genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.220.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67695603--67695709	30	3.6	30	72	0	97	28	24	22	24	1.99
67695594--67695722	60	2.2	60	78	5	136	31	23	22	23	1.99
67695915--67695939	13	1.9	13	100	0	50	32	24	28	16	1.96
67696018--67696212	41	4.8	41	90	0	300	24	21	26	28	1.99
67696808--67696842	7	5.0	7	100	0	70	14	0	42	42	1.45
67697030--67697072	7	6.1	7	80	0	50	25	0	46	27	1.53
67701950--67702006	25	2.3	25	84	0	69	36	1	12	49	1.51
67702280--67702625	43	8.1	42	76	9	249	26	17	25	30	1.97
67702280--67702625	86	4.0	83	75	7	284	26	17	25	30	1.97
67704778--67704872	46	2.1	46	95	0	172	34	7	17	40	1.78
67706694--67706751	30	1.9	30	92	0	98	18	18	17	44	1.87
67715305--67715363	22	2.5	24	86	5	86	22	20	30	27	1.98
67719026--67719063	18	2.0	20	90	10	62	5	34	2	57	1.35
67719196--67719302	54	2.0	54	90	3	171	24	27	16	31	1.96
67724869--67724954	42	2.0	43	86	2	120	32	23	16	27	1.96
67735183--67735288	25	4.3	25	77	10	85	26	20	19	33	1.97
67739268--67739313	23	2.0	23	83	8	58	36	10	6	45	1.65
67740329--67740390	30	2.1	30	84	6	81	38	50	8	3	1.48
67743983--67744058	38	2.0	38	94	0	134	31	13	10	44	1.77
67747732--67747882	74	2.0	74	85	0	203	46	16	10	26	1.79
67751835--67751951	59	2.0	59	91	0	189	41	15	24	18	1.89
67757410--67757482	31	2.4	30	82	11	85	34	23	13	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67757485--67757531	18	2.5	19	86	6	60	31	2	2	63	1.18
67758795--67758947	41	3.7	41	85	11	206	63	0	2	33	1.13
67760057--67760087	15	2.1	15	93	0	53	45	9	6	38	1.63
67770479--67770521	17	2.6	17	88	3	61	44	13	6	34	1.72
67776087--67776140	23	2.3	23	96	0	99	38	24	12	24	1.90
67780327--67780445	57	2.1	58	88	6	179	26	20	6	46	1.75
67782466--67782521	28	2.0	28	82	0	67	32	28	10	28	1.90
67786508--67786557	18	2.8	18	90	0	82	40	6	38	16	1.73
67789577--67789625	21	2.2	23	85	7	66	55	2	0	42	1.11
67792057--67792097	20	2.0	20	85	0	55	31	26	12	29	1.92
67798533--67798621	45	2.0	45	93	0	151	25	13	31	29	1.94
67817652--67817723	25	2.9	25	93	0	117	34	15	19	30	1.93
67819020--67819080	28	2.2	28	88	2	88	6	19	42	31	1.77
67819034--67819077	14	3.2	13	78	12	52	9	18	43	29	1.80
67819093--67819137	14	3.2	14	90	0	63	4	15	37	42	1.67
67819435--67820879	74	19.5	73	85	3	1696	32	20	18	28	1.96
67821961--67822009	23	2.1	23	88	0	71	24	16	46	12	1.81
67826290--67826334	18	2.5	18	82	7	56	40	17	4	37	1.70
67833261--67833320	10	6.2	10	81	14	81	0	21	0	78	0.75
67833254--67833315	4	16.8	4	75	21	55	0	20	0	79	0.74
67833253--67833315	14	4.9	14	79	16	82	0	20	0	79	0.73
67833254--67833328	24	3.0	24	90	7	107	0	24	0	76	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67833253--67833320	30	2.2	29	87	12	93	0	20	0	79	0.73
67833415--67833457	16	2.8	16	78	3	52	2	30	0	67	1.03
67833395--67833462	24	2.8	25	78	13	70	2	30	0	66	1.07
67833889--67833992	29	3.4	29	84	6	109	46	2	20	30	1.65
67833889--67833992	30	3.4	30	84	4	111	46	2	20	30	1.65
67833944--67834013	30	2.4	29	87	2	95	47	7	18	27	1.75
67842965--67842999	15	2.3	15	85	0	52	40	11	17	31	1.85
67844597--67844668	26	2.8	26	85	4	92	29	11	12	47	1.76
67844811--67844849	6	6.5	6	84	0	51	17	23	0	58	1.38
67844811--67844842	12	2.7	12	100	0	64	18	21	0	59	1.38
67846053--67846082	15	2.0	15	100	0	60	53	6	0	40	1.27
67852092--67852157	25	2.6	25	77	18	64	19	16	7	56	1.64
67852872--67852963	34	2.8	34	80	6	102	70	5	17	6	1.28
67855061--67855199	44	3.2	43	68	11	120	28	26	23	21	1.99
67855047--67855450	88	4.6	88	86	1	524	27	22	25	23	2.00
67856438--67856465	14	2.0	14	100	0	56	71	14	0	14	1.15
67861023--67861051	13	2.2	13	100	0	58	37	17	13	31	1.89
