genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.56.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18835450--18835508	21	2.9	20	82	5	82	22	38	1	37	1.64
18837330--18837478	42	3.5	42	80	6	149	32	14	22	29	1.94
18842748--18842799	20	2.6	21	82	11	74	11	26	30	30	1.92
18844070--18844241	90	1.9	90	85	0	236	27	27	19	25	1.99
18844245--18844337	48	1.9	48	82	4	116	26	23	22	26	2.00
18855746--18855848	28	3.9	27	81	13	133	18	2	33	45	1.64
18855798--18855860	23	2.7	23	97	0	117	15	3	34	46	1.62
18855802--18855880	23	3.4	23	89	3	97	12	2	35	49	1.54
18856051--18856095	22	2.0	23	95	4	83	17	17	22	42	1.89
18858652--18858758	27	4.0	27	81	3	119	33	17	16	31	1.93
18858656--18858811	80	2.0	80	82	7	192	36	19	15	28	1.92
18858712--18858814	27	3.9	27	81	1	100	39	19	14	26	1.90
18858962--18859015	28	2.0	28	85	3	74	12	20	22	44	1.85
18859023--18859068	23	2.0	23	82	0	56	17	17	23	41	1.90
18861577--18861722	41	3.5	40	78	6	134	22	28	19	29	1.98
18861657--18861780	43	2.9	43	86	3	162	21	27	21	29	1.99
18863248--18863277	15	2.0	15	93	0	51	10	16	0	73	1.09
18864473--18864613	60	2.4	59	83	9	171	26	19	26	26	1.99
18867221--18867250	15	2.1	15	93	6	53	36	26	6	30	1.82
18871671--18871791	43	2.8	43	89	1	181	22	28	22	26	1.99
18873698--18873727	15	2.1	15	93	6	53	36	26	6	30	1.82
18874326--18874403	39	2.0	39	94	0	138	33	17	20	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18878391--18878575	40	4.7	40	78	9	157	25	22	28	24	1.99
18889125--18889331	53	3.8	54	75	4	184	18	23	18	39	1.93
18891444--18891580	46	3.0	46	85	0	184	24	32	9	33	1.87
18891554--18891693	47	3.0	46	89	4	156	25	30	12	32	1.92
18891597--18891672	22	3.3	22	67	22	66	25	28	13	32	1.93
18909025--18909385	46	7.8	46	68	15	242	29	29	18	21	1.97
18909032--18909389	93	3.8	93	96	0	644	29	29	18	22	1.98
18909079--18909334	47	5.5	47	71	15	244	30	29	17	21	1.97
18917326--18917443	59	2.0	59	98	0	227	28	12	15	43	1.83
18917714--18917869	83	1.9	84	95	1	287	34	26	17	21	1.96
18927821--18928069	39	6.3	39	94	2	403	24	27	22	25	2.00
18929749--18929846	48	2.0	48	88	0	142	35	25	9	29	1.87
18949911--18949939	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
18953522--18953627	27	3.9	26	76	12	97	20	23	20	34	1.96
18954210--18954303	47	2.0	46	85	2	125	36	23	7	31	1.83
18957187--18957404	40	5.5	40	90	2	316	23	22	27	26	1.99
18959061--18959099	18	2.2	18	95	0	69	79	0	2	17	0.84
18959061--18959099	6	6.5	6	90	0	60	79	0	2	17	0.84
18964565--18964593	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
18975351--18975377	6	4.5	6	100	0	54	85	0	0	14	0.61
18976697--18976823	40	3.1	40	88	4	191	24	19	23	32	1.98
18976697--18976823	42	3.1	42	90	2	195	24	19	23	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18980602--18980664	31	2.0	31	90	0	99	20	19	34	25	1.96
18981552--18981639	44	2.0	44	97	0	167	14	20	28	36	1.92
18987002--18987454	47	9.6	47	90	2	692	28	30	8	32	1.87
18990776--18991299	40	13.1	40	90	0	780	26	27	20	25	1.99
18991353--18991427	38	2.0	38	86	5	107	24	26	18	30	1.98
18992557--18992657	50	2.0	50	96	0	184	31	17	3	46	1.67
18994146--18994292	75	2.0	75	98	0	285	13	18	19	48	1.81
18997076--18997113	14	2.8	13	78	21	51	36	2	0	60	1.11
18998733--18998779	21	2.3	21	85	3	60	25	12	25	36	1.92
19000198--19000253	26	2.2	26	96	0	103	30	5	26	37	1.79
19005957--19005987	16	1.9	16	93	0	53	41	9	0	48	1.36
19011155--19011190	2	18.0	2	100	0	72	0	0	50	50	1.00
19014395--19014468	36	2.1	36	94	0	130	36	2	18	41	1.65
19014797--19014876	37	2.2	37	95	0	142	37	8	31	22	1.85
19016464--19016603	43	3.3	41	75	12	113	28	26	19	25	1.99
19017177--19017208	15	2.1	15	100	0	64	46	25	0	28	1.53
