
76191905--76192097	68	3.0	66	89	6	265	48	8	3	39	1.51
76192087--76192147	30	2.0	31	83	6	79	50	1	1	45	1.21
76192315--76192354	21	1.9	21	85	10	55	22	2	7	67	1.28
76192426--76192464	11	3.4	11	86	10	51	51	0	2	46	1.14
76197490--76197547	30	1.9	30	92	0	98	12	27	39	20	1.88
76197869--76198205	72	4.7	71	86	2	399	54	15	5	25	1.63
76199468--76199506	20	2.0	20	90	10	62	15	23	5	56	1.59

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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