67861191--67861231	21	2.0	21	90	0	64	29	26	17	26	1.97
67863916--67863989	31	2.4	32	82	8	91	52	6	6	33	1.54
67864904--67864947	13	3.4	13	87	0	70	68	0	0	31	0.90
67864941--67864981	17	2.5	17	80	11	50	58	0	9	31	1.31
67864987--67865057	31	2.3	31	82	7	81	39	0	29	30	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67869680--67869816	69	2.0	69	94	0	238	41	17	24	16	1.89
67873494--67873579	46	1.9	45	86	13	124	36	25	5	32	1.80
67878540--67878723	40	4.6	41	81	12	208	25	22	27	25	2.00
67878540--67878723	79	2.3	81	82	11	222	25	22	27	25	2.00
67878592--67878756	79	2.1	79	82	8	194	26	21	27	24	1.99
67886658--67886840	79	2.3	81	83	7	223	24	27	22	24	2.00
67886637--67886840	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
67887984--67888215	56	4.1	56	99	0	455	22	23	9	44	1.81
67903107--67903349	39	6.2	39	81	0	270	19	27	19	33	1.96
67903185--67903317	20	6.8	20	66	10	78	18	30	20	31	1.96
67903187--67903243	19	2.9	20	70	15	55	17	31	22	28	1.97
67903105--67903349	78	3.1	76	82	3	301	19	27	19	33	1.96
67906802--67906979	42	4.2	43	71	8	141	35	26	14	24	1.93
67906750--67906896	42	3.5	41	74	5	150	35	24	16	23	1.95
67906744--67906928	85	2.2	84	88	0	262	36	23	16	23	1.94
67906750--67906979	85	2.7	85	83	3	223	36	24	15	23	1.94
67907343--67907404	30	2.1	29	84	3	79	32	20	4	41	1.74
67912258--67912447	85	2.2	84	80	6	213	35	23	15	25	1.94
67912344--67912482	42	3.3	42	76	9	129	36	23	14	25	1.93
67912459--67912511	26	2.0	26	88	0	79	24	33	22	18	1.97
67917405--67917481	14	5.0	15	71	20	52	42	15	9	32	1.78
67917421--67917460	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67917409--67917475	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
67917444--67917483	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
67948293--67948334	16	2.5	17	88	11	61	38	0	4	57	1.20
67950390--67950740	176	2.0	176	97	0	666	26	32	25	15	1.95
67959580--67959625	23	2.0	23	100	0	92	52	13	8	26	1.69
67961305--67961433	42	3.1	41	85	2	159	29	20	17	32	1.96
67961750--67961820	21	3.4	21	82	0	88	2	46	18	32	1.63
67967463--67967677	27	7.8	27	82	12	235	33	0	20	46	1.51
67967458--67967687	9	26.0	9	68	28	104	33	0	21	45	1.52
67967503--67967663	25	6.2	25	90	3	223	33	0	19	46	1.51
67967458--67967656	76	2.7	73	77	16	221	34	0	20	45	1.51
67967821--67968043	73	3.1	73	100	0	446	41	6	1	50	1.37
67967823--67968010	34	5.1	38	66	21	148	42	5	1	50	1.33
67967852--67968037	35	5.1	35	66	16	128	39	7	1	51	1.40
67967853--67968042	38	5.2	38	66	16	148	38	7	1	52	1.39
67968190--67968260	13	5.5	13	86	0	106	50	2	7	39	1.44
67968189--67968260	26	2.8	26	100	0	144	50	2	6	40	1.44
67969769--67969799	7	4.4	7	95	0	53	48	41	9	0	1.36
67970444--67970706	84	3.1	84	95	2	454	29	20	19	31	1.96
67971622--67971654	14	2.4	14	100	0	66	36	33	0	30	1.58
67973212--67973444	111	2.1	111	95	2	416	25	26	19	28	1.99
67973409--67973525	40	2.9	40	85	0	144	20	28	14	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67984782--67984813	16	2.0	16	100	0	64	25	37	6	31	1.81
67992099--67992144	17	2.9	16	75	18	51	47	2	2	47	1.26
67994212--67994248	19	1.9	19	88	0	56	43	5	0	51	1.24
67998162--67998205	23	1.9	23	100	0	88	20	4	27	47	1.69
67998220--67998311	43	2.1	44	86	6	125	27	17	20	34	1.95
67998475--67998526	25	2.1	24	83	16	63	46	11	3	38	1.59
68006829--68006911	41	2.0	41	92	0	139	37	16	18	27	1.92
68021934--68021978	16	2.9	17	84	15	62	48	4	0	46	1.22
68022141--68022267	63	2.0	64	83	4	159	26	18	5	48	1.70
68045235--68045324	44	2.0	44	97	0	171	20	23	11	45	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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