19023103--19023142	6	6.7	6	100	0	80	0	17	0	82	0.67
19023109--19023148	18	2.2	18	90	0	62	2	17	2	77	0.99
19040412--19040447	2	18.0	2	100	0	72	0	50	0	50	1.00
19043882--19043927	23	2.0	23	91	0	74	34	21	13	30	1.91
19043887--19043960	23	3.2	23	82	1	76	28	17	16	37	1.91
19043918--19043963	24	1.9	24	95	0	83	26	15	15	43	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19043953--19043989	17	2.2	17	100	0	74	27	8	5	59	1.48
19045295--19045333	12	3.4	11	86	10	51	41	7	20	30	1.80
19055396--19055796	27	14.8	27	90	0	541	28	21	8	40	1.83
19055775--19056049	27	10.2	27	77	10	206	40	22	8	28	1.83
19055775--19056133	54	6.6	54	75	7	262	39	21	9	30	1.84
19055383--19055838	81	5.6	81	84	2	250	30	21	8	39	1.83
19055775--19056051	81	3.4	80	83	5	308	40	22	8	28	1.84
19056060--19056111	27	1.9	27	88	7	79	38	13	13	34	1.84
19057028--19057097	25	2.8	24	86	4	95	24	25	24	25	2.00
19057244--19057333	42	2.1	42	87	0	126	28	15	21	34	1.94
19057357--19057435	31	2.6	31	95	2	142	29	17	25	27	1.98
19060548--19060581	5	6.8	5	86	0	50	35	0	0	64	0.94
19060552--19060580	10	2.9	10	100	0	58	31	0	0	68	0.89
19060780--19060821	22	1.9	22	90	9	68	78	0	21	0	0.75
19060780--19060814	15	2.5	13	90	9	52	80	0	20	0	0.72
19066077--19066128	25	2.1	25	100	0	104	30	15	19	34	1.93
19085269--19085459	50	3.8	50	88	1	292	26	19	25	28	1.99
19085271--19085353	26	3.3	26	63	24	68	26	15	26	31	1.96
19085269--19085466	101	2.0	101	94	0	351	25	19	25	28	1.99
19085275--19085494	101	2.2	101	87	1	289	26	18	26	28	1.98
19085616--19086309	347	2.0	347	99	0	1379	42	9	17	29	1.82
19088442--19088517	22	3.3	22	66	16	64	26	30	10	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19088414--19088520	47	2.3	47	96	0	196	28	29	7	34	1.84
19098477--19098524	17	2.8	18	81	9	55	39	4	0	56	1.19
19099866--19099917	23	2.3	23	86	6	70	40	5	21	32	1.77
19104161--19104252	17	5.4	17	65	27	52	42	3	3	51	1.34
19104641--19104707	13	5.2	13	92	0	98	17	20	34	26	1.96
19105123--19105148	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
19107773--19107821	21	2.3	21	92	3	80	38	2	18	40	1.62
19110305--19110349	23	2.0	23	82	8	56	37	8	13	40	1.76
19113018--19113122	27	3.9	27	80	9	108	34	20	23	20	1.97
19114480--19114587	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
19119058--19119090	17	1.9	17	93	0	57	27	0	18	54	1.44
19140051--19140083	16	1.9	18	88	11	52	51	18	12	18	1.76
19140650--19140756	43	2.5	43	90	1	162	26	28	18	26	1.98
19154562--19154681	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
19155849--19156033	40	4.7	40	80	7	200	24	22	27	24	2.00
19155902--19156056	79	2.0	79	83	7	199	25	21	27	25	1.99
19156571--19156615	22	2.0	22	95	0	81	31	15	33	20	1.93
19159207--19159231	13	1.9	13	100	0	50	60	0	0	40	0.97
19165244--19165389	40	3.7	40	83	7	172	23	21	27	26	1.99
19165244--19165422	80	2.2	80	80	6	186	25	21	26	26	1.99
19170934--19170993	28	2.2	28	93	3	104	35	21	13	30	1.92
19171479--19171527	17	3.1	17	77	22	61	75	0	0	24	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19171492--19171518	7	3.9	7	100	0	54	85	0	0	14	0.61
19174595--19174662	33	2.1	33	100	0	136	48	8	11	30	1.70
19175821--19175854	6	5.7	6	92	0	59	32	0	32	35	1.58
19179124--19179149	13	2.0	13	100	0	52	38	15	30	15	1.88
19183773--19183834	12	5.0	12	76	18	56	61	3	0	35	1.12
19183769--19183837	9	7.3	9	71	20	52	60	2	0	36	1.11
19183739--19183837	28	3.7	28	77	18	95	59	3	1	36	1.20
19183755--19183876	14	8.8	14	70	20	87	60	2	4	31	1.31
19184030--19184089	30	2.0	31	90	6	97	66	0	3	30	1.07
19188787--19188815	6	4.8	6	100	0	58	51	0	31	17	1.45

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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